2013—2014年青岛市柯萨奇病毒B5型手足口病病原学及重症病例临床特征 被引量：15

1

作者 梁荣香 史晓燕 +5 位作者 张艳辉 苏志磊 张凤 柴青 宫金伶 汪照国 《中华预防医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期1168-1172,共5页

目的分析青岛市感染萨奇病毒B5（CV-B5）手足口病病例的分子特征及其所致重症病例的临床特征。方法以2013--2014年青岛市妇女儿童医院常规监测的手足口病病例为研究对象，共1844例，收集其咽拭子标本和脑脊液标本；采用回顾性研究的方... 目的分析青岛市感染萨奇病毒B5（CV-B5）手足口病病例的分子特征及其所致重症病例的临床特征。方法以2013--2014年青岛市妇女儿童医院常规监测的手足口病病例为研究对象，共1844例，收集其咽拭子标本和脑脊液标本；采用回顾性研究的方法，收集研究对象的临床资料。对标本进行病毒核酸提取和分型鉴定；采用RT．PCR对CV-B5病毒株进行VPI基因全长扩增，并进行序列测定。采用MEGA7．0软件进行系统进化分析及分子特征分析；并与原型株Faulkner毒株进行比较，其VPl氨基酸序列来源于GenBank数据库。结果共获得CV．B5阳性病例8例，其中男性4例，女性4例；住院重症病例6例，门诊病例2例。6例重症住院病例的年龄为3-48月龄，中位数为26月龄，临床症状以发热、抽搐、呕吐、腹泻、皮疹为主，均合并病毒性脑炎。在VPl区，8株CV-B5病毒株与原型株核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为77-3％-78．8％和95．5％-97．0％，氨基酸有13处变异，6株分离自重症病例毒株中有5株在VPl区发生N95S变异；在VPl进化树上，8株CV-B5病毒株全部属于D基因亚型，与同期国内其他地方毒株成一簇。结论感染CV-B5所致重症手足口病可出现神经系统受累，主要的并发症为病毒性脑炎；CV．B5毒株在VPl区核苷酸和氨基酸变异较小，呈现一定的区域聚集性。 展开更多

关键词 手足口病 中枢神经系统 柯萨奇病毒b5 临床特点

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2011-2015年安阳地区手足口病相关人肠道病毒B种病原组成及柯萨奇病毒B2、B5 VP1基因特征分析 被引量：9

2

作者 李洋 张相萍 +2 位作者 翟明强 黄学勇 李懿 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期435-441,共7页

目的：调查2011—2015年安阳地区手足口病（ hand,foot and mouth disease, HFMD）相关人肠道病毒B种（HEV-B）病原组成,对柯萨奇病毒B2（CVB2）和柯萨奇病毒B5（CVB5）VP1基因特征进行研究。方法使用实时荧光逆转录 PCR 和半巢式逆转录... 目的：调查2011—2015年安阳地区手足口病（ hand,foot and mouth disease, HFMD）相关人肠道病毒B种（HEV-B）病原组成,对柯萨奇病毒B2（CVB2）和柯萨奇病毒B5（CVB5）VP1基因特征进行研究。方法使用实时荧光逆转录 PCR 和半巢式逆转录 PCR 法对柯萨奇病毒 A16（CVA16）、肠道病毒71（EV71）以及其他肠道病毒进行鉴定,以获得完整的手足口病病原组成,统计出HEV-B病原种类及阳性比例。针对HEV-B病原中阳性病例数较多的CVB2和CVB5病原,分别以其VP1基因为靶段设计引物 PCR扩增测序后获得 VP1基因核苷酸序列全长。使用 MEGA7.0和BioEdit7.2软件对本研究获得的CVB2、CVB5序列以及GenBank数据库已收录的全部相关VP1序列构建系统发育树并进行系统发育分析。使用DateMonkey在线分析程序对我国近年来流行的CVB2和CVB5毒株的VP1基因进行选择压力分析。结果2011—2015年安阳地区共鉴定出手足口病相关HEV-B病原14种,HEV-B阳性标本57份。 HEV-B病原占手足口病全部病原种类的比例为56%, HEV-B阳性标本占总肠道病毒阳性标本的比例为3.06%。绝大多数HEV-B病原引起的手足口病呈高度散发,个别病原如 CVB2、CVB5在特定时间内的病例较为聚集。经过测序获得安阳地区8条CVB2和9条CVB5 VP1序列。构建的系统发育树显示,CVB2毒株可分为A-D四个基因型,各基因型的组间平均进化距离介于0.191-0.208,核苷酸序列相似性介于79.7%-85.8%。 CVB5毒株可分为A-F六个基因型,各基因型的组间平均进化距离介于0.170-0.285,核苷酸序列相似性介于76.0%-86.8%。 CVB2 VP1基因氨基酸序列第157、263位,CVB5 VP1基因氨基酸序列第75、90、95位在不同基因型毒株中的残基有较大差异。安阳地区CVB2序列均属于D基因型,且集中于1个分支内；CVB5序列均属于F基因型,分布于其中2个分支内。中国大陆地区近年流行的CVB2（ D基因型）和CVB5（F基因亚型）毒株的进化� 展开更多

