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延边黄牛背最长肌差异表达基因的筛选、克隆及序列分析 被引量：10
1
作者 田万年 张守发 +3 位作者 李香子 高青山 金鑫 严昌国 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期1219-1224,共6页
应用引物复性控制技术筛选肌内脂肪含量差异极显著的延边黄牛背最长肌组织差异表达基因,寻找与肌内脂肪沉积的相关候选基因。文章选取30头28月龄延边黄牛阉牛的背最长肌组织测定肌内脂肪含量,选取肌内脂肪含量差异极显著的最高和最低各... 应用引物复性控制技术筛选肌内脂肪含量差异极显著的延边黄牛背最长肌组织差异表达基因,寻找与肌内脂肪沉积的相关候选基因。文章选取30头28月龄延边黄牛阉牛的背最长肌组织测定肌内脂肪含量,选取肌内脂肪含量差异极显著的最高和最低各3头组成RNA池,采用引物复性控制技术,分析了两组个体背最长肌组织差异表达基因。利用20对随机引物差异显示扩增下,共获得12条ESTs(片段大小为200～890 bp),其中8个为已知的ESTs分别与细胞骨架形成、细胞因子信号转导、蛋白质合成、能量代谢和其他功能的差异基因,4个未知的ESTs。结果表明,应用引物复性控制技术筛选得到了12个可能参与了肌内脂肪沉积调控的ESTs,为进一步筛选肌内脂肪沉积相关的基因奠定了基础。 展开更多
关键词 延边黄牛 背最长肌 肌内脂肪 引物复性控制技术 差异表达基因
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偏头痛皮质扩散性抑制的差异表达基因生物信息分析和治疗药物预测 被引量：7
2
作者 周艳杰 张莉莉 +2 位作者 杨柳 王月 肖哲曼 《中国实用神经疾病杂志》 2022年第3期276-282,共7页
目的对家族性偏瘫性偏头痛1型(FHM1)小鼠诱发CSD后皮质转录本中发现的差异表达基因(DEGs)进行生物信息学分析和治疗药物预测。方法利用R软件中的Deseq2包从基因芯片公共数据库(GEO)发表的FHM1小鼠诱发CSD后皮质转录本中筛选出DEGs和基... 目的对家族性偏瘫性偏头痛1型(FHM1)小鼠诱发CSD后皮质转录本中发现的差异表达基因(DEGs)进行生物信息学分析和治疗药物预测。方法利用R软件中的Deseq2包从基因芯片公共数据库(GEO)发表的FHM1小鼠诱发CSD后皮质转录本中筛选出DEGs和基因本体论(GO)功能富集分析,并利用clusterProfiler包进行信号通路功能富集分析(GSEA)以及STRING 11.0、CMap等分析平台构建蛋白质相互作用网络和化合物预测,同时利用Cytoscape中的cytohubba插件筛选出核心DEGs并对其进行功能注释。结果FHM1型小鼠CSD发作后共筛选出155个上调基因和35个下调基因。DEGs主要富集于细胞通讯、小分子GTP酶介导的信号转导、轴突的发育以及细胞内转运的调节等生物学过程和一些免疫炎症反应相关通路以及microRNA、细胞因子信号通路上,并筛选出芹菜素、1,4-屈烯醌、非诺特罗等可逆转DEGs的小分子化合物。结论FHM1型小鼠CSD发作后与健康对照组小鼠相比DEGs存在明显差异。多个信号通路、多个蛋白质相互作用方式为理解偏头痛CSD发作后皮质的病理过程提供了帮助。 展开更多
关键词 家族性偏瘫性偏头痛1型 差异表达基因 生物信息学 富集分析 药物预测
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菜心响应高温胁迫的转录组分析与基因挖掘
3
作者 江定 李光光 +4 位作者 袁凡崇 雷世康 张华 戴修纯 郑岩松 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期766-783,共18页
【目的】探索菜心响应高温胁迫的转录组分析及基因挖掘,为筛选响应高温胁迫的菜心耐热基因及耐热菜心分子育种提供参考依据。【方法】以菜心耐热品种四九-19号和热敏品种特青迟心4号2个耐热性差异明显的菜心品种为试验材料,经高温(42℃... 【目的】探索菜心响应高温胁迫的转录组分析及基因挖掘,为筛选响应高温胁迫的菜心耐热基因及耐热菜心分子育种提供参考依据。【方法】以菜心耐热品种四九-19号和热敏品种特青迟心4号2个耐热性差异明显的菜心品种为试验材料,经高温(42℃)胁迫处理后,对植株地上部和地下部共24个样本基因进行转录组测序,筛选出差异表达基因(DEGs),利用COG、GO、KEGG、KOG、Pfam、Swiss-Prot、eggNOG和Nr生物数据库中对DEGs进行功能注释,筛选响应高温胁迫的热激转录因子和热激蛋白,同时利用实时荧光定量PCR验证重要基因表达情况,并分析其启动子区顺式作用元件。【结果】通过RNA-Seq在24个样本中共获得207.18 Gb的Clean bases和47462个DEGs;8个功能注释数据库均得到注释的仅2663个DEGs,Nr数据库中得到注释的DEGs最多,为47324个,占比99.71%;4个样本比较组中剔除重复DEGs,获得15761个DEGs。GO功能注释结果显示,DEGs富集到生物过程、细胞组分和分子功能三大类;KEGG信号通路富集结果表明,植物激素信号转导、碳代谢和氨基酸的生物合成信号通路最为富集。在|log2Fold Change|≥8且P<0.001的高DEGs筛选标准下,4个比较组有141个DEGs共表达,38个基因在四九-19号菜心特有表达,54个基因在特青迟心4号菜心特有表达;采用Nr、Pfam和Swiss-Prot等数据库对2个菜心品种共有表达和特有表达的共233个DEGs进行功能注释分析,获得响应高温胁迫9个热激转录因子基因和25个热激蛋白基因;最终筛选出10个与响应高温胁迫高度相关的DEGs;10个DEGs的实时荧光定量PCR验证结果显示,基因表达趋势与RNA-Seq数据结果一致;通过启动子区顺式作用元件分析结果显示,10个DEGs存在多种响应环境和激素信号的顺式作用元件。【结论】筛选获得10个与响应高温诱导相关且显著上调的重要候选基因,其启动子区域含有多种响应环境和激素信号的顺� 展开更多
