家蚕肠道细菌群体调查与分析 被引量：41

1

作者 袁志辉 蓝希钳 +2 位作者 杨廷 肖杰 周泽扬 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期285-291,共7页

目前,环境微生物中绝大部分是无法获得纯培养的。为了比较全面地了解家蚕肠道的细菌群体结构,研究采用了非培养法和传统培养法相结合的方法进行调查分析。非培养法是先直接提取家蚕肠道中的微生物群体基因组DNA,用PCR法扩增细菌16S rRN... 目前,环境微生物中绝大部分是无法获得纯培养的。为了比较全面地了解家蚕肠道的细菌群体结构,研究采用了非培养法和传统培养法相结合的方法进行调查分析。非培养法是先直接提取家蚕肠道中的微生物群体基因组DNA,用PCR法扩增细菌16S rRNA基因,建立16S rDNA文库;再以限制性片段长度多态性(RFLP)方法从文库中筛选可能不同细菌来源的克隆,并测定其核苷酸序列。将所获得的序列与GenBank数据库进行BLAST比对分析,并通过系统发育分析,推测它们可能代表的细菌种属,以及对家蚕生长发育所起的作用。结果表明,家蚕肠道中的细菌主要是节杆菌属、乳杆菌属、大肠杆菌属、芽胞杆菌属、葡萄球菌属、假单胞菌属。它们在家蚕消化利用桑叶和疾病预防中可能有着重要意义。非培养法和培养法均有各自的长处和不足,两者具有较强的互补性。 展开更多

关键词 家蚕肠道细菌 群体基因组DNA 16S RRNA 非培养法

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桑树内生细菌多样性及内生拮抗活性菌群的研究 被引量：26

2

作者 任慧爽 徐伟芳 +2 位作者 王爱印 左伟东 谢洁 《西南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期36-45,共10页

为探究桑树内生细菌多样性,获得拮抗性内生菌,开发利用桑树内生菌资源,通过非培养法构建16S rDNA文库,并结合组织分离培养法对桐乡青(桑树品种)内生细菌的种群特征进行了研究.非培养法研究结果显示所构建文库的111个阳性克隆属于22个分... 为探究桑树内生细菌多样性,获得拮抗性内生菌,开发利用桑树内生菌资源,通过非培养法构建16S rDNA文库,并结合组织分离培养法对桐乡青(桑树品种)内生细菌的种群特征进行了研究.非培养法研究结果显示所构建文库的111个阳性克隆属于22个分类单元,其分属于3门10属,其中,鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、Massilia和甲基杆菌属(Methylobacterium)为优势菌属;使用不同培养基通过培养法从桐乡青茎中获得25个内生细菌分离株,基于16S rDNA序列系统发育分析其属于15个分类单元,其分属于3门12属,其中肠杆菌属(Enterobacter)、芽孢杆菌属(Bacillus)和泛菌属(Pantoea)为优势菌属.培养法得到的内生细菌种群与非培养法差异较大,仅假单胞菌属(Pseudomonas)和鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)为共同菌属,且培养法得到的内生细菌多样性和均匀度指数(H'2.54,D 0.91,J 0.79)均高于非培养法(H'2.21,D 0.84,J 0.48).采用抑菌圈法,以10株植物病原菌作为指示菌,结果显示多达18株桑树内生细菌对一种或多种病原菌有抑制作用.综上结果表明,桑树内生细菌具有丰富的多样性,并且包含大量具有抗菌活性的菌株,以桐乡青材料为例,抗菌活性菌株约占其内生细菌的72%. 展开更多

关键词 桑树内生菌 非培养法 培养法 多样性 拮抗菌

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杂交玉米农大108及其亲本种子内生细菌群落的多样性 被引量：26

3

作者 刘洋 左山 +2 位作者 邹媛媛 王建华 宋未 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第23期4763-4771,共9页

