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侵染甘薯的DNA病毒研究进展 被引量:8
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作者 刘起丽 张建新 +2 位作者 李学成 石明旺 欧行奇 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期36-42,共7页
甘薯是重要的粮食作物和食品加工及工业原料。我国是世界上最大的甘薯生产国。病毒病是甘薯上的重要病害,目前世界上已报道的侵染甘薯的DNA病毒主要归属于双生病毒科Geminiviridae和花椰菜花叶病毒科Caulimoviridae。近年来,双生病毒等... 甘薯是重要的粮食作物和食品加工及工业原料。我国是世界上最大的甘薯生产国。病毒病是甘薯上的重要病害,目前世界上已报道的侵染甘薯的DNA病毒主要归属于双生病毒科Geminiviridae和花椰菜花叶病毒科Caulimoviridae。近年来,双生病毒等DNA病毒严重影响我国甘薯的产量、品质以及食品加工产业。本文简介了甘薯在我国的重要地位和种植情况;具体介绍了侵染甘薯的菜豆金色花叶病毒属Begomovirus、玉米线条病毒属Mastrevirus及杆状DNA病毒属Badnavirus的病毒特征、分子变异、分类现状和检测方法。结合甘薯生产的实际情况,提出了目前甘薯DNA病毒研究中存在的问题及思考。本文旨在为我国甘薯DNA病毒病的综合防控提供理论依据。 展开更多
关键词 甘薯 DNA病毒 菜豆金色花叶病毒属 玉米线条病毒属 杆状DNA病毒属
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侵染我国芋的杆状DNA病毒分子鉴定及特异性检测 被引量:8
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作者 施世明 王彦芬 +3 位作者 王国平 王利平 徐文兴 洪霓 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期590-595,共6页
采用已报道杆状DNA病毒属(Badnavirus)的通用检测引物BadnaFP/BadnaRP,从7份芋样品中扩增到Badnavirus病毒的RT/RNaseH基因保守区域,获得12个克隆序列,长度为576bp。序列分析结果显示,来自不同样品的克隆间核苷酸和氨基酸序列... 采用已报道杆状DNA病毒属(Badnavirus)的通用检测引物BadnaFP/BadnaRP,从7份芋样品中扩增到Badnavirus病毒的RT/RNaseH基因保守区域,获得12个克隆序列,长度为576bp。序列分析结果显示,来自不同样品的克隆间核苷酸和氨基酸序列相似性分别为78.8%~99.5%和81.3%~99.5%;来自同一样品扩增产物的克隆间在序列上也存在较大差异,核苷酸和氨基酸序列相似性分别为89.6%~100%和92.7%~100%。在系统进化树中,本研究所获序列与Badnavirus病毒的亲缘关系相对较近,聚在同一簇,表明此病毒为Badnavirus属病毒,但与芋杆状病毒(Tarobacillifo硎virus,TaBV)序列相似性较低,核苷酸和氨基酸相似性分别为58.0%~62.2%和58.5%~64.1%,推测为杆状DNA病毒属的一个新种。根据所测定序列设计了用于该病毒检测的引物P197/P433,对51份芋样品检测结果表明,该引物可有效检测来源于我国芋的Badna—virus病毒。 展开更多
关键词 杆状DNA病毒 PCR 序列分析
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甘蔗杆状病毒及其启动子功能的研究进展 被引量:5
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作者 孙生仁 张慧丽 +1 位作者 吴小斌 高三基 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期943-950,共8页
甘蔗杆状病毒(SCBV)是侵染甘蔗的重要病原物之一,属于花椰菜花叶病毒科(Caulimoviridae)杆状DNA病毒属(Badnavirus)。该病害在多数种植甘蔗的国家和地区普遍发生,可导致甘蔗品质和产量下降,对甘蔗产业构成潜在威胁。SCBV基因组为环状双... 甘蔗杆状病毒(SCBV)是侵染甘蔗的重要病原物之一,属于花椰菜花叶病毒科(Caulimoviridae)杆状DNA病毒属(Badnavirus)。该病害在多数种植甘蔗的国家和地区普遍发生,可导致甘蔗品质和产量下降,对甘蔗产业构成潜在威胁。SCBV基因组为环状双链DNA,长度为7.3~8.0 kb。不同地理来源的SCBV分离物遗传多样性丰富,全球至少存在18种系统进化组群或基因型(SCBV-A^R),其中,来自摩洛哥的SCBMOV、澳大利亚的SCBIMV及瓜德罗普岛的SCBGAV和SCBGDV被国际病毒分类委员会(ICTV)认定为杆状DNA病毒属下的4个不同病毒种。SCBV基因组编码3个开放阅读框(ORF),其中ORF3的3′端和ORF1的5′端之间基因间隔区域为病毒启动子区域。本文主要综述了SCBV生物学和基因组特性、遗传多样性、检测方法、病毒启动子的功能及应用等方面的最新研究进展,旨在为SCBV的进一步研究提供参考。 展开更多
