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桃品种特异性荧光SSR分子标记数据库构建 被引量：17
1
作者 李雄伟 孟宪桥 +8 位作者 贾惠娟 王力荣 王志强 马瑞娟 吴大军 董冰 Maria Jose Aranzana Pere Arús 高中山 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期924-932,共9页
【目的】选择通用的荧光SSR分子标记建立桃种质资源基因型数据库便于进行种质特异性鉴定、资源交换、管理和利用。【方法】根据48个SSR标记对国内外669份桃品系的遗传多样性测试结果，从中选择出一部分多态信息含量较高、适合品种鉴别... 【目的】选择通用的荧光SSR分子标记建立桃种质资源基因型数据库便于进行种质特异性鉴定、资源交换、管理和利用。【方法】根据48个SSR标记对国内外669份桃品系的遗传多样性测试结果，从中选择出一部分多态信息含量较高、适合品种鉴别的标记，采用不同荧光标识组合在ABI3130测序仪测试，为了使不同批次的测试结果准确可靠，6—8个参照品种纳入每次的测试中。结果用16个SSR标记基本可以判断品种的特异性，它们可以用4种荧光标识进行标记，便于分为4组在ABI遗传分析仪上测试。目前数据库包含641份材料．基因型一致的品系多为同一品种突变体和自交系演化的地方品种。文中列出了100份中国代表性种质资源分子标记数据库，并建议8个中国品系为参照。对17个桃品种进行系谱验证发现，我国资源圃所育成的7个品种系谱信息正确，但日本桃品种系谱信息与文献出现偏差。【结论】应用16个多态性高的SSR荧光标记可以构建精确的桃品种分子指纹数据库，测试方法及结果对品种特异性和系谱鉴定提供重要的参考．推动资源分子指纹数据库标准化建设工作。 展开更多
关键词 桃 荧光标记ssr 指纹图谱数据库 品种鉴定 系谱鉴定
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利用SSR荧光标记构建41份山东省苹果资源分子身份证 被引量：14
2
作者 李慧峰 王涛 冉昆 《沈阳农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期70-77,共8页
山东自古为中国苹果的栽培中心,苹果属植物资源较为丰富,种间杂交类型较多,资源分类难度大,相关研究较为滞后。本研究选取山东省果树研究所苹果资源圃保存的41份资源为试材,利用SSR荧光标记构建分子身份证,旨在探索建立应用分子技术进... 山东自古为中国苹果的栽培中心,苹果属植物资源较为丰富,种间杂交类型较多,资源分类难度大,相关研究较为滞后。本研究选取山东省果树研究所苹果资源圃保存的41份资源为试材,利用SSR荧光标记构建分子身份证,旨在探索建立应用分子技术进行资源分类鉴定的技术体系。从SSR富集文库中开发并设计59对引物,从中筛选出10对多态性良好的引物,利用SSR荧光标记毛细管电泳检测扩增条带分子量的方法对41份山东省原产的苹果属资源进行分析,获得相应的等位基因。采用个位数字和小写英文字母对不同等位基因进行编码,按照10对引物从小到大串联排序的方式构建供试样品的分子身份证。试验结果表明:10对SSR引物共检测到139个SSR等位位点,244种基因型,平均每对引物对品种扩增等位位点13.9个,基因型24.4种。利用PopGen32软件计算引物的多态性信息含量,10对引物的平均多态性信息含量为0.85。基于10对SSR引物的扩增结果,采用个位数字和小写英文字母对不同等位基因进行编码,成功构建了41份山东苹果种质资源的分子身份证,为山东省苹果资源的鉴定工作提供了重要依据。 展开更多
关键词 种质资源 苹果属 分子身份证 山东省 ssr荧光标记
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基于SSR标记的文冠果遗传多样性分析及指纹图谱构建
3
作者 李思琪 张文臣 +3 位作者 杨柳 付庆新 洪新 张海旺 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期74-83,共10页
