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鹿类中药材的位点特异性PCR鉴定研究 被引量:37
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作者 刘向华 王义权 +2 位作者 周开亚 刘忠权 曹琳 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第8期631-635,共5页
目的 建立一种简便、准确的鹿类中药材鹿茸、鹿鞭、鹿筋、鹿胎的DNA分子标记鉴定方法。方法 在对鹿类中药材的正品原动物梅花鹿、马鹿及其混伪品原动物的Cytb基因全序列分析的基础上 ,设计了一对专用于鉴定正品鹿类药材的位点特异性... 目的 建立一种简便、准确的鹿类中药材鹿茸、鹿鞭、鹿筋、鹿胎的DNA分子标记鉴定方法。方法 在对鹿类中药材的正品原动物梅花鹿、马鹿及其混伪品原动物的Cytb基因全序列分析的基础上 ,设计了一对专用于鉴定正品鹿类药材的位点特异性鉴别引物ILu0 1 L和ILu0 1 H。结果 在 6 4℃的复性温度下 ,用鉴别引物对原动物样品进行鉴别PCR ,仅正品能得到约 36 5bp阳性扩增带 ;对鹿茸、鹿鞭及鹿筋正、伪品药材进行PCR鉴定 ,结果表明 :3批鹿茸仅一批为正品 ,2批鹿鞭皆为伪品 ,鹿筋正、伪品药材PCR鉴定与形态鉴定结果一致。随机选取 2枚鹿茸及一个原动物做Cytb基因片段序列分析 ,其结果与PCR鉴定完全一致。结论 对市售鹿类商品药材需加强质量监督和管理。所设计的鉴别引物对梅花鹿、马鹿有高度特异性 ,可应用于以其为原动物的鹿类中药材的鉴定。 展开更多
关键词 鹿类中药材 CYT B基因 鉴别引物 PCR鉴定
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基于线粒体Cytb基因全序列的松江鲈群体遗传结构分析 被引量:38
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作者 高天翔 毕潇潇 +1 位作者 赵林林 李创举 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期199-207,共9页
对松江鲈(Trachidermus fasciatus Heckel)中国沿海7个群体和日本有明海群体的线粒体Cytb基因全序列进行了测定、分析。结果显示:47个个体共检测到31个单倍型,8个群体均呈现出较高的单倍型多样性(0.60—1.00)和较低的核苷酸多样性(0.000... 对松江鲈(Trachidermus fasciatus Heckel)中国沿海7个群体和日本有明海群体的线粒体Cytb基因全序列进行了测定、分析。结果显示:47个个体共检测到31个单倍型,8个群体均呈现出较高的单倍型多样性(0.60—1.00)和较低的核苷酸多样性(0.0005—0.0041)的特点。AMOVA分析结果及单倍型邻接关系树和单倍型网络关系图均显示松江鲈分为中国和日本两个世系,而中国世系的7个群体未呈现出明显的地理遗传结构。基于核苷酸Kimura双参数替代模型计算得出的中国和日本两个世系的净遗传距离,再参照其他硬骨鱼类线粒体Cytb基因2%/Ma(百万年)的分歧速率,推测松江鲈中日两个世系间分化时间约为41万年前。对中国世系进行群体历史动态分析,中性检验结果均为负值且显著,核苷酸不配对分布呈单峰型,表明松江鲈中国世系曾发生过群体扩张,其扩张时间大约为12万年前。 展开更多
关键词 松江鲈 cytb基因 全序列 遗传结构 群体扩张
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基于线粒体COI和Cytb基因序列的北太平洋柔鱼种群遗传结构研究 被引量:35
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作者 刘连为 许强华 陈新军 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期1675-1684,共10页
为准确掌握柔鱼的种群遗传结构,拟通过线粒体DNA的COI和Cytb基因序列分析方法对柔鱼不同产卵季节群体的遗传多样性和遗传结构进行研究。经PCR扩增与测序分别获得600 bp COI与481 bp Cytb基因序列。基于COI基因序列分析得到的单倍型数、... 为准确掌握柔鱼的种群遗传结构,拟通过线粒体DNA的COI和Cytb基因序列分析方法对柔鱼不同产卵季节群体的遗传多样性和遗传结构进行研究。经PCR扩增与测序分别获得600 bp COI与481 bp Cytb基因序列。基于COI基因序列分析得到的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为24、(0.729±0.033)、(0.005 70±0.003 25)和3.421。基于Cytb基因序列分析得到的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为28、(0.852±0.016)、(0.006 45±0.003 73)和3.101。分析认为,北太平洋柔鱼2个产卵季节群体均具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数。单倍型邻接树、两两群体间的Fst值以及AMOVA分析结果均表明,北太平洋柔鱼2个产卵季节群体间的遗传差异不显著,不存在显著的群体遗传结构。初步认为,该海域因缺乏地理上的障碍,加之北太平洋海流的作用以及柔鱼个体较强的游泳能力,使得群体之间具有较强的基因流。 展开更多