关键词 杆状DNA病毒 甘蔗杆状病毒 遗传多样性 基因组结构 病毒启动子
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甘薯杆状病毒湖南分离物基因组全序列测定及比较分析 被引量:2
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作者 黄艳岚 张超凡 邹学校 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期790-798,共9页
利用Small RNA测序技术对采自湖南的甘薯杆状病毒进行鉴定,获得与SPBV-B序列具有相似性的contigs 161个。首先设计小片段引物,PCR扩增分离出706 bp的目的片段,与SPBV-B(FJ560944)相似性为78%。分段设计引物,进行基因全序列PCR扩增。引... 利用Small RNA测序技术对采自湖南的甘薯杆状病毒进行鉴定,获得与SPBV-B序列具有相似性的contigs 161个。首先设计小片段引物,PCR扩增分离出706 bp的目的片段,与SPBV-B(FJ560944)相似性为78%。分段设计引物,进行基因全序列PCR扩增。引物组合SPBV-BF1/R1、SPBV-BF2/R4和SPBV-BF5/R5分别扩增出3150、2900和3500 bp目的条带。序列拼接获得2个SPBV-B基因组全序列,大小分别为7894 bp(MK052980)和7981 bp(MK052981),包含完整编码阅读框。进化分析表明MK052980和MK052981与SPPV聚为同一分支,与SPPV相似性分别为81%和83%,与SPBV-B相似性分别为86%和94%。MK052980和MK052981具有89.5%的相似性。经编码阅读框氨基酸序列比对,MK052980序列的ORF3a氨基酸序列存在变异。这是国内首次报道SPBV-B全基因序列。 展开更多
关键词 SMALL RNA测序 杆状病毒 甘薯杆状病毒 全基因序列 序列分析
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菠萝杆状DNA病毒的全基因组序列测定及分析 被引量:2
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作者 吴丽婷 阮小蕾 +3 位作者 沈文锦 谭小勇 翟国会 李华平 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第9期1969-1976,共8页
【目的】证明中国湛江地区菠萝上是否存在菠萝杆状DNA病毒(Pineapple bacilliform comosus virus,PBCoV),并获得PBCoV的基因组全序列,分析该病毒与其它Badnavirus病毒分离物间的分子差异。【方法】设计特异引物,通过反向PCR及分段克隆... 【目的】证明中国湛江地区菠萝上是否存在菠萝杆状DNA病毒(Pineapple bacilliform comosus virus,PBCoV),并获得PBCoV的基因组全序列,分析该病毒与其它Badnavirus病毒分离物间的分子差异。【方法】设计特异引物,通过反向PCR及分段克隆两种方法扩增PBCoV,克隆后测序获得PBCoV基因组全序列,利用不同生物学软件进行序列分析。【结果】PBCoV基因组为环状结构,全长7543bp;含有3个典型的ORFs,推测其编码蛋白的分子量分别为20.4、14.0和217.6kD。其基因组与GenBank登录的PBCoV ORF3部分核苷酸序列同源性87%-97%,其ORF3编码的氨基酸序列与已报道的Badnavirus病毒ORF3氨基酸序列间一致率小于50.8%。Southern blot分析显示该病毒基因组能整合到植物基因组中。【结论】在中国湛江地区菠萝上存在PBCoV,该病毒属于Badnavirus属病毒,与香蕉线条病毒(Banana streak virus)Mys分离物(BSV-Mys)亲缘关系最近。这是PBCoV基因组全序列的首次报道。 展开更多
关键词 菠萝 菠萝杆状DNA病毒 杆状DNA病毒属 全序列
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富贵竹中杆状DNA病毒湖北分离物的分子鉴定 被引量:2
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作者 陈秀 阮小蕾 +1 位作者 赵芹 李华平 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期2002-2009,共8页