关键词 手足口病 肠道病毒 柯萨奇病毒b2 柯萨奇病毒b5 系统发育树 正向选择压力

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2009年云南省柯萨奇病毒B5：分离株A210／KM／09全基因序列分析 被引量：10

3

作者 刘建生 邵聪文 +5 位作者 赵卫中 张云昆 吉玛 朱艳菊 马忠飞 马绍辉 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期307-311,共5页

目的分析柯萨奇病毒B5（CVB5）云南分离株A210／K2~I／09全基因序列及其遗传特性。方法设计针对CVB5引物，提取病毒RNA，RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列，利用Mega4．1、RDP3和SimPlot3．5．1软件分析全基因序列。结果CVB5A210／KM... 目的分析柯萨奇病毒B5（CVB5）云南分离株A210／K2~I／09全基因序列及其遗传特性。方法设计针对CVB5引物，提取病毒RNA，RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列，利用Mega4．1、RDP3和SimPlot3．5．1软件分析全基因序列。结果CVB5A210／KM／09全基因组核苷酸序列长度为7372bp，编码含2185个氨基酸残基的多聚蛋白；A210／KM／09全基因组核苷酸及所推导的氨基酸与CVB5／CCl0／10同源性最高，其同源性分别为92．5％和97.3％；而与其他CVB5毒株如17Y、19CSF、20CSF、1954／85／US、2000／CSF／KOR、03001N、CoxB5／Henard2010、CVB5／SD／09和Faulkner核苷酸和氨基酸同源性分别为80．1％～92．5％和95．0％～97.3％；A210／KM／09与其他CVB5毒株的各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为75.3％～96.3％和85．3％～100．O％，其中与VP3、3D区段核苷酸的同源性最低。基于CVB5全长VPl基因序：列进行种系进化分析，可将CVB5分为A、B、C和D4个基因型，其中C基因型可再分为C1～C4基因亚型，D基因型可再分为D1～D4基因亚型。中国CVB5流行株主要聚集在C4基因亚型，国外流行株主要聚集在D1、C2亚型。结论A210／KM／09分离株为C4基因型。 展开更多

关键词 柯萨奇b组5型病毒 全基因组 序列分析 进化树图

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2015-2018年上海市环境污水中非脊髓灰质炎肠道病毒的分布及柯萨奇病毒B5的分子特征 被引量：7

4

作者 李云逸 陆菁 +5 位作者 杨玉颖 费洁 张莉萍 李智 胡家瑜 李崇山 《疾病监测》 CAS 2019年第12期1089-1095,共7页

目的分析2015-2018年上海市闵行区和嘉定区环境污水监测中非脊髓灰质炎肠道病毒(NPEV)的分布特征,探讨环境污水、健康儿童和急性弛缓性麻痹(AFP)病例监测中柯萨奇病毒B组5型(Cox B5)分离株之间的关系和变迁规律。方法选择上海市闵行区... 目的分析2015-2018年上海市闵行区和嘉定区环境污水监测中非脊髓灰质炎肠道病毒(NPEV)的分布特征,探讨环境污水、健康儿童和急性弛缓性麻痹(AFP)病例监测中柯萨奇病毒B组5型(Cox B5)分离株之间的关系和变迁规律。方法选择上海市闵行区和嘉定区污水处理厂作为长期固定监测点,每月采集监测点的污水进行浓缩富集,取上清液并接种于人横纹肌肉瘤细胞(RD)和人喉癌上皮细胞(Hep-2)进行病毒分离。通过反转录–聚合酶链式反应(RT-PCR)获得VP1区序列并进行分析。结果 2015-2018年共采集污水样本84份,共分离242株NPEV,包含19个基因型,Cox B5为比例较高的基因型,占18.18%(44/242)。2015-2018年,环境污水、健康儿童和AFP病例监测中的Cox B5分离株形成2个基因型和3个传播链,即C3、C4和D3基因亚型。C3基因亚型在上海市属于优势基因亚型,而D3基因亚型是2016-2018年新出现的传播链。结论 2015-2018年上海市2个区环境污水中常见的优势基因型为ECHO11、Cox B5、Cox B3和ECHO6。Cox B5在环境污水、健康儿童和AFP病例中存在共循环现象。我国尚未建立完善的NPEV相关疾病监测系统,环境污水监测可作为病例监测的重要补充方法。 展开更多

关键词 非脊髓灰质炎肠道病毒 环境污水 柯萨奇病毒b5

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柯萨奇病毒B组5型山东分离株基因特征分析

5

作者 曹梦圆 崔亚楠 +6 位作者 王敏 姚雪 韦庆娟 胡弢 邢薇佳 史卫峰 李娟 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2024年第6期659-664,670,共7页