关键词 柔鱼 遗传多样性 遗传结构 细胞色素氧化还原酶I基因 细胞色素B基因
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仿刺参cytb和β-actin基因表达稳定性比较 被引量:29
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作者 杨爱馥 周遵春 +6 位作者 董颖 姜北 汪笑宇 陈仲 关晓燕 王摆 孙大鹏 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 2010年第1期79-84,共6页
基因表达分析需要采用内参基因来校正目的基因的表达量。采用半定量RT-PCR的方法分析了cytb和β-actin基因在仿刺参(Apostichopus japonicus)未受精卵、受精卵、多细胞期、囊胚期、原肠期、小耳状幼体、中耳状幼体、大耳状幼体、樽型幼... 基因表达分析需要采用内参基因来校正目的基因的表达量。采用半定量RT-PCR的方法分析了cytb和β-actin基因在仿刺参(Apostichopus japonicus)未受精卵、受精卵、多细胞期、囊胚期、原肠期、小耳状幼体、中耳状幼体、大耳状幼体、樽型幼体、五触手幼体、稚参11个发育阶段和幼参的体壁、体腔细胞、肠道和呼吸树中的表达情况。结果表明:cytb在不同发育阶段和不同组织中稳定表达;β-actin基因在稚参之前不同发育阶段中表达水平有显著差异,在幼参的体壁、肠道和呼吸树中稳定表达。此外,cytb在lipopolysaccgarides(LPS)刺激前后的原肠胚、小耳状幼体、中耳状幼体、大耳状幼体、樽型幼体、稚参和幼参四种组织中表达量无显著差异;β-actin基因在LPS刺激前后的幼参体腔细胞、肠道和呼吸树中表达量无显著差异。本研究为仿刺参功能基因表达分析中,cytb与β-actin基因作为内参基因的可行性提供了依据。 展开更多
关键词 仿刺参 cytb基因 Β-ACTIN基因 LPS刺激 内参基因
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西藏牦牛mtDNA cytb基因的序列多态性及其系统进化分析 被引量:29
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作者 姬秋梅 唐懿挺 +4 位作者 张成福 柴志欣 赵上娟 信金伟 钟金城 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期1723-1732,共10页
为从分子水平上探究西藏牦牛类群的亲缘关系、分类地位和遗传多样性,本研究测定了嘉黎牦牛、桑桑牦牛、桑日牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、帕里牦牛、康布牦牛、江达牦牛、类乌齐牦牛、丁青牦牛、巴青牦牛等11个西藏牦牛类群共110头牦... 为从分子水平上探究西藏牦牛类群的亲缘关系、分类地位和遗传多样性,本研究测定了嘉黎牦牛、桑桑牦牛、桑日牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、帕里牦牛、康布牦牛、江达牦牛、类乌齐牦牛、丁青牦牛、巴青牦牛等11个西藏牦牛类群共110头牦牛的细胞色素b基因全序列,分析了其多态性,并构建了11个类群的系统进化树。结果表明:11个西藏牦牛类群的细胞色素b基因全序列长均为1 140bp,共有单倍型53种,其中新发现的有49种,序列间共有14个SNPs多态位点,核苷酸变异类型包括转换和颠换,无插入和缺失,以同义突变为主,说明西藏牦牛具有较丰富的遗传多样性。西藏11个牦牛类群可分为:帕里牦牛系、江达牦牛系、巴青牦牛系、桑日牦牛系、类乌齐牦牛系等5大系。 展开更多
关键词 西藏牦牛 细胞色素B基因 遗传多样性 系统进化
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三种鳖线粒体DNA细胞色素b基因序列的比较分析 被引量:20
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作者 陈合格 刘文彬 +1 位作者 李建中 张轩杰 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期380-385,共6页
