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内蒙古河套灌区不同盐碱程度的土壤细菌群落多样性 被引量:67
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作者 李新 焦燕 +2 位作者 代钢 杨铭德 温慧洋 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第1期249-260,共12页
采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对内蒙古河套灌区三种不同盐碱程度土壤(盐土,强度盐化土,轻度盐化土)不同深度(0~20cm和20~30cm)土壤细菌16S r DNA V3~V6可变区扩增片段进行分析,并对土壤理化性质进行了测定.结果表明:细菌群落... 采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对内蒙古河套灌区三种不同盐碱程度土壤(盐土,强度盐化土,轻度盐化土)不同深度(0~20cm和20~30cm)土壤细菌16S r DNA V3~V6可变区扩增片段进行分析,并对土壤理化性质进行了测定.结果表明:细菌群落多样性随土壤盐碱化程度的加深而减少(轻度盐化土〉强度盐化土〉盐土),随土壤深度的增加而降低(细菌群落多样性0~20cm土层大于20~30cm土层).细菌Shannon-Wiener指数在轻度盐化土中最大为3.36,在强度盐化土和盐土分别为3.05和2.49.不同盐碱程度土壤以细菌相似系数聚类,分为0~20cm层与20~30cm层两大族群,土壤细菌群落Shannon-Wiener指数在0~20cm层中(盐土为3.04,强度盐化土为3.29,轻度盐化土为3.36)均大于在20~30cm层(盐土为2.49,强度盐化土为3.05,轻度盐化土为3.14).相关性分析和典范对应分析表明,土壤w(EC)、p H值、w(SOC)、w(TP)是土壤细菌群落结构多样性的显著影响因素,不同盐碱程度土壤中细菌群落的Shannon-Wiener指数与土壤w(EC)(r=-0.542,P〈0.05)、p H(r=-0.526,P〈0.05)呈显著负相关,与土壤w(SOC)(r=0.700,P〈0.01)和w(TP)(r=0.805,P〈0.01)呈极显著正相关.w(EC)和p H对盐碱土壤细菌群落结构的影响力最大.回收DGGE图谱中20个优势条带进行测序分析,结果显示,变形菌纲(α-变形菌纲、β-变形菌纲、γ-变形菌纲和δ-变形菌纲)是盐碱土壤的主要类群. 展开更多
关键词 河套灌区 盐碱土壤 细菌 变性梯度凝胶电泳(dgge) 主成分分析
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青海两盐湖细菌多样性研究 被引量:32
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作者 柴丽红 崔晓龙 +5 位作者 彭谦 徐丽华 姜成林 王涛 李文均 段若玲 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期271-275,共5页
用DGGE法和纯培养法 ,对青海柯柯盐湖、茶卡盐湖底泥及周边土壤样品的细菌多样性进行了研究。结果显示 ,两个盐湖存在大量的未知细菌 ,分离到的纯培养仅占实有细菌的小部分。采用多相分类方法 ,鉴定了 1 2株纯培养细菌 ,属 5个可能的新... 用DGGE法和纯培养法 ,对青海柯柯盐湖、茶卡盐湖底泥及周边土壤样品的细菌多样性进行了研究。结果显示 ,两个盐湖存在大量的未知细菌 ,分离到的纯培养仅占实有细菌的小部分。采用多相分类方法 ,鉴定了 1 2株纯培养细菌 ,属 5个可能的新种 ,另有一株菌可能成立一个新属。认为提出新思路、设计新程序 ,从自然极端环境取样 ,分离未知菌 。 展开更多
关键词 盐湖 细菌多样性 dgge
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反硝化聚磷菌菌种筛分与除磷特性分析 被引量:24
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作者 焦中志 李相昆 +2 位作者 张立成 史富丽 张杰 《沈阳建筑大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2009年第3期535-540,共6页
目的研究反硝化聚磷菌除磷特性,筛分同时具有反硝化和吸磷能力的菌种.方法采用平板分离和DGGE技术相结合,对实验室反硝化除磷系统菌种进行分纯和菌种鉴定,并对富集培养后的每株单菌分别进行反硝化吸磷效果试验.结果最终共得到15株单菌.... 目的研究反硝化聚磷菌除磷特性,筛分同时具有反硝化和吸磷能力的菌种.方法采用平板分离和DGGE技术相结合,对实验室反硝化除磷系统菌种进行分纯和菌种鉴定,并对富集培养后的每株单菌分别进行反硝化吸磷效果试验.结果最终共得到15株单菌.结果表明有11株菌均具有不同程度反硝化吸磷能力,其中假单胞菌属的JB2和产碱菌属的JB3脱氮除磷效果最好,8 h后磷的去除量分别为13.76 mg/L和11.85 mg/L.DGGE试验结果表明,系统中反硝化聚磷菌优势种群可主要分为7个群,分别是Anaerolineae,Actinobacteria,Bacte-roidetes,TM7,α-proteobacteria,δ-proteobacteria和γ-proteobacteria菌群.结论Actinobacteria中的LB9号菌和γ-proteobacteria中的JB2号菌为反硝化除磷系统中占优势的反硝化聚磷菌.试验结果同时证明同一菌种可以同步完成反硝化和吸磷任务. 展开更多