【目的】研究不同基因型玉米对其种子内生细菌群落结构的影响。【方法】通过构建16S rDNA文库的非培养方法,对杂交玉米组合农大108正、反交及其亲本种子内生细菌群落多样性进行研究。【结果】两后代种子内生细菌分别含46和42个OTU,第一... 【目的】研究不同基因型玉米对其种子内生细菌群落结构的影响。【方法】通过构建16S rDNA文库的非培养方法,对杂交玉米组合农大108正、反交及其亲本种子内生细菌群落多样性进行研究。【结果】两后代种子内生细菌分别含46和42个OTU,第一优势菌属均为Pseudomonas,丰度分别为34.29%和34.00%;亲本玉米黄C和178种子内生细菌分别含17和11个OTU,第一优势菌属分别为Enterobacter及Burkholderia,丰度分别为49.13%和89.72%。母本玉米黄C种子内生细菌群落中Roseateles、Enterobacter、Pseudomonas及Sphingomonas4个菌属与父本178种子内生细菌群落中Pseudomonas、Ralstonia、Paenibacillus及Bacillus 4个菌属存在其正交后代种子中。母本178种子内生细菌群落中Acinetobacter、Pseudomonas、Ralstonia、Paenibacillus及Bacillus 5个菌属与父本黄C种子内生细菌群落中Roseateles、Citrobacter、Pantoea、Pseudomonas、Stenotrophomonas及Escherichia 6个菌属存在其反交后代种子中。【结论】遗传相关的杂交玉米农大108正、反交后代其亲本在内生细菌群落结构具有一定的关联性。 展开更多

关键词 杂交玉米 农大108 种子内生细菌 群落多样性 非培养方法

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硝尔库勒湖沉积物中非培养放线菌多样性 被引量：21

4

作者 关统伟 吴晋元 +4 位作者 职晓阳 唐蜀昆 徐丽华 李文均 张利莉 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期851-856,共6页

【目的】认识和了解盐湖沉积环境中放线菌的多样性,为今后的开发和利用奠定基础。【方法】应用免培养技术和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对新疆硝尔库勒盐湖沉积物中放线菌的多样性进行了研究。实验采用SDS-CTAB法提取土样中总D... 【目的】认识和了解盐湖沉积环境中放线菌的多样性,为今后的开发和利用奠定基础。【方法】应用免培养技术和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对新疆硝尔库勒盐湖沉积物中放线菌的多样性进行了研究。实验采用SDS-CTAB法提取土样中总DNA,利用放线菌特异性引物对土样总DNA进行16S rRNA基因扩增,并构建16S rRNA基因克隆文库;对随机挑选的160个克隆通过酶切筛选出51个不同图谱的重组克隆,并对其测序。【结果】所获得的51个克隆序列属于39个OTUs,其中52.9%的克隆序列分布于放线菌门(phylum Actinobacteria)放线菌亚(Actinobacteridae)的5个亚目和酸微菌亚纲(Acidimicrobidae)中,并且在这两个亚纲中有大量克隆序列属于放线菌的新类群,另外47.1%的克隆序列以极高的自展值在放线菌门内支持形成一个独立的大分支,极有可能代表一个新亚目或更高级分类单元的类群。【结论】这些研究结果说明硝尔库勒盐湖中存在有较为丰富的放线菌系统发育多样性,并且潜藏着新类型的放线菌资源。 展开更多

关键词 硝尔库勒湖 系统发育 放线菌多样性 免培养方法

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云南腾冲热泉土壤微生物基因组文库的构建与分析 被引量：15

5

作者 蔡莹 陈秀珍 +2 位作者 杨克迁 黄力 董志扬 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期427-431,共5页

采用冻融、蛋白酶K、SDS-高盐-加热处理法联合的方法，直接从云南腾冲地区的一个弱碱性高温热泉沉积样品中提取和分离环境混合基因组DNA，产量为每克样品1～2μg DNA，用Promega试剂盒纯化后进行PstⅠ部分酶切处理，电泳回收3～8kb的片... 采用冻融、蛋白酶K、SDS-高盐-加热处理法联合的方法，直接从云南腾冲地区的一个弱碱性高温热泉沉积样品中提取和分离环境混合基因组DNA，产量为每克样品1～2μg DNA，用Promega试剂盒纯化后进行PstⅠ部分酶切处理，电泳回收3～8kb的片段后，构建了pSK（＋）为载体的基因组文库，共获得25000个阳性克隆，平均插入片段长度为4．6kb。通过随机DNA序列测定和基因注释，发现外源插入片段含有未见报道的序列。 展开更多