【目的】为快速鉴定和利用文冠果种质资源,探明文冠果种质亲缘关系。【方法】从20对SSR引物筛选得到11对条带清晰、多态性好的引物,对29个文冠果品种(系)进行分析,采用荧光毛细管电泳技术进行多态检测,通过邻接法进行聚类分析,利用数字... 【目的】为快速鉴定和利用文冠果种质资源,探明文冠果种质亲缘关系。【方法】从20对SSR引物筛选得到11对条带清晰、多态性好的引物,对29个文冠果品种(系)进行分析,采用荧光毛细管电泳技术进行多态检测,通过邻接法进行聚类分析,利用数字和字母赋值编码构建分子身份证。【结果】共检测到66个等位基因(Na),每对引物检测到3-10个Na。Shannon信息指数(I)变化范围介于0.349-1.723之间,平均值为1.16。不同引物揭示的多态信息含量(PIC)变幅介于0.276-0.841,平均为0.66。观测杂合度(Ho)变幅为0.137-0.958,平均值为0.739;期望杂合度(He)变幅为0.187-0.79,平均值为0.648;在11个位点中,有7个位点的平均观测杂合度大于平均期望杂合度。遗传相似系数变化范围为0-1,平均为0.31,遗传相似系数在0.6以上的有15个,仅占全部数据的5.17%。邻接法聚类分析结果显示,在遗传距离为0.42时,可将29份文冠果种质分为三大类群。构建了0/1形式的指纹数据库和分子身份证,除个别品种外均具有唯一性,可用于品种鉴定。【结论】29份文冠果种质资源的遗传多样性相对较高,但也存在一定的近交现象。利用SSR标记构建文冠果分子身份证操作简便可行,可为文冠果品种真伪鉴定、权益保护、身份识别、溯源管理及新品种选育提供技术支撑和科学依据。 展开更多
关键词 文冠果 品种(系) ssr荧光标记 遗传多样性 指纹图谱 分子身份证 聚类分析
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吉林省绿豆种质资源遗传多样性SSR分析及指纹图谱构建 被引量：5
4
作者 赵雅楠 王颖 张东杰 《中国粮油学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第2期18-24,共7页
为分析吉林地区绿豆种质资源遗传多样性并构建DNA指纹图谱,明确吉林省绿豆资源遗传背景及品种真伪鉴定提供依据,以吉林省74份绿豆品种为材料,利用9对多态性丰富的SSR引物对其进行遗传多样性分析及SSR指纹图谱构建。9对SSR引物共检测到4... 为分析吉林地区绿豆种质资源遗传多样性并构建DNA指纹图谱,明确吉林省绿豆资源遗传背景及品种真伪鉴定提供依据,以吉林省74份绿豆品种为材料,利用9对多态性丰富的SSR引物对其进行遗传多样性分析及SSR指纹图谱构建。9对SSR引物共检测到40个等位基因,每对引物检测到2~9个,平均为4.44,PIC值变幅介于0.076 8~0.725 4之间,平均为0.45;品种间遗传相似系数变幅介于0.111 1~1.000 0之间,平均为0.499 0。遗传相似系数在0.6~1.0之间有1 159个,占全部数据的42.91%;UPGMA聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.503 7的阈值处,可将74份绿豆材料分为三大类群,相同地理来源品种大多成簇分布;基于检测结果构建了0/1格式的DNA指纹图谱和分子身份证,为吉林省绿豆品种区分鉴别提供参考。吉林省绿豆品种间亲缘关系较近,遗传背景狭窄,遗传相似度较高,今后应加强种质资源引进与创新以丰富该地区绿豆资源遗传多样性;SSR指纹图谱及分子身份证的构建对绿豆品种真伪鉴定、溯源管理及原产地保护具有重要意义。 展开更多
关键词 ssr荧光标记 绿豆 遗传多样性分析 DNA指纹图谱
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中国东北地区绿豆种质资源遗传多样性的SSR分析 被引量：5
5
作者 赵雅楠 王颖 +2 位作者 张东杰 王丽侠 佐兆杭 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第12期2340-2349,共10页
