黑灵芝免疫调节蛋白基因的克隆和生物信息学分析 被引量：10

1

作者 苏恺琪 王雪飞 周选围 《上海交通大学学报（农业科学版）》 2012年第1期65-71,共7页

黑灵芝(Ganoderma astum)是灵芝家族中一个重要成员,克隆和分析黑灵芝免疫调节蛋白基因,可为进一步了解真菌免疫调节蛋白在种群中的分布打下基础。以黑灵芝为材料,采用同源克隆方法,对真菌免疫调节蛋白(FIPs)基因进行PCR扩增,并对其核... 黑灵芝(Ganoderma astum)是灵芝家族中一个重要成员,克隆和分析黑灵芝免疫调节蛋白基因,可为进一步了解真菌免疫调节蛋白在种群中的分布打下基础。以黑灵芝为材料,采用同源克隆方法,对真菌免疫调节蛋白(FIPs)基因进行PCR扩增,并对其核苷酸编码序列进行了生物信息学分析。结果表明:黑灵芝真菌免疫调节蛋白基因序列包含336bp,可编码111个氨基酸残基,命名为FIP-gas。FIP-gas分子量为12.4kD,理论等电点为4.80,符合FIPs的特性,是FIPs家族一新成员。对FIP-gas进行序列分析发现其氨基酸序列具有FIPs的保守序列模式,与紫灵芝(G.japoncium)、紫芝(G.sinensis)、小孢灵芝(G.microsporum)、赤灵芝(G.lucidum)、松杉灵芝(G.tsugae)、金针菇(Flammulina velutipes)及草菇(Volvariella volvacea)的FIP序列的同源性分别为99%、98%、87%、86%、86%、61%、55%。系统进化树分析表明黑灵芝的FIP与紫芝的FIP亲缘性最高,与金针菇和草菇的FIP亲缘性相对较远。该研究为进一步了解免疫调节蛋白在灵芝种群中的分布提供了较详细的数据。 展开更多

关键词 黑灵芝 真菌免疫调节蛋白 基因克隆 生物信息学分析

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苏云金杆菌entomocidus亚种几丁质酶基因的克隆与生物信息学分析 被引量：3

2

作者 林毅 彭锟 关雄 《激光生物学报》 CAS CSCD 2006年第6期598-601,共4页

从苏云金杆菌(Bacillus thuringiensis,B t)entom oc idus亚种HD109菌株中克隆了几丁质酶基因chiA74-HD109,其序列全长为2 031 bp,编码676个氨基酸,GenBank登录号为AY455290。其编码产物与蜡状芽孢杆菌几丁质酶CHiB(AB041932)的相似性达... 从苏云金杆菌(Bacillus thuringiensis,B t)entom oc idus亚种HD109菌株中克隆了几丁质酶基因chiA74-HD109,其序列全长为2 031 bp,编码676个氨基酸,GenBank登录号为AY455290。其编码产物与蜡状芽孢杆菌几丁质酶CHiB(AB041932)的相似性达97.9%,与B t kenyae亚种LB IT-82菌株几丁质酶chiA74(AF424979)的相似性达98.4%,与B t pak istan i亚种几丁质酶(U89796)的相似性为83.0%,与B t kurstak i亚种几丁质酶kchi(AY189740)的相似性达97.8%,与B t israe lensis亚种几丁质酶(AF526379)的相似性达96.6%,与B t几丁质酶(AY074882)的相似性达98.4%,与B t sotto亚种几丁质酶(AY129671)的相似性为97.3%。功能结构域分析显示其编码区包含信号肽、催化区、Ⅲ型粘蛋白同源区及几丁质结合区4个部分。 展开更多

关键词 苏云金杆菌entomocidus亚种 几丁质酶 克隆 生物信息学分析

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月月桂AACT基因的cDNA全长克隆及生物信息学分析 被引量：7

3

作者 郑玉娟 周文化 +3 位作者 张党权 陈丽莉 陈容 龚建平 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期87-92,共6页

