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DNA测序技术方法研究及其进展 被引量:18
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作者 谢浩 赵明 +3 位作者 胡志迪 王大巾 孟旭莉 丁先锋 《生命的化学》 CAS CSCD 2015年第6期811-816,共6页
DNA测序技术发明于20世纪70年代,经过40多年的发展,现已成为分子生物学领域最常用的DNA研究方法之一。本文对第一代和第二代的DNA测序技术进行介绍,着重阐述其原理和发展历程,以及应用的主要领域。在此基础上对第三代DNA测序技术进行比... DNA测序技术发明于20世纪70年代,经过40多年的发展,现已成为分子生物学领域最常用的DNA研究方法之一。本文对第一代和第二代的DNA测序技术进行介绍,着重阐述其原理和发展历程,以及应用的主要领域。在此基础上对第三代DNA测序技术进行比较,为研究人员今后进行相关研究提供参考。 展开更多
关键词 第一代测序 第二代测序 第三代测序 dna测序技术 单分子测序
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DNA测序技术及其应用研究进展 被引量:16
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作者 刘朋虎 林冬梅 +1 位作者 林占熺 李晶 《福建农业学报》 CAS 2012年第10期1130-1133,共4页
本文首先介绍了第一代、第二代、第三代DNA测序技术的原理、特点,在此基础上介绍了第二代测序技术在基因组测序、重测序,RNA测序,宏基因组,DNA甲基化等方面的应用。第一代测序技术以Sanger测序法为代表,操作繁琐、成本较高,不能满足大... 本文首先介绍了第一代、第二代、第三代DNA测序技术的原理、特点,在此基础上介绍了第二代测序技术在基因组测序、重测序,RNA测序,宏基因组,DNA甲基化等方面的应用。第一代测序技术以Sanger测序法为代表,操作繁琐、成本较高,不能满足大规模测序的需要。第二代测序技术以高通量、低成本为主要特点,主要包括Illumina公司的Solexa测序技术、罗氏公司的454测序技术和ABI公司的SOLiD测序技术,目前已广泛应用于生命科学研究的各个领域。第三代测序技术以单分子测序为主要特点,目前已经初见端倪,但是还没有被大规模广泛应用。 展开更多
关键词 dna测序技术 第二代测序技术 第三代测序技术 高通量 基因组学
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DNA测序技术概述 被引量:12
3
作者 占爱瑶 罗培高 《生物技术通讯》 CAS 2011年第4期584-588,共5页
DNA测序技术作为现代生命科学研究的核心技术之一,自上世纪70年代中期DNA发明以来发展迅速。我们简要综述现有的几代DNA测序技术的原理及其发展历程,并对未来可能出现的第三代测序进行预测。
关键词 dna测序 新一代测序 单分子测序 直接测序
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固态纳米孔:下一代DNA测序技术——原理、工艺与挑战 被引量:12
4
作者 陈文辉 罗军 赵超 《中国科学:生命科学》 CSCD 北大核心 2014年第7期649-662,共14页
固态纳米孔测序技术作为新兴的第四代DNA测序技术,具有低成本、高读长、易集成等优势.如今,随着半导体工艺技术的飞速发展,小型化、高速度、大通量的纳米孔测序芯片的实现成为可能.相比传统的测序技术,固态纳米孔测序技术在成本、速度... 固态纳米孔测序技术作为新兴的第四代DNA测序技术,具有低成本、高读长、易集成等优势.如今,随着半导体工艺技术的飞速发展,小型化、高速度、大通量的纳米孔测序芯片的实现成为可能.相比传统的测序技术,固态纳米孔测序技术在成本、速度等方面有着十分巨大的优势.然而,作为一种新兴的测序技术,固态纳米孔在制造、测序、集成等方面也存在着诸多挑战.本文主要介绍了纳米孔测序技术的原理、制备工艺和面临的挑战,并展望了未来纳米孔测序技术的发展前景. 展开更多
关键词 固态纳米孔 dna测序 缩孔技术
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高通量测序技术在肉类掺假检测中的应用进展 被引量:9
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作者 甘永琦 卢曼曼 +1 位作者 赖青鸟 朱斌 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期411-426,共16页
肉类掺假现象普遍存在,导致严重的公共卫生风险和侵犯宗教信仰行为。快速、有效、准确和可靠的检测技术是有效监管肉类掺假的关键手段。近年来,基于高通量测序的DNA宏条形码技术发展迅速,具有高通量、高精度和速度快等特点,并且可以实... 肉类掺假现象普遍存在,导致严重的公共卫生风险和侵犯宗教信仰行为。快速、有效、准确和可靠的检测技术是有效监管肉类掺假的关键手段。近年来,基于高通量测序的DNA宏条形码技术发展迅速,具有高通量、高精度和速度快等特点,并且可以实现复杂样品中多个物种的同时检测,因而在肉类及其制品的掺假检测方面具有明显的优势。文中介绍了近20年来高通量测序技术的主要发展历程、DNA宏条形码的技术特点和研究方法,综述了近年来DNA宏条形码技术在肉类掺假检测中的应用,讨论分析了DNA宏条形码技术应用于肉类掺假检测领域面临的挑战,并对该技术的未来发展趋势进行了展望。 展开更多