为了解东北地区绿豆种质资源的多样性,本研究基于SSR荧光标记毛细管检测技术,利用15对多态性丰富的SSR引物对东北三省地区156份绿豆种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,15对SSR引物共检测到71个等位基因,平均等位基因数为4.7个,平均... 为了解东北地区绿豆种质资源的多样性,本研究基于SSR荧光标记毛细管检测技术,利用15对多态性丰富的SSR引物对东北三省地区156份绿豆种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,15对SSR引物共检测到71个等位基因,平均等位基因数为4.7个,平均多态信息含量(PIC)为0.401。遗传相似系数变幅介于0.116~1.000之间,平均为0.542,大于0.5的相似系数占全部数据的73.69%。在遗传相似系数为0.478的阈值处可将参试个体分为5个组群,相同地理来源品种大多成簇分布。中国东北地区绿豆资源遗传多样性不够丰富,遗传基础狭窄,建议加强东北地区绿豆种质资源创新,拓宽遗传基础,丰富绿豆资源的遗传多样性。本研究结果为分析东北地区绿豆品种亲缘关系及新品选育提供了技术支持和理论依据。 展开更多
关键词 绿豆 遗传多样性 ssr荧光标记 东北地区
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内蒙古地区绿豆品种遗传多样性SSR分析及DNA指纹图谱构建 被引量：1
6
作者 赵雅楠 王颖 +2 位作者 张东杰 王丽侠 佐兆杭 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第16期43-50,共8页
目的:分析内蒙古地区绿豆品种的遗传多样性并构建其DNA指纹图谱,为探明绿豆种质资源遗传背景及真伪鉴定提供科学依据。方法:以内蒙古地区92份绿豆品种为模板,利用筛选得到的10对多态性丰富的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)... 目的:分析内蒙古地区绿豆品种的遗传多样性并构建其DNA指纹图谱,为探明绿豆种质资源遗传背景及真伪鉴定提供科学依据。方法:以内蒙古地区92份绿豆品种为模板,利用筛选得到的10对多态性丰富的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)引物对其进行遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建。结果:10对SSR引物共检测到58个等位基因,每对引物检测到3~10个不等;不同引物揭示的多态信息含量变幅介于0.371 4~0.773 7,平均为0.52。92份绿豆种质的遗传相似系数变幅介于0.033 4~1.000 0之间,平均为0.46。非加权组平均法聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.294 4时,可将92份绿豆种质分为两大类群。构建了92份绿豆品种的SSR指纹图谱及分子身份证,除个别品种外,大部分具有唯一性,可用于品种鉴定。结论:内蒙古地区绿豆种质资源的遗传多样性相对较丰富,但存在一定程度的近交现象,有待进一步加强引进基因资源,创新绿豆育种材料;构建绿豆SSR指纹图谱和分子身份证,对绿豆品种真伪鉴定、身份识别、溯源管理及原产地保护具有重要意义。 展开更多
关键词 ssr荧光标记 绿豆 遗传多样性分析 指纹图谱构建
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利用荧光标记SSR绘制中国芍药品种分子身份证 被引量：17
7
作者 张嘉 刘爱青 +2 位作者 张淑玲 解莹然 刘燕 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期101-109,共9页