目的探明山东11株柯萨奇病毒B组5型(CVB5)的全基因组特征,探讨CVB5病毒遗传进化规律。方法采集2020年山东省手足口病患者的粪便样本,通过临床样本荧光定量检测、病毒分离、高通量和一代测序验证,共获得11株CVB5分离株,同时结合GenBank... 目的探明山东11株柯萨奇病毒B组5型(CVB5)的全基因组特征,探讨CVB5病毒遗传进化规律。方法采集2020年山东省手足口病患者的粪便样本,通过临床样本荧光定量检测、病毒分离、高通量和一代测序验证,共获得11株CVB5分离株,同时结合GenBank公共数据库中收录的CVB5病毒株全长基因组和结构蛋白VP1基因序列,构建最大似然系统进化树,研究CVB5基因特征和遗传进化规律。结果11株CVB5分离株全长基因组呈高度核苷酸和氨基酸相似性(>99.9%),与多数2008-2020年我国流行毒株均位于全基因组进化树的Group 4分支,且与2013年江苏省分离株417核苷酸相似性最高,为96.8%;11株CVB5分离株与Group 4参考株相比,P3区3A、3B、3C和3D基因核苷酸同源性均低于P1和P2区其他基因,且多为同义突变;11株CVB5分离株VP1基因位于我国主要流行亚型即C4基因亚型中,与2018年山东省分离株SWG14、SWG44、JN18120亲缘关系较近,核苷酸同源性为96.1%~98.2%。结论CVB5毒株在我国多地持续流行,11株山东分离株同国内多数CVB5株的全基因组及VP1基因均位于同一进化分支,说明11株分离株均为近期国内流行株,它们所在Group 4为国内优势流行分支,C4基因亚型为国内VP1基因流行亚型。 展开更多

关键词 柯萨奇病毒b组5型(CVb5) 手足口病 全基因组 VP1 遗传进化

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云南省2022年手足口病病例中柯萨奇病毒B5型VP1区基因特征分析

6

作者 罗定富 姜黎黎 +6 位作者 寸建萍 杨溪 周晓芳 曹亿会 伏晓庆 郭天巧 田炳均 《国际病毒学杂志》 北大核心 2024年第4期322-326,共5页

目的对云南省2022年从手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中分离到的7株CVB5病毒进行分子生物学鉴定并对它们的VP1区基因特征进行分析。方法对2022年云南省手足口病实验室监测网络收集到的病例粪便标本进行病毒分离,对阳... 目的对云南省2022年从手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中分离到的7株CVB5病毒进行分子生物学鉴定并对它们的VP1区基因特征进行分析。方法对2022年云南省手足口病实验室监测网络收集到的病例粪便标本进行病毒分离,对阳性标本先进行VP4/VP2结合区逆转录聚合酶链反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)和基因测序分型,再对VP1区进行RT-PCR和测序,用MEGA 7.0软件构建病毒VP1区基因进化树,进行基因特征分析。结果2022年云南省共从HFMD病例粪便标本中检测到7株CVB5病毒,基于VP1区基因序列同源性分析表明,该7株病毒最接近2010年分离于河南省1株CVB5病毒COXB5-Henan-2010,7株病毒之间的核苷酸相似性为98.00%~99.65%,氨基酸同源性为99.30%~100%;7株病毒与河南株的核苷酸相似性为87.36%~88.68%,氨基酸同源性为82.96%~84.85%。基因进化分析表明,CVB5可分为4个基因型(基因型A~D),云南分离株属于基因型C并单独成为一个进化分支。4个基因型之间的核苷酸差异率为18.90~22.30%,大于75%,符合肠道病毒基因分型惯例。结论云南省手足口病实验室检测网络2022年共检测到7株CVB5,虽然数量不多,但证明该病毒是HFMD的病原体之一并在云南省HFMD病例中存在,且单独为一个进化分支。应进一步加强对非EV-A71和非CVA16等其他肠道病毒尤其是CVB5的检测和分子流行病学分析。 展开更多

关键词 手足口病 肠道病毒 柯萨奇病毒b组5型 VP1基因 基因特征分析

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柯萨奇病毒B组5型TaqMan一步法RT-qPCR检测方法的建立

7

作者 刘煜菡 张名 +4 位作者 郭伟 许丹菡 冯昌增 徐丽兰 马绍辉 《医学研究杂志》 2024年第7期84-88,共5页

目的建立柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirusB5,CV-B5)特异的TaqMan一步法实时荧光定量聚合酶链反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)检测方法。方法根据CV-B5的VP1序列,设计特异性引物和TaqMan探针。将目的... 目的建立柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirusB5,CV-B5)特异的TaqMan一步法实时荧光定量聚合酶链反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)检测方法。方法根据CV-B5的VP1序列,设计特异性引物和TaqMan探针。将目的基因插入pMD18^(TM)载体,在DH5α感受态细胞中扩增,大肠杆菌体外转录后获得RNA标准品并建立标准曲线,最后对检测方法的重复性、敏感度和特异性进行评价。结果该方法在10^(3)~10^(11)拷贝/微升的模板范围内具有良好的线性关系(r^(2)>0.99),扩增效率E=100.9%,敏感度达1×10^(3)拷贝/微升,只对CV-B5有特异性扩增曲线,且重复性较好。结论本实验建立的TaqMan一步法RT-qPCR检测方法有较高的敏感度、特异性和重复性,有良好的抗干扰性,可用于CV-B5的临床样本检测和绝对定量分析。 展开更多