关键词 高通量测序 dna条形码 宏条形码技术 肉类掺假 物种鉴定 食品安全
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Corrigendum to ‘Nanopore-based Fourth-generation DNA Sequencing Technology' [GPB 144(2015)–GPB 13/1(4–16)] 被引量:9
6
作者 Yanxiao Feng Yuechuan Zhang +2 位作者 Cuifeng Ying Deqiang Wang Chunlei Du 《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》 SCIE CAS CSCD 2015年第3期200-201,共2页
The authors regret that there were typos in the online version of Figure 4 published in Issue 1,2015.In the figure legend boxes of panels F and G,‘‘Ni’’should be corrected to‘‘N’’for the labeling of the green ... The authors regret that there were typos in the online version of Figure 4 published in Issue 1,2015.In the figure legend boxes of panels F and G,‘‘Ni’’should be corrected to‘‘N’’for the labeling of the green curves.The figure in the printed version has been corrected.The correct Figure 4 is shown below.The authors would like to apologize for any inconvenience caused. 展开更多
关键词 EELS Figure Corrigendum to GPB 13/1 GPB 144 Nanopore-based Fourth-generation dna sequencing technology
全文增补中
水生生物环境DNA监测技术的发展、应用与标准化 被引量:2
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作者 谷思雨 陈凯 +13 位作者 金小伟 李文攀 陈晓飞 熊晶 汤敏喆 姜传奇 熊杰 李涛 张琪 崔永德 曾宏辉 何舜平 王业耀 缪炜 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1443-1458,共16页
水生态系统是保障国家生态安全的重要基础。水生生物在水生态系统中扮演着核心角色,是研究水体演变的重要依据,是维护水生态健康的关键。传统水生生物调查和监测通常采用形态学方法,但其存在专业知识要求高、难以标准化和自动化及费时... 水生态系统是保障国家生态安全的重要基础。水生生物在水生态系统中扮演着核心角色,是研究水体演变的重要依据,是维护水生态健康的关键。传统水生生物调查和监测通常采用形态学方法,但其存在专业知识要求高、难以标准化和自动化及费时耗力等缺陷。环境DNA(Environmental DNA,简称eDNA)技术是一种通过监测环境中存在的DNA片段来识别特定生物物种的方法,可以实现基于水体中DNA分子进行水生生物的鉴定和监测,为水生生物的常态化监测提供了一个准确、便捷、可标准化和自动化实施的方案。文章介绍了eDNA技术的基本原理,总结回顾了eDNA技术从萌芽到广泛科研应用的发展历史和过程,介绍了基于eDNA的宏条形码和宏基因组等各类水生生物鉴定监测技术;阐述了eDNA技术在保护种、入侵种及生物类群监测和水生态评估等各领域的应用;分析了eDNA技术当前面临的物种参考序列数据库不完善等各类挑战;提出了通过优化完善数据库、样品采集方法、评价指标和参数、样品保藏、数据分析和存储等来推动eDNA技术标准化和自动化,以解决当前面临的挑战。同时,基于eDNA技术当前的发展阶段,提出了在我国水体结合专业形态分类鉴定开展水生生物eDNA技术标准化监测的实施建议。 展开更多
关键词 环境dna技术 标准化 水生生物监测 宏条形码测序技术 宏基因组测序技术 edna数据库
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中药材鹿心分子鉴定方法及检测试剂的研究 被引量:6
8
作者 王艳双 姜海瀛 +5 位作者 刘美琳 高丽君 李明成 孙丽媛 张丽华 艾金霞 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期544-551,共8页