对中华鳖、砂鳖和山瑞鳖线粒体DNA细胞色素b基因进行了引物设计、PCR扩增、序列测定和PCR-PFLP(Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism)分析。研究结果表明中华鳖、砂鳖与山瑞鳖线粒体DNACytb基因的序列... 对中华鳖、砂鳖和山瑞鳖线粒体DNA细胞色素b基因进行了引物设计、PCR扩增、序列测定和PCR-PFLP(Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism)分析。研究结果表明中华鳖、砂鳖与山瑞鳖线粒体DNACytb基因的序列全长相同,均为1140bp,其A、C、G、T含量相似,分别为378个(33.2%)、322个(28.2%)1、22个(10.7%)、318个(27.9%)、373个(32.7%)、324个(28.4%)、124个(10.9%)、319个(28.0%)、380个(33.3%)3、30个(28.9%)、127个(11.1%)、303个(26.7%)。同源性及序列差异率分析表明:中华鳖与砂鳖b基因序列的同源性为92.3%,中华鳖、山瑞鳖的为85.0%,砂鳖、山瑞鳖的为84.1%;中华鳖与砂鳖b基因核苷酸序列间的差异率为7.7%,中华鳖、山瑞鳖间的序列差异率为15.0%,砂鳖、山瑞鳖间的序列差异率为15.9%,而中华鳖、砂鳖、山瑞鳖各自个体间的序列差异率分别为2.37%、0.88%和0.18%,种间差异显著。用内切酶酶切分析其扩增产物,结果表明:用内切酶NdeⅠ可准确鉴别砂鳖,而用内切酶BamHⅠ则可准确鉴别山瑞鳖。内切酶NdeⅠ和BamHⅠ的联用分析,可使这三种鳖在分子水平都得到明确的鉴定。从三种鳖线粒体DNACytb基因核苷酸序列的显著差异和酶切位点的变化,可以进一步证明砂鳖是不同于中华鳖的鳖属一新种。 展开更多
关键词 中华鳖 砂鳖 山瑞鳖 细胞色素B PCR-RFLP分析 分子鉴定标记
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基于线粒体细胞色素氧化酶b(cytb)全基因序列分析我国部分地区兔痒螨的遗传变异特征 被引量:15
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作者 赵习彬 王保健 +3 位作者 简克灵 杨光友 赖为民 古小彬 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期714-721,共8页
为探讨兔痒螨是否会受兔品种、温度带和地域来源的不同而出现遗传变异,采用PCR技术首次对我国6个省份共68个獭兔来源(陕西、河北、河南和湖北)和肉兔来源(山东和四川)痒螨虫株的线粒体细胞色素氧化酶b(cytb)基因全序列进行扩增,经测序... 为探讨兔痒螨是否会受兔品种、温度带和地域来源的不同而出现遗传变异,采用PCR技术首次对我国6个省份共68个獭兔来源(陕西、河北、河南和湖北)和肉兔来源(山东和四川)痒螨虫株的线粒体细胞色素氧化酶b(cytb)基因全序列进行扩增,经测序后分析遗传变异情况。68条兔痒螨cytb全序列均为1 100bp,共有96个(8.7%)变异位点和46个单倍型;我国整体种群的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.959 2和0.012 0,具有较高的遗传多样性;我国兔痒螨整体种群的中性检验结果为负值(Tajima’s D=-0.444 01,Fu’s Fs=-1.454 25),且呈现多峰的错配分布曲线现象,暗示我国兔痒螨可能经历过突增长过程;我国所有种群间存在一定的遗传分化(Fst=0.262 2)、基因流水平较低(Nm=0.7);分子方差(AMOVA)分析表明遗传分化主要发生在种群内;单倍型网络图和NJ树显示我国兔痒螨的聚类与兔品种、温度带和地理来源无关。结果表明,我国6个地区的兔痒螨虫株呈现较高的遗传多样性,具有一定的遗传分化,但未形成以兔品种、温度带和地理分布为格局的遗传结构。 展开更多
关键词 中国 兔痒螨 cytb基因 遗传变异
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基于Cytb基因序列探讨蝽亚科11种昆虫的系统发育关系 被引量:12
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作者 代金霞 郑哲民 《昆虫知识》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期395-399,共5页
对蝽亚科6属11种昆虫线粒体DNA细胞色素b基因部分序列进行PCR扩增和序列测定,比较其同源性,统计密码子使用频率并应用生物学软件构建分子系统树。在获得的432bp序列中,碱基T,C,A和G的平均含量分别是38.1,18.2,31.9和11.8%,表现出强烈的A... 对蝽亚科6属11种昆虫线粒体DNA细胞色素b基因部分序列进行PCR扩增和序列测定,比较其同源性,统计密码子使用频率并应用生物学软件构建分子系统树。在获得的432bp序列中,碱基T,C,A和G的平均含量分别是38.1,18.2,31.9和11.8%,表现出强烈的AT偏向性;就每个氨基酸密码子来看,第3位点的A+T含量较高,达到85.5%。该序列片段中共有162个核甘酸位点发生变异(约占37.5%),种间序列差异范围为0.9%~19.4%,平均为16.6%,变异较大。以筛豆龟蝽Megacoptacribraria为外群,通过多种方法构建的系统发育树拓扑结构一致,这6属11种昆虫大致形成4个分支:珀蝽属、碧蝽属、菜蝽属3属的关系最接近,形成一个分支;真蝽属的3种聚为1支,与第1支形成姊妹群;曼蝽属的2种形成1支;麻皮蝽位于系统树的基部,为分化较早的1支,是蝽亚科中较为原始的类群。 展开更多
