期刊文献+
共找到121篇文章
< 1 2 7 >
每页显示 20 50 100
The Cyclophilin AtCYP71 Interacts with CAF-1 and LHP1 and Functions in Multiple Chromatin Remodeling Processes 被引量:9
1
作者 Hong Li Sheng Luan 《Molecular Plant》 SCIE CAS CSCD 2011年第4期748-758,共11页
Chromatin is the primary carrier of epigenetic information in higher eukaryotes. AtCYP71 contains both cyclophilin domain and WD40 repeats. Loss of AtCYP71 function causes drastic pleiotropic phenotypic defects. Here,... Chromatin is the primary carrier of epigenetic information in higher eukaryotes. AtCYP71 contains both cyclophilin domain and WD40 repeats. Loss of AtCYP71 function causes drastic pleiotropic phenotypic defects. Here, we show that AtCYP71 physically interacts with FAS1 and LHP1, respectively, to modulate their distribution on chromatin. The Ihpl cyp71 double mutant showed more severe phenotypes than the single mutants, suggesting that AtCYP71 and LHP1 synergistically control plant development. Such synergism was in part illustrated by the observation that LHP1 association with its specific target loci requires AtCYP71 function. We also demonstrate that AtCYP71 physically interacts with FAS1 and is indispensable for FAS1 targeting to the KNAT1 locus. Together, our data suggest that AtCYP71 is involved in fundamental processes of chromatin assembly and histone modification in plants. 展开更多
关键词 ARABIDOPSIS CYCLOPHILIN like heterochromatin protein 1 histone mark chromatin assembly factor chromatin immunoprecipitation.
原文传递
染色质免疫共沉淀技术的应用和研究进展 被引量:10
2
作者 李玲 杨鹏跃 +3 位作者 朱本忠 傅达奇 田慧琴 罗云波 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第6期124-132,共9页
本文主要从染色质免疫共沉淀技术的基本原理、实验步骤、优缺点和应用等方面进行阐述,阐明了应用于ChIP技术下游的确定靶基因的不同方法,并对其中的两种重要方法作比较。特别介绍了ChIP技术在植物方面的最新研究进展,并对此技术作总结... 本文主要从染色质免疫共沉淀技术的基本原理、实验步骤、优缺点和应用等方面进行阐述,阐明了应用于ChIP技术下游的确定靶基因的不同方法,并对其中的两种重要方法作比较。特别介绍了ChIP技术在植物方面的最新研究进展,并对此技术作总结和展望。 展开更多
关键词 染色质免疫共沉淀 染色质免疫共沉淀和基因芯片 染色质免疫共沉淀和测序 应用 研究进展
原文传递
组蛋白乙酰化修饰在骨髓间充质干细胞向平滑肌细胞分化中的作用 被引量:8
3
作者 杨婧 王延洲 梁志清 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期369-374,共6页
目的探讨骨髓间充质干细胞(BMSCs)在平滑肌微环境中发生分化后平滑肌标志性基因乙酰化水平的变化,以及组蛋白乙酰化修饰在干细胞分化中的作用及机制。方法体外培养BMSCs和膀胱平滑肌细胞(BSMCs),选择同批次的第3代BMSCs,将与BSMCs共培... 目的探讨骨髓间充质干细胞(BMSCs)在平滑肌微环境中发生分化后平滑肌标志性基因乙酰化水平的变化,以及组蛋白乙酰化修饰在干细胞分化中的作用及机制。方法体外培养BMSCs和膀胱平滑肌细胞(BSMCs),选择同批次的第3代BMSCs,将与BSMCs共培养3d的BMSCs作为实验组,未经共培养的BMSCs作为对照组,采用RT-PCR检测两组BMSCs中平滑肌α肌动蛋白(α-SMA)、钙调节蛋白(calponin)、平滑肌肌球蛋白重链(SM-MHC)的表达丰度。采用条件为80%、20次、0.5 s、8个循环的超声破碎实验组及对照组BMSCs的DNA,以H3K9抗体结合特定乙酰化位点,采用免疫共沉淀技术(ChIP)沉淀BMSCs组蛋白乙酰化位点基因,接头PCR扩增所获基因,Real-time PCR检测所获基因中3种目的基因(α-SMA、Calponin、SM-MHC)的表达水平。结果 RT-PCR检测结果显示,实验组BMSCs中的平滑肌标志性基因(α-SMA、Calponin、SM-MHC)的mRNA表达水平较对照组明显增高[分别为0.176±0.003 vs. 0.070±0.002,0.079±0.002vs.0.051±0.003,0.091±0.004vs.0.034±0.001],差异均有统计学意义(P<0.01)。分光光度计检测ChIP后获得的DNA,结果表明H3K9乙酰化抗体沉淀所获DNA浓度高于Ig G抗体,且实验组高于对照组(P<0.05)。RealtimePCR分析BMSCs分化前后目的基因组蛋白H3K9乙酰化水平,结果显示,BMSCs分化后,实验组的平滑肌标志性基因α-SMA、calponin、SM-MHC的mRNA转录水平明显高于对照组[分别为9.26±5.03 vs. 1.01±0.05,2.33±0.65 vs.0.99±0.05,2.63±0.37vs.1.00±0.03],差异均有统计学意义(P>0.05)。结论在平滑肌微环境中,BSMCs特定位点H3K9乙酰化程度的增加可促进BMSCs向BSMCs的分化。 展开更多
