为了解降香黄檀叶绿体基因组密码子使用模式,该文利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对降香黄檀叶绿体基因组中的52条基因编码序列密码子进行中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明:降香黄檀叶绿体基因组密码子的3个位置上GC含量依...为了解降香黄檀叶绿体基因组密码子使用模式,该文利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对降香黄檀叶绿体基因组中的52条基因编码序列密码子进行中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明:降香黄檀叶绿体基因组密码子的3个位置上GC含量依次为GC1(46.01%)>GC2(38.98%)>GC3(27.80%)。有效密码子数(ENC)范围为37.66~54.43,及ENC值>45的有37个;RSCU>1的密码子有29个,其中16个以U结尾、12个以A结尾。这些说明其偏好以A和U结尾,且偏性较弱。中性绘图分析显示GC12与GC3的相关系数为0.250,相关性不显著,回归系数为0.394;ENC-plot分析显示ENC比值位于-0.05~0.05区间外的基因有38个;PR2-plot分析说明在碱基的使用频率方面,U>A、G>C,说明降香黄檀叶绿体基因组密码子偏好性主要受选择的影响;19个密码子被确定为最优密码子。该研究为降香黄檀叶绿体基因工程、遗传多样性分析等研究提供了科学参考依据。展开更多
降香黄檀（Dalbergia odorifera T．Chen），又名黄花梨，是蝶形花科黄檀属的一种半落叶乔木，为我国名贵的特种商品材，国产天然分布的两种珍稀红木树种之一；另一种为黑黄檀（Dalbergia fuscavar．enneandra Zou et Liu），属国家二...降香黄檀（Dalbergia odorifera T．Chen），又名黄花梨，是蝶形花科黄檀属的一种半落叶乔木，为我国名贵的特种商品材，国产天然分布的两种珍稀红木树种之一；另一种为黑黄檀（Dalbergia fuscavar．enneandra Zou et Liu），属国家二级保护树种,原产于海南岛。目前，受经济利益的驱使，降香黄檀盗砍乱伐现象非常严重，保存的优质资源极度贫乏。展开更多
文摘为了解降香黄檀叶绿体基因组密码子使用模式,该文利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对降香黄檀叶绿体基因组中的52条基因编码序列密码子进行中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明:降香黄檀叶绿体基因组密码子的3个位置上GC含量依次为GC1(46.01%)>GC2(38.98%)>GC3(27.80%)。有效密码子数(ENC)范围为37.66~54.43,及ENC值>45的有37个;RSCU>1的密码子有29个,其中16个以U结尾、12个以A结尾。这些说明其偏好以A和U结尾,且偏性较弱。中性绘图分析显示GC12与GC3的相关系数为0.250,相关性不显著,回归系数为0.394;ENC-plot分析显示ENC比值位于-0.05~0.05区间外的基因有38个;PR2-plot分析说明在碱基的使用频率方面,U>A、G>C,说明降香黄檀叶绿体基因组密码子偏好性主要受选择的影响;19个密码子被确定为最优密码子。该研究为降香黄檀叶绿体基因工程、遗传多样性分析等研究提供了科学参考依据。
文摘降香黄檀（Dalbergia odorifera T．Chen），又名黄花梨，是蝶形花科黄檀属的一种半落叶乔木，为我国名贵的特种商品材，国产天然分布的两种珍稀红木树种之一；另一种为黑黄檀（Dalbergia fuscavar．enneandra Zou et Liu），属国家二级保护树种,原产于海南岛。目前，受经济利益的驱使，降香黄檀盗砍乱伐现象非常严重，保存的优质资源极度贫乏。