为了开发芍药品种分子鉴定方法,本研究采用SSR标记技术,在目前芍药SSR引物开发较少的情况下,采用文献相关引物84对,并结合自行设计的27对引物,将6%非变性聚丙烯酰胺凝胶与四重荧光毛细管电泳技术相结合,从111对引物中筛选出29对扩增稳... 为了开发芍药品种分子鉴定方法,本研究采用SSR标记技术,在目前芍药SSR引物开发较少的情况下,采用文献相关引物84对,并结合自行设计的27对引物,将6%非变性聚丙烯酰胺凝胶与四重荧光毛细管电泳技术相结合,从111对引物中筛选出29对扩增稳定、多态性高的核心引物;共检测到223个SSR等位位点,平均每对引物为7.69个,有效等位基因数（Ne）为3.658±0.328,Shannon多样性指数（I）为1.371±0.104,观测杂合度（Ho）为0.532±0.045,期望杂合度（He）为0.645±0.036,多态性信息含量PIC值介于0.20～0.84,平均0.60。基于最少引物鉴定最多种质的原则,按照PIC值由高到低顺序串联排序的方式,最终筛选出4对SSR引物（Pmg153、Knu73、Pmg209、J38）。结果表明：筛选出的4对SSR引物组合可以有效鉴定66个芍药品种;采用个位数字和大写英文字母结合对不同带型进行编码,成功绘制了66个中国传统芍药品种的分子身份证。本研究为芍药品种鉴定提供了一种快速、准确与高效的分子检测方法,也有助于中国传统芍药品种的遗传改良与芍药新品种保护。 展开更多
关键词 芍药 ssr荧光标记 分子身份证 品种鉴定
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42份云南玉米自交系基于SSR荧光标记的遗传多样性分析 被引量：10
8
作者 张鹏 管俊娇 +5 位作者 黄清梅 王江民 杨晓洪 刘艳芳 张建华 毛进 《江西农业学报》 CAS 2019年第10期29-33,共5页
通过分析云南常用42份玉米自交系品种的遗传多样性,以及云南近些年新育成自交系的遗传背景,为云南地区玉米育种提供参考依据。利用30对SSR多态性引物,对42个玉米自交系品种进行等位基因多样性和聚类分析,共检测到277个等位基因变异,平... 通过分析云南常用42份玉米自交系品种的遗传多样性,以及云南近些年新育成自交系的遗传背景,为云南地区玉米育种提供参考依据。利用30对SSR多态性引物,对42个玉米自交系品种进行等位基因多样性和聚类分析,共检测到277个等位基因变异,平均每个位点检测到的等位基因数为9.2个,变化范围4~17个,片段大小介于86~434 bp之间,每个SSR位点的多肽信息量(PIC)在0.7008~0.9979之间,平均为0.9712。基于UPGMA进行遗传聚类分析,供试材料分类不明显,遗传相似系数均大于0.82,遗传相似度较高。目前由于大部分的玉米自交系品种都由骨干自交系而来,品种资源狭窄、遗传多样性不够丰富,导致新育成的玉米品种遗传背景相似,血缘关系相近,因此亟需在品种资源的有效利用、资源评价、材料共享和交流等方面开展相关工作,促进玉米种业发展。 展开更多
关键词 玉米 ssr荧光标记 遗传多样性
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梨多倍体种质资源的鉴定 被引量：2
9
作者 齐丹 田路明 +8 位作者 董星光 张莹 霍宏亮 徐家玉 刘超 张小双 詹俊宇 张思梦 曹玉芬 《中国果树》 北大核心 2023年第6期10-15,共6页
使用SSR荧光分子标记技术与流式细胞术相结合的方法,对保存于国家果树种质兴城梨、苹果圃内的100份梨种质资源进行倍性鉴定。结果表明:共鉴定出18份新的梨多倍体种质,其中三倍体梨种质17份,二、三倍体嵌合体1份;4份存在争议的三倍体种质... 使用SSR荧光分子标记技术与流式细胞术相结合的方法,对保存于国家果树种质兴城梨、苹果圃内的100份梨种质资源进行倍性鉴定。结果表明:共鉴定出18份新的梨多倍体种质,其中三倍体梨种质17份,二、三倍体嵌合体1份;4份存在争议的三倍体种质,分别是其力阿木提、骚梨、六月鲜、窝窝。少量SSR位点的多等位基因扩增不能作为梨多倍体种质资源的判断依据,多个SSR位点的3个等位基因扩增,并结合流式细胞术可以准确鉴别梨多倍体种质资源。 展开更多
关键词 梨种质资源 ssr荧光标记 流式细胞术
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