【目的】证明湖北发病富贵竹上是否存在杆状DNA病毒属(Badnavirus)病毒,分析来自富贵竹及其它作物Badnavirus病毒不同分离物间的分子差异。【方法】通过分段克隆测序的方法获得湖北富贵竹中Badnavirus病毒基因组全序列,利用BLAST工具及... 【目的】证明湖北发病富贵竹上是否存在杆状DNA病毒属(Badnavirus)病毒,分析来自富贵竹及其它作物Badnavirus病毒不同分离物间的分子差异。【方法】通过分段克隆测序的方法获得湖北富贵竹中Badnavirus病毒基因组全序列,利用BLAST工具及其它生物学软件进行序列分析。【结果】富贵竹Badnavirus病毒湖北分离物基因组为环状结构,全长7522bp;基因组正链包含7个ORFs,推测其编码蛋白的分子量分别为17.58、14.93、214.77、11.86、11.31、16.12和11.00kD。获得的基因组与福建富贵竹斑驳病毒(Dracaenamottlevirus,DrMV)大小仅相差9个核苷酸,两者基因组核苷酸序列一致率为99.7%,ORFs1~3编码氨基酸序列的一致率分别为99.3%、100%、99.2%,而与其它已报道的14种Badnavirus病毒分离物间的核苷酸全序列一致率为32.0%~44.0%。【结论】叶片表现褪绿斑驳等症状的湖北富贵竹中存在Badnavirus病毒,该病毒与DrMV为同种病毒,已报道的富贵竹中Badnavirus病毒分离物间分子差异非常小,这与已报道的其它作物中Badnavirus病毒不同分离物间存在非常大的分子差异不同。 展开更多
关键词 富贵竹 杆状DNA病毒 分子鉴定
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利用小RNA深度测序技术检测分析小黄姜病毒 被引量:1
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作者 廖震 赵德刚 赵懿琛 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期2417-2422,共6页
对贵州省六盘水市田间发病小黄姜进行病毒检测,分析小黄姜病毒种类。采用小RNA高通量测序技术结合生物信息学方法对小RNA数据库进行拼接组装,预测小黄姜病毒种类。设计特异性引物,采用反向PCR及分段克隆测序方法验证小黄姜病毒的存在。... 对贵州省六盘水市田间发病小黄姜进行病毒检测,分析小黄姜病毒种类。采用小RNA高通量测序技术结合生物信息学方法对小RNA数据库进行拼接组装,预测小黄姜病毒种类。设计特异性引物,采用反向PCR及分段克隆测序方法验证小黄姜病毒的存在。检测发现有3条拼接序列与DNA杆状病毒属(Badnavirus)中的薯蓣杆状病毒(Dioscorea bacillifrom virus,DBV)相似,氨基酸相似度均高于80%。并在小黄姜样品中扩增得到1 883 bp病毒序列。RT和RNase H基序核苷酸序列与来自古巴的Banana streak virus(Gen Bank登录号:KF386733)相似性最高,为74%。根据目前的国际病毒分类委员会(the international committee on taxonomy of viruses,ICTV)病毒分类方案,Badnavirus病毒中RT和RNase H核苷酸基序相似度低于80%的可划为不同病毒种,该病毒可能是Badnavirus中的一种新病毒,暂命名为小黄姜杆状病毒(Zingiber bacilliform virus)。小黄姜杆状病毒在30个田间小黄姜样品中存在且存在多态性,该病毒可能是一个古老的病毒,在小黄姜进化过程中将病毒基因组整合到小黄姜基因组中来防御杆状病毒属病毒的侵染。 展开更多
关键词 小RNA 小黄姜 杆状DNA病毒属 小黄姜杆状病毒
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A novel endogenous badnavirus exists in Alhagi sparsifolia
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作者 Yong-chao LI Jian-guo SHEN +2 位作者 Guo-huan ZHAO Qin YAO Wei-min LI 《Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology)》 SCIE CAS CSCD 2018年第4期274-284,共11页
