2010-2015年广州地区手足口病Cox A6,Cox A4和Cox A10的病原监测和流行分析 被引量：22

1

作者 张颖 甄若楠 +5 位作者 谢华萍 陈纯 耿进妹 刘静雯 狄飚 王鸣 《疾病监测》 CAS 2016年第10期817-823,共7页

目的 了解引起广州地区手足口病（HFMD）的柯萨奇病毒A组6型（Cox A6）、A组4型（Cox A4）和A组10型（Cox A10）的分子流行病学特征。方法 对2010-2015年收集的HFMD病例标本进行荧光定量PCR检测,以Cox A6、Cox A4和Cox A10的VP1部分基... 目的 了解引起广州地区手足口病（HFMD）的柯萨奇病毒A组6型（Cox A6）、A组4型（Cox A4）和A组10型（Cox A10）的分子流行病学特征。方法 对2010-2015年收集的HFMD病例标本进行荧光定量PCR检测,以Cox A6、Cox A4和Cox A10的VP1部分基因序列进行同源分析和构建系统发育树。运用统计学方法对不同肠道病毒引起的HFMD流行特征进行描述性分析。结果 从广州地区HFMD患儿的12 054份临床标本中检出8945份肠道病毒阳性,其中2174份为Cox A6（24.30%）,144份为Cox A4（1.61%）,155份为Cox A10阳性（1.73%）。Cox A6和Cox A10的主要感染人群为1~2岁幼儿,Cox A4为3~4岁幼儿,男性病例多于女性。HFMD发病时间集中于的4-10月。广州市肠道病毒Cox A6、Cox A4和Cox A10流行株与国内其他地区的流行株亲缘关系接近。结论 广州地区引起HFMD流行的优势病毒株包括EV71、Cox A16和Cox A6 3种肠道病毒,并呈交替或共同流行状态。Cox A4和Cox A10也是重要的病原体。应加强肠道病毒流行趋势的长期监测及深入研究,以掌握HFMD流行的变化趋势。 展开更多

关键词 手足口病 柯萨奇病毒A6型 柯萨奇病毒A4型 柯萨奇病毒A10型

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深圳地区疱疹性咽峡炎疫情的柯萨奇病毒A4型VP1区基因特征分析 被引量：21

2

作者 蔡春林 姚相杰 +2 位作者 卓菲 何雅青 杨贵清 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第16期1226-1229,共4页

目的 分析从2012年和2014年深圳市2起疱疹性咽峡炎疫情中获得的6株柯萨奇病毒A组4型（CVA4）的VP1区遗传进化特征.方法 采用荧光定量反转录（RT）-PCR法对疱疹性咽峡炎患儿咽拭子标本进行总肠道病毒（EV）、人肠道病毒71型（EV71）、柯... 目的 分析从2012年和2014年深圳市2起疱疹性咽峡炎疫情中获得的6株柯萨奇病毒A组4型（CVA4）的VP1区遗传进化特征.方法 采用荧光定量反转录（RT）-PCR法对疱疹性咽峡炎患儿咽拭子标本进行总肠道病毒（EV）、人肠道病毒71型（EV71）、柯萨奇病毒A组16型（CVA16）、CVA4、CVA6和CVA10进行检测,对CVA4阳性样本采用RT-PCR方法扩增其VP1区全长序列,并进行核苷酸序列测定和系统进化分析.结果 在2起疫情中共鉴定出6株CVA4病毒,均为GIb基因亚型.其中的2014年深圳CVA4病毒株与2012年深圳CVA4病毒株核苷酸的同源性仅为94.1％（变异率达5.9％）;氨基酸的同源性为98.3％,共发现5个氨基酸突变aa22N-S、aa34T-A、aa63N-S、aa165A-D、aa200T-A.进化分析表明,2012年深圳CVA4病毒株与山东省KF150144株进化关系最近;而2014年深圳CVA4病毒株与吉林省JQ715709株的进化关系最近.结论 2014年深圳CVA4病毒株和2012年病毒株的VP1区存在较大的核苷酸变异,基因内部走势明显不同. 展开更多

关键词 柯萨奇病毒A组4型 疱疹性咽峡炎 VP1区 基因型

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陕西省急性弛缓性麻痹病例中柯萨奇病毒A组4型的基因特征 被引量：14

3

作者 王东艳 徐艺 +7 位作者 张勇 祝双利 司源 严冬梅 朱晖 杨倩 冀天娇 许文波 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期145-149,共5页