关键词 间充质干细胞 膀胱平滑肌细胞 共同培养技术 乙酰化作用 免疫共沉淀
下载PDF
低氧对人肝癌HepG2细胞中HIF-1α及miR-210表达的影响 被引量:7
4
作者 徐凌 王锋 +4 位作者 卫巍 戴维奇 何珊珊 王兴鹏 郭传勇 《肿瘤》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期502-507,共6页
目的:研究低氧对人肝癌细胞株HepG2细胞表达缺氧诱导因子1α(hypoxia-inducible factor-1 alpha,HIF-1α)及缺氧特异性微小RNA-210(microRNA-210,miR-210)的影响,探讨肿瘤细胞在低氧环境下miR-210表达的变化情况。方法:HepG2细胞经体外... 目的:研究低氧对人肝癌细胞株HepG2细胞表达缺氧诱导因子1α(hypoxia-inducible factor-1 alpha,HIF-1α)及缺氧特异性微小RNA-210(microRNA-210,miR-210)的影响,探讨肿瘤细胞在低氧环境下miR-210表达的变化情况。方法:HepG2细胞经体外常规培养后,用体积分数为1%的氧气分别培养HepG2细胞6、12、18和24h。应用实时荧光定量RT-PCR(real-time quantitative reverse transcriptionPCR,qRT-PCR)和蛋白质印迹法分别检测细胞中HIF-1αmRNA和蛋白的表达变化,同时用茎环RT-PCR检测miR-210的表达变化,分析HIF-1α与miR-210的表达关系。染色质免疫共沉淀PCR(chromatin immunoprecitation PCR,ChIP-PCR)分析HIF-1α与miR-210启动子结合的可能性。结果:低氧培养6~12h,HIF-1αmRNA的表达量存在明显改变(P<0.05),而其蛋白的表达量从低氧培养开始直至24h均有明显变化(P<0.005);与此同时,miR-210的表达量在低氧培养6~18h时出现明显改变(P<0.01),且与HIF-1α蛋白表达存在明显的线性相关(R=0.795,P=0.037)。进一步的ChIP-PCR实验表明,HIF-1α在HepG2细胞内可与miR-210启动子区近转录区的低氧反应元件(hypoxia response element,HRE)结合,从而发挥转录调控作用。结论:适度的低氧环境可能影响miR-210表达,其机制可能是通过HIF-1α结合其启动子来调节实现的。 展开更多
关键词 肝细胞 微小RNA类 低氧 缺氧诱导因子1 α亚单位 染色质免疫沉淀
原文传递
三维基因组染色质构象捕获及其衍生技术 被引量:4
5
作者 田昊 杨梓健 +1 位作者 徐兴文 刘良玉 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第10期2040-2050,共11页
线性染色质经过多重折叠凝缩到真核生物的细胞核中,染色质的三维构象直接决定了真核生物的基因表达,因此染色质可以在局部或远程空间上发生互作调控基因转录。折叠成环状构象的染色质可以借助染色质构象捕获(Chromosome conformation ca... 线性染色质经过多重折叠凝缩到真核生物的细胞核中,染色质的三维构象直接决定了真核生物的基因表达,因此染色质可以在局部或远程空间上发生互作调控基因转录。折叠成环状构象的染色质可以借助染色质构象捕获(Chromosome conformation capture,3C)技术来研究,基于3C技术扩展的4C/5C/Hi-C从单个位点延伸到全基因组捕捉三维构象,在此基础上,染色质构象核心技术可以与免疫共沉淀、核酸分子杂交、单细胞、基因组测序等技术偶联而产生新的衍生技术和应用,这极大地推动了染色质构象技术在基因时空特异性表达调控上的研究。文中将以3C和Hi-C等三维基因组核心技术为基础,重点介绍染色质构象捕获及其衍生技术的原理和前沿应用。 展开更多
关键词 染色质构象捕获 三维基因组 高通量染色质构象捕获技术 染色质免疫共沉淀 配对末端标记测序技术分析染色质相互作用
原文传递
Osteonectin促进骨髓来源间充质干细胞成骨分化的机制及其与青少年特发性脊柱侧凸的相关性研究
6
作者 赵志蓉 陈涛 陈焕雄 《转化医学杂志》 2024年第2期177-182,共6页
目的 探究Osteonectin在促进骨髓间充质干细胞(BMSCs)成骨分化的分子机制,以及Osteonectin在青少年特发性脊柱侧凸(AIS)中的作用。方法 将2020年5月—2022年5月就诊的20例AIS及健康体检20例分别作为AIS组和健康组。使用qRT-PCR技术测定2... 目的 探究Osteonectin在促进骨髓间充质干细胞(BMSCs)成骨分化的分子机制,以及Osteonectin在青少年特发性脊柱侧凸(AIS)中的作用。方法 将2020年5月—2022年5月就诊的20例AIS及健康体检20例分别作为AIS组和健康组。使用qRT-PCR技术测定2组BMSCs中Osteonectin、BMP2以及Wnt/β-catenin信号通路相关基因(Tcf7、Lef1)和成骨分化相关基因(Runx2、Osteocalcin)的表达水平。通过X线检测AIS患者的Cobb角度,并分析上述基因表达水平与Cobb角度的相关性。在BMSCs中,加入Osteonectin和BMP2抑制剂Noggin,并分为对照组、Osteonectin组和Osteonectin+Noggin组。通过qRT-PCR检测BMSCs中BMP2、Tcf7、Lef1、Runx2和Osteocalcin mRNA表达水平。采用ChIP-qPCR检测β-catenin在Runx2和Osteocalcin基因转录起始位(TSS)的富集水平。结果 与健康组比较,AIS组BMSCs中Osteonectin、BMP2、Tcf7、Lef1、Runx2和Osteocalcin mRNA表达水平均降低(P<0.05);Osteonectin、BMP2、Tcf7、Lef1、Runx2和Osteocalcin mRNA表达水平与AIS患者Cobb角度呈负相关(r=-0.466 3、-0.369 1、-0.272 7、-0.543 4、-0.606 5、-0.343 3,P<0.05,P<0.01)。与对照组比较,Osteonectin组BMSCs中BMP2、Tcf7、Lef1、Runx2和Osteocalcin mRNA表达水平升高,且β-catenin在Runx2和Osteocalcin mRNA TSS富集水平增加(P<0.05)。相比Osteonectin组,Osteonectin+Noggin组BMSCs中Tcf7、Lef1、Runx2和Osteocalcin mRNA表达水平降低,β-catenin在Runx2和Osteocalcin mRNA TSS富集水平降低(P<0.05)。结论 在AIS患者中,BMSCs中Osteonectin、BMP2-Wnt/β-catenin的表达以及成骨分化水平与AIS疾病的发展呈负相关。Osteonectin通过激活BMP2-Wnt/β-catenin信号通路,促使β-catenin转录激活成骨分化相关基因,从而促进BMSCs的成骨分化。 展开更多
