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链格孢菌菌株致病性及其遗传差异性 被引量：17
1
作者 常缨 王义权 强胜 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期486-489,共4页
对分离自紫茎泽兰的19个链格孢菌菌株的致病性进行了比较研究,并对这19个菌株和其它来源的3个菌株的5.8SrDNA及其两侧的ITS1区和ITS2区进行了序列分析.结果显示,链格孢菌菌株的致病性差异明显;21株链格孢菌菌株在5.8SrDNA及其两侧的转... 对分离自紫茎泽兰的19个链格孢菌菌株的致病性进行了比较研究,并对这19个菌株和其它来源的3个菌株的5.8SrDNA及其两侧的ITS1区和ITS2区进行了序列分析.结果显示,链格孢菌菌株的致病性差异明显;21株链格孢菌菌株在5.8SrDNA及其两侧的转录间区(ITS区)的序列无差异,而与百日草链格孢菌(Alternariazinniae)的序列差异显著,表明21株链格孢菌菌株属种内变异.采用AFLP分子标记技术对21株链格孢菌的DNA扩增片段长度多态性进行了分析,结果表明,链格孢菌自然变异群体内存在很高的遗传多样性.链格孢菌菌株的相似性与菌株的地理来源有一定的相关性,但基于AFLP标记划分的AFLP类群与基于寄主病情指数划分的致病力类群间关系不相一致;起始菌株与变异菌株相似性显著,但二者和致病性的关系不显著. 展开更多
关键词 链格孢菌 ITS区 5.8S rdna AFLP
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中国不同地区杜仲rDNA的ITS序列分析 被引量：17
2
作者 马玉花 杨吉安 +1 位作者 贾万忠 冶贵生 《西北林学院学报》 CSCD 北大核心 2004年第4期16-19,共4页
运用克隆测序法,对分布于中国不同地区的杜仲(Eucommia ulmoides)的核糖体DNA的ITS区(包括ITS-1,5.8S和ITS-2)进行测定.结果表明,杜仲植物的ITS区序列总长度为587-589 bp,长度变异仅为2 bp,其中ITS-1区为218～219 bp,在ITS-2区为205～20... 运用克隆测序法,对分布于中国不同地区的杜仲(Eucommia ulmoides)的核糖体DNA的ITS区(包括ITS-1,5.8S和ITS-2)进行测定.结果表明,杜仲植物的ITS区序列总长度为587-589 bp,长度变异仅为2 bp,其中ITS-1区为218～219 bp,在ITS-2区为205～206 bp,5.8SrDNA均为164bp,且高度保守,无变异位点.采用DNASTAR软件进行系统发育分析表明,来自不同地区的杜仲样品同源性均在96.9%以上.根据ITS序列特征构建的系统树,来自同一地区的样品并不一定处于同一分组,而来自不同地区的样品也可能属于同一分组;另外它们的聚类结果与其根据叶型分类的情况也不一致.因而认为只有把杜仲的遗传变异与其它方面的证据和特征相结合,进行深入的研究,才能最终确定它们的合理的系统发育关系. 展开更多
关键词 杜仲 ITS区 序列分析 地区 核糖体DNA 系统发育
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产胞外多糖酵母菌株的筛选鉴定及发酵产糖 被引量：17
3
作者 包怡红 梁雪 +1 位作者 李锐达 秦蕾 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期278-283,共6页
【目的】微生物胞外多糖大多具有良好的功能和特性,但对酵母胞外多糖的研究甚少。本研究从自然界中筛选出产胞外多糖的酵母菌株,并对其发酵产糖条件进行初步研究。【方法】利用平板涂布法从自然界中分离得到酵母菌株,苯酚硫酸法测定菌... 【目的】微生物胞外多糖大多具有良好的功能和特性,但对酵母胞外多糖的研究甚少。本研究从自然界中筛选出产胞外多糖的酵母菌株,并对其发酵产糖条件进行初步研究。【方法】利用平板涂布法从自然界中分离得到酵母菌株,苯酚硫酸法测定菌株胞外多糖的产量,筛选出胞外多糖高产菌株,并对其进行5.8SrDNA分类鉴定,最后优化其产糖培养基组成。【结果】对从葡萄、蜜枣、土壤样品中分离得到的132株酵母进行筛选,最终得到3株高产胞外多糖的酵母菌株Z14、Z20和L25。经5.8S rDNA序列测定及系统发育分析,从左优红葡萄中分离得到的Z14和Z20与东方伊萨酵母(Issatchenkia orientalis)处于同一分支,相似性达到99%以上;从落叶松近表层土壤分离得到的L25与土生隐球酵母(Cryptococcus humicolus)处于同一分支,相似性为98.8%。经优化,利于Z20胞外多糖合成的最优发酵培养基配方为:葡萄糖8%,(NH4)SO40.2%,KH2PO40.1%,酵母浸粉0.1%,CaCl20.01%。在初始pH6.0,发酵温度28℃,摇床转数160 r/min条件下,在此培养基中发酵4 d后胞外多糖产量可达2.046 g/L,比复筛时的产量1.137 g/L提高了79.9%。【结论】文献已报道某些属的酵母可以生产胞外多糖,经本文研究发现Issatchenkia属的酵母也可以合成胞外多糖,并且改变基础产糖培养基的成分可以显着提高Z20胞外多糖的产量。 展开更多