目的建立中药材鹿心DNA指纹鉴定方法,研发鹿心DNA检测试剂盒。方法以梅花鹿和马鹿mtDNA Cytb基因作为靶基因,设计小片段特异性引物,研制鹿心DNA提取及PCR检测试剂;应用分子克隆及测序技术,克隆鹿心对照药材;并对试剂的特异性、重现性、... 目的建立中药材鹿心DNA指纹鉴定方法,研发鹿心DNA检测试剂盒。方法以梅花鹿和马鹿mtDNA Cytb基因作为靶基因,设计小片段特异性引物,研制鹿心DNA提取及PCR检测试剂;应用分子克隆及测序技术,克隆鹿心对照药材;并对试剂的特异性、重现性、稳定性及灵敏度进行考察;对市售鹿心样品进行真伪鉴定。结果自主研发的试剂提取鹿心的DNA浓度纯度均达到PCR的要求;在退火温度为63℃时引物的特异性最强;克隆测序后的鹿心DNA序列与鹿心mtDNA Cytb特异指纹区段序列一致;自主研发的试剂重现性、稳定性良好,灵敏度达到0.5%;对市售30个鹿心样品进行检测,伪品率为40%。结论建立的鹿心DNA指纹鉴定方法特异、准确、可靠,研制的鹿心DNA检测试剂盒操作简便、结果稳定。 展开更多
关键词 鹿心 dna指纹鉴定 dna检测试剂盒 分子克隆 测序技术
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第三代测序细菌基因组DNA提取方法的比较 被引量:6
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作者 穰杰 李莉 +4 位作者 唐琼 杨琦 何恋 丁学知 夏立秋 《湖南师范大学自然科学学报》 CAS 北大核心 2015年第6期14-20,共7页
为筛选有效提取细菌菌株总DNA的方法,分别采用SDS法、CTAB-SDS法、试剂盒法和改良试剂盒法对苏云金芽胞杆菌、粘细菌和放线菌进行总DNA的提取、电泳检测、NanoDrop 2000测定、PCR扩增.对放线菌和苏云金芽胞杆菌,用改良试剂盒法所提取的... 为筛选有效提取细菌菌株总DNA的方法,分别采用SDS法、CTAB-SDS法、试剂盒法和改良试剂盒法对苏云金芽胞杆菌、粘细菌和放线菌进行总DNA的提取、电泳检测、NanoDrop 2000测定、PCR扩增.对放线菌和苏云金芽胞杆菌,用改良试剂盒法所提取的总DNA纯度较高,电泳条带清晰,DNA主带位于23 kb,单位体积菌液所提取到的总DNA较SDS法和CTAB-SDS法高,能满足下游的PCR扩增等分子操作.对待测样品所做的质检报告也证实样品合格,可用于后续建库、测序.而粘细菌提取到的总DNA由于它们的OD260/230在2.0以下,没有达到第三代测序样品的要求.改良试剂盒法所提取到的总DNA大多数可以满足第三代测序技术样品制备的要求. 展开更多
关键词 第三代测序技术 dna提取方法 CTAB-SDS法 改良溶液型试剂盒法
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利用SLAF-seq技术开发带鱼(Trichiurus japonicus)微卫星标记以及跨物种扩增检测 被引量:6
10
作者 张浩冉 梁镇邦 +6 位作者 吴仁协 牛素芳 柯宗宇 宿帅 韦欢 王权 孙贝 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期574-585,共12页
带鱼(Trichiurus japonicus)是广泛分布于东亚大陆架海域的暖温性近底层鱼类,长期位居我国单鱼种渔获量第一位。自上世纪70年代以来,持续过度捕捞和海洋环境变化导致中国近海带鱼资源基础和遗传多样性受到严重影响,但有关带鱼种群的微卫... 带鱼(Trichiurus japonicus)是广泛分布于东亚大陆架海域的暖温性近底层鱼类,长期位居我国单鱼种渔获量第一位。自上世纪70年代以来,持续过度捕捞和海洋环境变化导致中国近海带鱼资源基础和遗传多样性受到严重影响,但有关带鱼种群的微卫星DNA标记研究却较为缺乏,不利于该物种遗传资源评估和保护。为此,本研究采用基于高通量测序平台的SLAF-seq技术,从带鱼的195 308个SLAF标签中识别出25 704个二至六碱基重复微卫星位点。经过引物扩增验证,最终筛选出36个具有多态性的微卫星标记。各位点等位基因数4~35,均值14.47。观测杂合度0.214~1.000,期望杂合度0.456~0.979,均值分别为0.620和0.803。所有位点的多态信息含量值均大于0.25。经Bonferroni校正,21个位点符合哈迪-温伯格平衡,且各位点间不存在连锁不平衡。这21个多态性微卫星标记可为带鱼的种群遗传资源研究提供新的有效分子标记和技术支撑。Bottleneck分析结果表明,宁波近海带鱼群体未检测到近期的遗传瓶颈效应,这可能与目前东海区带鱼野生群体数量还比较庞大、遗传变异仍然较为丰富有关。跨物种扩增结果显示,分别有12、16、4和3个带鱼微卫星标记在带鱼属(Trichiurus)、沙带鱼(Lepturacanthus savala)、窄颅带鱼(Tentoriceps cristatus)及小带鱼(Eupleurogrammus muticus)中具有较好的通用性,这些微卫星标记为今后带鱼科相应属、种的系统进化关系研究提供新的分析手段和契机。 展开更多
关键词 带鱼 微卫星dna标记 高通量测序 SLAF-seq技术 跨物种扩增
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微生物群落变化在死亡时间推断中的研究进展 被引量:6