关键词 柯萨奇病毒b组5型 实时荧光定量聚合酶链反应 TaqMan探针法

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2011年河南省脑炎患者柯萨奇病毒B5型分离株基因组序列分析 被引量：6

8

作者 马红霞 潘静静 +5 位作者 康锴 谢志强 茹维萍 陈豪敏 黄学勇 许汴利 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1213-1215,共3页

目的分析河南省柯萨奇病毒B5（CVB5）分离株全基因序列，了解其遗传特性。方法采集2例脑炎患者临床标本，分离病毒，提取病毒阳性分离物RNA，进行RT-PCR扩增，产物直接测序。利用DNAStar5．01和Mega5．05软件进行全基因序列拼接及亲缘... 目的分析河南省柯萨奇病毒B5（CVB5）分离株全基因序列，了解其遗传特性。方法采集2例脑炎患者临床标本，分离病毒，提取病毒阳性分离物RNA，进行RT-PCR扩增，产物直接测序。利用DNAStar5．01和Mega5．05软件进行全基因序列拼接及亲缘进化分析。结果获得2株CVB5分离株（03001N和17Y）全基因组序列，核苷酸长度分别为7408bp和7404bp，两者核苷酸同源性为97％，同2010年河南CVB5分离株同源性最高，分别为98％和99％。5’-UTR分别为747bp和743bp；3’-UTR区均为103bp；病毒基因组编码区全长同为6558bp，编码含2185个氨基酸残基的多聚蛋白，氨基酸同源性为99％。VPl区系统发生树分析显示，2株CVB5分离株进化关系较近，同近年来国内其他分离株成一簇，而2009年的河南省CVB5分离株同山东省CVB5分离株成一簇。结论河南省内存在不同CVB5株传播链的流行，此次分离株为近几年内的主要流行株。 展开更多

关键词 柯萨奇病毒b5型 脑炎 系统进化分析

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一株引起病毒性脑炎的柯萨奇B组5型病毒全基因组分析 被引量：5

9

作者 张海浩 赵义林 +6 位作者 张捷 李倩 李剑兰 丁丽莎 黄小琴 杨昭庆 马绍辉 《中国病毒病杂志》 CAS 2018年第1期26-32,共7页

目的对一株病毒性脑炎病原柯萨奇病毒B5(coxsackievirus B5,CV-B5)分离株KMA2/YN/CHN/2010的全基因组及其遗传特性进行分析。方法对297份病毒性脑炎患者脑脊液在RD细胞进行病毒分离;提取病毒RNA,采用RT-PCR移步法分段扩增CV-B5全长基因... 目的对一株病毒性脑炎病原柯萨奇病毒B5(coxsackievirus B5,CV-B5)分离株KMA2/YN/CHN/2010的全基因组及其遗传特性进行分析。方法对297份病毒性脑炎患者脑脊液在RD细胞进行病毒分离;提取病毒RNA,采用RT-PCR移步法分段扩增CV-B5全长基因,经测序和拼接后,利用MEGA 7.0和SimPlot 3.5.1等软件进行分析。结果通过分离获得一株阳性分离株,经鉴定为CV-B5 KMA2/YN/CHN/2010株,其基因组全长为7 395 bp,编码含2 185个氨基酸残基的多聚蛋白。与其他CV-B5病毒分离株的全基因组的核苷酸和氨基酸同源性分别为79.6%~98.8%和93.1%~98.1%;KMA2/YN/CHN/2010与其他CV-B5株在各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为75.0%~100.0%和88.8%~100.0%。其中与A210/KM/09株同源性最高。进化分析发现CV-B5分4个基因型,KMA2/YN/CHN/2010属于C基因型。通过重组分析发现KMA2/YN/CHN/2010可能为重组株。结论 KMA2/YN/CHN/2010与其他中国株一样同属于C基因型。 展开更多

关键词 柯萨奇病毒b组5型病毒(CV-b5) 全基因组 肠道病毒 进化树分析 重组分析 同源性分析

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一起柯萨奇B5病毒感染引起疾病暴发的流行病学调查 被引量：4