关键词 酵母 胞外多糖 5.8S rdna 培养基优化
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5.8S rDNA-ITS区片段的序列分析在坛紫菜种质鉴定中的应用 被引量：9
4
作者 赵玲敏 谢潮添 +1 位作者 陈昌生 纪德华 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期940-948,共9页
为探讨DNA序列标记技术在坛紫菜种质鉴定中的应用,对10个野生坛紫菜种质材料的5.8S rDNA-ITS区进行PCR扩增和序列分析,结果发现扩增的片段长度在1208～1219bp之间,可以分为ITS1区,5.8S区和ITS2区3个部分,其中5.8S区片段的长度完全一致,... 为探讨DNA序列标记技术在坛紫菜种质鉴定中的应用,对10个野生坛紫菜种质材料的5.8S rDNA-ITS区进行PCR扩增和序列分析,结果发现扩增的片段长度在1208～1219bp之间,可以分为ITS1区,5.8S区和ITS2区3个部分,其中5.8S区片段的长度完全一致,均为160bp;ITS1区和ITS2区片段的长度也非常接近,只有几个碱基的差异。多重序列比对发现10个种质材料的ITS区(包括ITS1和ITS2)序列都存在一定差异,序列同源性在95.82%～99.73%之间,而5.8S区序列则完全一致,但与其它种紫菜的5.8S区序列有很大差异,序列同源性在79.7%～95.0%之间。由此认为5.8S rDNA-ITS区这种高度保守区和高变区交替排列的形式可以成为坛紫菜种质鉴定及系统进化分析的强有力工具。 展开更多
关键词 坛紫菜 5.8S rdna 转录单元内间隔区 序列分析
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西藏冬虫夏草无性型5.8S rDNA,ITS间区系统发育分析 被引量：7
5
作者 赵泽孝 崔晓龙 丛严广 《云南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期83-87,共5页
采用相对较低的培养温度（5～12℃），从西藏那曲当年产风干冬虫夏草[Cordyceps sinensis（Berk．）Sacc．]分离得到菌株C21，综合其菌丝形态学特征及5．8SrDNA和ITS问区的系统发育分析结果。证实菌株C21为冬虫夏草菌的无性型，即中国... 采用相对较低的培养温度（5～12℃），从西藏那曲当年产风干冬虫夏草[Cordyceps sinensis（Berk．）Sacc．]分离得到菌株C21，综合其菌丝形态学特征及5．8SrDNA和ITS问区的系统发育分析结果。证实菌株C21为冬虫夏草菌的无性型，即中国被毛孢（Hirsutella sinensis）． 展开更多
关键词 冬虫夏草 形态特征 5.8Srdna ITS间区 系统发育分析
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鸡蛔虫凉山州分离株ITS和5.8S rDNA序列测定及种系发育分析 被引量：6
6
作者 郝桂英 何学谦 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2015年第12期3167-3172,共6页
应用保守引物BD1和BD2对7个鸡蛔虫凉山州分离株的核糖体DNA内转录间隔区（ITS）及5.8S rDNA序列进行PCR扩增和序列测定,并用ITS-1、ITS-2序列重构鸡蛔虫与其他蛔虫的系统发育关系。测序结果显示所获得的鸡蛔虫ITS及5.8S rDNA序列大小为9... 应用保守引物BD1和BD2对7个鸡蛔虫凉山州分离株的核糖体DNA内转录间隔区（ITS）及5.8S rDNA序列进行PCR扩增和序列测定,并用ITS-1、ITS-2序列重构鸡蛔虫与其他蛔虫的系统发育关系。测序结果显示所获得的鸡蛔虫ITS及5.8S rDNA序列大小为974~989bp,同源性为98.9%~100.0%。其中ITS-1、5.8S rDNA和ITS-2片段大小分别为473~481、157和337~359bp,同源性分别为98.5%~100.0%、100.0%和98.5%~100.0%。系统发育树显示所有鸡蛔虫分离株聚在同一分支,能与其他蛔虫相区别。研究结果表明,鸡蛔虫的ITS-1、ITS-2序列种内变异小,但种间差异大,故可作为分子标记用于鸡蛔虫的虫种鉴定,为鸡蛔虫的分子分类、分子流行病学调查和种群遗传的进一步研究奠定基础。 展开更多
关键词 鸡蛔虫 ITS 5.8S rdna 系统发育树