阐明从陕西省2006~2010年急性弛缓性麻痹（Acute Flaccid Paralysis,AFP）病例中分离的柯萨奇病毒A组4型（Coxsackievirus A4,CV-A4）VP1编码区的基因特征,探索其在我国流行的优势基因型及其与AFP病例之间的关系。本研究通过逆转录-聚... 阐明从陕西省2006~2010年急性弛缓性麻痹（Acute Flaccid Paralysis,AFP）病例中分离的柯萨奇病毒A组4型（Coxsackievirus A4,CV-A4）VP1编码区的基因特征,探索其在我国流行的优势基因型及其与AFP病例之间的关系。本研究通过逆转录-聚合酶链反应（Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR）对连续5年从AFP病例中分离的68株非脊灰肠道病毒（non-polio enteroviruses,NPEVs）进行分子定型,其中7株鉴定为CV-A4（7/68,10.3%）;使用特异性引物扩增CV-A4VP1编码区并进行核苷酸序列测定分析和基因进化分析,将CV-A4划分为A（基因组1）、B（基因组2）和C三个基因型,其中C基因型又划分为C1（基因组3）和C2（基因组4）两个基因亚型。中国分离的CV-A4均位于第4基因组,属于C2基因亚型,提示其可能为中国大陆CV-A4的优势基因亚型;7株陕西CV-A4毒株依据分离年代的不同位于不同的三个小进化分支里,且和来自山东和吉林两省的邻近年份的CV-A4毒株位于同一小分支,提示7株陕西CV-A4分离株和它们存在共同进化和共循环。在无脊髓灰质炎时代应进一步加强监测CV-A4在AFP病例NPEV所占的比例和动态变化。 展开更多

关键词 急性弛缓性麻痹病例 柯萨奇病毒A组4型 亲缘关系进化树 优势基因型

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2009-2015年青岛市手足口病病原中柯萨奇病毒A4型VP1区基因特征分析 被引量：11

4

作者 史晓燕 汪照国 +5 位作者 宫金伶 柴青 赵丹 苏志磊 张凤 高汝钦 《中国病毒病杂志》 CAS 2017年第2期124-128,共5页

目的阐明2009-2015年引起青岛市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)的病原之一柯萨奇病毒A4型(CV-A4)VP1编码区的基因特征。方法用荧光RT-PCR法对青岛市2009-2015年HFMD患者的咽拭子标本进行总肠道病毒(EV)、柯萨奇病毒A16(CV-... 目的阐明2009-2015年引起青岛市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)的病原之一柯萨奇病毒A4型(CV-A4)VP1编码区的基因特征。方法用荧光RT-PCR法对青岛市2009-2015年HFMD患者的咽拭子标本进行总肠道病毒(EV)、柯萨奇病毒A16(CV-A16)型和肠道病毒71(EVA71)型检测,以半巢式反转录PCR扩增非EV-A71,非CV-A16型肠道病毒VP1区部分基因序列,结合序列分析鉴定CV-A4血清型。对全部CV-A4阳性分离株进行VP1基因全长序列扩增及基因序列测定。用MEGA 5.0软件进行遗传进化及分子特征分析。结果青岛市2009-2015年7 967份HFMD患者的咽拭子标本中共分离到CV-A4 39株,分别占各年度肠道病毒总构成比的0.18%(1/541)、0.21%(2/944)、0.29%(2/681)、1.37%(4/292)、2.25%(12/534)、0.75%(7/928)和1.86%(11/591)。遗传进化分析显示,94.87%(37/39)的青岛地区CV-A4分离株位于C2b亚型,5.13%(2/39)位于C1亚型;青岛C2b亚型病毒株VP1区核苷酸一致性为90.7%~100.0%,氨基酸一致性为96.9%~100.0%。结论 CVA4不是引起HFMD的优势病原,C2b亚型毒株是青岛市CV-A4的优势流行株,同时伴有C1亚型毒株的流行。 展开更多

关键词 手足口病 柯萨奇病毒A4型 遗传进化分析

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深圳地区2014年柯萨奇病毒A组4型VP1区基因特征分析 被引量：10

5

作者 姚相杰 何雅青 +2 位作者 蔡春林 卓菲 杨贵清 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期565-568,573,共5页

目的对2014年深圳市罗湖区一起疱疹性咽峡炎疫情的病原体进行鉴定,并对鉴定的柯萨奇A4病毒（CVA4）的VP1基因进行序列测定和遗传进化特征分析。方法采集疫情中患儿的咽拭子样本8份,提取病毒核酸,利用荧光RTPCR法检测样本总肠道病毒（EV... 目的对2014年深圳市罗湖区一起疱疹性咽峡炎疫情的病原体进行鉴定,并对鉴定的柯萨奇A4病毒（CVA4）的VP1基因进行序列测定和遗传进化特征分析。方法采集疫情中患儿的咽拭子样本8份,提取病毒核酸,利用荧光RTPCR法检测样本总肠道病毒（EV）、人肠道病毒71型（EV71）、柯萨奇病毒A组16型（CVAl6）、CVA4、CVA6和CVAl0等,对CVA4阳性样本采用RT-PCR方法扩增其VP1区全长序列,并进行核苷酸序列测定和遗传进化分析。结果引起此次疱疹性咽峡炎暴发的病原体为GIB亚型的CVA4病毒。同源性分析显示,深圳2014年CVA4病毒株与云南2004年分离株（AB268278）、以及台湾2008年分离株（AB571570）核苷酸同源性达94.1%~94.8%,而与CVA4原型株HIGHPOINT同源性最低,为84.3%。在氨基酸序列上与台湾2006年分离株（AB571563）、吉林2006年分离株（JQ715709）同源性最高,达99.3%;而与山东省2006年分离株（GQ253375）同源性最低,为97.1%。相比深圳2009年分离株（HQ728260）,共有6个氨基酸突变位点：N22S,T34A,N63S,A165D,T200A和V126A;而进化树分析显示,深圳2014年CVA4病毒株虽属于CVA4的GIB亚型,但在进化走势上,已经不同于GIB亚型中其他地区早期的分离株。结论 2014年深圳地区CVA4病毒属于GIB亚型,但在VP1区变异较大。 展开更多

