【目的】短星翅蝗Calliptamus abbreviatus隶属于直翅目、星翅蝗亚科,是草原及半农牧区的主要害虫之一,其相关分子生物学信息研究相对较少。本研究拟测序短星翅蝗的转录组数据,基于组装和注释结果,鉴定并挖掘该类群与免疫相关的信号通...【目的】短星翅蝗Calliptamus abbreviatus隶属于直翅目、星翅蝗亚科,是草原及半农牧区的主要害虫之一,其相关分子生物学信息研究相对较少。本研究拟测序短星翅蝗的转录组数据,基于组装和注释结果,鉴定并挖掘该类群与免疫相关的信号通路和基因。【方法】本研究采用Illumina高通量测序平台,对短星翅蝗雌雄成虫个体进行了转录组测序,对测序数据进行组装和注释等生物信息学分析,并鉴定与免疫相关的通路及基因。【结果】短星翅蝗转录组数据总计获得36804个unigenes,对unigenes进行Nr、Nt、GO、COG、KEGG、Swissprot和Interpro七大功能数据库注释,最终21137个unigenes被成功注释。在Toll通路、IMD通路和JAK-STAT信号通路中共鉴定了160个与天然免疫相关的unigenes;在MAPK、TLR等与免疫相关的通路中鉴定出166个unigenes,在解毒代谢相关的通路中鉴定出457个unigenes。短星翅蝗的雌雄分组中(C_abbreviatus_M VS C_abbreviatus_F),总计获得8125个差异表达基因,其中6326个为上调表达基因,而1799个为下调表达基因。差异表达基因KEGG注释中,有22个unigenes注释到JAK-STAT信号通路上,6个unigenes注释到MAPK通路中。另外,还检测到6227个SSR。【结论】本研究获得了短星翅蝗转录组数据,并对其与免疫相关的通路及基因进行了鉴定分析,为该类群基因功能注释、免疫基因筛选及分子标记开发等研究提供了分子基础。展开更多
文摘【目的】短星翅蝗Calliptamus abbreviatus隶属于直翅目、星翅蝗亚科,是草原及半农牧区的主要害虫之一,其相关分子生物学信息研究相对较少。本研究拟测序短星翅蝗的转录组数据,基于组装和注释结果,鉴定并挖掘该类群与免疫相关的信号通路和基因。【方法】本研究采用Illumina高通量测序平台,对短星翅蝗雌雄成虫个体进行了转录组测序,对测序数据进行组装和注释等生物信息学分析,并鉴定与免疫相关的通路及基因。【结果】短星翅蝗转录组数据总计获得36804个unigenes,对unigenes进行Nr、Nt、GO、COG、KEGG、Swissprot和Interpro七大功能数据库注释,最终21137个unigenes被成功注释。在Toll通路、IMD通路和JAK-STAT信号通路中共鉴定了160个与天然免疫相关的unigenes;在MAPK、TLR等与免疫相关的通路中鉴定出166个unigenes,在解毒代谢相关的通路中鉴定出457个unigenes。短星翅蝗的雌雄分组中(C_abbreviatus_M VS C_abbreviatus_F),总计获得8125个差异表达基因,其中6326个为上调表达基因,而1799个为下调表达基因。差异表达基因KEGG注释中,有22个unigenes注释到JAK-STAT信号通路上,6个unigenes注释到MAPK通路中。另外,还检测到6227个SSR。【结论】本研究获得了短星翅蝗转录组数据,并对其与免疫相关的通路及基因进行了鉴定分析,为该类群基因功能注释、免疫基因筛选及分子标记开发等研究提供了分子基础。