关键词 反硝化菌 聚磷菌 平板分离 dgge
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云冈石窟石质文物表面及周边岩石样品中微生物群落分析 被引量:21
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作者 颜菲 葛琴雅 +3 位作者 李强 于淼 朱旭东 潘皎 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期629-636,共8页
【目的】通过对云冈石窟石质文物表面及云冈石窟周边岩石样品中微生物的研究,建立可用于快速检测石质文物中微生物的方法。【方法】选取云冈石窟石质样品和云冈石窟周边岩石样品作为研究对象,应用PCR-DGGE技术对样品中的微生物群落结构... 【目的】通过对云冈石窟石质文物表面及云冈石窟周边岩石样品中微生物的研究,建立可用于快速检测石质文物中微生物的方法。【方法】选取云冈石窟石质样品和云冈石窟周边岩石样品作为研究对象,应用PCR-DGGE技术对样品中的微生物群落结构进行了分析研究。【结果】根据系统发育树聚类分析,可以得出云冈石窟中检测出的微生物主要分为四大类群:γ-变形菌纲、鞘脂杆菌门、α-变形菌纲和放线菌纲;根据GenBank数据库中的序列比对结果,可以知道云冈石窟周边类似岩石样品中的微生物主要属于γ-变形菌纲、厚壁菌门和α-变形菌纲等。【结论】本实验成功检测出云冈石窟石质样品表面及云冈石窟周边岩石样品中的微生物类群,为云冈石窟的保护工作提供了有力依据,同时也证明了DEEG和分子克隆技术相结合的方法是检测石质文物中微生物群落结构的一种可操作性强、快速、准确的检测手段。 展开更多
关键词 石质文物 微生物群落 16S RRNA dgge
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Effect of methamidophos on soil fungi community in microcosms by plate count,DGGE and clone library analysis 被引量:11
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作者 LI Xinyu ZHANG Huiwen WU Minna ZHANG Yan ZHANG Chenggang 《Journal of Environmental Sciences》 SCIE EI CAS CSCD 2008年第5期619-625,共7页
Methamidophos was widely used a pesticide in northern China. The potential influences of methamidophos on soil fungal community in black soil were assessed by plate count, 28S rDNA-PCR-DGGE, and clone library analysis... Methamidophos was widely used a pesticide in northern China. The potential influences of methamidophos on soil fungal community in black soil were assessed by plate count, 28S rDNA-PCR-DGGE, and clone library analysis. Three methamidophos levels (50, 150, and 250 mg/kg) were tested in soil microcosms. Results from plate count during a 60-d microcosm experiment showed that high concentrations of methamidophos (250 mg/kg) could significantly stimulate fungal populations. DGGE (denaturing gradient gel electrophoresis) fingerprinting patterns showed a significant difference between the responses of culturable and total fungi communities under the stress of methamidophos. Shannon diversity indices calculated from DGGE profiles indicated that culturable fungi in all microcosms with methamidophos