关键词 免培养技术 未培养微生物 环境基因组文库

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新疆泥火山细菌遗传多样性 被引量：15

6

作者 马小龙 王芸 +7 位作者 杨红梅 王纯利 毛培宏 金湘 常玮 房世杰 张评浒 娄恺 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第7期3722-3728,共7页

为了解新疆乌苏泥火山细菌多样性,从泥火山泥浆样品中直接提取总DNA,构建了含150个有效转化子的泥火山细菌16SrDNA基因文库,转化子经菌液PCR及HaeⅢ酶切后获得16个不同带型,克隆测序结果表明,其分属于16个不同的分类单元。一部分序列与... 为了解新疆乌苏泥火山细菌多样性,从泥火山泥浆样品中直接提取总DNA,构建了含150个有效转化子的泥火山细菌16SrDNA基因文库,转化子经菌液PCR及HaeⅢ酶切后获得16个不同带型,克隆测序结果表明,其分属于16个不同的分类单元。一部分序列与已知细菌类群的16SrDNA序列相似性较高,归属变形菌门(Proteobacteria),厚壁菌门(Firmicutes),梭杆菌门(Fusobacteria),放线菌门(Actinobacteria);另外一部分序列与已知细菌类群的16S rDNA序列同源性较低,可能代表新的分类单位。研究结果显示,泥火山环境中微生物种群丰富,值得进一步研究。 展开更多

关键词 泥火山 微生物多样性 非培养方法 系统发育

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口臭患者舌背菌群分析 被引量：14

7

作者 王菁 王明荣 王者玲 《北京口腔医学》 CAS 2010年第1期25-29,41,共6页

目的分析口臭患者舌背菌群多样性变化的规律。方法采集7名口臭患者和4名健康者舌苔标本,使用通用引物扩增标本中所有细菌的16SrDNA片段,测序分析并构建舌背微生物的种系进化树。结果共检测212个克隆,口臭组136个,鉴定出42种微生物(包括... 目的分析口臭患者舌背菌群多样性变化的规律。方法采集7名口臭患者和4名健康者舌苔标本,使用通用引物扩增标本中所有细菌的16SrDNA片段,测序分析并构建舌背微生物的种系进化树。结果共检测212个克隆,口臭组136个,鉴定出42种微生物(包括9种尚不能确定的微生物);对照组76个克隆,鉴定出23种微生物(包括7种尚不能确定的微生物)。2组标本中检出率最高、检出数目最多的菌种均为链球菌;其中17种已知细菌只在口臭患者舌苔上检出,检出率最高的是叶瘤杆菌(85.7%),殊异韦荣氏菌(71.4%)和Solobacterium moorei(57.1%)。结论口臭组舌背菌群的生物多样性高于对照组。叶瘤杆菌、殊异韦荣氏菌、Solobacterium moorei可能与口臭的产生相关,需进一步研究证实。 展开更多

关键词 口臭 细菌 非培养技术 系统进化树

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蝎子肠道内微生物多样性研究 被引量：9

8

作者 王保军 刘缨 +3 位作者 姜嘉彤 刘斌 刘双江 张佳月 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期888-893,共6页