为了克隆分离月月桂AACT(乙酰辅酶A酰基转移酶)全长基因,并研究其基因特征和蛋白结构,以月月桂花瓣RNA为模板,通过反转录PCR及RACCE技术分离克隆AACT全长。再利用NCBI网站及生物信息学软件对其碱基分布、氨基酸组成、亲疏水性、二级结... 为了克隆分离月月桂AACT(乙酰辅酶A酰基转移酶)全长基因,并研究其基因特征和蛋白结构,以月月桂花瓣RNA为模板,通过反转录PCR及RACCE技术分离克隆AACT全长。再利用NCBI网站及生物信息学软件对其碱基分布、氨基酸组成、亲疏水性、二级结构、保守区及三级结构进行预测和分析,并对10个物种的AACT氨基酸进行多重比对,对基因进行进化分析。分离克隆出AACT基因的cDNA序列长为1580bp,编码405个氨基酸,该蛋白质相对分子质量为41347.89D,等电点为5.66,其中Ala含量最高为14.53%,平均疏水值为0.215,属Cond-enzymes超家族。氨基酸序列比对中,胡黄连、假马齿苋氨基酸序列同源性最高。OsAACT基因稳定,编码的蛋白为疏水性蛋白,其在进化过程中相对保守。试验获得的基因信息为萜类物质合成途径进一步研究奠定基础。 展开更多

关键词 月月桂 乙酰辅酶 A酰基转移酶 全长 cDNA 克隆 生物信息学分析

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猪传染性胃肠炎病毒SC-Y株非编码区及结构蛋白的生物信息学分析 被引量：5

4

作者 宋振辉 张鹦俊 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2008年第22期9536-9539,共4页

利用生物软件对猪传染性胃肠炎病毒SC-Y株非编码区及结构蛋白所含的生物学信息进行了分析。结果显示,SC-Y株与TGEV其他参考毒株（Miller M60、Miller M6、Purdue、Purdue P115、PUR46-MAD、TS）5＇UTR的二级结构差异显著,预测结构蛋白... 利用生物软件对猪传染性胃肠炎病毒SC-Y株非编码区及结构蛋白所含的生物学信息进行了分析。结果显示,SC-Y株与TGEV其他参考毒株（Miller M60、Miller M6、Purdue、Purdue P115、PUR46-MAD、TS）5＇UTR的二级结构差异显著,预测结构蛋白特性显示,N蛋白没有跨膜区域、糖基化位点及信号肽序列,属于非分泌性蛋白。在4种结构蛋白中,N蛋白的氨基酸变异率最低,为2.14‰。与Miller M60株、Miller M6株和TS株相比,SC-Y株S基因第1123～1128位核苷酸缺失6个碱基（AATGAT）,在sM基因核苷酸第163～165位,SC-Y株比TFI株和FS772/70株多出3个碱基（ATT）。 展开更多

关键词 猪传染性胃肠炎病毒 SC—Y 非编码区 结构蛋白 生物信息学分析

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松材线虫和拟松材线虫14-3-3蛋白基因全长cDNA克隆与分析 被引量：5

5

作者 黄麟 许剑涛 +2 位作者 付涵予 吴小芹 叶建仁 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2011年第36期22368-22373,共6页

[目的]对松材线虫和拟松材线虫的14-3-3蛋白基因进行全长cDNA克隆,并进行序列分析。[方法]根据GenBank数据库中14-3-3蛋白EST序列BXC56(登录号为FG589472)、BMC120(登录号为FG589351),采用RACE技术获取松材线虫和拟松材线虫14-3-3蛋白... [目的]对松材线虫和拟松材线虫的14-3-3蛋白基因进行全长cDNA克隆,并进行序列分析。[方法]根据GenBank数据库中14-3-3蛋白EST序列BXC56(登录号为FG589472)、BMC120(登录号为FG589351),采用RACE技术获取松材线虫和拟松材线虫14-3-3蛋白的全长cDNA克隆Bx14-3-3a和Bm14-3-3a,并对克隆片段序列进行分析。[结果]Bx14-3-3a全长1 039 bp,包含一个756 bp的开放阅读框,编码蛋白含有251个氨基酸残基,包含2个14-3-3蛋白标签,编码蛋白分子量为61.43 kD,等电点为4.88。Bx14-3-3a基因组结构中包含4个外显子和3个内含子序列。Bm14-3-3a全长992 bp,有与Bx14-3-3a编码完全相同的氨基酸序列。序列比对结果表明,14-3-3在真核生物间高度保守,Bx14-3-3A和Bm14-3-3A蛋白在系统进化上与线形动物门(Nematomorpha)的物种近缘关系较近,与植物线虫南方根结线虫(Meloidogyne incognita)系统发育关系上最为亲近。[结论]Bx14-3-3a和Bm14-3-3a的成功克隆,为进一步研究其功能及其调控因子对形态、致病力、繁殖力和环境适应性等方面的分子调控机制奠定了重要基础。 展开更多