关键词 疱疹性咽峡炎 柯萨奇病毒A组4型 VP1序列分析 亚型

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手足口病患儿柯萨奇病毒A4的鉴定及其5′UTR-VP4-VP2区序列分析 被引量：10

6

作者 吉彦莉 王永全 《中国预防医学杂志》 CAS 2012年第9期675-678,共4页

目的分析2009年北京市西城区手足口病患儿柯萨奇病毒A4(CoxA4)5′UTR-VP4-VP2区进化特征,探讨其与国内外其他地区CoxA4分离株的关系。方法提取病毒RNA,进行半巢式RT-PCR扩增肠道病毒(EV)5′UTR-VP4-VP2区。通过测序和Blast比对确定EV型... 目的分析2009年北京市西城区手足口病患儿柯萨奇病毒A4(CoxA4)5′UTR-VP4-VP2区进化特征,探讨其与国内外其他地区CoxA4分离株的关系。方法提取病毒RNA,进行半巢式RT-PCR扩增肠道病毒(EV)5′UTR-VP4-VP2区。通过测序和Blast比对确定EV型别;并对其进行序列和进化分析。结果共鉴定出两株CoxA4,Genbank登录号为JQ429434和JQ429435。进化分析表明,CoxA4包括3个进化树分支:原型株AY421762位于独立的分支,其余CoxA4构成两个基因型(Ⅰ型和Ⅱ型),每个基因型包括两个亚型(A和B)。在5′UTR-VP4-VP2区,两株CoxA4核苷酸序列同源性为96.00%;它们与原型株、基因Ⅰ型及Ⅱ型毒株序列同源性分别为87.00%～88.00%,85.00%～87.00%,92.00%～98.00%。两株CoxA4与其他中国株均位于基因Ⅱ型分支上。结论北京市西城区CoxA4株与我国近年CoxA4流行株在5′UTR-VP4-VP2区具有较高的同源性,且进化关系密切。 展开更多

关键词 手足口病 柯萨奇病毒A4型 进化分析

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2020-2021年上海市某哨点医院疱疹性咽峡炎流行特征及相关肠道病毒VP1基因特征分析 被引量：1

7

作者 李润 刘嘉婧 +5 位作者 吴文成 张靖翊 崔晓青 袁芳 滕峥 王嘉瑜 《疾病监测》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期439-445,共7页

目的分析2020—2021年上海市某哨点医院疱疹性咽峡炎(HA)标本病例信息的流行病学及主要病原体VP1基因特征,为HA防控提供参考依据。方法采集2020—2021年上海市某哨点医院HA病例标本及信息进行描述性统计分析;采用实时荧光定量聚合酶链... 目的分析2020—2021年上海市某哨点医院疱疹性咽峡炎(HA)标本病例信息的流行病学及主要病原体VP1基因特征,为HA防控提供参考依据。方法采集2020—2021年上海市某哨点医院HA病例标本及信息进行描述性统计分析;采用实时荧光定量聚合酶链式反应开展肠道病毒血清型鉴定,对阳性标本进行病毒分离、VP1基因测序及基因进化、核苷酸及氨基酸同源性分析。结果155例HA标本中肠道病毒阳性病例95例,3~6岁学龄前儿童发病率最高,占确诊病例的57.90%。柯萨奇病毒(Cox)A组6型、Cox A4分别为2020和2021年引起HA的主要优势血清型,检出率分别为33.70%、29.50%,未发现肠道病毒(EV)71型、Cox A5等其他肠道病毒血清型感染病例。基于VP1基因区段,Cox A4、Cox A6、EV71、Cox A10和Cox A16基因型分别为C2 Cluster1、D3、C4a、C、B1b,自HA标本中分离的毒株与我国主要流行株的核苷酸同源性分别为92.60%~96.10%、89.70%~97.00%、92.00%~94.60%、90.70%~97.00%和92.20%~93.70%,氨基酸同源性分别为92.90%~96.20%、97.20%~99.70%、98.30%~99.30%、91.10%~97.10%和96.00%~97.10%。结论2020—2021年上海市某哨点医院HA易感人群以3~6岁学龄前儿童为主;Cox A6、Cox A4是HA的主要血清型;2021年,Cox A4成为引起HA最主要的血清型;所分离肠道病毒与我国优势流行株具有较高同源性。持续开展HA病原谱变化和病毒基因组特征监测对了解病毒传播及防控策略的制定具有参考意义。 展开更多

关键词 疱疹性咽峡炎 肠道病毒 VP1基因特征 柯萨奇病毒A组4型 柯萨奇病毒A组6型

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中国大陆地区柯萨奇病毒A组4型VP1区基因特征分析 被引量：7

8

作者 姚学君 姜仁杰 +1 位作者 管书慧 刘秀兰 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期1021-1025,共5页