关键词 青少年特发性脊柱侧凸 骨结合素 骨粘连蛋白 骨髓来源间充质干细胞 染色质免疫共沉淀 成骨分化 COBB角 BMP2-Wnt/β-catenin信号通路
下载PDF
Activation of bone morphogenetic protein-6 gene transcription in MCF-7 cells by estrogen 被引量:2
7
作者 ZHANG Ming YAN Ji-dong ZHANG Lei WANG Qing Lü Shu-jun ZHANG Jie ZHU Tian-hui 《Chinese Medical Journal》 SCIE CAS CSCD 2005年第19期1629-1636,共8页
Background Bone morphogenetic protein-6 (BMP-6) is closely correlated with tumor differentiation and skeletal metastasis. Estrogen is considered as a stimulant for the initiation and promotion of breast cancer. Prev... Background Bone morphogenetic protein-6 (BMP-6) is closely correlated with tumor differentiation and skeletal metastasis. Estrogen is considered as a stimulant for the initiation and promotion of breast cancer. Previous studies demonstrated that 17β-estadiol (E2) can selectively increase the expression of BMP-6. This experiment is designed to detect the molecular mechanism of estrogen activating BMP-6 gene transcription in human estrogen receptor positive (ER ^+) breast cancer cell line MCF-7. Methods After the treatment of MCF-7 cells with E2 at different concentrations ( 10^-11 mol/L, 10.9 mol/L, 10.7 mol/L), the BMP-6 expression level was examined through real-time polymerase chain reaction. Through restriction enzyme digestion, human BMP-6 1.2 kb long promoter, BMP-6 0. 7 kb long promoter was cloned into pGL-3 basic vector; after the treatment with 10^-7 mol/L E2, luciferase activities of the two promoters were detected. Site-directed mutagenesis was performed to obtain the mutant forms of estrogen response element half- site ( 1/2 ERE) element and Spl sites in the BMP-6 promoter, the activities of these mutant form promoters were detected following the methods mentioned above. Chromatin immunoprecipitation (CHIP) assay was also used to confirm the binding of estrogen receptor a (ERα) on BMP-6 promoter in the presence of E2. Results E2 dose dependently increased BMP-6 mRNA expression in human ER ^+ breast cancer cell line MCF-7. At a dose of 10^-7 mol/L E2, human BMP-6 1.2 kb promoter activity was increased by 90% compared with the control group treated with ethanol (P 〈 0. 05 ). Both the 1/2 ERE response element mutant form and the Spl site mutant form of the BMP-6 promoter abolished the activation of the BMP-6 promoter' s response to E2. Through ChIP assay, the binding of ERot on 1/2 ERE response element in BMP-6 promoter was further validated. Conclusion Estrogen induces BMP-6 expression in human ER^+ breast cancer cell line MCF-7 receptor ERα binding on 1/2 ERE 展开更多
关键词 bone morphogenetic protein-6 ESTROGEN chromatin immunoprecipitation site-directed mutagenesis
原文传递
单细胞基因组学分析的技术前沿 被引量:5
8
作者 潘星华 朱海英 MARJANI Sadie L. 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期17-24,共8页
