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杨树同义密码子用法的初步分析(英文)
被引量：
22
1
作者
周猛
童春发
施季森
《植物生理与分子生物学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第4期285-293,共9页
杨树是世界上广泛栽培的重要造林树种之一,已经成为林木基因工程研究的模式植物。用杨树的314个蛋白编码基因,通过对应分析和ENC-plot分析探讨了若干重要因子对杨树密码子用法的效应。从分析结果中可以看出,在影响最大的第一条向量轴上...
杨树是世界上广泛栽培的重要造林树种之一,已经成为林木基因工程研究的模式植物。用杨树的314个蛋白编码基因,通过对应分析和ENC-plot分析探讨了若干重要因子对杨树密码子用法的效应。从分析结果中可以看出,在影响最大的第一条向量轴上,基因的坐标位置与该基因的表达水平(CAI)极显著负相关(r=-0.94**),其次是与GC3S和基因长度极显著相关(r=0.86**和r=-0.57**),说明基因表达水平高低是影响密码子发挥作用的主要因素,基因编码区碱基组成和基因长度次之。ENC-plot分析结果也证明了这一点。相对密码子使用值(RSCU)的计算结果表明,高表达基因强烈偏好以A或T结尾的密码子,并确定了TTA和ATA等10个密码子为杨树的主要偏爱密码子。将杨树的密码子使用频率与拟南芥、水稻、大肠杆菌和人等不同模式生物种比较后发现,杨树密码子的偏爱性与同为双子叶植物的拟南芥最为相似,与人和大肠杆菌之间的差异较大。
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关键词
密码子用法
对应分析
gc
3
5含量
基因长度
基因表达水平
优越密码子
杨树
下载PDF
职称材料
题名
杨树同义密码子用法的初步分析(英文)
被引量：
22
1
作者
周猛
童春发
施季森
机构
南京林业大学国家林业局和江苏省林木遗传和基因工程重点实验室
出处
《植物生理与分子生物学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第4期285-293,共9页
基金
国家重点基础研究发展项目(No.TG1999016004)
江苏省自然科学基金项目(No.BK2003213)资助~~
文摘
杨树是世界上广泛栽培的重要造林树种之一,已经成为林木基因工程研究的模式植物。用杨树的314个蛋白编码基因,通过对应分析和ENC-plot分析探讨了若干重要因子对杨树密码子用法的效应。从分析结果中可以看出,在影响最大的第一条向量轴上,基因的坐标位置与该基因的表达水平(CAI)极显著负相关(r=-0.94**),其次是与GC3S和基因长度极显著相关(r=0.86**和r=-0.57**),说明基因表达水平高低是影响密码子发挥作用的主要因素,基因编码区碱基组成和基因长度次之。ENC-plot分析结果也证明了这一点。相对密码子使用值(RSCU)的计算结果表明,高表达基因强烈偏好以A或T结尾的密码子,并确定了TTA和ATA等10个密码子为杨树的主要偏爱密码子。将杨树的密码子使用频率与拟南芥、水稻、大肠杆菌和人等不同模式生物种比较后发现,杨树密码子的偏爱性与同为双子叶植物的拟南芥最为相似,与人和大肠杆菌之间的差异较大。
关键词
密码子用法
对应分析
gc
3
5含量
基因长度
基因表达水平
优越密码子
杨树
Keywords
codon usage
correspondence analysis
gc
3
scontent
gene length
gene expression
optimal codon
poplar
分类号
Q943 [生物学—植物学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
杨树同义密码子用法的初步分析(英文)
周猛
童春发
施季森
《植物生理与分子生物学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2007
22
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