11
作者 王梓齐 张驰 +6 位作者 康克莱 龚辰宇 郭立亮 季安全 聂胜洁 吴坚 王乐 《中国法医学杂志》 CSCD 2021年第5期528-531,共4页
微生物在环境中无处不在,几乎占据了所有的栖息地。根据人体微生物组计划报道,健康成人体内90%的细胞都是微生物。那么,人死后微生物是否继续存在?会有怎样的变化?随着微生物组学和测序技术及人工智能技术的发展与成熟,国内外研究者们... 微生物在环境中无处不在,几乎占据了所有的栖息地。根据人体微生物组计划报道,健康成人体内90%的细胞都是微生物。那么,人死后微生物是否继续存在?会有怎样的变化?随着微生物组学和测序技术及人工智能技术的发展与成熟,国内外研究者们利用高通量测序技术发现,微生物群落会呈现出一定的演替规律,它们与死亡时间(postmortem interval,PMI)有一定的关联,同时利用人工智能技术结合测序后的微生物数据,能挖掘出有利于PMI推断的更深层的规律和有用的信息,这为PMI的推断打开了新的突破口。本文综述了近年来基于死后微生物群落变化的研究进展,揭示其在法医学PMI推断中的潜在应用价值。 展开更多
关键词 微生物群落 高通量测序 死亡时间 人工智能技术 非人类dna
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新技术能使DNA测序的成本降低多少? 被引量:4
12
作者 石铁流 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第19期2042-2046,共5页
1977年,Sanger及其同事发明出最早的DNA测序技术,1990年开始的人类基因组计划催生了DNA测序技术的自动化.近10多年来,新一代测序技术得到了飞速的发展,测序速度及测序通量的巨大提升使得个人基因组的测序成本急剧下降,达到了1000美元一... 1977年,Sanger及其同事发明出最早的DNA测序技术,1990年开始的人类基因组计划催生了DNA测序技术的自动化.近10多年来,新一代测序技术得到了飞速的发展,测序速度及测序通量的巨大提升使得个人基因组的测序成本急剧下降,达到了1000美元一个全基因组的水平,从而使得DNA测序技术在生命科学研究领域以及临床医学上有着更广阔的应用前景.近来出现的第三代测序技术具有测序过程中无需PCR扩增而且产生非常长的测序片段的优势.尽管其测序的准确性只达到85%左右且成本高,但仍然显示出了较好的前景."精准医学"时代的来临将进一步促进DNA测序技术的革新,并使个人基因组测序成本进一步下降,有望使个人基因组测序成本进入百美元的时代.随着海量的测序数据的积累,如何有效地分析和解读这些测序数据面临着巨大的挑战,生物信息学在此过程中扮演着关键的角色. 展开更多
关键词 dna测序技术 个人基因组 测序成本 新一代测序技术 第三代测序技术
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环介导等温扩增技术检测呼吸道样本中肺炎克雷伯菌 被引量:5
13
作者 司玉莹 赵望 +6 位作者 叶蓓 成宇 张雯雁 叶杨芹 王玉超 王岚 范列英 《临床检验杂志》 CAS 2020年第1期56-59,65,共5页
目的:建立环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测呼吸道感染患者痰液中肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,Kpn)的方法并进行初步应用。方法:基于Kpn phoE基因设计4条特异性引物,对反应条件中的Mg^2+... 目的:建立环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测呼吸道感染患者痰液中肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,Kpn)的方法并进行初步应用。方法:基于Kpn phoE基因设计4条特异性引物,对反应条件中的Mg^2+和甜菜碱浓度进行优化,建立检测Kpn LAMP方法并进行特异性和灵敏度试验;收集308例呼吸道感染患者痰液样本,进行细菌培养法、LAMP法、DNA测序技术检测,评估LAMP检测体系。结果:8 mmol/L、0.4 mmol/L确定为Mg^2+和甜菜碱的最佳扩增浓度;该体系特异性强,与其他菌株无交叉反应,灵敏度为104 CFU/mL;临床样本中Kpn的LAMP检出率(53.89%)高于培养法(42.20%),差异有统计学意义(χ^2=161.65,P<0.05);LAMP法与细菌培养法在Kpn阳性样本、无细菌生长样本、非Kpn其他细菌阳性样本中的一致率分别为96.15%、100%、65.25%,46例不一致样本经DNA测序验证,LAMP法与测序符合率为86.95%(40/46);LAMP法和DNA测序法对131例样本同时进行检测,经Kappa检验两者具有极好的一致性(Kappa系数=0.817)。结论:与细菌培养法相比,LAMP法具有准确性高、灵敏度高、特异性强、反应省时等优势,可以作为肺炎克雷伯菌的快速检测方法。 展开更多
关键词 环介导等温扩增技术 呼吸道感染 肺炎克雷伯菌 细菌培养法 dna测序技术
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液体活检在肺癌管理中新技术的发展和临床应用的拓展 被引量:1