基因组学已经深刻地改变了生命科学的诸多领域的面貌。目前它的主要内容是新的全基因组碱基序列的测定和在全基因组范围内鉴定那些在不同水平上影响生命活动的基因群的功能和相互作用。为达此要求,近年出现的第二代测序(深度测序)技术... 基因组学已经深刻地改变了生命科学的诸多领域的面貌。目前它的主要内容是新的全基因组碱基序列的测定和在全基因组范围内鉴定那些在不同水平上影响生命活动的基因群的功能和相互作用。为达此要求,近年出现的第二代测序(深度测序)技术和基因芯片技术发挥了关键作用,但是两者都需要足够的高质量的核酸样品。所以,在只有或只能用单细胞或极少量细胞的情况下,如果没有特殊手段,上述分析往往不能常规、方便地进行。文章以DNA扩增为主线,综合阐述了目前在单细胞(特别是微生物)全基因组测序和大基因组的靶向重测序,以及对单细胞或微量细胞进行的基于深度测序或芯片杂交的功能基因组分析,如转录组、ChIP和DNA的CpG甲基化分析等的最新策略和技术,评价了单细胞基因组测序和功能基因组学各技术的特点并对发展前景进行了展望。 展开更多
关键词 单细胞基因组测序 第二代测序技术 功能基因组学 转录组分析 染色质免疫共沉淀 CpG甲基化图谱
下载PDF
c-Jun binding site identification in K562 cells 被引量:2
9
作者 Minli Li Qinyu Ge +2 位作者 Wei Wang Jinke Wang Zuhong Lu 《Journal of Genetics and Genomics》 SCIE CAS CSCD 2011年第6期235-242,共8页
Determining the binding sites of the transcription factor is important for understanding of transcriptional regulation. Transcription factor c-Jun plays an important role in cell growth, differentiation and developmen... Determining the binding sites of the transcription factor is important for understanding of transcriptional regulation. Transcription factor c-Jun plays an important role in cell growth, differentiation and development, but the binding sites and the target genes are not clearly defined in the whole human genome. In this study, we performed a ChIP-Seq experiment to identify c-Jun binding site in the human genome. Forty-eight binding sites were selected to process further evaluation by dsDNA microarray assay. We identified 283 c-Jun binding sites in K562 cells. Data analysis showed that 48.8% binding sites located within 100 kb of the upstream of the annotated genes, 28.6% binding sites comprised consensus TRE/CRE motif (5′-TGAC/GTCA-3′, 5′-TGACGTCA-3′) and variant sequences. Forty-two out of the selected 48 binding sites were found to bind the c-Jun homodimer in dsDNA microarray analysis. Data analysis also showed that 1569 genes are located in the neighborhood of the 283 binding sites and 191 genes in the neighborhood of the 42 binding sites validated by dsDNA microarray. We consulted 38 c-Jun target genes in previous studies and 16 among these 38 genes were also detected in this study. The identification of c-Jun binding sites and potential target genes in the genome scale may improve our fundamental understanding in the molecular mechanisms underlying the transcription regulation related to c-Jun. 展开更多
关键词 C-JUN chromatin immunoprecipitation ChlP-Seq dsDNA microarray
原文传递
一种简便的染色质免疫沉淀法的建立 被引量:2
10
作者 傅湘辉 刘德培 +4 位作者 辛立 郝德龙 董文吉 黄粤 梁植权 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第4期634-638,共5页
染色质结构和基因表达调节是当前国际前沿研究的热点 .染色质免疫沉淀法是研究染色质结构的首选方法 ,它不仅可用来研究体内反式因子与DNA的相互作用 ,也可以用来研究组蛋白修饰与基因表达的关系 .综合国外相关文献 ,建立了一种简便的... 染色质结构和基因表达调节是当前国际前沿研究的热点 .染色质免疫沉淀法是研究染色质结构的首选方法 ,它不仅可用来研究体内反式因子与DNA的相互作用 ,也可以用来研究组蛋白修饰与基因表达的关系 .综合国外相关文献 ,建立了一种简便的染色质免疫沉淀法 ,并通过对诱导前后的MEL细胞中 β 珠蛋白基因簇组蛋白H3乙酰化的研究 ,证实了其可操作性 .结果表明 :高敏位点HS2和活跃基因 βmaj的启动子区域存在较高的组蛋白乙酰化水平 ,且诱导前后变化显著 ,而不活跃基因Ey的启动子区域则几乎检测不到组蛋白的乙酰化 ,且诱导前后无明显变化 . 展开更多
关键词 染色质免疫沉淀法 染色质 MEL细胞 组蛋白乙酰化 基因表达调节
下载PDF
染色质免疫共沉淀分析丁酸钠对γ珠蛋白基因启动子组蛋白乙酰化的作用 被引量:4
11
作者 陈剑锋 钱新华 +1 位作者 赵丹华 千新来 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期1222-1225,共4页
