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番茄B3超家族成员鉴定及生物信息学分析 被引量:8
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作者 孙亭亭 王大伟 +3 位作者 龚达平 陈乐 陈雅琼 孙玉合 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期806-814,共9页
B3超家族是一类含有B3功能域(与DNA结合的高度保守结构域)的转录因子,在植物生长发育过程中起重要作用。本研究采用生物信息学的方法,利用Pfam中的B3保守结构域序列检索番茄(Solanum lycopersicum L.)蛋白序列,确定了97个B3超家族基因... B3超家族是一类含有B3功能域(与DNA结合的高度保守结构域)的转录因子,在植物生长发育过程中起重要作用。本研究采用生物信息学的方法,利用Pfam中的B3保守结构域序列检索番茄(Solanum lycopersicum L.)蛋白序列,确定了97个B3超家族基因。对番茄B3超家族成员进行了系统进化树分析、染色体定位、结构域分析、组织表达和诱导表达分析等。番茄B3超家族分为LAV、ARF、RAV和REM 4个亚家族,每个亚家族中的数量分别为4、22、9和62个,且在进化树中形成明显不同的分支,每个亚家族都进行了系统进化和结构域分析;番茄12条染色体都含有B3超家族基因;11个成员的表达模式表明,B3超家族同一亚家族成员也具有不同的时空表达模式;在干旱、盐和高温胁迫处理下,部分成员响应强烈并且响应不同的外界信号;而对于ABA处理响应非常弱。本研究将为B3基因超家族成员的生物学功能研究提供参考。 展开更多
关键词 番茄 b3超家族 生物信息学
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陆地棉ARF与LAV家族成员鉴定及表达模式分析
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作者 孙旭 苏雪强 +4 位作者 樊洪泓 郭宁 高俊山 蔡永萍 林毅 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 2018年第2期337-348,共12页
为了了解B3超家族在棉花纤维发育及色素代谢过程中的作用,应用生物信息学的方法,对陆地棉B3超家族中的ARF和LAV亚族成员的序列特征、染色体定位、保守基序、基因结构、系统进化以及表达模式进行分析。结果表明,在陆地棉基因组中鉴定出49... 为了了解B3超家族在棉花纤维发育及色素代谢过程中的作用,应用生物信息学的方法,对陆地棉B3超家族中的ARF和LAV亚族成员的序列特征、染色体定位、保守基序、基因结构、系统进化以及表达模式进行分析。结果表明,在陆地棉基因组中鉴定出49个GhARF和8个GhLAV,通过表达模式分析表明,GhARF17、GhARF18、GhARF20、GhARF21、GhARF43、GhARF44、GhARF45、GhARF47、GhARF49以及GhLAV1、GhLAV3和GhLAV6在纤维不同发育时期的表达模式和纤维中原花青素含量变化趋势相符,推测可能参与纤维成色过程。 展开更多
关键词 陆地棉 b3超家族 ARF和LAV家族 生物信息学 表达模式
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拟南芥B3转录因子基因超家族 被引量:9
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作者 罗光宇 叶玲飞 陈信波 《生命的化学》 CAS CSCD 2013年第3期287-293,共7页
B3类转录因子基因组成了植物所特有的B3基因超家族,按照其结构和功能的特征可将其进一步分为LAV(LEAFY COTYLEDON2[LEC2]–ABSCISIC ACID INSENSITIVE3[ABI3]–VAL)、ARF(AUXINRESPONSE FACTOR)、RAV(RELATED TO ABI3 and VP1)和REM(REP... B3类转录因子基因组成了植物所特有的B3基因超家族,按照其结构和功能的特征可将其进一步分为LAV(LEAFY COTYLEDON2[LEC2]–ABSCISIC ACID INSENSITIVE3[ABI3]–VAL)、ARF(AUXINRESPONSE FACTOR)、RAV(RELATED TO ABI3 and VP1)和REM(REPRODUCTIVE MERISTEM)等4个家族。B3基因超家族主要存在于裸子植物、苔藓和绿藻类植物中,并在植物逆境胁迫响应和生长发育过程中起着极其重要的作用。目前已在拟南芥中发现了118个B3类转录因子,本文综述了拟南芥中B3转录因子基因超家族的系统发育和功能鉴定方面的研究进展。 展开更多
关键词 拟南芥 b3基因超家族 转录因子
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