关键词 蝽亚科 细胞色素b基因 序列 系统发育关系 B基因序列 昆虫 密码子使用频率 Cyt 分子系统树 线粒体DNA
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基于线粒体基因Cytb和COI的蝗科中五亚科分子系统发育关系分析(直翅目:蝗总科)(英文) 被引量:12
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作者 王乃馨 封霞 +2 位作者 蒋国芳 方宁 轩文娟 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第11期1187-1195,共9页
本研究基于Cytb基因和COI基因的部分序列来推断17种蝗虫之间的系统发育关系。这17种蝗虫均采自国内,代表了蝗科(Acrididae)5个亚科:黑蝗亚科(Melanoplinae)、斑腿蝗亚科(Catantopinae)、刺胸蝗亚科(Cyrtacanthacridinae)、斑翅蝗亚科(Oe... 本研究基于Cytb基因和COI基因的部分序列来推断17种蝗虫之间的系统发育关系。这17种蝗虫均采自国内,代表了蝗科(Acrididae)5个亚科:黑蝗亚科(Melanoplinae)、斑腿蝗亚科(Catantopinae)、刺胸蝗亚科(Cyrtacanthacridinae)、斑翅蝗亚科(Oedipodinae)和大足蝗亚科(Gomphocerinae)。采用联合序列方法进行分析,结果显示:Cytb和COI联合序列长度为1998bp,其中A和T总含量为72.13%,G和C总含量为27.87%。联合序列共包含了889个保守位点,1109个变异位点,在这些变异位点中有838个简约信息位点。系统发生树采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)和最大似然法(ML)进行构建。使用蜢总科的变色乌蜢Erianthus versicolor和Erianthus sp.两个种作为外群。结果表明:大足蝗亚科和斑腿蝗亚科的单系性没有得到支持。斑翅蝗亚科内部各种聚成一个大支,在本研究中该亚科的单系性得到支持,与前人的研究结论相同。大足蝗亚科、斑腿蝗亚科、刺胸蝗亚科和黑蝗亚科这4科关系非常近,可以考虑将其合并为一个亚科。同时,我们发现基于Cytb和COI基因联合序列推断蝗科内各亚科间的系统发生关系并不十分可靠。 展开更多
关键词 直翅目 蝗科 线粒体DNA cytb基因 COI基因 系统发育
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COI及cytb基因对河鲀鱼鱼种鉴定的适用性研究 被引量:11
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作者 李楠 王佳慧 +5 位作者 韩春卉 张宏元 赵熙 张靖 李凤琴 江涛 《中国食品卫生杂志》 北大核心 2018年第1期6-11,共6页
目的建立河鲀鱼DNA条形码鉴定方法,探讨细胞色素氧化酶亚基I(COI)及细胞色素b(cytb)基因对我国常见东方鲀属、兔头鲀属河鲀鱼鱼种鉴定的适用性。方法野捕河鲀鱼经形态学鉴定后,钓取COI及cytb基因序列并测序。从Gen Bank下载已有河鲀鱼... 目的建立河鲀鱼DNA条形码鉴定方法,探讨细胞色素氧化酶亚基I(COI)及细胞色素b(cytb)基因对我国常见东方鲀属、兔头鲀属河鲀鱼鱼种鉴定的适用性。方法野捕河鲀鱼经形态学鉴定后,钓取COI及cytb基因序列并测序。从Gen Bank下载已有河鲀鱼参考序列,分别构建COI及cytb基因分子进化树,确定样品种属并与形态学鉴定比对。应用所建方法对中毒样品进行河鲀成分鉴定。结果 COI和cytb基因分子进化树将57份样品聚类到东方鲀属和兔头鲀属的9个鱼种,除棕斑兔头鲀和暗鳍兔头鲀(COI进化树)、暗纹东方鲀和晕环东方鲀(cytb进化树)外,2种条形码均能对其余鱼种进行有效区分。中毒样品经鉴定均含有月兔头鲀。结论所建立的DNA条形码方法可有效鉴定河鲀鱼鱼种,弥补形态学鉴定的缺陷。 展开更多
关键词 河鲀鱼 COI基因 cytb基因 DNA条形码 鱼种 鉴定 食品安全
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三地钉螺线粒体DNA两个分子的遗传变异研究 被引量:10
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作者 胡缨 黎学铭 +2 位作者 林睿 牛安欧 胡文庆 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期474-477,共4页