目的建立基于Real-time PCR分析的染色质免疫共沉淀(ChIP)方法,探讨丁酸钠对γ-珠蛋白基因启动子区组蛋白乙酰化的作用。方法将K562细胞分为0.5 mmol/L丁酸钠处理48 h组和K562细胞组,每组取1×107细胞用实验。采用抗乙酰化组蛋白H3... 目的建立基于Real-time PCR分析的染色质免疫共沉淀(ChIP)方法,探讨丁酸钠对γ-珠蛋白基因启动子区组蛋白乙酰化的作用。方法将K562细胞分为0.5 mmol/L丁酸钠处理48 h组和K562细胞组,每组取1×107细胞用实验。采用抗乙酰化组蛋白H3及H4抗体分别对两组细胞进行ChIP,荧光定量PCR分析不同处理细胞Gγ-、Aγ-珠蛋白基因启动子区乙酰化H3和H4(acH3,acH4)水平。结果各细胞组组内Gγ-和Aγ-珠蛋白基因启动子区域acH3、acH4水平高于阴性对照necdin基因。与K562细胞相比,NaB处理组Gγ-珠蛋白基因启动子区acH3和acH4水平分别升高3.1和2.6倍,Aγ-珠蛋白基因启动子区acH3和acH4水平分别升高3.7和3.2倍(P<0.01)。结论建立了基于荧光定量PCR分析的ChIP技术用于研究珠蛋白基因启动子区域组蛋白的表观遗传修饰,并进一步证实了丁酸钠对γ-珠蛋白基因启动子区域组蛋白乙酰化的作用。 展开更多
关键词 染色质免疫共沉淀 丁酸钠 γ-珠蛋白基因 组蛋白 乙酰化
下载PDF
采用染色质免疫沉淀联合芯片技术分析 胃癌全基因组蛋白H3K27三甲基化水平 被引量:4
12
作者 钟克力 张丽 +2 位作者 戴勇 周汉新 王春友 《临床肿瘤学杂志》 CAS 2009年第1期15-19,共5页
目的:研究胃癌细胞全基因组蛋白H3K27的三甲基化水平。方法:收集我科2007年10月-2008年1月间8例胃癌患者的病灶组织和正常胃黏膜组织,采用染色质免疫沉淀联合芯片技术(ChIP-chip)在全基因组范围内对两种组织细胞的组蛋白H3K27进行... 目的:研究胃癌细胞全基因组蛋白H3K27的三甲基化水平。方法:收集我科2007年10月-2008年1月间8例胃癌患者的病灶组织和正常胃黏膜组织,采用染色质免疫沉淀联合芯片技术(ChIP-chip)在全基因组范围内对两种组织细胞的组蛋白H3K27进行高通量的检测。随后采用染色质免疫沉淀-实时定量聚合酶联反应(ChIP-qPCR)验证芯片结果,定量反转录聚合酶联反应(qRT-PCR)检测H3K27显著差异基因的mRNA表达水平。用统计软件进行基因筛选。结果:经两种组织细胞组蛋白H3K27三甲基化水平对比,筛选出234个基因存在H3K27显著差异,肿瘤细胞中有71个基因显示有H3K27三甲基化程度增高,161个基因H3K27甲基化程度降低;ChIP-qPCR验证结果与CpG岛芯片检测结果一致。结论:和正常胃黏膜组织细胞相比,胃癌细胞多个基因组蛋白H3K27三甲基化存在显著改变。ChIP-chip检测技术有利于进一步揭示胃癌发生的分子机制,发现新的基因治疗靶点。 展开更多
关键词 组蛋白H3K27 三甲基化 芯片 染色质免疫沉淀 胃癌
下载PDF
丁酸钠对K562细胞γ-珠蛋白基因启动子组蛋白磷酸化的影响 被引量:4
13
作者 陈剑锋 钱新华 +1 位作者 赵丹华 千新来 《实用儿科临床杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第12期926-929,共4页
目的探讨丁酸钠(NaB)对K562细胞Gγ-珠蛋白基因和Aγ-珠蛋白基因启动子区域组蛋白H3磷酸化/乙酰化(ph/acH3)的影响。方法将K562细胞按不同处理方法分为2组,即0.5 mmol.L-1NaB处理48 h的K562细胞组[K562(NaB)组]和K562亲本细胞组(K562组... 目的探讨丁酸钠(NaB)对K562细胞Gγ-珠蛋白基因和Aγ-珠蛋白基因启动子区域组蛋白H3磷酸化/乙酰化(ph/acH3)的影响。方法将K562细胞按不同处理方法分为2组,即0.5 mmol.L-1NaB处理48 h的K562细胞组[K562(NaB)组]和K562亲本细胞组(K562组)。采用半定量RT-PCR测定Gγ-珠蛋白和Aγ-珠蛋白mRNA水平,采用基于Real time PCR分析的染色质免疫共沉淀(ChIP)方法分析不同处理细胞Gγ-珠蛋白和Aγ-珠蛋白基因启动子区域ph/acH3水平。结果与K562组细胞比较,K562(NaB)组细胞Gγ-珠蛋白mRNA、Aγ-珠蛋白mRNA的相对水平分别升高1.4倍(t=-149.022,P=0.000)和1.2倍(t=-13.363,P=0.000)。与K562组比较,K562(NaB)组细胞Gγ-珠蛋白和Aγ-珠蛋白基因启动子区ph/acH3水平分别升高了2.9倍(t=-12.833,P=0.006)和3.2倍(t=-10.484,P=0.000)。K562(NaB)组细胞Gγ-珠蛋白和Aγ-珠蛋白基因启动子片段的%In-put值分别比Necdin基因升高10.0倍(P=0.000)、9.5倍(P=0.000);K562组细胞的Gγ-珠蛋白和Aγ-珠蛋白基因启动子片段的%Input值分别比Necdin基因升高3.2倍(P=0.000)、2.7倍(P=0.000)。结论 NaB可促使γ-珠蛋白基因启动子区域组蛋白H3磷酸化及乙酰化,这一作用途径可能是NaB诱导K562细胞γ-珠蛋白基因表达的机制之一。 展开更多
关键词 丁酸钠 γ-珠蛋白基因 组蛋白 磷酸化 乙酰化 染色质免疫共沉淀
原文传递
植物染色质免疫共沉淀方法 被引量:4
14
作者 李东明 宋渊 安黎哲 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期659-667,共9页
染色质结构的动态变化和基因的适时适量表达,在植物生长发育过程中起着非常重要的作用。研究染色质结合蛋白和DNA的时空结合关系,对认识这些复杂的生命过程有重大意义。染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation)就是在体内染色... 染色质结构的动态变化和基因的适时适量表达,在植物生长发育过程中起着非常重要的作用。研究染色质结合蛋白和DNA的时空结合关系,对认识这些复杂的生命过程有重大意义。染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation)就是在体内染色质环境下研究蛋白质和DNA结合关系的方法,本研究利用先提核再甲醛交联的方法,详细叙述了该方法的6个主要步骤。通过对拟南芥(Arabidopsis thaliana)野生型Col-0和突变体met1中组蛋白H3K9甲基化在At4g03870转座子上差异的研究,认为染色质免疫共沉淀方法可行、稳定,此方法不仅适用于单个基因与蛋白结合关系的研究,还适用于特异蛋白结合位点的全基因组学研究。 展开更多
关键词 染色质结构 提细胞核 超声波破碎 染色体免疫共沉淀
下载PDF
不同运动能力小鼠在定制负荷运动适应中骨骼肌的基因转录响应——以细胞自噬与线粒体有关基因为例 被引量:3
15
作者 漆正堂 刘静霞 +3 位作者 钱帅伟 王贵平 邹勇 丁树哲 《武汉体育学院学报》 CSSCI 北大核心 2022年第2期93-100,共8页