目的分析中国大陆地区柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CV-A4)流行毒株基因特征和进化规律。方法利用Mega6.0软件对GenBank核苷酸数据库收录的分离于中国大陆地区CV-A4毒株VP1区基因序列进行分析,构建系统进化树,并计算分离毒株核... 目的分析中国大陆地区柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CV-A4)流行毒株基因特征和进化规律。方法利用Mega6.0软件对GenBank核苷酸数据库收录的分离于中国大陆地区CV-A4毒株VP1区基因序列进行分析,构建系统进化树,并计算分离毒株核苷酸和氨基酸同源性。结果纳入中国大陆地区CV-A4毒株合计116株,中国大陆地区16个省份CV-A4流行毒株潜在的优势基因型为F。与原型株High Point相比,中国大陆地区CV-A4毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为79.9%～84.1%和92.5%～98.7%,收录中国大陆地区CV-A4毒株间核苷酸和氨基酸同源性分别为82.6%～100.0%和91.5%～100.0%。结论针对中国大陆地区CV-A4毒株流行特征和进化规律,采取有效措施防控手足口病。 展开更多

关键词 柯萨奇病毒A组4型 序列分析 分子流行病学

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厦门市11株柯萨奇病毒A4型分离株全基因组序列分析

9

作者 张建梅 温娟 +2 位作者 张荣秋 陈泽辉 徐雪荣 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2024年第6期665-670,共6页

目的通过分析11株CVA4病毒毒株的全基因序列,揭示其基因进化及变异特征。方法将PCR检测阳性且Ct值<25的样本进行病毒分离培养,获得的毒株提取核酸(RNA)后采用高通量宏基因组测序方法进行序列测定,将质控合格的测序数据进行基因组组装... 目的通过分析11株CVA4病毒毒株的全基因序列,揭示其基因进化及变异特征。方法将PCR检测阳性且Ct值<25的样本进行病毒分离培养,获得的毒株提取核酸(RNA)后采用高通量宏基因组测序方法进行序列测定,将质控合格的测序数据进行基因组组装;获得的基因组序列提交至肠道病毒分型网站获得毒株血清型,同时与公共数据库下载的其他国家或地区的CVA4毒株序列通过MegAlign、Mega X、Simplot3.5.1软件分别进行相似性分析、系统进化树分析和重组分析。结果11株毒株全基因组序列长度在7434~7419 bp之间,血清型均为CVA4,核苷酸与氨基酸序列相似性分别为91.7%~99.3%和98%~100%;与原型株序列相比,核苷酸序列何氨基酸序列相似性分别在84.3%~84.7%和97.1%~97.3%之间;与其他参考序列相比,核苷酸与氨基酸序列相似性分别为80.8%~98.8%和96.9%~99.6%;全基因组遗传进化分析表明,其与中国其他地区CVA4毒株序列属同一遗传分枝;根据VP1基因进化树分析,本研究的毒株与中国其他地区毒株属于C基因型中的C2亚型;重组分析结果显示,11株CVA4与其他毒株无明显重组特征,但其中1株的部分区段序列与CVA2毒株序列一致性可达97.2%,剩余毒株与既往重组株相似度可高达98.6%。结论11株CVA4毒株为中国主要流行基因型,虽然与其他毒株无重组现象,但是与其他型别及以往重组株相似性较高,故在工作中需加强毒株重组监测,为手足口病的预防控制工作提供数据支撑。 展开更多

关键词 柯萨奇病毒A组4型(CVA4) 全基因组 基因测序 基因重组

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2023年自贡市一起柯萨奇病毒A4引起的幼儿园疱疹性咽峡炎暴发疫情

10

作者 张洁 游春芳 +4 位作者 明雪微 刘雅琼 崔婷婷 王斌 陈曦 《职业卫生与病伤》 CAS 2024年第1期21-25,共5页

目的 了解柯萨奇病毒A4(coxsackievirus A4,CV-A4)引起的疱疹性咽峡炎暴发疫情的流行病学特征及排毒时长,为疱疹性咽峡炎暴发疫情防控提供数据支撑。方法 2023年5月对自贡市金苹果幼儿园1起疱疹性咽峡炎暴发疫情进行调查处置,采集幼儿园... 目的 了解柯萨奇病毒A4(coxsackievirus A4,CV-A4)引起的疱疹性咽峡炎暴发疫情的流行病学特征及排毒时长,为疱疹性咽峡炎暴发疫情防控提供数据支撑。方法 2023年5月对自贡市金苹果幼儿园1起疱疹性咽峡炎暴发疫情进行调查处置,采集幼儿园小2班教师2份、全体儿童咽拭子9份和环境样本10份,经RT-PCR肠道病毒核酸检测,对阳性儿童再次连续采样(间隔1周)至核酸检测阴性时终止。结果 本次疫情共发现病例14名,罹患率为53.9%(14/26)。患儿临床症状以发热(100.0%)、咽痛(78.6%)及咽峡部疱疹(71.4%)为主,咽拭子和环境样本中均检出肠道病毒核酸阳性,分型为CV-A4。排毒时长中位数为21(95%CI:14.0~28.0)d,生存分析检验显示病例与隐性感染者、男性与女性排毒时长差异无统计学意义。结论 本次疫情为一起CV-A4型引起的幼儿园疱疹性咽峡炎暴发疫情,排毒时间较长,建议幼儿园、学校在节假日后强化晨午检工作,持续对儿童进行追踪随访,卫生与教育部门协同做好流行季节肠道病原学监测。 展开更多