目的分析广西、云南、湖南三地钉螺线粒体DNA细胞色素C氧化酶Ⅰ(CO1)基因和细胞色素氧化酶b(Cytb)基因的遗传变异。方法收集广西靖西、云南洱源和湖南岳阳三地钉螺,提取其基因组DNA,PCR法扩增线粒体CO1和Cytb基因并测序。用ClustalW(1.... 目的分析广西、云南、湖南三地钉螺线粒体DNA细胞色素C氧化酶Ⅰ(CO1)基因和细胞色素氧化酶b(Cytb)基因的遗传变异。方法收集广西靖西、云南洱源和湖南岳阳三地钉螺,提取其基因组DNA,PCR法扩增线粒体CO1和Cytb基因并测序。用ClustalW(1.82)软件对所测基因序列排序,用MEGA(3.1)计算其碱基组成、转换及颠换;用Kimura双参数法计算遗传距离,用非加权组平均法(UPGMA)和最大简约法(MP)构建系统发生树。结果PCR扩增获得CO1和Cytb基因大小分别约为700及600bp(含两侧引物)。三地钉螺CO1基因中共检测到106个多态性位点,约占核苷酸总数的15.9%,Cytb基因中多态性位点为165个,约占核苷酸总数的28.5%。广西靖西与湖南岳阳、广西靖西与云南洱源的钉螺CO1基因和Cytb基因的遗传距离分别为0.051、0.158和0.031、0.405。根据CO1和Cytb的基因序列,用上述两种方法构建的系统发生树结果均一致。广西靖西与湖南岳阳的钉螺同属一个支系,云南洱源钉螺单独形成另一支系。结论广西、湖南和云南的钉螺CO1和Cytb基因总体上具有相对丰富的多态性。 展开更多
关键词 钉螺 细胞色素C氧化酶Ⅰ基因 细胞色素氧化酶b基因 遗传变异
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新疆塔什库尔干牦牛mtDNA Cytb基因和D-Loop区遗传多样性及系统进化分析 被引量:12
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作者 胡丹 钟金城 柴志欣 《家畜生态学报》 北大核心 2018年第11期11-16,共6页
为探究塔什库尔干牦牛的遗传多样性和起源进化关系,本研究通过测定和分析塔什库尔干牦牛10个个体细胞色素b基因(Cytb)和D-loop区全序列,分析多态性及构建系统进化树。结果表明:塔什库尔干牦牛Cytb基因全序列长度为1 140bp,4种核苷酸T、A... 为探究塔什库尔干牦牛的遗传多样性和起源进化关系,本研究通过测定和分析塔什库尔干牦牛10个个体细胞色素b基因(Cytb)和D-loop区全序列,分析多态性及构建系统进化树。结果表明:塔什库尔干牦牛Cytb基因全序列长度为1 140bp,4种核苷酸T、A、G、C的平均比例分别为27.72%、33.21%、12.92%、26.15%;在10个个体中鉴定出3种单倍型,3个变异位点,全部为转换,单倍型的多样性(Hd)为0.378,核苷酸的多样性(Pi)为0.00 205;D-loop区序列全长在890~910bp之间,4种核苷酸T、A、G、C的平均比例分别为26.12%、34.22%、25.27%、14.39%,共统计出36个SNP位点,其中转换11个,颠换21个,缺失3个,其单倍型多样性(Hd)为0.778,核苷酸多样性(Pi)为0.00 839。在基于Cytb基因的系统进化树中,塔什库尔干牦牛首先与巴州牦牛、青海牦牛聚为一类,之后与西藏牦牛、野牦牛聚为一类;在D-loop区的系统进化分析中,塔什库尔干牦牛则先与麦洼牦牛、大通牦牛聚为一类,之后与西藏牦牛、野牦牛聚为一类,展示出丰富的遗传多样性,同时进一步支持了牦牛和野牦牛划为牛亚科牦牛属的观点。 展开更多
关键词 塔什库尔干牦牛 细胞色素B基因 D-LOOP区 遗传多样性
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基于线粒体COⅠ和Cytb基因序列的锯眼蝶亚科和眼蝶亚科的系统发育分析(鳞翅目:眼蝶科) 被引量:7
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作者 殷先兵 郝家胜 +4 位作者 许丽 朱国萍 黄敦元 潘鸿春 张小平 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第12期1263-1271,共9页
为了阐明眼蝶科内一些存疑类群间的系统发生关系,本研究测定了其中最大的2个亚科锯眼蝶亚科和眼蝶亚科中分布于中国的9族17属21个种的COⅠ和Cytb基因的部分序列,并结合从GenBank中下载的2个国外种类的同源序列,进行了序列变异和系统发... 为了阐明眼蝶科内一些存疑类群间的系统发生关系,本研究测定了其中最大的2个亚科锯眼蝶亚科和眼蝶亚科中分布于中国的9族17属21个种的COⅠ和Cytb基因的部分序列,并结合从GenBank中下载的2个国外种类的同源序列,进行了序列变异和系统发生分析。序列分析结果显示:处理后的2基因总长度为1056bp,其中保守位点648个,可变位点408个,简约信息位点316个;A+T的平均含量为70.8%,明显高于C+G的平均含量29.2%。以蛱蝶科的2个物种为外群,通过邻接法、最大简约法和贝叶斯法重建了分子系统树,探讨了这两个亚科及其主要类群的系统发生关系,结果表明:眼蝶亚科、锯眼蝶亚科以及黛眼蝶族均为多系类群;眉眼蝶族和黛眼蝶族应从锯眼蝶亚科分离出来,归入眼蝶亚科;眼蝶族、白眼蝶族和莽眼蝶族可能具有较近的共同祖先;古眼蝶族、眉眼蝶族和矍眼蝶族三者之间具有较近的亲缘关系。 展开更多