运动能力的差异是生物个体间客观存在的。本研究以细胞自噬与线粒体有关基因为例,探讨不同年龄不同运动能力小鼠在运动适应中骨骼肌进行基因选择性表达的转录调控机制,以及骨骼肌基因响应的个性化特征。将清洁级ICR小鼠分为青年对照组(... 运动能力的差异是生物个体间客观存在的。本研究以细胞自噬与线粒体有关基因为例,探讨不同年龄不同运动能力小鼠在运动适应中骨骼肌进行基因选择性表达的转录调控机制,以及骨骼肌基因响应的个性化特征。将清洁级ICR小鼠分为青年对照组(YC)、青年运动组(YR)、成年对照组(AC)、成年运动组(AR),每组10只。采用递增负荷的运动能力测试确定青年、成年小鼠可以承受的最大跑速,YR、AR组小鼠按各自最大跑速的65%~75%进行耐力训练,每天训练1 h,持续4周。取腓肠肌测试mtDNA、ATP含量以及Caspases酶活性,实时荧光定量PCR检测mRNA表达,Western blot检测蛋白表达,用染色质免疫沉淀+PCR(ChIP-PCR)检测p53、ERRα与靶基因启动子结合的DNA片段。结果表明(1)骨骼肌mtDNA含量在成年小鼠运动后显著提高,ATP含量在成年、青年小鼠运动后均显著提高。(2)运动显著提高成年小鼠Caspase 3,8,9的酶活性,但是对青年小鼠无显著影响。(3)成年、青年小鼠自噬基因对运动响应显著,但线粒体生物发生、COX复合物、代谢调控有关基因只在成年小鼠对运动响应显著。(4)运动促进p53、ERRα与靶基因Tfam、SCO2、PUMA、Bax启动子的结合,但在成年、青年小鼠中靶基因转录水平不一致。结论即使保持相对一致的运动负荷,青年小鼠骨骼肌自噬与线粒体有关基因对运动的响应也比成年小鼠低。尽管运动促进p53、ERRα与靶基因启动子的结合,但靶基因在mRNA水平并不一定表达上调。 展开更多
关键词 运动 骨骼肌 基因选择性表达 染色质免疫沉淀 自噬 线粒体
下载PDF
Two memory associated genes regulated by amyloid precursor protein intracellular domain Novel insights into the pathogenesis of learning and memory impairment in Alzheimer's disease
16
作者 Chuandong Zheng Xi Gu Zhimei Zhong Rui Zhu Tianming Gao Fang Wang 《Neural Regeneration Research》 SCIE CAS CSCD 2012年第5期341-346,共6页
In this study, we employed chromatin immunoprecipitation, a useful method for studying the locations of transcription factors bound to specific DNA regions in specific cells, to investigate amyloid precursor protein i... In this study, we employed chromatin immunoprecipitation, a useful method for studying the locations of transcription factors bound to specific DNA regions in specific cells, to investigate amyloid precursor protein intracellular domain binding sites in chromatin DNA from hippocampal neurons of rats, and to screen out five putative genes associated with the learning and memory functions. The promoter regions of the calcium/calmodulin-dependent protein kinase II alpha and glutamate receptor-2 genes were amplified by PCR from DNA products immunoprecipitated by amyloid precursor protein intracellular domain. An electrophoretic mobility shift assay and western blot analysis suggested that the promoter regions of these two genes associated with learning and memory were bound by amyloid precursor protein intracellular domain (in complex form). Our experimental findings indicate that the amyloid precursor protein intracellular domain is involved in the transcriptional regulation of learning- and memory-associated genes in hippocampal neurons. These data may provide new insights into the molecular mechanism underlying the symptoms of progressive memory loss in Alzheimer's disease. 展开更多
关键词 Alzheimer's disease amyloid precursor protein amyloid precursor protein intracellular domain chromatin immunoprecipitation gene regulation chromatin DNA
下载PDF
Identification and validation of novel C/EBPp-regulated genes in preadipocyte proliferation 被引量:1
17
作者 LIU Mei HUANG Hai-yan 《Chinese Medical Journal》 SCIE CAS CSCD 2010年第9期1190-1194,共5页