关键词 松材线虫 拟松材线虫 14-3-3蛋白 基因结构 生物信息学分析

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陆地棉XTH基因家族全基因组鉴定及在纤维发育过程的表达分析 被引量：4

6

作者 安亚茹 杨君 +3 位作者 刘正文 张桂寅 马峙英 王省芬 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期1179-1192,共14页

本研究从陆地棉TM-1基因组中鉴定出72个XTH家族基因,编码木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(XTH,xyloglucan endotransglycosylase/hydrolase),分别命名为Gh XTH01~Gh XTH72,分析了其基因结构、保守基序、系统进化、理化性质、亚细胞定位,并探... 本研究从陆地棉TM-1基因组中鉴定出72个XTH家族基因,编码木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(XTH,xyloglucan endotransglycosylase/hydrolase),分别命名为Gh XTH01~Gh XTH72,分析了其基因结构、保守基序、系统进化、理化性质、亚细胞定位,并探究其在棉纤维发育不同时期的表达规律。结果表明,XTH家族基因分布在除At 07、Dt 07以外的24条棉花染色体上,根据系统发育树,将XTH家族基因分为3个亚组;XTH氨基酸序列有3个保守基序,保守性较强;多数XTH蛋白定位在细胞外。根据XTHs在纤维发育不同时期的表达量变化,将其分为4类。通过构建陆地棉与拟南芥XTH氨基酸序列进化树,推测Gh XTH15、Gh XTH28、Gh XTH36、Gh XTH49、Gh XTH59、Gh XTH62、Gh XTH63等基因在棉纤维发育过程中发挥重要作用。通过比较XTH家族基因在不同纤维品质陆地棉品种中的表达差异,推测在优质棉花品种中优势表达基因Gh XTH03、Gh XTH12、Gh XTH17、Gh XTH22、Gh XTH23、Gh XTH28、Gh XTH33、Gh XTH44、Gh XTH46、Gh XTH59等在纤维发育伸长过程中可能发挥着重要作用。上述结果为研究陆地棉XTH基因家族在棉纤维发育中的功能提供了参考依据。 展开更多

关键词 陆地棉 木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶家族 生物信息学分析 纤维发育 表达量

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细辛苯丙素类化合物生物合成相关酶基因的挖掘及其表达分析 被引量：3

7

作者 潘磊 林懋怡 +3 位作者 赵晓冰 柳威 刘晋杰 刘忠 《天然产物研究与开发》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期735-740,782,共7页

为了探明细辛苯丙素类化合物生物合成相关酶基因的表达水平,本研究基于实验室已构建好的细辛转录组数据库,根据基因功能注释筛选出与苯丙素类化合物生物合成相关酶基因,并推导其蛋白序列,进行生物信息学分析,同时对相关酶基因进行基因... 为了探明细辛苯丙素类化合物生物合成相关酶基因的表达水平,本研究基于实验室已构建好的细辛转录组数据库,根据基因功能注释筛选出与苯丙素类化合物生物合成相关酶基因,并推导其蛋白序列,进行生物信息学分析,同时对相关酶基因进行基因的表达分析。本文从细辛转录组数据库中筛选出了6个酶基因,分别为pal、c4h、comt、4cl、ccr、cad。基因编码蛋白特性分析结果表明:6个酶基因所编码的蛋白属于不同的超家族。基因表达分析结果表明:6个酶基因表达量呈现相同的变化规律。对于叶、叶柄、根、根茎,6个酶基因在花期的表达量较花前期的高;同时,6个酶基因在地下部分的表达量比地上部分的高。以上结果显示6个酶基因在细辛叶、叶柄、根、根茎的表达量差异明显,但具有一定的规律性。研究的成功开展为我们进一步了解苯丙素类化合物生物合成相关酶的功能和特性打下了基础,为今后细辛活性成分的生物合成及代谢调控提供理论依据。 展开更多