关键词 鳞翅目 眼蝶科 COI基因 cytb基因 分子系统树 系统发育
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基于线粒体DNA分子标记的东太平洋茎柔鱼群体遗传多样性比较分析 被引量:11
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作者 刘连为 许强华 +3 位作者 陈新军 闫杰 余为 王从军 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期1618-1625,共8页
为合理开发利用东太平洋茎柔鱼资源,需要准确掌握其种群结构。基于线粒体细胞色素b(Cytb)与细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)2个分子标记对茎柔鱼赤道海域与秘鲁外海2个地理群体的遗传多样性现状进行比较分析。分析认为,基于Cytb基因所有... 为合理开发利用东太平洋茎柔鱼资源,需要准确掌握其种群结构。基于线粒体细胞色素b(Cytb)与细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)2个分子标记对茎柔鱼赤道海域与秘鲁外海2个地理群体的遗传多样性现状进行比较分析。分析认为,基于Cytb基因所有序列得到2个群体总的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为7、(0.397±0.079)、(0.00109±0.00096)和0.600,秘鲁外海群体单倍型多样性指数仅为(0.282±0.101),明显低于赤道海域群体。基于COⅠ基因所有序列得到2个群体总的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为17、(0.787±0.051)、(0.00290±0.00138)和1.802。单倍型网络关系图及两两群体间遗传分化系数Fst分析结果显示,赤道海域群体与秘鲁外海群体不存在显著的遗传差异(Cytb:Fst=0.00591,P〉0.05;COⅠ:Fst=0.05523,P〉0.05),2个地理群体可能在赤道海域海流的作用下发生基因交流。单倍型网络关系图、中性检验和核苷酸不配对分析结果均表明,茎柔鱼经历过近期群体扩张事件,发生群体扩张的时间在138900~167900年前。 展开更多
关键词 茎柔鱼 遗传多样性 遗传结构 细胞色素B基因 细胞色素氧化酶Ⅰ基因
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高邮湖大银鱼、太湖新银鱼Cytb和COⅠ基因序列多态性分析 被引量:11
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作者 李大命 孙文祥 +5 位作者 许飞 唐晟凯 刘燕山 谷先坤 刘小维 张彤晴 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期258-264,共7页
为探明高邮湖大银鱼、太湖新银鱼野生资源状况,利用线粒体DNA Cytb和COⅠ基因序列,对高邮湖大银鱼、太湖新银鱼的遗传多样性水平及遗传结构进行分析。试验结果显示,大银鱼Cytb基因序列全长1141 bp,其中多态性位点14个,共定义12个单倍型... 为探明高邮湖大银鱼、太湖新银鱼野生资源状况,利用线粒体DNA Cytb和COⅠ基因序列,对高邮湖大银鱼、太湖新银鱼的遗传多样性水平及遗传结构进行分析。试验结果显示,大银鱼Cytb基因序列全长1141 bp,其中多态性位点14个,共定义12个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.871±0.031和0.00172±0.00019,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征。COⅠ基因片段长度为630 bp,其中多态位点5个,共定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.747±0.041和0.00202±0.00019,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征;太湖新银鱼Cytb基因序列全长1141 bp,其中多态性位点13个,共定义9个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.609±0.078和0.00094±0.00027,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征。COⅠ基因片段长度为630 bp,其中多态位点2个,共定义3个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.232±0.085和0.00038±0.00014,呈现低单倍型多样性和低核苷酸多样性。大银鱼和太湖新银鱼Tajima′s D和Fu′Fs中性检验值为负值,且歧点分布曲线呈单峰型,表明历史上经历过种群扩张。研究结果表明,应通过多种措施加强高邮湖银鱼种质资源保护。 展开更多