10

作者 赵国华 许汴利 +3 位作者 朱谦 陈磊 胡宝文 胡艳 《中国初级卫生保健》 2006年第8期25-26,共2页

目的了解当地肠道病毒感染的现状,为做好该地区肠道病毒感染的防治工作提供科学依据。方法运用现场流行病学调查方法,对所有发热病例进行流行病学调查,同时结合实验室检测结果进行进一步诊断。结果2005年5月19日—6月21日,信阳市狮河区... 目的了解当地肠道病毒感染的现状,为做好该地区肠道病毒感染的防治工作提供科学依据。方法运用现场流行病学调查方法,对所有发热病例进行流行病学调查,同时结合实验室检测结果进行进一步诊断。结果2005年5月19日—6月21日,信阳市狮河区狮河港乡西湾村发现一批以发热、头痛和头晕为主要临床表现的儿童。患者分布在该行政村的14个自然村,主要集中在1～12岁年龄段。经河南省疾病预防控制中心实验室用肠道病毒通用引物套式PCR检测及大便病毒培养鉴定,证实为柯萨奇B5病毒感染。结论本次为河南省首起柯萨奇B5病毒感染引起的病毒性脑炎。 展开更多

关键词 柯萨奇b5病毒 暴发 流行病学调查

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2014年济南市一起聚集性病毒性脑炎的调查及快速病原学鉴定 被引量：4

11

作者 关恒云 王春荣 +6 位作者 刘岚铮 杨国樑 赵小东 吕燕 韩秀云 张先慧 徐胜平 《中华实用儿科临床杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期769-771,共3页

目的 快速鉴定2014年济南市一起聚集性病毒性脑炎的病原体,分析其流行病学及病原学特征.方法 采用统一的个案调查表对住院患儿逐一进行个案调查.4例患儿均采集粪便和脑脊液标本.采用实时荧光定量（RT） PCR方法检测总肠道病毒（PE）、... 目的 快速鉴定2014年济南市一起聚集性病毒性脑炎的病原体,分析其流行病学及病原学特征.方法 采用统一的个案调查表对住院患儿逐一进行个案调查.4例患儿均采集粪便和脑脊液标本.采用实时荧光定量（RT） PCR方法检测总肠道病毒（PE）、肠道病毒71型（EV71）、柯萨奇病毒A组（CVA） 16、10和6型病毒核酸;PE阳性标本采用巢式反转录PCR方法扩增5＆#39;-UTR区基因,测定核苷酸序列并进行同源性分析.结果 本起聚集性病毒性脑炎疫情首发病例出现于2014年4月8日,呈人传人的传播模式.RT-PCR结果显示,所有标本PE核酸检测为阳性,而EV71、CVA16、CVA10和CVA6核酸检测均为阴性.5＆#39;-UTR区核苷酸序列在美国生物技术信息中心网站经碱基局部对准检索工具分析（http：//blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi）显示与肠道病毒柯萨奇病毒B5（CVB5）同源性最高,彼此之间核苷酸同源性为99.2％ ～ 100.0％,与2010年河南株CVB5（HQ998851）的核苷酸同源性为96.7％～97.4％.4例患儿经积极的抗病毒、抗感染及相关对症支持治疗,均痊愈出院,无后遗症发生.结论 本起聚集性病毒性脑炎病原体为CVB5,与2010年河南株CVB5核苷酸同源性最高.RT-PCR和巢式反转录PCR方法可快速、准确地鉴定肠道病毒引起的病毒性脑炎. 展开更多

关键词 病毒性脑炎 柯萨奇病毒b5 实时荧光定量聚合酶链反应 巢式反转录聚合酶链反应

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云南省一株柯萨奇病毒B组5型分离株的全基因组解析

12

作者 张美玲 伏晓庆 +2 位作者 刘照生 国列 周洁楠 《国际病毒学杂志》 2023年第6期487-492,共6页

目的对云南省2022年一例流感样病例的咽拭子分离得到的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5,CVB5)病毒株进行全基因组测序,并分析其遗传进化、基因突变和重组特征。方法通过人宫颈癌细胞培养获得病毒分离株,应用全基因组测序技术对分离... 目的对云南省2022年一例流感样病例的咽拭子分离得到的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5,CVB5)病毒株进行全基因组测序,并分析其遗传进化、基因突变和重组特征。方法通过人宫颈癌细胞培养获得病毒分离株,应用全基因组测序技术对分离株进行病毒基因序列测定,采用MEGA、RDP4及SimPlot软件,解析病毒基因组学特征。结果分离株YN-01/CHN/2022与2株广东CVB5流行株核苷酸同源性为96.6%,属GⅠ.C1分支,与国内大多其他CVB5流行株相似度低(≤90.3%),揭示国内CVB5流行株间基因组差异较大。该分离株VP1序列存在2个特有的氨基酸突变(T246A和T275A),但其95位氨基酸未发生改变。基因重组分析显示YN-01/CHN/2022可能为重组株,重组位点发生在P1区VP4(940)和P2区2A(3540)。结论本研究分离株YN-01/CHN/2022属于CVB5 GⅠ.C1基因型,存在特异的核苷酸分歧,也证实了CVB5基因组有重组现象发生。该数据提示增强CVB5分子流行病学研究工作,持续追踪病毒进化规律,不断提高相关疾病防控工作的精准性。 展开更多