蝎子是一种重要的药用动物,还具有很高的营养价值。分别采用非培养和纯培养方法研究蝎子肠道内的微生物群落,结果表明,非培养方法检测到的蝎子肠道内微生物大部分属于α,β,γ-Proteobacteria类群,纯培养法分离到的菌株多属于高G+C含量... 蝎子是一种重要的药用动物,还具有很高的营养价值。分别采用非培养和纯培养方法研究蝎子肠道内的微生物群落,结果表明,非培养方法检测到的蝎子肠道内微生物大部分属于α,β,γ-Proteobacteria类群,纯培养法分离到的菌株多属于高G+C含量的革兰氏阳性菌,两种方法都检测到肠杆菌属(Enterobacter)、沙雷氏菌属(Serratia)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)菌株,综合两种方法检测结果,蝎子肠道微生物共包括23个属,分别是肠杆菌属(Enterobacter)、沙雷氏菌属(Serratia)、假单胞菌属(Pseudomonas)、不动杆菌属(Acinetobacter)、气单胞菌属(Aeromonas)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、土地杆菌属(Pedobacter)、代尔夫特菌属(Delftia)、罗尔斯通氏菌属(Ralstonia)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)、鞘鞍醇单胞菌属(Sphingomonas)、微小杆菌属(Exiguobacterium)、戈登氏菌属(Gordonia)、诺卡氏菌属(Nocardia)、红球菌属(Rhodococcus)、两面神菌属(Janibacter)、考克氏菌属(Kocuria)、微球菌属(Micrococcus)、壤霉菌属(Agromyces)、微杆菌属(Microbacterium)、土壤球菌属(Agrococcus)、异常球菌属(Deinococcus)、鸟氨酸微菌属(Ornithinimicrobium),还有一些属于不能培养的未知菌。 展开更多

关键词 蝎子 肠道微生物 非培养方法 纯培养方法 菌群多样性

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西沙野生诺尼种子内生细菌群落多样性的初步研究 被引量：11

9

作者 刘洋 李辉 +5 位作者 李金霞 曹艳花 姚粟 白飞荣 谭望桥 程池 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期142-147,共6页

通过构建16S rDNA克隆文库的非培养方法对我国西沙野生诺尼种子内生细菌群落结构多样性进行研究,共涉及Proteobacteria、Firmicutes、Bacteroidetes及Actinobacteria四大类群,包含33个属,42个OTU,优势菌属(丰度)依次为Enterobactersp.(1... 通过构建16S rDNA克隆文库的非培养方法对我国西沙野生诺尼种子内生细菌群落结构多样性进行研究,共涉及Proteobacteria、Firmicutes、Bacteroidetes及Actinobacteria四大类群,包含33个属,42个OTU,优势菌属(丰度)依次为Enterobactersp.(17.55%)、Bacillussp.(16.79%)、Acinetobactersp.(6.11%)、Pseudomonassp.(6.11%)及Piscinibactersp.(6.11%)。这是国内外首次利用非培养方法针对诺尼种子内生细菌群落多样性进行研究的报道。 展开更多

关键词 诺尼 种子 内生细菌 群落多样性 非培养方法

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基于rDNA ITS序列的油茶叶片内生真菌多样性研究(英文) 被引量：10

10

作者 周生亮 闫淑珍 +1 位作者 吴振莹 陈双林 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期819-830,共12页

油茶是我国热带和亚热带地区广泛栽培的一类重要的经济树种,其种子可生产优质食用油(茶油)。为了比较全面地了解油茶的内生真菌多样性,采用基于rDNA ITS的免培养法从油茶叶片中提取了总DNA,再从总DNA样本中直接扩增了内生真菌核糖体RNA... 油茶是我国热带和亚热带地区广泛栽培的一类重要的经济树种,其种子可生产优质食用油(茶油)。为了比较全面地了解油茶的内生真菌多样性,采用基于rDNA ITS的免培养法从油茶叶片中提取了总DNA,再从总DNA样本中直接扩增了内生真菌核糖体RNA基因内转录间隔区序列(ITS),进而构建了ITS克隆文库。共计从50个克隆子中获得了22种不同的克隆序列,其中3个为嵌合体,7个归属为植物,其余克隆序列根据序列相似性和系统发育分析归为12个不同的分类操作单元(OTUs),全部为子囊菌,分属于4纲4目,其中Aspergillus属2种,Mycosphaerellaceae科1种,Sordariales目4种,Helotiales目5种,Aspergillus属真菌是优势菌。结果表明油茶叶片内生真菌的种类分布较广。 展开更多

