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适合可变剪接研究的转录组序列分析策略 被引量：1
1
作者 王正志 李稚锋 +4 位作者 杭兴宜 毛逸清 骆志刚 赵东升 张成岗 《国防科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第4期37-42,共6页
规模化基因表达实验所产生的大量与生物组织特定时空状态相关的cDNA和表达序列标签(EST)等信息可用于新基因的发现、基因表达模式分析和基因组的注释,从而可为转录组研究提供实验设计和结果分析的参考标准。真核基因可变剪接的普遍性及... 规模化基因表达实验所产生的大量与生物组织特定时空状态相关的cDNA和表达序列标签(EST)等信息可用于新基因的发现、基因表达模式分析和基因组的注释,从而可为转录组研究提供实验设计和结果分析的参考标准。真核基因可变剪接的普遍性及其在机体生理与病理过程中的重要作用,使得可变剪接的系统分析已成为功能基因组研究中的热点之一。在面临海量表达数据的指数增长和不断有新的基因组获得测序的情况下,实现转录组序列分析的规模化、自动化计算迫在眉睫。讨论不同转录组分析系统中的数据分析算法及其计算需求,并提出适用于大规模可变剪接分析的策略。 展开更多
关键词 转录组 est聚类 est装配 可变剪接 高性能计算
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雷蒙德氏棉和亚洲棉SSR重复序列类型和丰度差异比较 被引量：2
2
作者 董薇 杜雄明 赖童飞 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2008年第6期418-424,共7页
利用生物信息学相关方法对NCBI数据库中39277条亚洲棉(Gossypium arboretum L.)及63588条雷蒙德氏棉(Gossypium raimondiiL.)的EST序列共计64.08Mb(约相当于基因组的6.02%)分别进行拼接,比较分析了两棉种简单重复序列的重复类型及丰度... 利用生物信息学相关方法对NCBI数据库中39277条亚洲棉(Gossypium arboretum L.)及63588条雷蒙德氏棉(Gossypium raimondiiL.)的EST序列共计64.08Mb(约相当于基因组的6.02%)分别进行拼接,比较分析了两棉种简单重复序列的重复类型及丰度差异。结果表明:拼接后的一致性序列中,亚洲棉比雷蒙德氏棉存在较高比例的单条序列簇;亚洲棉一至六碱基6种重复类型的SSR间隔距离分别比雷蒙德氏棉的大;亚洲棉中二到六碱基等5种重复类型的比例高于雷蒙德氏棉,但单碱基重复类型比例低于雷蒙德氏棉;两棉种的单碱基、四碱基和六碱基重复类型的优势重复基序和丰度也不同。因此,认为利用四、五、六碱基三种重复类型设计的SSR引物可以有效地鉴定亚洲棉和雷蒙德氏棉的基因组差异。对四倍体棉种的A、D亚组供体棉种中SSR的差异分析,为SSR标记开发、棉种起源和进化的深入研究提供更多有用的信息。 展开更多
关键词 雷蒙德氏棉 亚洲棉 est拼接 SSR丰度
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杉木转录组SSR挖掘及EST-SSR标记规模化开发 被引量：34
3
作者 文亚峰 韩文军 +1 位作者 周宏 徐刚标 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第11期40-49,共10页
【目的】为解决杉木SSR标记数量不足、已开发的位点多态性较差等问题,以杉木转录组测序数据为基础,结合多重PCR技术批量挖掘SSR,规模化开发EST-SSR位点,为杉木分子遗传学研究奠定良好基础。【方法】杉木转录组序列数据（Accession：SRX1... 【目的】为解决杉木SSR标记数量不足、已开发的位点多态性较差等问题,以杉木转录组测序数据为基础,结合多重PCR技术批量挖掘SSR,规模化开发EST-SSR位点,为杉木分子遗传学研究奠定良好基础。【方法】杉木转录组序列数据（Accession：SRX151872）从NCBI的SRA数据库下载。