关键词 大银鱼 太湖新银鱼 细胞色素B基因 细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ基因 遗传多样性 高邮湖
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广西、湖南、云南三地钉螺Cytb基因序列变异和系统进化研究 被引量:10
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作者 林睿 黎学铭 +2 位作者 胡缨 牛安欧 胡文庆 《中国病原生物学杂志》 CSCD 2008年第2期110-113,共4页
目的分析广西钉螺与云南、湖南钉螺Cytb基因的遗传多态性和系统进化关系。方法收集广西靖西、云南洱源和湖南岳阳三地钉螺,提取其基因组DNA,PCR法扩增线粒体Cytb基因并测序。用Clustal W(1.82)软件对所测得的Cytb基因序列进行排序,用MEG... 目的分析广西钉螺与云南、湖南钉螺Cytb基因的遗传多态性和系统进化关系。方法收集广西靖西、云南洱源和湖南岳阳三地钉螺,提取其基因组DNA,PCR法扩增线粒体Cytb基因并测序。用Clustal W(1.82)软件对所测得的Cytb基因序列进行排序,用MEGA3.1计算其碱基组成、转换及颠换;用Kimura双参数法计算遗传距离,用非加权组平均法(UPGMA)和最大简约法(MP)构建系统发生树,同时结合三地钉螺分布和孳生地等资料进行分析。结果PCR扩增获得Cytb基因大小为580 bp。三地钉螺Cytb基因序列富含碱基A和T,A+T平均含量为61.2%,表现出较强的碱基组成偏倚。三地钉螺Cytb基因578 bp的同源序列中检测到165个变异位点,约占核苷酸总数的28.5%。其中广西钉螺与湖南钉螺Cytb基因序列的变异位点为17个,约占2.94%;广西钉螺与云南钉螺Cytb基因序列的变异位点为160个,约占27.7%。广西钉螺与湖南、云南钉螺Cytb基因的遗传距离分别为0.031、0.405。采用两种方法构建的系统进化树均显示广西钉螺与湖南钉螺同属一个支系,云南钉螺单独形成另一支系。结论广西钉螺与云南钉螺存在较大基因差异,进化速率较大,保守性较小,遗传距离较大,亲缘关系较远;广西钉螺与湖南钉螺基因差异较小,相对保守,进化速率不太大,遗传距离较小,亲缘关系较近。 展开更多
关键词 钉螺 cytb基因 遗传多态性 系统进化
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用Cytb基因序列分析鉴定肉制品掺假 被引量:9
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作者 马伊萨兰 吕明星 +3 位作者 唐俊妮 陈娟 张荣 龙虎 《中国食品卫生杂志》 2016年第1期48-51,共4页
目的采用Cytb基因进行肉制品真伪鉴定的尝试性探索。方法随机采集21份肉制品样品,首先采用CTAB法方法提取样品DNA,基于Cytb基因的通用引物对21份样品DNA进行PCR扩增,把扩增产物进行测序,然后采用DNAMAN软件进行序列的比对分析。结果 CTA... 目的采用Cytb基因进行肉制品真伪鉴定的尝试性探索。方法随机采集21份肉制品样品,首先采用CTAB法方法提取样品DNA,基于Cytb基因的通用引物对21份样品DNA进行PCR扩增,把扩增产物进行测序,然后采用DNAMAN软件进行序列的比对分析。结果 CTAB方法适合肉制品的DNA提取。10份牛肉样品中9份与标注吻合,1份检测出是猪肉;2份羊肉样品中1份与标注吻合,1份检测是猪肉;2份猪肉样品中1份与标注吻合,1份检测是鸡肉;1份鸡肉样品与标注吻合;6份牦牛肉样品中2份与标注吻合,4份检测是水牛肉。结论用Cytb基因序列分析比对方法适合肉制品的真伪鉴定,市场上肉制品存在掺假问题。 展开更多
关键词 肉制品 鉴定 PCR cytb基因 测序 食品 掺假
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中甸牦牛mtDNA Cytb基因遗传多样性及系统进化分析 被引量:10
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作者 涂世英 宋娜娜 +1 位作者 柴志欣 钟金城 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第10期2680-2687,共8页