We report the recovery of a 7068-nt viral sequence from the "viral fossils" embedded in the genome of Alhagi sparsifolia, a typical desert plant. Although the full viral genome remains to be completed, the putative ... We report the recovery of a 7068-nt viral sequence from the "viral fossils" embedded in the genome of Alhagi sparsifolia, a typical desert plant. Although the full viral genome remains to be completed, the putative genome structure, the deduced amino acids and phylogenetic analysis unambiguously demonstrate that this viral sequence represents a novel species of the genus Badnavirus. The putative virus is tentatively termed Alhagi bacilliform virus (ABV). Southern blotting and inverse polymerase chain reaction (PCR) data indicate that the ABV-related sequence is integrated into the A. sparsifolia genome, and probably does not give rise to functional episomal virus. Molecular evidence that the ABV sequence exists widely in A. sparsifolia is also presented. To our knowledge, this is the first endogenous badnavirus identified from plants in the Gobi desert, and may provide new clues on the evolution, geo- graphical distribution as well as the host range of the badnaviruses. 展开更多
关键词 badnavirus Endogenous Alhagi bacilfiform virus Nuclear integration
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侵染湖南甘薯种质资源的曲叶病毒和杆状病毒的检测及其亲缘关系分析
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作者 黄艳岚 张超凡 +2 位作者 张道微 董芳 邹学校 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2021年第9期2666-2673,共8页
采用PCR技术对2015—2016年从湖南省多个市县采集的180份甘薯种质资源进行两种DNA病毒(sweet potato leaf curl virus,SPLCV和sweet potato badnavirus,SPBV)检测,并以PCR扩增产物序列为基础,对这两种病毒的亲缘关系进行分析。结果表明:... 采用PCR技术对2015—2016年从湖南省多个市县采集的180份甘薯种质资源进行两种DNA病毒(sweet potato leaf curl virus,SPLCV和sweet potato badnavirus,SPBV)检测,并以PCR扩增产物序列为基础,对这两种病毒的亲缘关系进行分析。结果表明:(1)180份甘薯种质资源中,22份检测出SPLCV,占总数的12.2%;32份检测出SPBV,占总数的17.8%;8份同时检出SPLCV和SPBV这两种病毒,占总数的3.9%。(2)检出SPLCV的市县有长沙、永州、怀化、邵阳、郴州、常德、娄底、益阳、岳阳和株洲;检出SPBV的市县有长沙、永州、怀化、衡阳和邵阳;检出两病毒复合侵染的市县有怀化、长沙、永州和邵阳。(3)基于病毒全基因组序列分析显示,全球已报道的36个SPLCV分离物可分为3组,本研究获得的12个湖南分离物可分别归于3个组中,其中6个归于组Ⅰ,1个归于组Ⅱ,5个归于组Ⅲ,表明湖南SPLCV具有高度多样性。(4)基于病毒运动蛋白和外壳蛋白编码基因部分序列分析显示,全球已报道的36个SPBV分离物可分为4组,绝大部分分离物属于组Ⅰ,我国1个安徽分离物单独成组(组Ⅱ),我国2个山东分离物和1个海南分离物构成1个组(组Ⅲ),本研究获得的2个湖南分离物其中1个归于组Ⅰ,而另1个与已报道各分离物的核苷酸序列均存在显著差异,相似性仅为74.92%,单独成组(组Ⅳ),表明我国SPBV具有高度的变异性,存在多个变异类型。本研究结果可为湖南地区这两种病毒病防控提供依据。 展开更多
关键词 甘薯种质资源 甘薯曲叶病毒 甘薯杆状病毒 鉴定与分析
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