Background CCAAT/enhancer-binding protein β(C/EBPβ) is required for mitotic clonal expansion (MCE) during adipogenesis. It is still unclear how C/EBPp regulates MCE in the earlier differentiation programs of 3T3... Background CCAAT/enhancer-binding protein β(C/EBPβ) is required for mitotic clonal expansion (MCE) during adipogenesis. It is still unclear how C/EBPp regulates MCE in the earlier differentiation programs of 3T3-L1 preadipocytes. The purpose of this paper was to understand why C/EBPβ is required for preadipocyte proliferation, and identify new target genes of C/EBPP with chromatin immunoprecipitation (ChlP)-on-chip. Methods Postconfluent growth-arrested 3T3-L1 preadipocytes were induced to differentiation using a standard differentiation protocol. Chip was performed at 20 hours after induction with specific anti-C/EBPβ antibodies. The precipitated DNA was amplified, labeled and hybridized with a mouse promoter microarray. Compared with the control in which the ChIP experiment was performed with non-specific antibody, only the genes with a signal increasing more than 2 fold were considered as candidate genes.Results A total of 110 candidate genes were identified. BTG3 associated nuclear protein (SMAR1, Banp) and tripartite motif-containing 35 (Hls5, trim35) were two target genes among the 110 candidate genes which are involved in cell cycle regulation; the binding of C/EBP3 to the promoter of banp and trim35 was verified by ChlP-PCR. Conclusion C/EBPβ may regulate preadipocyte proliferation through activation of banp and trim35. 展开更多
关键词 CCAAT/enhancer binding protein β chromatin immunoprecipitation promoter microarray preadipocyte proliferation
原文传递
Identification of target genes of transcription factor CEBPB in acute promyelocytic leukemia cells induced by all-trans retinoic acid 被引量:1
18
作者 Lei Yu Yang-De Zhang +2 位作者 Jun Zhou De-Ming Yao Xiang Li 《Asian Pacific Journal of Tropical Medicine》 SCIE CAS 2013年第6期473-480,共8页
Objective:To indentify target genes of transcription factor CCA AT enhancer-binding protein P(CEBPB) in acute proinyelocytie leukemia cells induced by all-tram retinoie acid.Methods: A new strategy for high—throughpu... Objective:To indentify target genes of transcription factor CCA AT enhancer-binding protein P(CEBPB) in acute proinyelocytie leukemia cells induced by all-tram retinoie acid.Methods: A new strategy for high—throughput identification of direct target genes was established by combining chromatin immunoprecipitation(ChIP) with in vitro selection.Then,106 potential CKBPB binding fragments from the genome of the all-trans retinoie acid(ATRA)-treated NB4 cells were identified.Results:Of them,82 were mapped in proximity to known or previously predicted genes;7 were randomly picked up for further confirmation by ChlP-PCR and 3 genes (CALM,1TPR2 and 0RM2) were found to be specificaUy up-regulated in the ATRA-treated NB4 cells,indicating that they might lie the down-stream target genes of ATKA.Conclusions:Our results provided new insight into the mechanisms of ATRA-induced granulocytic differentiation. 展开更多
关键词 chromatin immunoprecipitation ALL-TRANS RETINOIC acid CEBP GRANULOPOIESIS NEUTROPHILS
下载PDF