关键词 菜心 高温胁迫 转录组测序 差异表达基因(degs) 基因挖掘
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锌指蛋白作为关键蛋白在白血病患者的间充质干细胞中的表达改变
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作者 李浩江 赵小飞 王桂琴 《药物生物技术》 CAS 2023年第5期470-477,共8页
探究白血病患者中间充质干细胞(MSC)关键基因并分析其与白血病之间的关联,在数据库(GEO)搜索关键词“间充质干细胞、白血病”得到数据,R语言软件对GSE101425阵列数据处理得到MSC的基因表达情况。通过limma包筛选出组间差异基因(包括对... 探究白血病患者中间充质干细胞(MSC)关键基因并分析其与白血病之间的关联,在数据库(GEO)搜索关键词“间充质干细胞、白血病”得到数据,R语言软件对GSE101425阵列数据处理得到MSC的基因表达情况。通过limma包筛选出组间差异基因(包括对照组和诊断组之间差异基因、诊断组和复发组之间的差异基因),随后两组间差异基因通过String在线数据库分析得到蛋白质互作网络(PPI)。在此基础上通过PPI对已有的差异基因进行扩充,将扩充后的差异基因上传至DAVID在线数据库进行在线生物学分析(包括生物学过程、细胞成分、分子功能、KEGG)。在随后的分析中,取两组之间的差异基因的集合,并定义其为关键差异基因,利用UniGene搜索库对锌指蛋白进行细胞亚结构的定位。在最后的动物实验中,通过细胞学染色和蛋白质印迹技术(WB)对关键差异基因进行验证。最后将锌指蛋白上传至String数据库并分析相关蛋白在白血病发生过程中的改变。GSE101425数据集包括4组,对照组比较诊断组间共有差异基因35个,其中表达升高17个,表达降低18个;诊断组比较复发组共有差异基因15个,其中表达升高有9个,表达降低有6个。String数据库对差异基因进行扩充后,对照组比较诊断组共有差异基因60个,诊断组比较复发组共有差异基因35个。DAVID对前者差异基因分析后其集中于免疫应答(生物功能)、细胞质膜(细胞成分)、蛋白结合(分子功能)、细胞粘附(KEGG)。DAVID对后者差异基因分析后其集中于mRNA剪切(生物功能)、核质(细胞成分)、蛋白结合(分子功能)、剪切(KEGG)。两组差异基因取交集得到4个关键差异基因,并对差异基因中关键基因锌指蛋白(ZFPM2)进行体外细胞学实验验证,发现白血病患者中间充质干细胞的改变和白血病的发生呈负相关,ZFPM2主要存在于细胞核中。并同时String数据库搜索ZFPM2相关蛋白,验� 展开更多
关键词 白血病 R语言 生物信息学分析 间充质干细胞 差异基因 关键差异基因 锌指蛋白
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不同发育阶段延边黄牛阉牛背最长肌差异表达基因的筛选 被引量：1
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作者 田万年 李香子 +2 位作者 夏广军 金鑫 严昌国 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2017年第3期40-44,共5页
应用引物退火控制技术(ACP)筛选8月龄和30月龄延边黄牛阉牛背最长肌差异表达基因,寻找与延边黄牛生长发育相关的候选基因。相同饲养条件下,分别检测3头8月龄和30月龄延边黄牛阉牛背最长肌组织的m RNA表达水平变化。利用20对随机引物差... 应用引物退火控制技术(ACP)筛选8月龄和30月龄延边黄牛阉牛背最长肌差异表达基因,寻找与延边黄牛生长发育相关的候选基因。相同饲养条件下,分别检测3头8月龄和30月龄延边黄牛阉牛背最长肌组织的m RNA表达水平变化。利用20对随机引物差异显示扩增,共获得9条ESTs。对Telethonin、MYH7、MSTN、Camk2d和SPP1基因进行荧光定量PCR检测。结果表明:MYH7、MSTN和SPP1基因在8月龄阉牛组背最长肌中的表达量显著高于30月龄(P<0.05);Telethonin和Camk2d在30月龄阉牛背最长肌中的表达量显著高于8月龄(P<0.05)。结果提示,这些基因可能是影响延边黄牛生长及肉质性状的重要调控基因。 展开更多
关键词 延边黄牛 引物退火控制技术 差异表达基因 荧光定量PCR
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