14
作者 陈克终 何越 +3 位作者 王文香 袁晓秋 David P.Carbone 杨帆 《Science Bulletin》 SCIE EI CAS CSCD 2024年第10期1556-1568,共13页
Lung cancer is an exceedingly malignant tumor reported as having the highest morbidity and mortality of any cancer worldwide,thus posing a great threat to global health.Despite the growing demand for precision medicin... Lung cancer is an exceedingly malignant tumor reported as having the highest morbidity and mortality of any cancer worldwide,thus posing a great threat to global health.Despite the growing demand for precision medicine,current methods for early clinical detection,treatment and prognosis monitoring in lung cancer are hampered by certain bottlenecks.Studies have found that during the formation and development of a tumor,molecular substances carrying tumor-related genetic information can be released into body fluids.Liquid biopsy(LB),a method for detecting these tumor-related markers in body fluids,maybe a way to make progress in these bottlenecks.In recent years,LB technology has undergone rapid advancements.Therefore,this review will provide information on technical updates to LB and its potential clinical applications,evaluate its effectiveness for specific applications,discuss the existing limitations of LB,and present a look forward to possible future clinical applications.Specifically,this paper will introduce technical updates from the prospectives of engineering breakthroughs in the detection of membrane-based LB biomarkers and other improvements in sequencing technology.Additionally,it will summarize the latest applications of liquid biopsy for the early detection,diagnosis,treatment,and prognosis of lung cancer.We will present the interconnectedness of clinical and laboratory issues and the interplay of technology and application in LB today. 展开更多
关键词 Liquid biopsy techniques Lung cancer Circulating tumor cells Circulating tumor dna sequencing technology Clinical application
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实时荧光PCR技术在手足口病检测中的应用价值分析
15
作者 王秀霞 李俊平 《系统医学》 2024年第15期17-20,共4页