关键词 柯萨奇病毒b组5型 全基因组 进化 基因突变 重组

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江苏省2013—2014年3株柯萨奇病毒B组5型流行株全基因组序列分析 被引量：4

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作者 卞莲莲 姚昕 +4 位作者 高帆 孙世洋 毛群颖 杨晓明 梁争论 《微生物学免疫学进展》 2019年第2期9-16,共8页

目的分析引起江苏省疱疹性咽峡炎的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5, CV-B5)毒株基因组特征。方法对江苏省2013—2014年3例疱疹性咽峡炎患儿临床标本进行病原分离,获得3株CV-B5毒株,进行全基因组序列测定,与GenBank中世界各地不同年... 目的分析引起江苏省疱疹性咽峡炎的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5, CV-B5)毒株基因组特征。方法对江苏省2013—2014年3例疱疹性咽峡炎患儿临床标本进行病原分离,获得3株CV-B5毒株,进行全基因组序列测定,与GenBank中世界各地不同年份CV-B5流行株序列进行比对分析,使用Mega 5.2软件构建系统进化树,并应用Simplot软件进行重组分析。结果获得3株CV-B5毒株,分别命名为417/JS/CHN/2013、492/JS/CHN/2013和759/JS/CHN/2014,均属于GI.D3亚型,且在位点5 224～5 696 bp(以Faulkner为参考株)与2008年北京市的CV-B3流行株(GQ141875)发生重组,在位点5 696 bp之后与2009年昆明市的CV-B3流行株(JX843810)发生重组。结论 CV-B5在婴幼儿人群中的感染可能存在严重危害,应加强对CV-B5的分子流行病学研究,监测可能发生的重组。 展开更多

关键词 柯萨奇病毒b组5型 基因组 重组 分析

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2011年龙岩市手足口病例肠道病毒通用引物核酸阳性未分型样本病原分析 被引量：3

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作者 王炳发 曹春远 +3 位作者 何云 陈前进 张彦锋 李美华 《预防医学论坛》 2014年第6期407-408,412,共3页

目的了解龙岩市大量判定为其他肠道病毒(EV)感染的手足口病(HFMD)样本的病原组成。方法对龙岩市2011年经Real-time RT-PCR检测判为未分型EV感染的104份HFMD咽拭子样本经RD细胞分离培养后以RT-PCR法检测EV、EV71、CoxA16,对仍不能分型的... 目的了解龙岩市大量判定为其他肠道病毒(EV)感染的手足口病(HFMD)样本的病原组成。方法对龙岩市2011年经Real-time RT-PCR检测判为未分型EV感染的104份HFMD咽拭子样本经RD细胞分离培养后以RT-PCR法检测EV、EV71、CoxA16,对仍不能分型的样本以187/222引物进行扩增,对扩增产物进行纯化回收、克隆、测序,并用Blast程序在线比对判定型别。同时对培养物进行Real-time RT-PCR检测EV、EV71、CoxA16。任一法检出培养物阳性即判为阳性。结果 104份样本中检出EV阳性88份(84.62%),包括29份EV71,4份EV71+CoxA16,3份CoxB5,2份CoxA10,50份仍未能分型。结论 Real-time RT-PCR检测未能分型的HFMD病例中,相当部分(37.18%)还是由EV71所致,临床不应该随意排除该类病例EV71感染的可能,同时还包含CoxB5和CoxA10病毒。 展开更多

关键词 手足口病 其他肠道病毒 柯萨奇病毒b5型 柯萨奇病毒A 10型

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柯萨奇病毒B组5型分离株VP1区序列基因组成和密码子使用模式分析 被引量：3

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作者 张首富 姚学君 卢正祥 《江苏预防医学》 CAS 2021年第3期283-286,共4页

目的探索柯萨奇病毒B组5型(Coxsackievirus group B5,CVB5)分离株VP1区序列基因组成和密码子使用模式。方法在GenBank核苷酸数据库检索CVB5毒株的VP1区全长序列,应用CodonW软件,计算CVB5分离株基因组成和密码子使用偏爱性参数,包括密码... 目的探索柯萨奇病毒B组5型(Coxsackievirus group B5,CVB5)分离株VP1区序列基因组成和密码子使用模式。方法在GenBank核苷酸数据库检索CVB5毒株的VP1区全长序列,应用CodonW软件,计算CVB5分离株基因组成和密码子使用偏爱性参数,包括密码子和氨基酸含量、同义密码子各碱基含量、同义密码子第3位GC含量(GC_(3))、有效密码子数(ENC)和同义密码子相对使用度(Relative Synonymous Codon Usage,RSCU);通过ENC曲线、中性绘图、RSCU和奇偶规则(PR2)分析自然选择和突变对病毒的进化影响。结果共纳入413株CVB5分离株,其VP1区碱基含量由高到低依次为A(29.78%)、C(24.84%)、G(24.16%)、T(21.22%);密码子第3位密码子含量均值分别为A_(3)(25.90%)、T_(3)(23.31%)、C_(3)(26.31%)和G_(3)(24.49%);密码子含量前3位依次为GTG(4.67%)、ACA(3.73%)和CCA(3.70%),氨基酸含量前3位依次为Thr(11.25%)、Ser(8.11%)和Val(7.92%);共有59组密码子,其中29个同义密码子相对使用度(RSCU)均值>1,占49.15%。CVB5毒株VP1区有效密码子数(ENC)值为(55.96±2.40),中性绘图分析显示,GC_(3)和GC_(12)含量有统计学关联,但相关性较弱(b=0.046,r=0.316,P<0.001);PR2分析显示,自然选择对CVB5病毒密码子使用偏爱性作用为95.40%。结论 CVB5分离株总体密码子使用相似、偏爱性较弱,受到自然选择和突变双重影响,病毒进化相对保守。 展开更多