关键词 细辛 苯丙素 甲基丁香酚 榄香素 黄樟醚 生物信息学分析 实时荧光定量PCR

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尾叶桉GLU4肉桂酰-辅酶A还原酶基因克隆及原核表达 被引量：3

8

作者 陈博雯 盖颖 蒋湘宁 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期71-76,97,共7页

肉桂酰-辅酶A还原酶(Cinnamoyl Co-A Reductase,CCR)是木质素合成中的关键酶,根据植物中CCR保守序列设计引物,以尾叶桉GLU4嫩茎为材料克隆到其CCR基因,命名为Eu CCR。该基因g DNA长2 918bp,c DNA长1 045 bp,CDS区编码336个氨基酸。EuCC... 肉桂酰-辅酶A还原酶(Cinnamoyl Co-A Reductase,CCR)是木质素合成中的关键酶,根据植物中CCR保守序列设计引物,以尾叶桉GLU4嫩茎为材料克隆到其CCR基因,命名为Eu CCR。该基因g DNA长2 918bp,c DNA长1 045 bp,CDS区编码336个氨基酸。EuCCR核酸序列与Gen Bank已登录的桉属植物CCR基因同源性达到96%以上,与伞房属、杯果木属植物CCR的同源性达85%以上,其编码的氨基酸序列经比对发现具有完整FR_SDR_e结构域及NADP结合位点和底物结合位点,与可可树等植物中CCR基因编码序列同源性也在84%以上,确定为CCR基因。对EuCCR蛋白序列理化性质及结构进行生物信息学分析,利用MEGA软件对基因序列进行系统进化树分析。采用pQE30/M15系统对EuCCR进行原核表达,重组质粒成功表达分子量约36 kD的目的蛋白。本研究从尾叶桉GLU4中克隆得到EuCCR基因并原核表达,为该基因的酶学分析以及利用该基因转化调控尾叶桉木质素合成奠定基础。 展开更多

关键词 尾叶桉 肉桂酰-辅酶A还原酶 生物信息学分析 原核表达

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日本沼虾IAG基因的克隆及生物信息学分析 被引量：2

9

作者 李法君 付春鹏 +1 位作者 张姗姗 郑兴荣 《生物技术》 北大核心 2017年第3期259-263,共5页

[目的]对日本沼虾胰岛素样雄性腺激素基因(Mn-IAG)进行克隆及生物信息学分析。[方法]用RACE-PCR法获取Mn-IAG基因序列,用生物信息学软件分析该基因及蛋白的结构特征及理化性质。[结果]Mn-IAG基因编码175个氨基酸,该蛋白的分子式为C_(871... [目的]对日本沼虾胰岛素样雄性腺激素基因(Mn-IAG)进行克隆及生物信息学分析。[方法]用RACE-PCR法获取Mn-IAG基因序列,用生物信息学软件分析该基因及蛋白的结构特征及理化性质。[结果]Mn-IAG基因编码175个氨基酸,该蛋白的分子式为C_(871)H_(1373)N_(255)O_(271)S_(13),理论等电点为6.94;没有跨膜结构域,为亲水性蛋白;存在20个磷酸化位点和2个劈切位点。[结论]Mn-IAG可能与细胞膜上的受体结合,参与日本沼虾的性别调控过程。 展开更多

关键词 日本沼虾 IAG基因 多肽序列 生物信息学分析

原文传递

柔嫩艾美耳球虫serpin基因克隆与生物信息学分析 被引量：1

10

作者 李文超 顾有方 +4 位作者 宫鹏涛 李建华 杨举 邱发贵 张西臣 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期212-216,共5页

根据GenBank发表的Eimeria tenella serpin(Etserpin)基因设计1对引物,从孢子化卵囊总RNA中用RT-PCR方法扩增Etserpin基因,克隆后测序,应用生物信息学分析预测其核苷酸及其编码蛋白的结构与功能。结果表明,Etserpin开放阅读框为1 248bp... 根据GenBank发表的Eimeria tenella serpin(Etserpin)基因设计1对引物,从孢子化卵囊总RNA中用RT-PCR方法扩增Etserpin基因,克隆后测序,应用生物信息学分析预测其核苷酸及其编码蛋白的结构与功能。结果表明,Etserpin开放阅读框为1 248bp,编码一分泌蛋白,N端具有1个28aa的信号肽,有1个跨膜区域,有2个糖基化位点和21个磷酸化位点,88,89,98～101,208～212,283～287,302～304区段是其可能的B细胞表位;同源性比对与进化树的分析表明其为抑制性serpin蛋白,结构保守,与E.acervulina、T.gondii和N.caninum亲缘关系较近。二级结构以!螺旋和随机卷曲为主,具有类似于serpin家族蛋白的三级结构。 展开更多