目的 探析实时荧光聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术在手足口病检测中的应用价值。方法 非随机选取2021年1月—2023年11月高唐县疾病预防控制中心收治的100例疑似感染手足口病患儿为研究对象,均进行实时荧光PCR检查、... 目的 探析实时荧光聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术在手足口病检测中的应用价值。方法 非随机选取2021年1月—2023年11月高唐县疾病预防控制中心收治的100例疑似感染手足口病患儿为研究对象,均进行实时荧光PCR检查、DNA测序技术检查,以病毒分离培养结果为金标准,对比两种技术的诊断情况。结果 病毒分离培养结果显示100例疑似患儿中有73例确诊。实时荧光PCR技术诊断效能灵敏度97.26%(71/73)、特异度88.89%(24/27)、准确度95.00%(95/100)、阳性预测值95.95%(71/74)、阴性预测值92.31%(24/26)明显高于DNA测序技术的72.60%(53/73)、55.56%(15/27)、68.00%(68/100)、81.54%(53/65)、42.86%(15/35),差异有统计学意义(χ^(2)=17.340、7.477、24.175、7.462、15.821,P均<0.05)。实时荧光PCR技术的病毒亚型检出率高于DNA测序技术,差异有统计学意义(P均<0.05)。结论 在手足口病检测中,实时荧光PCR技术的应用价值高于DNA测序技术,更利于为后续治疗提供可靠参考依据。 展开更多
关键词 实时荧光PCR技术 手足口病 dna测序技术 临床诊断 诊断效能
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基于免扩增高通量测序的转基因定量检测方法研究
16
作者 李凯 付军 +2 位作者 陈锐 陈笑芸 李亮 《生物技术进展》 2024年第4期610-617,共8页
转基因定量检测在食品安全监管和消费者知情权保障中扮演着重要角色。当前,数字PCR方法被广泛认可为核酸精准定量的黄金标准,但缺乏与之相互验证的新型核酸定量技术,这在一定程度上限制了其应用。然而,近年来高通量测序技术的兴起为解... 转基因定量检测在食品安全监管和消费者知情权保障中扮演着重要角色。当前,数字PCR方法被广泛认可为核酸精准定量的黄金标准,但缺乏与之相互验证的新型核酸定量技术,这在一定程度上限制了其应用。然而,近年来高通量测序技术的兴起为解决这一难题提供了新的可能性。尽管高通量测序技术主要用于核酸定性序列测定,但其在核酸定量领域的应用潜力尚未充分挖掘。以含有转基因T-NOS、P-35S、CP4-EPSPS和大豆内标准基因Lectin的质粒DNA标准物质为检测对象,采用免扩增建库的方法,比较了NGS、三代测序以及数字PCR定值的差异。结果表明,NGS测序结果与数字PCR结果存在显著性差异,这一发现突显了目前核酸定量技术中的挑战和需求。然而,值得注意的是,三代测序结果与数字PCR检测结果一致性良好,显示了其作为转基因核酸精准定量方法的潜力。这一发现为未来转基因产品标识阈值的制定提供了技术上的支撑和参考,为食品安全监管提供了新的技术途径。 展开更多
关键词 质粒dna 标准物质 测序技术 dPCR
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重症肌无力患者血浆染色体外环状DNA的分子特征
17
作者 黄睿 郭莹玉 +1 位作者 吴青峻 邹丽辉 《中国神经免疫学和神经病学杂志》 CAS 2024年第2期83-90,共8页
目的对重症肌无力(myasthenia gravis,MG)患者血浆染色体外环状DNA(extrachromosomal circular DNA,eccDNA)进行全长测序,分析eccDNA的分子特征及潜在功能,初步探索eccDNA在MG发病过程中的作用机制。方法收集2例MG患者及2例性别、年龄... 目的对重症肌无力(myasthenia gravis,MG)患者血浆染色体外环状DNA(extrachromosomal circular DNA,eccDNA)进行全长测序,分析eccDNA的分子特征及潜在功能,初步探索eccDNA在MG发病过程中的作用机制。方法收集2例MG患者及2例性别、年龄与之匹配的健康人血浆样本,基于滚环扩增和纳米孔测序全新技术平台,对血浆eccDNA进行全长测序,分析比较MG患者与健康人血浆eccDNA的长度分布、染色体来源、基因组元件分布及eccDNA相关差异基因功能富集情况。结果在MG患者和健康对照者中,长度为250~500 bp的eccDNA均分布最多,且MG患者在150~300 bp之间eccDNA呈现另一分布高峰,对照组则在此区间的eccDNA丰度极低。健康对照组eccDNA在1号染色体上分布最多,而MG患者组eccDNA在2号染色体上分布最多;MG患者eccDNA来源基因组元件在内含子、远端基因间区占比均高于健康对照者,而外显子区占比均低于健康对照者。相较于健康对照组,MG患者组eccDNA差异基因富集的通路多与氯离子通道活性、氯离子跨膜转运、钙离子结合及细胞信号传导有关。结论MG患者与健康人血浆eccDNA的分子特征(大小分布、染色体来源、基因组元件分布、eccDNA基因功能富集)存在差异,提示eccDNA可能通过基因表达调控、细胞信号传导、神经突触发育及免疫功能调节等潜在功能影响MG的发生发展,eccDNA可能成为MG早期诊断和疗效监测的新型生物标志物。 展开更多
关键词 染色体外环状dna 重症肌无力 滚环扩增 纳米孔测序
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DNA测序技术的专利计量研究 被引量:3
18
作者 刘小凤 罗勇 傅俊英 《现代生物医学进展》 CAS 2010年第6期1173-1181,共9页