关键词 柯萨奇病毒b组5型 基因组成 密码子使用

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安徽省首起柯萨奇B5型病毒性脑膜脑炎爆发流行的流行病学分析 被引量：3

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作者 王建军 赵月萍 +10 位作者 马明英 谢东 任军 黄德明 刘克武 刘春 吴至祥 蔡斌 陈刚 王德连 肖开妹 《安徽预防医学杂志》 2002年第6期323-325,共3页

目的　通过描述和分析 2 0 0 1年 6月初 ,明光市出现的原因不明的发热病人的流行病学和临床特征 ,探讨其发病原因及流行特征。方法　通过大疫情报告系统收集发病资料 ;进行个案调查获得病人的临床特征和流行病学资料 ;进行病原分离与鉴... 目的　通过描述和分析 2 0 0 1年 6月初 ,明光市出现的原因不明的发热病人的流行病学和临床特征 ,探讨其发病原因及流行特征。方法　通过大疫情报告系统收集发病资料 ;进行个案调查获得病人的临床特征和流行病学资料 ;进行病原分离与鉴定和血清抗体检测为明确疫情的性质提供依据。结果　疫情主要发生在 2 9个乡镇中的 2 7个乡镇 ,发病以 10岁以下儿童为主 ,男多于女。 79例个案调查显示 ,大部分患者接种过乙脑疫苗 ,主要临床表现为发热、部分病人有呕吐、头痛、咽红 ,类似上感 ,实验室检查 6 7.8%的病人血液白细胞升高 ,94 .1%的病人脑脊液异常 ,表现为白细胞数增多、潘氏试验阳性。 2 2份早期病人粪便和 15份脑脊液中分别有 12份和 5份分离到CoxB5型病毒 ,阳性率分别为 5 4 .5 %和 33.3%。结论　此起疫情为一起主要由柯萨奇B5型病毒感染所致的脑膜脑炎的爆发流行。 展开更多

关键词 安徽 柯萨奇病毒 脑膜脑炎 特征 流行病学

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中国部分地区柯萨奇病毒B组5型分子流行病学研究 被引量：2

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作者 姚学君 张雪峰 +2 位作者 管书慧 刘秀兰 姜仁杰 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2019年第6期663-666,共4页

目的 研究中国部分地区柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5, CV-B5)分离毒株基因特征和遗传进化规律。方法 利用MEGA6.0软件对GenBank核苷酸数据库收录的分离于中国11个省市CV-B5分离毒株全长VP1区基因序列进行分析,绘制系统进化树,测... 目的 研究中国部分地区柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5, CV-B5)分离毒株基因特征和遗传进化规律。方法 利用MEGA6.0软件对GenBank核苷酸数据库收录的分离于中国11个省市CV-B5分离毒株全长VP1区基因序列进行分析,绘制系统进化树,测算分离毒株核苷酸和氨基酸同源性,并计算核苷酸分子进化速率。结果 纳入中国11个省市CV-B5分离毒株合计189株,主要为基因型C,占分离毒株总数的90.5%。与基因型A相比,中国11个省市CV-B5分离毒株VP1区核苷酸和氨基酸同源性为79.8%~82.8%和92.6%~97.9%,收录中国地区CV-B5分离毒株间核苷酸和氨基酸同源性为80.3%~100.0%和91.5%~100.0%。基因型C分离毒株核苷酸进化速率为4×10-3/(位点/年)。结论 中国部分地区CV-B5分离毒株潜在优势流行株为基因型C,又以基因亚型C1和C2共循环流行。 展开更多

关键词 柯萨奇病毒b组5型 VP1 分子流行病学

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一例重症手足口病死亡患儿柯萨奇病毒B5型VP4区基因特征分析 被引量：2

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作者 吉彦莉 王永全 刘国涛 《中国卫生检验杂志》 CAS 2011年第10期2377-2378,2381,共3页