关键词 柔嫩艾美球虫 serpin基因 生物信息学分析

原文传递

球毛壳菌pdc基因克隆及生物信息学分析 被引量：1

11

作者 张金栋 刘志华 +1 位作者 杨谦 胡珅 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期82-85,共4页

利用BlastX将球毛壳菌(Chaetomium globosum)ESTs序列与GenBank的Nr数据库进行相似性搜索,获得含有丙酮酸脱羧酶基因(pdc)的2条ESTs(BP099214和BP113195),以此设计引物,克隆获得球毛壳菌pdc基因的cDNA及DNA序列。cDNA和DNA序列长度分别... 利用BlastX将球毛壳菌(Chaetomium globosum)ESTs序列与GenBank的Nr数据库进行相似性搜索,获得含有丙酮酸脱羧酶基因(pdc)的2条ESTs(BP099214和BP113195),以此设计引物,克隆获得球毛壳菌pdc基因的cDNA及DNA序列。cDNA和DNA序列长度分别为1725和1829bp,编码574个氨基酸的多肽,蛋白质分子质量63.38ku。蛋白质家族预测其属于焦磷酸硫胺素TPP家族。BlastP相似性分析表明,PDC氨基酸序列保守性不高,与其相似性最高的是柄孢霉的PDC(Podospora anserina,CAD60727),相似性为79%。pdc基因的cDNA及DNA序列在GenBank上的登录号分别为EU304327,EU304326。 展开更多

关键词 球毛壳菌 丙酮酸脱羧酶 基因克隆 生物信息学分析

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鸡颗粒溶素的原核表达及生物活性分析

12

作者 袁如意 马雪婷 +7 位作者 殷昊 龚振兴 杨顺利 曲自刚 韩政岚 刘保红 刘晓丽 蔡建平 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第9期1725-1730,1734,共7页

为了克隆表达纯化鸡颗粒溶素（chicken granulysin,ChGNLY）并进行活力鉴定。本试验以基因组数据库预测的ChGNLY基因为模板设计引物,对提取的鸡脾脏总RNA进行RT-PCR,扩增得到的ChGNLY基因插入pMD-19T载体中并测序。将测序正确的GNLY基... 为了克隆表达纯化鸡颗粒溶素（chicken granulysin,ChGNLY）并进行活力鉴定。本试验以基因组数据库预测的ChGNLY基因为模板设计引物,对提取的鸡脾脏总RNA进行RT-PCR,扩增得到的ChGNLY基因插入pMD-19T载体中并测序。将测序正确的GNLY基因克隆至pGEX-6p-1,构建重组表达质粒pGEX-6p-1-GNLY,并将其转化至感受态BL21,IPTG诱导表达融合蛋白,SDS-PAGE、Western-blotting和蛋白质谱鉴定融合蛋白的正确性。CellTiter-Glo2.0Assay检测融合蛋白的生物学活性。另外,对GNLY的分子特性进行了生物信息分析。结果显示,测序结果显示克隆的ChGNLY片段长237bp,编码79个氨基酸,所表达的融合蛋白相对分子质量约为36 000。重组ChGNLY融合蛋白能特异性与人颗粒溶素抗体发生反应。纯化后的GNLY融合蛋白经CellTiter-Glo2.0Assay检测,发现其具有剂量依赖性的细胞毒活性。系统发生分析显示GNLY可明显分为4个群。结构分析发现,ChGNLY活性区域表面带有大量正电荷,且位点保守。结果表明,本试验利用原核表达系统成功表达了具有生物学活性的ChGNLY,为ChGNLY后续功能的研究奠定理论基础。 展开更多

关键词 颗粒溶素 原核表达 生物信息分析 生物学活性

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mmu-miR-3475-3P在心脏发育中的生物信息学分析