关键词 油茶 内生真菌 多样性 免培养法 系统发育分析

原文传递

超级杂交水稻种子内生细菌群落结构及其多样性 被引量：10

11

作者 刘洋 赵燃 +7 位作者 黎妮 曹艳花 张超 白飞荣 张欣 袁隆平 王伟平 程池 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期31-36,共6页

通过采用构建16S r DNA克隆文库的非培养方法,对超级杂交水稻品种"深两优5814"及"Y两优900"种子内生细菌群落结构多样性进行研究。实验表明,"深两优5814"种子内生细菌含13个OUT,第一优势菌属为Pantoea,... 通过采用构建16S r DNA克隆文库的非培养方法,对超级杂交水稻品种"深两优5814"及"Y两优900"种子内生细菌群落结构多样性进行研究。实验表明,"深两优5814"种子内生细菌含13个OUT,第一优势菌属为Pantoea,丰度为89.44%,第二优势菌和第三优势菌分别为Flavobacterium及Methylobacterium;"Y两优900"种子内生细菌含13个OUT,第一优势菌属为Pantoea,丰度为76.11%,第二优势菌和第三优势菌分别为Pseudomonas及Xanthomonas。由研究可见,泛菌属细菌为水稻种子中的优势菌群,同时,水稻种子基因型对其内生细菌的丰度及多样性具有一定的影响。 展开更多

关键词 超级杂交水稻 种子内生细菌 非培养方法 群落多样性

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天然香料植物油樟叶可培养内生细菌群落结构与多样性 被引量：9

12

作者 周万海 杨立艳 +6 位作者 李苗 黄金凤 梁玉娟 王鑫 罗思灿 魏琴 刘洋 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2019年第20期43-51,共9页

该文旨在研究天然香料植物油樟叶内生细菌群落组成。利用传统平板分离法对春夏秋冬4个季节油樟叶内生细菌进行分离,并通过形态观察挑取166株有代表性的菌株进行基于16S rDNA基因序列的系统发育和多样性分析。结果表明,不同季节油樟叶片... 该文旨在研究天然香料植物油樟叶内生细菌群落组成。利用传统平板分离法对春夏秋冬4个季节油樟叶内生细菌进行分离,并通过形态观察挑取166株有代表性的菌株进行基于16S rDNA基因序列的系统发育和多样性分析。结果表明,不同季节油樟叶片中的内生细菌数量在0.7×10^3~4.5×10^4 CFU/g,其中秋季的数量最多。扩增16S rDNA基因序列鉴定所得菌株可分为3个门13个属40个种,其中春季9个属23个种,夏季4个属4个种,秋季5个属11个种,冬季1个属2个种,4个季节优势菌均为芽胞杆菌(Bacillus),且不同季节的内生细菌种群数量、均匀度、优势度存在差异,秋季群种类较丰富,优势属突出,且分布均匀,冬季多样性、优势度和均匀度较低。该研究为进一步挖掘油樟与其内生菌之间的互作关系提供参考依据,可为深入研究油樟叶内生菌与其物质代谢和樟油合成调控提供供试菌种资源基础。 展开更多

关键词 油樟 叶片 内生细菌 可培养方法 多样性

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3个杂交水稻亲本成熟期种子内生细菌多样性研究 被引量：8