关键词 柯萨奇病毒A4型 暴发 流行病学特征

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苏州市一起聚集性人感染柯萨奇病毒A组4型基因特征 被引量：2

11

作者 董泽丰 徐智慧 +4 位作者 王笛 吴学飞 雅雪蓉 夏瑜 沈强 《中华疾病控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期363-367,共5页

目的 对苏州市一起人呼吸道感染不明病原的聚集性疫情病例咽拭子样本进行初步病原分子鉴定,为疫情处置提供技术支撑。方法 采集该起疫情病例咽拭子标本,实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(Real-time reverse transcription polymerase cha... 目的 对苏州市一起人呼吸道感染不明病原的聚集性疫情病例咽拭子样本进行初步病原分子鉴定,为疫情处置提供技术支撑。方法 采集该起疫情病例咽拭子标本,实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(Real-time reverse transcription polymerase chain reaction, Real-time RT-PCR)方法检测可引起聚集性呼吸道感染疫情的常见病原(甲/乙型流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、冠状病毒、鼻病毒、偏肺病毒和腺病毒)核酸,同时采用FilmArray全自动医用PCR分析系统进行多病原筛查。对病例咽拭子标本进行高通量测序,并用特异性引物探针检测柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4, CV-A4)进行验证。结果 该起疫情采样送检的18份咽拭子样本经Real-time RT-PCR方法检测,其中14份样本柯萨奇A4型病毒检测阳性。Real-time RT-PCR和高通量基因测序方法在病例咽拭子标本中均检出柯萨奇A4型病毒特异性基因片段。序列分析表明苏州该起疫情病毒株全基因组序列与NCBI数据库的MN964082病毒核酸一致性最高,为98.11%;VP1蛋白氨基酸序列与原型株AY421762一致性为98.03%,发现6个位点突变(T23V、A34T、S102A、A200T、I262V和Y285H)。结论 CV-A4可引起聚集性呼吸道感染疫情,对学龄儿童等免疫力较弱的人群应加强健康监测以便疫情早期处置。 展开更多

关键词 实时荧光定量逆转录聚合酶链反应 突变 基因测序 柯萨奇病毒A组4型

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2015—2022年江苏省柯萨奇病毒A组4型全基因组序列特征分析

12

作者 樊欢 鲍倡俊 +2 位作者 朱立国 胡建利 嵇红 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期249-258,共10页

目的回顾性分析2015—2022年江苏省柯萨奇病毒A组4型(CVA4)的分子流行病学特征及重组情况。方法收集疱疹性咽峡炎和手足口病患者咽拭子或肛拭子标本,采用荧光定量PCR检测试剂盒对CVA4进行鉴定。利用72个CVA4完整基因组序列、99个CVA4 VP... 目的回顾性分析2015—2022年江苏省柯萨奇病毒A组4型(CVA4)的分子流行病学特征及重组情况。方法收集疱疹性咽峡炎和手足口病患者咽拭子或肛拭子标本,采用荧光定量PCR检测试剂盒对CVA4进行鉴定。利用72个CVA4完整基因组序列、99个CVA4 VP1序列进行全面系统的系统发育分析,同时采用生物信息学软件DNAStar、MEGA7.0和Similarity plots3.5.1对江苏省CVA4分离株同源性、基因重组和氨基酸变异位点进行分析。结果根据现有VP1核苷酸序列CVA4被分为A、B、C和D基因型,基因型C可以进一步分为C1~C55个亚基因型,其中,C2基因型是与手足口病相关的CVA4主要亚基因型。江苏省分离株序列在P1区与CVA4原型具有较高的同源性,而在P2和P3区与其他肠道病毒A组(EV-A)流行株具有较高的同源性。重组分析表明,江苏省分离株在P2、P3和3′-UTR区与其他EV-A流行株存在3种基因重组模式,这些重组模式是CVA4在人群中持续和广泛传播过程中获得的,更利于CVA4传播。结论分析28个江苏省分离株CVA4完整基因组的系统发育和分子特征,丰富了已知CVA4基因组多样性;研究基因重组和VP1氨基酸位点突变情况、及时把控CVA4感染及疾病发生造成的影响,可更好地了解CVA4的进化关系和传播途径,从而帮助指导疾病控制和预防。 展开更多

关键词 手足口病 柯萨奇病毒A4 分子特征 系统发育 基因重组

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2019年云南省昆明市2株柯萨奇病毒A4毒株全基因序列分析 被引量：5