treatment increased after 1 week of incubation. However, the diversity indices of total fungi decreased in the first week, as compared to the stimulation of culturable fungi. At the 8th week, however, all the microcosms treated by methamidophos were similar to the control microcosms in community structure as suggested by the Shannon diversity indices for both culturable and total fungi. In contrast, after 1 week the fungal structure of culturable and unculturable both were disturbed to different extent under the stresses of methamidophos by clustering analysis. Clone sequencing analysis indicated the stimulation of pathogenic and unculturable fungal populations by methamidophos treatment, suggetsing potential risks of plant disease outbreak. 展开更多
关键词 methamidophos clone sequencing dgge denaturing gradient gel electrophoresis fungi diversity
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几种典型藻华生物的分子分类学分析 被引量:5
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作者 侯建军 赖红艳 +1 位作者 黄邦钦 刘绍平 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期711-719,共9页
通过PCR克隆测序、rDNA序列分析、随机PCR引物扩增结合DGGE技术等三个层次的分子分类水平对厦门海域的典型藻华生物进行分子生物学分析。结果表明,基于DGGE检测的18S rDNA序列过于保守,分类的精确度不高;AP-PCR则是基于基因组的差异进... 通过PCR克隆测序、rDNA序列分析、随机PCR引物扩增结合DGGE技术等三个层次的分子分类水平对厦门海域的典型藻华生物进行分子生物学分析。结果表明,基于DGGE检测的18S rDNA序列过于保守,分类的精确度不高;AP-PCR则是基于基因组的差异进行分析,结果较为精确和全面;而rDNA序列分析相对可靠,尤其是针对ITS的长度和全序列分析以及28S rDNA的D1、D2区的序列分析,可以提供更为准确的分类信息,并可为设计检测探针提供基础。据此对分离自厦门海域的3种典型甲藻及其相关藻株建立了系统进化树。针对23株甲藻ITS序列建立的系统进化树显示Takayama pulchella(AY764179)和Karlodinium micrum的距离最近,并能够把Akashiwo属、Karenia属、Gyrodinium属、Karlodinium属、Takayama属与Gymnodinium属等区分开。用28S rDNA序列建立的系统发育树只能把Karlodinium属、Karenia属和Takayama属区分开,但不能很好地把无纹环沟藻与Akashiwo属和Gymnodinium等的藻区分开。 展开更多
关键词 藻华生物 分子分类学 核糖体DNA 变形梯度凝胶电泳 随机引物PCR
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利用PCR-DGGE技术分析硫化镍矿浸矿体系中的细菌群落演替 被引量:2
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作者 黄乃耀 张兰兰 +4 位作者 熊学权 邹平 季秀玲 魏云林 林连兵 《云南大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期238-243,共6页
浸矿体系中的菌群结构及其演替规律与浸出率具有密切的关系,为了解硫化镍矿浸矿体系中的这种关系以提高浸出率,利用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术结合16 S rRNA基因序列对体系的细菌种群结构进行分析.研究表明,在硫化镍矿浸矿体系中,... 浸矿体系中的菌群结构及其演替规律与浸出率具有密切的关系,为了解硫化镍矿浸矿体系中的这种关系以提高浸出率,利用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术结合16 S rRNA基因序列对体系的细菌种群结构进行分析.研究表明,在硫化镍矿浸矿体系中,菌群组成菌属为嗜酸氧化亚铁硫杆菌属(Acidithiobacillus),并在浸矿体系中具有明显的演替现象,浸矿体系中的菌株演替和浸出率具有明显的相关性,经过21d的浸出,硫化镍矿的浸出率达到70%,探索浸矿体系中细菌的种群结构及其演替与浸出率的关系,对优化浸出体系菌群组成,提高浸出率具有指导作用. 展开更多