DNA测序技术是现代生命科学研究的重要技术之一。本文对Derwent数据库中收录的,与DNA测序技术领域相关的专利申请数据进行了研究,分别从专利申请量及年度变化、生命周期、专利权人和专利发明人、专利的国际专利分类及德温特分类号等角... DNA测序技术是现代生命科学研究的重要技术之一。本文对Derwent数据库中收录的,与DNA测序技术领域相关的专利申请数据进行了研究,分别从专利申请量及年度变化、生命周期、专利权人和专利发明人、专利的国际专利分类及德温特分类号等角度深入分析了DNA测序技术专利的整体产出情况、重点技术领域和主要申请机构的专利战略布局情况。通过研究发现DNA测序技术近年来发展迅速,但是主要推动者是经济发达国家。 展开更多
关键词 dna测序技术 专利计量
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The History and Advances of Reversible Terminators Used in New Generations of Sequencing Technology 被引量:1
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作者 Fei Chen Mengxing Dong +4 位作者 Meng Ge Lingxiang Zhu Lufeng Ren Guocheng Liu Rong Mu 《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》 SCIE CAS CSCD 2013年第1期34-40,共7页
DNA sequencing using reversible terminators, as one sequencing by synthesis strategy, has garnered a great deal of interest due to its popular application in the second-generation high-throughput DNA sequencing techno... DNA sequencing using reversible terminators, as one sequencing by synthesis strategy, has garnered a great deal of interest due to its popular application in the second-generation high-throughput DNA sequencing technology. In this review, we provided its history of develop- ment, classification, and working mechanism of this technology. We also outlined the screening strategies for DNA polymerases to accommodate the reversible terminators as substrates during polymerization; particularly, we introduced the "REAP" method developed by us. At the end of this review, we discussed current limitations of this approach and provided potential solutions to extend its application. 展开更多
关键词 dna polymerases sequencing technology Modified nucleotide Primer extension Reversible terminator sequencing by synthesis
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哺乳动物DNA去甲基化及生物学功能 被引量:1
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作者 张晓芸 常人葆 韩大力 《生命科学》 CSCD 北大核心 2018年第4期354-365,共12页
哺乳动物DNA去甲基化参与基因表达的调控,是维持生命活动必不可少的一环。甲基化及去甲基化动态平衡的紊乱可能会导致机体生长发育异常,以及多种疾病甚至癌症的发生。随着基因组学测序分析技术的进步,人们已能够监测DNA去甲基化相关修... 哺乳动物DNA去甲基化参与基因表达的调控,是维持生命活动必不可少的一环。甲基化及去甲基化动态平衡的紊乱可能会导致机体生长发育异常,以及多种疾病甚至癌症的发生。随着基因组学测序分析技术的进步,人们已能够监测DNA去甲基化相关修饰在不同时期多个部位的动态变化,并逐渐揭示其调控功能。该文主要介绍哺乳动物中由TET/TDG介导的DNA去甲基化过程及中间产物,其在胚胎发育、癌症发生过程中的调控机制,以及现阶段可对其进行检测的测序分析技术。 展开更多
关键词 dna甲基化 dna去甲基化 新型dna修饰 测序技术 表观遗传学
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