13

作者 李南南 黎妮 +4 位作者 曹艳花 张欣 肖明 刘洋 王伟平 《食品科学技术学报》 CAS 2017年第4期56-64,共9页

通过传统微生物培养方法,对成熟期的杂交水稻亲本"深08S"、"和620S"及"16A007"种子内生细菌群落结构多样性进行分析。实验表明,处于成熟期的杂交水稻亲本种子内生细菌群落结构具有多样性。"深08S&qu... 通过传统微生物培养方法,对成熟期的杂交水稻亲本"深08S"、"和620S"及"16A007"种子内生细菌群落结构多样性进行分析。实验表明,处于成熟期的杂交水稻亲本种子内生细菌群落结构具有多样性。"深08S"种子内生细菌含40个分类操作单元(operational taxonomic units,OTU),分属Firmicutes、Proteobacteria、Actinobacteria及Bacteroidetes类群,其中,第一优势菌属为Rhizobium,丰度为15.83%,第二优势菌属为Bacillus,第三优势菌属为Sphingomonas和Curtobacterium。"和620S"种子内生细菌含20个OTU,分属Firmicutes、Proteobacteria及Actinobacteria类群,其中,第一优势菌属为Curtobacterium,丰度为25.33%,第二和第三优势菌属分别为Microbacterium和Pantoea。"16A007"种子内生细菌含24个OTU,分属Firmicutes、Proteobacteria及Actinobacteria类群,其中,第一优势菌属为Pantoea,丰度为35.00%,第二优势菌属和第三优势菌属分别为Micrococcus和Pseudomonas。相比处于灌浆期的水稻种子内生细菌,成熟期的水稻种子内生细菌更丰富,种类更多。由研究可见,种子内生细菌的种类随种子成熟度而变化,成熟期的水稻种子具有丰富的内生菌资源,可为开发新的植物益生菌剂奠定基础,且水稻种子内生细菌的组成与水稻品种有一定的关系。 展开更多

关键词 杂交水稻亲本 成熟期 种子内生细菌 可培养方法 群落多样性

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干腌火腿中微生物多样性及其分析方法的研究进展 被引量：7

14

作者 陈林 王正莉 +2 位作者 吉莉莉 王卫 张佳敏 《中国调味品》 CAS 北大核心 2020年第11期178-180,共3页

干腌火腿具有原料特别、制作精细、风味独特的优点。干腌火腿生产过程中微生物群落、演替和功能代谢对火腿品质有着重要的影响。文章对干腌火腿中微生物多样性的研究方法进行了总结与分析,以期对我国干腌火腿的基础研究和产业化开发提... 干腌火腿具有原料特别、制作精细、风味独特的优点。干腌火腿生产过程中微生物群落、演替和功能代谢对火腿品质有着重要的影响。文章对干腌火腿中微生物多样性的研究方法进行了总结与分析,以期对我国干腌火腿的基础研究和产业化开发提供理论依据和方法参考。 展开更多

关键词 干腌火腿 微生物多样性 免培养分析法

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生物浸矿反应器中的微生物种群结构及其中可培养微生物的特征 被引量：6

15

作者 刘艳阳 郭旭 姜成英 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期244-250,共7页

【目的】本文旨在了解生物浸矿反应器中的微生物种群结构及其中可培养微生物的特征。【方法】通过构建微生物冶金反应器中矿浆原样的16S rRNA基因文库,测定16S rRNA基因序列,分析矿浆中种群结构。同时在不同培养条件下,对样品进行富集培... 【目的】本文旨在了解生物浸矿反应器中的微生物种群结构及其中可培养微生物的特征。【方法】通过构建微生物冶金反应器中矿浆原样的16S rRNA基因文库,测定16S rRNA基因序列,分析矿浆中种群结构。同时在不同培养条件下,对样品进行富集培养,分离获得纯菌株;并对各个菌株的16S rRNA基因序列,生理生化特征及对不同矿物的氧化能力进行了分析。【结果】研究中所选生物浸矿反应器中主要的微生物物种有细菌:Leptospirillum sp.,Sulfobacillus sp.,Acidithiobacillus sp.,Spingomonas sp.及古菌Sulfolobus sp.,Ferroplasma sp.等菌属。同时分离出5株纯菌株,这些菌分别与Acidithiobacillus thiooxidans,Acidithiobacillus caldus,Acidithiobacillus ferrooxidans,Leptospirillum ferriphilum,Sulfobacillus thermosul fidooxidans相似。分离获得的菌株具有氧化硫或二价铁和不同硫化矿的能力。【结论】生物浸矿反应器是个微生物种类相对简单的生境,利用非培养和培养技术全面地了解生物浸矿体系中的微生物群落及其生理、浸矿特性,有利于洞察生物浸矿过程中微生物种群结构,强化控制种群组成及浸矿活性,从而提高生物湿法冶金的效率。 展开更多