13

作者 丛山日 许丹菡 +5 位作者 张名 冯昌增 黄小琴 孙浩 杨昭庆 马绍辉 《中国病毒病杂志》 CAS 2020年第6期439-444,共6页

目的对2019年云南昆明地区手足口病患者的粪便进行病毒分离并对毒株进行全基因组序列测定和遗传特性分析。方法利用人类横纹肌肉瘤细胞(human rhabdomyosarcoma,RD)进行病毒分离,提取病毒的RNA序列进行逆转录聚合酶链反应(reverse trans... 目的对2019年云南昆明地区手足口病患者的粪便进行病毒分离并对毒株进行全基因组序列测定和遗传特性分析。方法利用人类横纹肌肉瘤细胞(human rhabdomyosarcoma,RD)进行病毒分离,提取病毒的RNA序列进行逆转录聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)并测序,利用MEGA 6.06、Simplot 3.5.1和Geneious 9.1.4等软件对毒株的全基因组序列进行分析。结果 KR3/YN/CHN/2019(简称KR3)和KR110/YN/CHN/2019(简称KR110)分离株经测序比对为柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A,CV-A4),全基因序列长度分别为7 434个核苷酸和7 436个核苷酸,编码2 201个氨基酸;全基因核苷酸一致性及氨基酸同源性分别为92.4%和98.4%。2株CV-A4云南分离株与大多数中国流行株在同一分支,均属于C2亚型。结论 KR3和KR110分离株为CV-A4,与中国CV-A4流行株一致,同属于C2亚型。 展开更多

关键词 柯萨奇病毒A组4型(CV-A4) 手足口病 全基因组 肠道病毒 进化分析 遗传特性

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引起深圳市一起疱疹性咽峡炎暴发的柯萨奇A4病毒的鉴定及其VP1区序列分析 被引量：5

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作者 蔡春林 姚相杰 +2 位作者 卓菲 何雅青 杨贵清 《中国卫生检验杂志》 CAS 2015年第6期860-862,共3页

目的鉴定引起2012年深圳市罗湖区一起疱疹性咽峡炎暴发的病原体,并对鉴定的柯萨奇A4病毒(coxsackie virus A4,CVA4)的VP1基因进行全长的序列测定和遗传进化特征分析。方法采集罗湖区某幼儿园疱疹性咽峡炎暴发期间患儿的4份咽拭子样本和... 目的鉴定引起2012年深圳市罗湖区一起疱疹性咽峡炎暴发的病原体,并对鉴定的柯萨奇A4病毒(coxsackie virus A4,CVA4)的VP1基因进行全长的序列测定和遗传进化特征分析。方法采集罗湖区某幼儿园疱疹性咽峡炎暴发期间患儿的4份咽拭子样本和1份粪便标本,采用荧光RT-PCR法鉴定CVA4病毒,对阳性样本采用RT-PCR方法扩增CVA4病毒VP1区全长序列,并进行核苷酸序列测定和系统进化分析。结果病原学检测结果显示,引起此次疱疹性咽峡炎暴发的病原体为CVA4病毒。同源性分析显示,引起深圳疱疹性咽峡炎的CVA4病毒SZ-SK12030005、SZ-SK12030007与山东省2010株(KF150144)进化关系最近,核苷酸和氨基酸同源性分别为96.4%和99.5%;与2006年吉林株(JQ715708)的同源性最低,核苷酸和氨基酸同源性分别为87.9%和96.6%。VP1区亲缘进化树显示CVA4-SZ-SK12030005和CVA4-SZ-SK12030007属于GⅠB亚型。结论 GⅠB型CVA4病毒是引起此次深圳市疱疹性咽峡炎疫情的病原体。 展开更多

关键词 疱疹性咽峡炎 柯萨奇病毒A组4型 VP1序列分析 亚型

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2020-2021年上海地区分离株柯萨奇病毒A4基因型的全基因组分析 被引量：1

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作者 李云逸 崔心怡 +3 位作者 费洁 仲文江 李淑佩 陈敏 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2023年第8期875-880,共6页

目的对2020-2021年上海市环境污水和健康儿童粪便标本中分离的9株柯萨奇病毒A4(Coxsackievirus A4,CVA4)进行全基因组特征分析。方法利用人横纹肌肉瘤细胞(human rhabdomy-osarcoma,RD)和人喉癌上皮细胞(human laryngeal carcinoma,Hep... 目的对2020-2021年上海市环境污水和健康儿童粪便标本中分离的9株柯萨奇病毒A4(Coxsackievirus A4,CVA4)进行全基因组特征分析。方法利用人横纹肌肉瘤细胞(human rhabdomy-osarcoma,RD)和人喉癌上皮细胞(human laryngeal carcinoma,Hep-2)对污水样品和健康儿童粪便样品进行病毒分离,抽提病毒RNA进行逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR),利用Illumina二代测序技术进行全基因组序列测定。使用BioEdit 7.2.5软件对CVA4进行序列比对和同源性分析,使用软件MEGA10.0.4运用最大似然法(Maximum likelihood,ML)构建系统进化树,建树自展值(Bootstrap)检验1000次。使用Similarity Plots3.5.1软件对CVA4代表株进行重组分析。结果2021年上海市健康儿童粪便样品共分离出5株CVA4,2020-2021年环境污水中共分离出4株CVA4。2020年1月和12月以及2021年1-2月和4-5月采集的污水浓缩液均检出CVA4。9株CVA4分离株之间VP1区核苷酸和氨基酸相似性分别为90.2%~100%和96.3%~100%,均属于C2基因亚型。其中5个CVA4代表株间全基因组核苷酸和氨基酸相似性分别为89.8%~99.3%和96.3%~100%。基因重组分析显示,5个CVA4代表株的基因组在P1区与CVA4原型呈现高度相似性,而在5'UTR区域均与CVA6有重组区域,并在P3的3C区域与CVA5和CVA6存在重组现象。结论分离自上海地区的9株CVA4均属于C2基因亚型,该亚型是国内CVA4的优势基因亚型。其中5株CVA4在5􀆳UTR和3C区存在重组现象。本研究可为了解上海流行株CVA4的遗传变异情况提供数据支撑,CVA4的疫苗研发和相关疾病的防控具有参考意义。 展开更多