利用CLC和CMi B软件批量挖掘SSR位点;利用四色荧光标记通用引物多重PCR（multiplex-PCR）技术实现SSR标记的规模化开发。【结果】杉木转录组de novo assembly序列拼接共得到35 633个contigs,总长度31.5 Mb,其中最小拼接长度155 bp,最大23 794 bp,平均长度884 bp。得到2 156个SSR位点,分布于1 822个contigs中,其中256个contigs中包含1个以上SSR位点,复合型SSR数量为118个,SSR平均分布密度为68.4个/Mb。不同SSR重复单元（motif）中,三核苷酸SSR重复单元数量最多,占总数的41.7%。批量引物设计得到1 582个有效位点的引物对,占SSR位点总数的73.4%。利用四色荧光标记通用引物多重PCR检测技术,对35个候选标记位点进行多态性检测,其中28个位点具有多态性,多态性位点比例达到80%,检测位点多态信息含量（PIC）平均值为0.573,表明所开发的EST-SSR位点具有很高的多态性。PCA分析结果表明,28个EST-SSR多态性位点具有很强的鉴别杉木不同地理种源,甚至同一种源不同单株的能力。【结论】将转录组SSRs挖掘和四色荧光标记通用引物多重PCR技术相结合,成功建立杉木EST-SSR高效开发流程和方法,得到较多高质量的EST-SSR标记位点,这些位点已用于后续杉木遗传多样性保护研究。与传统SSR标记位点开发技术相比较,转录组海量序列为高质量多态性位点的选择可提供充足的数据保证。四色荧光标记通用引物基因分型结果清晰、稳定可靠,不但试验成本仅为原来的10%-15%,而且结合多重PCR扩增技术,可使试验效率提高5-6倍。新方法的建立和应用不仅能促进杉木 展开更多
关键词 杉木 微卫星标记 est-SSR 转录组 序列从头拼接
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表达序列标签(EST)分析方法及在植物抗病研究中的应用 被引量：1
4
作者 吕桂云 张海英 +1 位作者 郭绍贵 许勇 《中国农学通报》 CSCD 北大核心 2010年第8期56-62,共7页
在国际最大公共数据库GenBank的dbEST数据库中收录了大量各种生物的ESTs,这些大量的EST序列对发现、克隆和定位新基因,构建遗传图谱,开发分子标记,研究基因差异表达、功能及基因间互作是非常有价值的资源。为了充分挖掘EST数据资源所蕴... 在国际最大公共数据库GenBank的dbEST数据库中收录了大量各种生物的ESTs,这些大量的EST序列对发现、克隆和定位新基因,构建遗传图谱,开发分子标记,研究基因差异表达、功能及基因间互作是非常有价值的资源。为了充分挖掘EST数据资源所蕴含的生物学信息,掌握系统的分析方法对其研究显得尤为重要。参照目前广泛运用的多种EST数据分析软件,系统地简述了EST的序列分析方法,主要包括EST的序列分析前处理、序列的聚类拼接以及注释、功能分类,指出应根据EST数据的特征来选择合适的序列分析软件,并阐释EST技术在植物抗病基因的发现、克隆和定位研究中的应用。 展开更多
关键词 表达序列标签 序列拼接 功能注释 应用
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表达序列标签拼接及验证研究进展 被引量：1
5
作者 陈廷贵 朱云平 贺福初 《军事医学科学院院刊》 CSCD 北大核心 2004年第5期488-491,共4页
后基因组时代已经来临 ,基因组序列注释是其主要目标之一。本文就查找EST同源序列方法、各类拼接软件优缺点、现有转录组数据库和预测的蛋白质组数据库、全长cDNA判断方法及ORF选择等方面进行综述 ,并讨论基因预测方面的困难和不足及任... 后基因组时代已经来临 ,基因组序列注释是其主要目标之一。本文就查找EST同源序列方法、各类拼接软件优缺点、现有转录组数据库和预测的蛋白质组数据库、全长cDNA判断方法及ORF选择等方面进行综述 ,并讨论基因预测方面的困难和不足及任务的长期性。 展开更多
关键词 表达序列标签 电子拼接及验证 全长CDNA 基因组
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