为从分子水平上探究中甸牦牛的遗传多样性和起源进化关系,本研究通过测定和分析中甸牦牛15个个体细胞色素b基因(Cytb)全序列,分析多态性及构建系统进化树。结果表明,中甸牦牛Cytb基因全序列长度为1 140bp,T、A、G和C含量分别为26.3%、31... 为从分子水平上探究中甸牦牛的遗传多样性和起源进化关系,本研究通过测定和分析中甸牦牛15个个体细胞色素b基因(Cytb)全序列,分析多态性及构建系统进化树。结果表明,中甸牦牛Cytb基因全序列长度为1 140bp,T、A、G和C含量分别为26.3%、31.8%、13.1%和28.8%;在15个个体中鉴定出3种单倍型,3个变异位点,其中2个转换、1个颠换,单倍型多样性(Hd)为0.2571,核苷酸多样性(Pi)为0.00035。系统进化树中,中甸牦牛首先与野牦牛聚为一类,之后与美洲野牛聚为一类,说明中甸牦牛与野牦牛和美洲野牛的亲缘关系较近、遗传相似性高,而与其他牛属的遗传相似性相对较低。遗传距离分析结果发现,中甸牦牛和野牦牛的遗传距离最近,结合分子生物学、古生物学等学科知识进一步支持了牦牛和野牦牛划为牛亚科牦牛属的观点。 展开更多
关键词 中甸牦牛 细胞色素B基因 系统进化 遗传多样性
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基于Cytb基因的江苏省大银鱼种群遗传多样性和遗传结构分析 被引量:10
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作者 李大命 唐晟凯 +5 位作者 刘燕山 谷先坤 刘小维 殷稼雯 张彤晴 潘建林 《上海海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期416-425,共10页
为了解江苏省湖泊大银鱼(Protosalanx hyalocranius)种群遗传多样性及遗传结构,基于PCR扩增与测序技术对太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖等4个群体共160尾大银鱼的线粒体Cytb基因序列进行分析。结果显示,160条Cytb基因序列共发现25个变异... 为了解江苏省湖泊大银鱼(Protosalanx hyalocranius)种群遗传多样性及遗传结构,基于PCR扩增与测序技术对太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖等4个群体共160尾大银鱼的线粒体Cytb基因序列进行分析。结果显示,160条Cytb基因序列共发现25个变异位点,其中单一信息位点11个,简约信息位点14个。4个群体中共检测到23个单倍型,单倍型和核苷酸多样性分别为0.878±0.014和0.0021±0.0001,呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性模式。4个群体中,高邮湖群体的单倍型多样性最高(0.871±0.031),太湖群体的核苷酸多样性最高(0.0029±0.0001)。洪泽湖群体的单倍型和核苷酸多样性均最低,分别为0.755±0.455和0.0013±0.0001。分子方差分析结果显示,大银鱼群体间的遗传变异占15.13%,群体内的遗传变异占84.87%,遗传变异主要发生在群体内。遗传分化指数Fst值统计表明:高邮湖、洪泽湖和骆马湖群体之间无显著性差异,但均与太湖群体存在显著性差异,应将太湖群体与其他3个群体作为不同的进化单元进行管理和保护。核苷酸不配对分布和中性检验结果均显示大银鱼经历了近期的群体扩张事件,推测扩张时间在10.3万~4.1万年前,属于更新世晚期。虽然江苏省4个湖泊大银鱼种群的遗传多样性较高,但其资源量已经呈现出明显衰退迹象,应加强相应的渔业管理和保护措施,合理开发和利用大银鱼资源,做到可持续发展。 展开更多
关键词 大银鱼 细胞色素B基因 遗传多样性 种群结构
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基于线粒体COⅠ和Cytb基因序列研究粉蝶科七属间的系统发生关系 被引量:8
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作者 乔枫 陈振宁 +3 位作者 陈志 谢惠春 尚军 柯君 《应用昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期127-138,共12页
【目的】为了探讨粉蝶科Pieridae 7属的系统进化关系。【方法】基于线粒体COⅠ(609 bp)和Cytb(393 bp)基因部分序列,以眼蝶科的2个物种为外类群,运用UPGMA和ME法重建分子系统树。【结果】联合基因构建的分子系统树显示:外群牧女珍眼蝶Co... 【目的】为了探讨粉蝶科Pieridae 7属的系统进化关系。【方法】基于线粒体COⅠ(609 bp)和Cytb(393 bp)基因部分序列,以眼蝶科的2个物种为外类群,运用UPGMA和ME法重建分子系统树。【结果】联合基因构建的分子系统树显示:外群牧女珍眼蝶Coenonympha amaryllis(Cramer)和阿芬眼蝶Aphantopus hyperantu(Linnaeus)构成一独立支系,可以作为外群;云粉蝶属和粉蝶属姊妹关系构成一分支,亲缘关系较近;襟粉蝶属与钩粉蝶属形成姐妹关系,亲缘关系较近。【结论】成功重建了粉蝶科7属的系统进化关系。 展开更多
关键词 粉蝶科 COⅠ基因 cytb基因 系统发生
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