关键词 生物浸矿 喜温硫杆菌 硫化叶菌 非培养技术

原文传递

百脉根根瘤内根瘤菌与假单胞菌的多样性分析 被引量：3

16

作者 沈红玲 梁红丽 +3 位作者 达晓玉 王楠 罗堂亮 万传星 《塔里木大学学报》 2022年第1期1-10,共10页

为了探索百脉根根瘤内生菌多样性,揭示百脉根根瘤内根瘤菌与假单胞菌的多样性及其互作关系并寻找能结瘤的根瘤菌,本研究采用免培养和可培养相结合的方法对百脉根根瘤内生菌的多样性进行分析,采用平板对峙法对根瘤菌与假单胞菌的互作关... 为了探索百脉根根瘤内生菌多样性,揭示百脉根根瘤内根瘤菌与假单胞菌的多样性及其互作关系并寻找能结瘤的根瘤菌,本研究采用免培养和可培养相结合的方法对百脉根根瘤内生菌的多样性进行分析,采用平板对峙法对根瘤菌与假单胞菌的互作关系进行初步研究。结果表明:免培养法从百脉根根瘤内检测到内生菌分属于17门31纲69目103科140属,可培养法分离鉴定了3门4纲12目17科28属的内生细菌,根瘤菌与假单胞菌为优势种群。免培养法从百脉根根瘤内检测到根瘤菌有中慢生根瘤菌属、氨基杆菌属、茎根瘤菌属、新根瘤菌属、副根瘤菌属、根瘤菌属、剑菌属和申氏杆属,可培养法从百脉根根瘤内分离获得6属11种根瘤菌,分别为新泻氨基杆菌(TRM95017)、纤维素根瘤菌(TRM95031)、甘薯根瘤菌(TRM95046)、罗氏根瘤菌(TRM95060)、葡萄汁新根瘤菌(TRM95085)、附著剑菌(TRM95093)、鸡眼草申氏杆菌(TRM95114)、谷粒申氏杆菌(TRM95115)、动胶菌样申氏杆菌(TRM95116)、桑娟中慢生根瘤菌(TRM95624)和戈壁中慢生根瘤菌(TRM95240)。对可培养法分离获得的根瘤菌进行结瘤实验,从中筛选到一株结瘤根瘤菌为新泻氨基杆菌(TRM95017)。对峙法结果表明能够与根瘤菌融合共生的假单胞菌有鱼假单胞菌(TRM95006)、恶臭假单胞菌(TRM95007)、猴假单胞菌(TRM95024)等13种。研究表明百脉根根瘤内根瘤菌与假单胞菌物种多样性丰富,为生物固氮研究储备了重要的菌种资源。 展开更多

关键词 百脉根根瘤 根瘤菌 假单胞菌 免培养法 可培养法

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基于免培养的微生物群落多样性研究方法概述 被引量：4

17

作者 李冬娟 《长沙大学学报》 2019年第5期73-76,共4页

微生物群落多样性问题已成为现在的研究热点.有关微生物群落多样性的研究方法由最初的传统培养方法、生化鉴定、分子测序逐渐发展为免培养方法.通过对免培养方法进行概述,并对各类方法的优缺点进行简单阐述.免培养方法主要分为两类:一... 微生物群落多样性问题已成为现在的研究热点.有关微生物群落多样性的研究方法由最初的传统培养方法、生化鉴定、分子测序逐渐发展为免培养方法.通过对免培养方法进行概述,并对各类方法的优缺点进行简单阐述.免培养方法主要分为两类:一类是不基于微生物总基因组DNA的分析方法;另一类是基于微生物总基因组DNA的分析方法.目前研究微生物群落多样性主要采用高通量测序技术. 展开更多

关键词 微生物群落 微生物多样性 免培养方法

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16S rRNA基因文库方法在感染标本菌群分析中的应用 被引量：4

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作者 常玉梅 刘海燕 《解放军医药杂志》 CAS 2013年第1期57-59,共3页