关键词 硫化镍矿 生物冶金 嗜酸氧化亚铁硫杆菌 dgge(变性梯度凝胶电泳)
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基于PCR-DGGE技术的红树林区微生物群落结构 被引量:45
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作者 刘慧杰 杨彩云 +2 位作者 田蕴 林光辉 郑天凌 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第7期923-930,共8页
【目的】为了解红树林沉积物中细菌的群落结构特征。【方法】应用PCR-DGGE技术对福建浮宫红树林的16个采样站位样品细菌的群落结构进行了研究。根据DGGE指纹图谱,对它们的遗传多样性进行了分析。【结果】各站位样品细菌多样性指数(H)、... 【目的】为了解红树林沉积物中细菌的群落结构特征。【方法】应用PCR-DGGE技术对福建浮宫红树林的16个采样站位样品细菌的群落结构进行了研究。根据DGGE指纹图谱,对它们的遗传多样性进行了分析。【结果】各站位样品细菌多样性指数(H)、丰度(S)和均匀度(EH)均有所不同,这些差异与它们所处站位的不同有关,红树林区细菌多样性高于非红树林区细菌多样性。对不同站位细菌群落相似性分析,它们的相似性系数也存在一定的规律,同一断面的细菌群落结构相近性较高。对DGGE的优势条带序列分析,同源性最高的微生物分别属于变形菌门(Proteobacteria)、酸菌门(Acidobacteria)和绿菌门(Chlorobi),它们均为未培养微生物,分别来自于河口海岸沉积物。【结论】应用PCR-DGGE技术更能客观地反映红树林沉积物中真实的细菌群落结构信息。另外,研究也表明红树林区微生物多样性丰富,在红树林区研究开发未知微生物资源具有巨大的潜力。 展开更多
关键词 PCR-dgge 红树林 微生物群落结构 细菌多样性
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PCR结合DGGE技术快速鉴定橘小实蝇及其近缘种 被引量:2
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作者 詹开瑞 赵士熙 +1 位作者 陈宇航 任大明 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2007年第3期274-278,共5页
首次采用PCR结合变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对橘小实蝇及其近缘种的线粒体COⅡ和16S rDNA基因序列进行分析.结果表明,通过DGGE可以区分实蝇属不同种类的COⅡ和16S rDNA基因序列.
关键词 橘小实蝇 检疫 PCR-dgge 种类鉴定
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稀土尾矿土壤细菌群落结构对植被修复的响应 被引量:26
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作者 陈熙 刘以珍 +3 位作者 李金前 葛刚 吴兰 李永绣 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第13期3943-3950,共8页
选用赣州-安远稀土弃废尾矿及其不同植被修复的堆浸田为研究对象,调查废弃尾矿及6种不同植被修复方案下土壤理化性质的变化,并利用变性凝胶梯度电泳(DGGE)技术,分析土壤微生物群落结构对植被修复的响应。结果表明:与未修复尾矿土壤相比... 选用赣州-安远稀土弃废尾矿及其不同植被修复的堆浸田为研究对象,调查废弃尾矿及6种不同植被修复方案下土壤理化性质的变化,并利用变性凝胶梯度电泳(DGGE)技术,分析土壤微生物群落结构对植被修复的响应。结果表明:与未修复尾矿土壤相比,经不同植被修复后的土壤理化性质均得到明显改良,其中土壤含水量、有机质含量均比未修复尾矿土壤增加2—3倍。微生物群落结构分析表明,植被修复后土壤微生物群落与废弃尾矿土壤微生物群落亲缘度仅为0.21,表明植被修复后,土壤微生物群落结构发生了明显变化,且微生物多样性、均匀度、丰富度与未修复尾矿土壤相比均有了明显的提高。而在不同植被修复方案中,以湿地松和山胡椒为优势群落的两种植被修复方案对土壤改良效果最为明显,这两种修复方案不仅能显著改善土壤的固水性、有机质含量,并且对微生物群落的改善作用也最为显著。典范对应分析表明,废弃尾矿土壤微生物群落结构受土壤p H影响最为显著,而植被修复后土壤微生物群落的环境影响因子则转变为含水量、有机质、有机碳及总磷含量。进一步揭示了微生物在植被修复过程中所起到的重要作用,并为矿山生态重建过程中的土壤改良工作提供了丰富的理论依据。 展开更多
关键词 赣州 稀土废弃尾矿 微生物群落多样性 变性梯度凝胶电泳(dgge)
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