关键词 柯萨奇病毒A 4 环境污水监测 全基因组

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柯萨奇病毒A组4型云南分离株的基因特征分析 被引量：4

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作者 田子颖 寸建萍 +4 位作者 李琼芬 丁峥嵘 赵智娴 张杰 田炳均 《中国病毒病杂志》 CAS 2016年第1期12-16,共5页

目的对中国云南省6株和其他10个省(含中国台湾省)不同时间、不同来源分离的柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)VP1区基因特征进行分析。方法对云南省2014年手足口病实验室监测系统、2012年健康人群和2004年急性迟缓性麻痹(acute... 目的对中国云南省6株和其他10个省(含中国台湾省)不同时间、不同来源分离的柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)VP1区基因特征进行分析。方法对云南省2014年手足口病实验室监测系统、2012年健康人群和2004年急性迟缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)监测系统中分离到的6株CV-A4病毒VP1区基因进行基因扩增和测序;按参考文献下载基因库中CV-A4病毒VP1区基因参考序列和其他省CV-A4基因序列,用MEGA 5.0软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果云南6株CV-A4均为基因1型的B亚型(genotype1,subtype B)。与国内其他省毒株比较,除1998年2株山东省和2006年1株吉林省AFP分离株为基因1型的A亚型(genotype 1,subtype A),台湾省4株(AB571583、AB571584、AB571586、AB571587)为基因2型的B亚型(genotype 2,subtype B)外,其他中国分离株均为基因1型的B亚型。结论除CVA4病毒的原型株High Point(AY421762)外,国内外CV-A4病毒存在两个基因型,两个基因型又分为两个亚型,即A和B亚型;中国分离株大都为基因1型,其中又以B亚型为主。不同于EV-A71和CV-A16,CV-A4的基因型分布不是很广。 展开更多

关键词 柯萨奇病毒A组4型 VP1基因 基因特征分析

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泰安市2017-2018年柯萨奇病毒A4型分离株全基因组特征 被引量：4

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作者 韦庆娟 刘建生 +3 位作者 李娟 姚雪 周宏 史卫峰 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2019年第4期347-353,共7页

目的分析2017—2018年泰安市柯萨奇病毒A4型(Coxsackievirus A4,CV-A4)分离株的基因组特征。方法收集2017—2018年到泰安市妇幼保健院就诊且临床表征为手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)特征的患儿咽拭子样本共60份,利用肠道... 目的分析2017—2018年泰安市柯萨奇病毒A4型(Coxsackievirus A4,CV-A4)分离株的基因组特征。方法收集2017—2018年到泰安市妇幼保健院就诊且临床表征为手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)特征的患儿咽拭子样本共60份,利用肠道病毒(enterovirus,EV)通用引物,经荧光定量PCR进行鉴定。核酸阳性样本进行高通量测序。通过Mega5.05、RaxML软件进行全基因组序列及VP1基因系统发育分析,并进行同源性及氨基酸突变位点分析。结果4条CV-A4全基因组序列,标本来自17~19月龄幼儿。系统进化分析表明,除了MG550920/AA/Henan/2016以外,包括4株泰安株以内的中国CV-A4毒株(97.2%)均位于Group 3分支。根据VP1基因可划分为4个基因型,98.5%的国内毒株均位于基因型D分支,4株泰安株位于基因型D2。值得注意的是,分离株A1/Taian同澳大利亚株(C179、C062)的全长序列及VP1基因进化关系均较近,且均与本实验室2016年烟台分离株YT184R高度同源。与CV-A4原型株High Point相比,4个泰安株在结构蛋白编码区即P1区共有18个位点发生氨基酸突变。结论4株泰安CV-A4分离株同国内多数CV-A4株的全基因组及VP1基因均位于同一进化分支,为近期国内流行株,与原型株相比其P1区发生了多个氨基酸变异,值得进一步研究。 展开更多

关键词 柯萨奇病毒A4型 手足口病 VP1基因 系统进化分析

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一起由柯萨奇病毒A4引起的聚集性发热的分子流行病学研究 被引量：4

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作者 吉彦莉 王永全 +1 位作者 崔海洋 靳博 《公共卫生与预防医学》 2019年第2期93-96,共4页