13

作者 沈兴 潘博 +2 位作者 周挥铭 刘玲娟 田杰 《重庆医学》 CAS 北大核心 2017年第26期3671-3673,共3页

目的探讨mmu--miR-3475-3P可能参与的生物学过程及信号通路。方法用实时荧光定量PCR方法测定mmumiR-3475-3P在小鼠胚胎心脏和成熟心脏中的表达。再综合应用TargetScan、miRDB、miRanda等常用microRNA在线数据库对miR3475-3p进行靶基因预... 目的探讨mmu--miR-3475-3P可能参与的生物学过程及信号通路。方法用实时荧光定量PCR方法测定mmumiR-3475-3P在小鼠胚胎心脏和成熟心脏中的表达。再综合应用TargetScan、miRDB、miRanda等常用microRNA在线数据库对miR3475-3p进行靶基因预测,对所得靶基因进行基因功能注释(Go)和信号通路分析。结果 mmu-miR-3475-3P在小鼠胚胎心脏和成熟心脏中存在明显的表达差异,运用TargetScan、miRDB、miRanda对miR3475-3P进行生物信息学分析发现该microRNA可能调控441个靶基因。结论 mmu-miR-3475-3P在小鼠胚胎心脏高表达,其预测的靶基因富集于多个信号通路及细胞生物学过程。 展开更多

关键词 mmu-miR-3475-3P 生物信息学 靶基因 心脏发育

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人参中苯甲酸胁迫响应基因WRKY7的克隆与表达分析 被引量：5

14

作者 王梓 李勇 +1 位作者 王蓉 丁万隆 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期1130-1135,共6页

WRKY转录因子是高等植物中最重要的转录因子基因家族之一,其在植物形态建成、生长发育以及应对生物(病菌、害虫等)、非生物(干旱、盐、冷、热等)胁迫过程中发挥重要作用。该研究根据人参化感自毒物质苯甲酸诱导的人参转录组数据,设计全... WRKY转录因子是高等植物中最重要的转录因子基因家族之一,其在植物形态建成、生长发育以及应对生物(病菌、害虫等)、非生物(干旱、盐、冷、热等)胁迫过程中发挥重要作用。该研究根据人参化感自毒物质苯甲酸诱导的人参转录组数据,设计全长扩增引物,利用RT-PCR方法获得1条编码WRKY转录因子的基因,暂命名为WRKY7,并对其进行TA克隆、测序和序列分析。该基因cDNA全长1 216 bp,其开放阅读框(open reading frame,ORF)为1 014 bp,编码337个氨基酸。序列分析及系统进化分析表明,该蛋白属于WRKY家族第Ⅲ类成员,与西洋参种的WRKY6转录因子亲缘关系最近,同源性为87%。实时荧光定量PCR分析发现,苯甲酸胁迫后WRKY7的表达量显著升高,推测该基因可能参与了人参响应苯甲酸胁迫的过程,为进一步研究人参自毒胁迫响应的分子机制奠定了基础。 展开更多

关键词 人参 WRKY转录因子 化感自毒作用 克隆 序列分析

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牦牛POMC基因的克隆及生物信息学分析 被引量：1

15

作者 陈攀攀 柴志欣 钟金城 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期6-15,共10页

为探讨工布江达牦牛POMC基因的分子结构特征,通过分子克隆技术获得工布江达牦牛POMC基因全序列,采用生物信息学方法对该基因及其编码蛋白的基本理化性质、疏水性、信号肽、二级结构等进行预测与分析。结果表明,工布江达牦牛POMC基因包含... 为探讨工布江达牦牛POMC基因的分子结构特征,通过分子克隆技术获得工布江达牦牛POMC基因全序列,采用生物信息学方法对该基因及其编码蛋白的基本理化性质、疏水性、信号肽、二级结构等进行预测与分析。结果表明,工布江达牦牛POMC基因包含1个798bp的开放阅读框,编码265个氨基酸,其编码蛋白属于亲水性蛋白,具有明显的信号肽,二级结构主要以无规卷曲和α-螺旋为主。以POMC基因构建的邻接系统发育树表明,工布江达牦牛POMC与野牦牛、普通黄牛、水牛和羊等品种的POMC遗传距离较近,具有高度同源性。 展开更多

关键词 牦牛 POMC基因 克隆 生物信息学分析

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