Maize Gene Regulatory Network for Phenolic Metabolism 被引量:1
19
作者 Fan Yang Wei Li +13 位作者 Nan Jiang Haidong Yu Kengo Morohashi Wilberforce Zachary Oumal Daniel E. Morales-Mantilla Fabio Andres Gomez-Canol Eric Mukundi Luis Daniel Prada-Salcedo Roberto Alers Velazquez Jasmin Valentin Maria Katherine Mejia-Guerra John Gray Andrea I. Doseff Erich Grotewold 《Molecular Plant》 SCIE CAS CSCD 2017年第3期498-515,共18页
The translation of the genotype into phenotype, represented for example by the expression of genes encod- ing enzymes required for the biosynthesis of phytochemicals that are important for interaction of plants with t... The translation of the genotype into phenotype, represented for example by the expression of genes encod- ing enzymes required for the biosynthesis of phytochemicals that are important for interaction of plants with the environment, is largely carried out by transcription factors (TFs) that recognize specific cis-regulatory elements in the genes that they control. TFs and their target genes are organized in gene regulatory net- works (GRNs), and thus uncovering GRN architecture presents an important biological challenge necessary to explain gene regulation. Linking TFs to the genes they control, central to understanding GRNs, can be car- ried out using gene- or TF-centered approaches. In this study, we employed a gene-centered approach uti- lizing the yeast one-hybrid assay to generate a network of protein-DNA interactions that participate in the transcriptional control of genes involved in the biosynthesis of maize phenolic compounds including gen- eral phenylpropanoids, lignins, and flavonoids. We identified 1100 protein-DNA interactions involving 54 phenolic gene promoters and 568 TFs. A set of 11 TFs recognized 10 or more promoters, suggesting a role in coordinating pathway gene expression. The integration of the gene-centered network with informa- tion derived from TF-centered approaches provides a foundation for a phenolics GRN characterized by in- terlaced feed-forward loops that link developmental regulators with biosynthetic genes. 展开更多
关键词 PHENYLPROPANOID flavonoid yeast one-hybrid chromatin immunoprecipitation
原文传递
组蛋白H3K9me3在胆管癌发生机制中的作用 被引量:3
20
作者 李明岳 鲍世韵 +3 位作者 刘嘉林 郑锦锋 许成裘 余小舫 《中华实验外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期1404-1409,共6页
目的 观察组蛋白H3K9me3修饰在胆管癌发病机制中的作用.方法 收集9例病理确诊的胆管腺癌组织和5例正常的肝外胆管组织,采用染色质免疫共沉淀联合芯片技术(ChIP-chip)检测两种组织细胞全基因组的蛋白H3K9me3修饰水平,进行基因验证,并检... 目的 观察组蛋白H3K9me3修饰在胆管癌发病机制中的作用.方法 收集9例病理确诊的胆管腺癌组织和5例正常的肝外胆管组织,采用染色质免疫共沉淀联合芯片技术(ChIP-chip)检测两种组织细胞全基因组的蛋白H3K9me3修饰水平,进行基因验证,并检测mRNA的表达水平.结果 与胆管组织细胞比较,胆管癌细胞全基因组范围共筛选出67个基因存在H3K9me3修饰显著差异,其中35个基因升高,32个基因降低.在癌细胞中,6个挑选基因[钙结合蛋白A2(S100A2)、GTP酶激活蛋白基因2亚型(ANAPC2)、CBFA2T3、GTP酶激活蛋白4(ARHGAP)、鸟嘌呤核苷酸交换因子3(RAPGEF3)、α型蛋白激酶C基因(PRKCA)]的H3K9me3修饰水平分别为:(3.51±0.21)%、(8.45±0.16)%、(0.89±0.27)%、(0.66±0.22)%、(0.04±0.01)%、(5.21±1.53)%,与正常胆管细胞比较差异有统计学意义,并且其修饰水平与基因表达呈负直线相关(r=-0.539,P<0.05).结论 与正常胆管细胞比较,胆管癌细胞中多个基因的组蛋白H3 Kme3修饰水平存在显著改变;并导致了多个相关的癌基因及抑癌基因转录表达的改变. 展开更多
关键词 组蛋白H3K9me3 基因芯片 染色质免疫沉淀 胆管癌
原文传递
上一页 1 2 7 下一页 到第
使用帮助 返回顶部