目的对2018年北京市一起聚集性发热疫情的病原进行鉴定,并对其进行分子流行病学分析。方法采集此次疫情4例患儿咽拭子标本,提取标本核酸,用实时荧光PCR对其进行初步病原学鉴定。用分型引物通过RT-nPCR对肠道病毒VP1区部分核苷酸序列进... 目的对2018年北京市一起聚集性发热疫情的病原进行鉴定,并对其进行分子流行病学分析。方法采集此次疫情4例患儿咽拭子标本,提取标本核酸,用实时荧光PCR对其进行初步病原学鉴定。用分型引物通过RT-nPCR对肠道病毒VP1区部分核苷酸序列进行扩增,通过测序和GenBank Blast比对确定肠道病毒型别,并对其进行序列和进化分析。结果 4例患儿标本均为CVA4阳性,在VP1区,其核苷酸序列同源性为100%;序列分析发现,其与2016年澳大利亚CVA4分离株MH111027同源性最高,为99%;与2004—2016年中国境内CVA4分离株同源性为83%～90%。进化分析显示,此次疫情毒株与近年来中国境内流行的CVA4优势毒株不在一个进化树分支上。结论引起此次聚集性发热疫情的病原体是CVA4,其与近年来我国流行的CVA4优势毒株具有不同的种系来源。 展开更多

关键词 聚集性发热 柯萨奇病毒A4 进化分析

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CV-A4单克隆抗体制备及候选疫苗型特异性定量分析方法的建立和验证

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作者 田宇璇 汪梦俊 +3 位作者 王文辉 吴杰 郭靖 申硕 《现代免疫学》 CAS 北大核心 2023年第1期8-15,共8页

为制备柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)单克隆抗体并鉴定其生物学特性,同时为初步建立CV-A4抗原定量ELISA检测法,用于CV-A4候选疫苗研制中的抗原定量检测及质量控制,将纯化后的CV-A4全病毒颗粒免疫BALB/c小鼠,采用常规细胞... 为制备柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)单克隆抗体并鉴定其生物学特性,同时为初步建立CV-A4抗原定量ELISA检测法,用于CV-A4候选疫苗研制中的抗原定量检测及质量控制,将纯化后的CV-A4全病毒颗粒免疫BALB/c小鼠,采用常规细胞融合技术、中和试验和ELISA获得CV-A4单克隆抗体;建立双抗体夹心ELISA检测法并进行方法学验证,用于检测手足口病(hand-foot-mouth disease,HFMD)多价疫苗中CV-A4抗原水平。结果显示,制备了型特异性CV-A4单克隆抗体并建立了双抗体夹心ELISA检测法,检测范围为62.5~4000.0 ng/mL;高、中、低3个浓度样本准确度验证,回收率为91.8%~121.9%;重复性验证,变异系数分别为3.4%、11.9%和8.6%;中间精密度验证,变异系数分别为1.8%、9.4%和6.5%;耐用性验证,回收率为97.3%~104.1%;包被微孔板37℃放置3 d,样本回收率为98.5%~119.2%;在特异度验证中,双抗体夹心ELISA检测法仅识别CV-A4抗原,与CV-A4以外的抗原均无交叉反应。由此,新建立的双抗体夹心ELISA检测法可用于纯化过程样本的CV-A4抗原检测,也可定量分析HFMD多价疫苗中CV-A4组分,这为多价疫苗的研制奠定了基础。 展开更多

关键词 柯萨奇病毒A组4型 单克隆抗体 双抗体夹心酶联免疫吸附试验 抗原检测

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深圳市大鹏新区2起儿童疱疹性咽颊炎聚集性疫情的病原鉴定与基因分型分析 被引量：3

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作者 黄妙芬 王文祥 +1 位作者 连宪强 杨粤 《上海预防医学》 CAS 2022年第7期660-664,共5页

【目的】分析2021年5月深圳市大鹏新区2起儿童疱疹性咽颊炎疫情的病原特征及其基因型。【方法】采集2起疱疹性咽峡炎暴发疫情患儿的5份咽拭子,用实时荧光聚合酶链式反应(PCR)对其进行常见肠道病毒的基因检测,采用逆转录巢式聚合酶链式反... 【目的】分析2021年5月深圳市大鹏新区2起儿童疱疹性咽颊炎疫情的病原特征及其基因型。【方法】采集2起疱疹性咽峡炎暴发疫情患儿的5份咽拭子,用实时荧光聚合酶链式反应(PCR)对其进行常见肠道病毒的基因检测,采用逆转录巢式聚合酶链式反应(RT⁃nPCR)法扩增肠道病毒VP1区,通过测序和比对进行序列分析,运用MEGA7软件中的CLUSTAL W程序进行位点对齐并构建系统进化树。【结果】引起这2起疱疹性咽峡炎疫情的病原体为柯萨奇病毒A4(CVA4)。VP1区基因序列分析发现2起疫情样本之间的核苷酸同源性为92%;A幼儿园的3株毒株与深圳2018株(MN840533)进化关系最近,核苷酸同源性为98.11%;B幼儿园的2株毒株与四川2018株(MW178763)进化关系最近,核苷酸同源性为97.88%。系统进化树显示,本研究的5株CVA4病毒均属C2基因亚型。【结论】2起儿童疱疹性咽颊炎疫情都是由CVA4病毒引起,均属C2基因亚型。 展开更多

关键词 柯萨奇病毒A4 疱疹性咽颊炎 聚集性疫情 基因型 基因序列 系统进化树

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