目的探讨16S rRNA基因文库方法对感染标本菌群的鉴定效果。方法采集70例创伤患者的感染伤口脓液或渗出液标本,使用通用引物扩增标本中所有细菌的16S rRNA基因片段,构建16S rRNA基因文库,挑取阳性克隆测序,分析感染细菌的数量与种类。结... 目的探讨16S rRNA基因文库方法对感染标本菌群的鉴定效果。方法采集70例创伤患者的感染伤口脓液或渗出液标本,使用通用引物扩增标本中所有细菌的16S rRNA基因片段,构建16S rRNA基因文库,挑取阳性克隆测序,分析感染细菌的数量与种类。结果从150个克隆子中检测7种不同酶切类型的克隆,鉴定出7类微生物,其中屎肠球菌种类最多,占88%,坚强肠球菌比例占2%,另5类序列与非可培养细菌类群的16S rRNA基因序列相似性较高,均占2%。结论感染标本中屎肠球菌含量丰富,应用16S rRNA基因文库的方法可有效分离到感染标本中的非可培养菌。 展开更多

关键词 创伤和损伤 感染 基因表达调控 细菌 基因克隆文库方法

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环境中未培养微生物的研究进展 被引量：2

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作者 胡俊 万欢 吴根福 《农机化研究》 北大核心 2007年第8期1-3,38,共4页

未培养微生物是指迄今在实验室的条件下无法纯培养的微生物。由于这类微生物在自然环境微生物群落中占有非常高的百分比(约为99%),无论是其物种类群,还是新陈代谢途径、生理生化反应与产物等,都存在着不同程度的新颖性和丰富的多样性,... 未培养微生物是指迄今在实验室的条件下无法纯培养的微生物。由于这类微生物在自然环境微生物群落中占有非常高的百分比(约为99%),无论是其物种类群,还是新陈代谢途径、生理生化反应与产物等,都存在着不同程度的新颖性和丰富的多样性,因而其中势必蕴涵着巨大的生物资源。所以,对各种自然环境微生物尤其是对未培养微生物进行广泛深入的研究,不仅是微生物学基础理论研究的需要,也是未培养微生物资源开发利用的基础。 展开更多

关键词 农业基础学科 未培养微生物 综述 分子生物学 非培养法 细菌

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新疆沙湾冷泉沉积物的细菌系统发育多样性 被引量：2

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作者 曾军 杨红梅 +4 位作者 徐建华 吴江超 张涛 孙建 娄恺 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第21期5728-5735,共8页

为了解新疆沙湾冷泉沉积物的细菌群落组成与类群多样性,利用免培养方法直接从沙湾冷泉沉积物中提取环境总DNA,构建细菌16S rRNA基因文库。对随机挑选的241个细菌阳性克隆子进行HaeIII酶切分型得到86个可操作分类单元(OTUs),系统发育分... 为了解新疆沙湾冷泉沉积物的细菌群落组成与类群多样性,利用免培养方法直接从沙湾冷泉沉积物中提取环境总DNA,构建细菌16S rRNA基因文库。对随机挑选的241个细菌阳性克隆子进行HaeIII酶切分型得到86个可操作分类单元(OTUs),系统发育分析将其归为11个门:放线菌门(Actinobacteria),酸杆菌门(Acidobacteria),拟杆菌门(Bacteroidetes),绿菌门(Chlorobi),蓝细菌门(Cyanobacteria),厚壁菌门(Firmicutes),芽单胞菌门(Gemmatimonadetes),硝化螺旋菌门(Nitrospirae),变形菌门(Proteobacteria),浮霉菌门(Planctomycetes),疣微菌门(Verrucomicrobia)。其中酸杆菌门和变型菌门为优势类群,分别占细菌克隆文库的48%和25%。超过1/3的OTUs序列与GenBank中已存序列具有较低相似性(相似性小于95%)。此外20%左右的克隆子与固氮细菌和硝酸盐氧化细菌相关。研究结果表明,新疆沙湾冷泉沉积物中细菌种类丰富,代谢类型多样而且存在大量未知类群。 展开更多

关键词 冷泉 地下水生态系统 细菌多样性 免培养法

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