目的:对一例重症手足口病死亡患儿肠道病毒型别进行鉴定,分析VP4区基因特征,了解其变异情况。方法:提取病毒RNA,用肠道病毒VP4区分型引物进行半巢式RT-PCR(RT-nPCR),通过测序和Blast比对确定肠道病毒型别;并对其VP4区进行序列和进化分... 目的:对一例重症手足口病死亡患儿肠道病毒型别进行鉴定,分析VP4区基因特征,了解其变异情况。方法:提取病毒RNA,用肠道病毒VP4区分型引物进行半巢式RT-PCR(RT-nPCR),通过测序和Blast比对确定肠道病毒型别;并对其VP4区进行序列和进化分析。结果:RT-nPCR扩增目的片段测序结果经Blast比对确定为柯萨奇病毒B5型(CoxB5),命名为BJ09-237(Genbank登录号为JF430480)。其VP4区全长207bp,与CoxB5参考序列在VP4区的核苷酸同源性为79%～98%,氨基酸同源性为95%～100%,与广东株HQ005438及俄罗斯株GQ281602在同一进化树分支上。BJ09-237在VP4区无氨基酸的缺失和插入,未发现其所特有的氨基酸置换。结论:该重症手足口病死亡患儿CoxB5的VP4区基因序列未发生明显变异。 展开更多

关键词 手足口病 柯萨奇病毒b5型 进化分析

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青海省一株柯萨奇病毒B5分离株全基因组分析 被引量：1

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作者 杨明煦 范丽霞 +1 位作者 饶华祥 于娟 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2021年第4期441-447,共7页

目的:对2018年青海省一例流感样病例中分离得到的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5,CV-B5)分离株QH/CVB5/2018进行全基因组测序及遗传特性分析。方法:采用二代高通量测序对QH/CVB5/2018分离株进行全基因组序列测定,利用SPAdes、DNASt... 目的:对2018年青海省一例流感样病例中分离得到的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5,CV-B5)分离株QH/CVB5/2018进行全基因组测序及遗传特性分析。方法:采用二代高通量测序对QH/CVB5/2018分离株进行全基因组序列测定,利用SPAdes、DNAStar 7.1、MEGA 6.0、Simplot 3.5.1以及RDP4软件对病毒进行全基因组序列拼接以及遗传进化、基因重组和氨基酸突变分析。结果:QH/CVB5/2018全基因组核苷酸序列长度为7369 bp,编码含2185个氨基酸残基的多聚蛋白。基于基因组的序列同源性和系统进化分析,显示QH/CVB5/2018与417/JS/CHN/2013同源性最高,核苷酸序列一致性为96.9%(氨基酸序列同源性为99.5%);基于VP1序列的系统进化分析显示QH/CVB5/2018处于CVB5-C基因型;重组分析显示QH/CVB5/2018可能为CHN_SH/CVB5/2008和CHN_YN-CVB3/2009的重组株,重组发生在6114~7199 bp;氨基酸突变位点分析显示,相比于其他CVB5毒株,139S、864S、1086R、1693C、1814D和1819N为QH/CVB5/2018特异突变位点。结论:QH/CVB5/2018分离株属于柯萨奇病毒B组5型的C组基因型,可能为重组株。 展开更多

关键词 柯萨奇病毒b组5型病毒 全基因组 进化分析 重组分析

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柯萨奇病毒B组5型VP1蛋白的外源表达及多克隆抗体的制备 被引量：1

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作者 金维维 陈伟 +2 位作者 庞冉 张同禹 井申荣 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期463-466,共4页

目的:原核表达柯萨奇病毒B组5型的VP1蛋白,并制备其多克隆抗体及检测。方法:提取在Vero细胞中柯萨奇病毒B组5型的RNA,通过逆转录PCR(RT-PCR)扩增获取VP1基因序列,构建原核表达载体,大量诱导表达重组VP1蛋白。用His Trap HP亲和层析柱纯... 目的:原核表达柯萨奇病毒B组5型的VP1蛋白,并制备其多克隆抗体及检测。方法:提取在Vero细胞中柯萨奇病毒B组5型的RNA,通过逆转录PCR(RT-PCR)扩增获取VP1基因序列,构建原核表达载体,大量诱导表达重组VP1蛋白。用His Trap HP亲和层析柱纯化重组蛋白,以纯化的目的蛋白为抗原,免疫雄性SD大鼠获得VP1蛋白多克隆抗体血清,ELISA测定该抗体的效价,微量中和实验测定抗体的中和活性,Western blot检测抗体的特异性,免疫组化检测抗体对组织中抗原的识别。结果:成功构建了VP1-pET-28a重组载体,并且在BL21细胞中成功诱导表达,亲和层析柱纯化后蛋白纯度大于90%。ELISA测得抗体的效价为1∶128 000,微量中和实验显示抗体没有中和活性,Western blot分析显示抗体能与CVA16和EV71交叉反应,免疫组化实验表明抗体能够识别组织中的CVB5抗原。结论:本研究成功制备了CVB5 VP1蛋白的高效价的多克隆抗体,为CVB5病毒疫苗和病毒诊断的研发提供了有效的工具。 展开更多

关键词 柯萨奇病毒b组5型 VP1蛋白 多克隆抗体 免疫组化

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