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樟树5种化学类型叶片转录组分析 被引量:47
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作者 江香梅 伍艳芳 +2 位作者 肖复明 熊振宇 徐海宁 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期58-68,共11页
樟树(Cinnamomum camphora)是樟科植物的一个代表种,具有材用、药用、香料、油用和生态环境建设等多种用途。叶精油中富含利用价值极高的樟脑、芳樟醇、1,8-桉叶油素、异-橙花叔醇和右旋龙脑等萜类化合物。依据叶精油中主要成分的种类... 樟树(Cinnamomum camphora)是樟科植物的一个代表种,具有材用、药用、香料、油用和生态环境建设等多种用途。叶精油中富含利用价值极高的樟脑、芳樟醇、1,8-桉叶油素、异-橙花叔醇和右旋龙脑等萜类化合物。依据叶精油中主要成分的种类和含量,可将樟树划分为脑樟、芳樟、油樟、异樟、龙脑樟5种化学类型。文章采用Illumina HiSeq?2000高通量测序技术,对5种化学类型叶片转录组进行测序,对测序得到的所有Unigene进行GO(Gene Ontology)、COG(Clusters of Orthologous Groups)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分类,给出功能注释和Pathway注释,并预测Unigene蛋白编码区(Coding sequence,CDS)。De novo组装共获得156 278个Unigene,序列平均长度584 bp,N50(覆盖50%所有核苷酸的最大Unigene长度)为1 023bp。通过与其他核酸、蛋白数据库的Blast搜索比对,共有55 955条Unigene获得了基因注释,占所有Unigene的35.80%。其中,有24 717条Unigene得到GO注释,有21 806条Unigene得到COG注释。KEGG pathways分析结果表明,共有3 350条基因(10.19%)注释到次生代谢生物合成途径,其中参与单萜、二萜、倍半萜和萜类骨架合成的Unigene有424个。在单萜合成的代谢通路中,有9条Unigene可能编码芳樟醇合成酶基因,且表达分析结果显示,芳樟醇合成酶基因在芳樟化学类型中优势表达,在油樟化学类型中表达水平较低。这些注释信息的完成为樟树功能基因及相关候选基因的发掘提供了基础数据和重要依据。 展开更多
关键词 樟树 RNA-SEQ 基因注释 功能分类 cds预测
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威氏绿绒蒿花色形成过程的转录组分析
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作者 左杰 郭小雪 +2 位作者 严朋飞 刘建 屈燕 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2024年第8期2508-2517,共10页
为明确威氏绿绒蒿花色变化的机制,本研究以威氏绿绒蒿(Meconopsis wilsonii)为实验对象,选择花蕾期、开裂期及全展期3个阶段的花瓣进行转录组测序,根据各发育期基因差异表达的特点,筛选出与花色变化相关基因。采用荧光定量RT-qPCR对差... 为明确威氏绿绒蒿花色变化的机制,本研究以威氏绿绒蒿(Meconopsis wilsonii)为实验对象,选择花蕾期、开裂期及全展期3个阶段的花瓣进行转录组测序,根据各发育期基因差异表达的特点,筛选出与花色变化相关基因。采用荧光定量RT-qPCR对差异表达基因进行验证,结果显示,花瓣转录组测序共生成153 596个unigene,平均长度为1 372 bp。通过KEGG、GO数据库的注释,有134条基因注释到与花色相关的合成通路—类黄酮代谢通路中。针对unigene完成相关序列预测工作,产生的CDS总量为80 240个。花蕾期、开裂期及全展期间两两比较显示,开裂期相对于花蕾期有15 064个基因上调,49 153个基因下调、全展期相对花蕾期有19 732个基因上调,42 890个基因下调、全展期相对开裂期有19 215个基因上调,9 510个基因下调。通过对差异表达基因的代谢通路进行分析,发现在威氏绿绒蒿蓝紫色花色形成过程中不存在飞燕草素合成途径。除此之外还筛选了花青苷合成途径中与花色相关的7个基因,经RT-qPCR实验也表明这些基因在整个过程中的表达模式与RNA-Seq数据呈现出一致性。本研究以期深化对威氏绿绒蒿花色形成的认知,为今后绿绒蒿花色的研究提供理论依据。 展开更多
关键词 绿绒蒿 花色 转录组测序 cds预测
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Synthesis of carbon dots with predictable photoluminescence by the aid of machine learning
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作者 Chenyu Xing Gaoyu Chen +6 位作者 Xia Zhu Jiakun An Jianchun Bao Xuan Wang Xiuqing Zhou Xiuli Du Xiangxing Xu 《Nano Research》 SCIE EI CSCD 2024年第3期1984-1989,共6页
Carbon dots(CDs)have wide application potentials in optoelectronic devices,biology,medicine,chemical sensors,and quantum techniques due to their excellent fluorescent properties.However,synthesis of CDs with controlla... Carbon dots(CDs)have wide application potentials in optoelectronic devices,biology,medicine,chemical sensors,and quantum techniques due to their excellent fluorescent properties.However,synthesis of CDs with controllable spectrum is challenging because of the diversity of the CD components and structures.In this report,machine learning(ML)algorithms were applied to help the synthesis of CDs with predictable photoluminescence(PL)under the excitation wavelengths of 365 and 532 nm.The combination of precursors was used as the variable.The PL peaks of the strongest intensity(λ_(s))and the longest wavelength(λ_(l))were used as target functions.Among six investigated ML models,the random forest(RF)model showed outstanding)performance in the prediction of the PL peaks. 展开更多
关键词 carbon dots(cds) synthesis photoluminescence(PL) machine learning(ML) PL prediction
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一种结合空间预测和CDS的快速块匹配算法
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作者 禹晶 苏开娜 《自动化学报》 EI CSCD 北大核心 2007年第4期355-360,共6页
运动估计是根据视频序列中时间上相关的信息估计场景或目标的二维运动向量场的过程.因为块运动估计的简单性和有效性,它已经成为目前使用最广泛的运动估计方法.本文设计了一种结合空间预测和CDS的快速块匹配算法.若当前块和相邻块的... 运动估计是根据视频序列中时间上相关的信息估计场景或目标的二维运动向量场的过程.因为块运动估计的简单性和有效性,它已经成为目前使用最广泛的运动估计方法.本文设计了一种结合空间预测和CDS的快速块匹配算法.若当前块和相邻块的运动相似,则选择相邻块的运动向量中使当前块的匹配误差最小的一个作为当前块运动向量的预测估计,再以该预测值为中心,比较SDSP上搜索点的块匹配误差.若当前块和相邻块的运动不相关,则采用CDS算法从原点开始搜索运动向量.实验结果表明,本文设计的算法兼顾了搜索速率和精度,相比N3SS、DS、HEXBS、CDS、CDHS算法,更好地适用于超分辨率图像复原. 展开更多
关键词 运动估计 块匹配算法 空间预测 cds算法
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基于小波变换技术预测DNA序列的编码区 被引量:6
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作者 王玉 饶妮妮 +1 位作者 匡斌 袁祚涌 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第1期141-144,共4页
三周期性是大多数基因组序列的编码区具有的主要特征.本文提出利用小波变换分析DNA序列编码区的三周期性,形成一种新的基于小波变换的DNA序列编码区预测方法,理论和实验研究证实了新方法的可行性,探测率和正确率分别达到81%和75%,特别... 三周期性是大多数基因组序列的编码区具有的主要特征.本文提出利用小波变换分析DNA序列编码区的三周期性,形成一种新的基于小波变换的DNA序列编码区预测方法,理论和实验研究证实了新方法的可行性,探测率和正确率分别达到81%和75%,特别是探测率较目前常用的其它一些方法有较大改善. 展开更多
关键词 DNA序列 编码区 小波变换 预测
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山羊EDNRA基因编码区克隆与组织表达规律分析
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作者 王梦 周靖宣 +4 位作者 占思远 王林杰 李利 张红平 仲涛 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2019年第6期852-859,共8页
【目的】旨在探究EDNRA基因在山羊心脏、肝、脾、肺、肾、大脑、网膜脂肪组织中的表达情况。【方法】采用克隆、测序的方法得到山羊EDNRA基因CDS全长的碱基序列,用生物信息学软件进行序列分析、亲水性/疏水性分析、潜在的信号肽位点分... 【目的】旨在探究EDNRA基因在山羊心脏、肝、脾、肺、肾、大脑、网膜脂肪组织中的表达情况。【方法】采用克隆、测序的方法得到山羊EDNRA基因CDS全长的碱基序列,用生物信息学软件进行序列分析、亲水性/疏水性分析、潜在的信号肽位点分析、亚细胞定位分析、蛋白质的二级结构和三级结构预测及系统进化树分析,最后采用实时荧光定量PCR(qPCR)测定EDNRA基因在山羊心脏、肝、脾、肺、肾、大脑、网膜脂肪组织中mRNA的表达量。【结果】成功克隆了EDNRA的CDS序列,得到山羊EDNRA基因包含一个1 284 bp的最长开放阅读框。该序列编码427个氨基酸,含信号肽序列(第1到第20位氨基酸)以及7型跨膜受体同系物结构域。基因编码产物具有疏水性,属分泌蛋白,有35个磷酸化修饰位点。二级结构主要为α-螺旋。系统进化树分析表明,山羊EDNRA基因和绵羊、牛以及野牛的亲缘关系较近。qPCR结果表明,山羊EDNRA基因在心脏中的表达量最高,在肝、脾、肾、大脑、网膜组织中的表达量较低,而在肺中表达最少。【结论】EDNRA可能在心脏行使功能过程中发挥重要作用。 展开更多
关键词 EDNRA基因 cds区序列分析 蛋白结构预测 组织表达规律 山羊
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