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基于5.8S rDNA和ITS序列探讨亚洲瓠瓜的地理分化 被引量：6
7
作者 周先治 陈阳 +2 位作者 陈晟 吴宇芬 赵依杰 《中国蔬菜》 北大核心 2011年第6期49-53,共5页
基于5.8S rDNA及ITS序列对23份来自中国、泰国和日本的亚洲瓠瓜品种进行了地理分化研究。结果发现,23份瓠瓜材料的ITS1+5.8S rDNA+ITS2序列的长度在611～627bp之间,G+C含量在54.17%～63.26%之间,信息位点数65个,占总碱基数的11.09%;源... 基于5.8S rDNA及ITS序列对23份来自中国、泰国和日本的亚洲瓠瓜品种进行了地理分化研究。结果发现,23份瓠瓜材料的ITS1+5.8S rDNA+ITS2序列的长度在611～627bp之间,G+C含量在54.17%～63.26%之间,信息位点数65个,占总碱基数的11.09%;源自日本的2份瓠瓜品种的序列长度短于其他21份瓠瓜品种,G+C含量也明显低于其他瓠瓜品种。从5.8S rDNA及ITS序列构建的系统树可以看出,源自日本的瓠瓜品种与源自中国和泰国的瓠瓜品种存在地理分化现象,分属于不同的分支,支持率达到99%。序列间的同质性检验结果显示,2份源自日本的瓠瓜品种与源自中国和泰国的瓠瓜品种差异显著。 展开更多
关键词 5.8S rdna 亚洲瓠瓜 内转录间隔区 地理分化
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我国部分区域链格孢属rDNAITS区序列分析 被引量：5
8
作者 何劲 康冀川 +2 位作者 谢红艳 雷帮星 文庭池 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第6期2425-2427,共3页
[目的]对我国部分区域链格孢属rDNA ITS序列进行分析,从而在分子水平上对其进行鉴定。[方法]使用通用引物ITS4和ITS5对分离自我国部分区域不同寄主链格孢属(AlternariaNees)34个菌株进行ITS基因(ITS1-5.8S-ITS2)的PCR扩增和测序。[结果... [目的]对我国部分区域链格孢属rDNA ITS序列进行分析,从而在分子水平上对其进行鉴定。[方法]使用通用引物ITS4和ITS5对分离自我国部分区域不同寄主链格孢属(AlternariaNees)34个菌株进行ITS基因(ITS1-5.8S-ITS2)的PCR扩增和测序。[结果]序列分析结果表明:5.8S rDNA全长为159 bp,保守程度高,参试的34株菌均一致;ITS区变化相对较大。与A.tenuissima或A.alternata100%同源的分离菌株均表现出对地域和基质的广适性;菌株在5.8S/ITS存在的差异,说明寄主本犀科的丁香叶、蔷薇科、茄科等部分植物的链格孢具有一定的多样性。但同时也发现ITS序列标记在链格孢属部分种间应用有一定的局限性;基于序列ITS1-5.8S-ITS2聚类关系与其地理来源和寄主相关性不大。[结论]ITS序列分析法可为链格孢属的分子鉴定提供理论依据。 展开更多
关键词 链格孢 序列分析 ITS 5.8Srdna
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烟台海域暴发浒苔ITS及5.8S rDNA的克隆及序列分析 被引量：3
9
作者 宁璇璇 纪灵 +5 位作者 王刚 刘艳 于道德 宋培高 唐海田 伯云台 《海洋通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期91-95,共5页
以烟台海域引发"绿潮"的浒苔为研究对象,采用PCR技术扩增出浒苔的ITS-1、5.8SrDNA及ITS-2片段,将扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-TEasy载体,筛选阳性克隆进行序列测定。结果表明,浒苔的ITS-1序列长度为195bp,5.8S序列为155bp,I... 以烟台海域引发"绿潮"的浒苔为研究对象,采用PCR技术扩增出浒苔的ITS-1、5.8SrDNA及ITS-2片段,将扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-TEasy载体,筛选阳性克隆进行序列测定。结果表明,浒苔的ITS-1序列长度为195bp,5.8S序列为155bp,ITS-2序列为181bp,该序列与浒苔属的多种物种ITS序列具有很高的同源性,在ITS-1区、5.8SrDNA区和ITS-2区仅存在4个转换/颠换位点。结合GenBank注册序列和本研究的结果发现,单纯依靠ITS序列并不能对浒苔属种类进行有效的分类鉴定。 展开更多
关键词 浒苔 内转录间隔区(ITS) 5.8S rdna 序列分析
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湖南省猬迭宫绦虫ITS及5.8S rDNA的克隆及序列分析 被引量：4
10
作者 刘自逵 刘国华 +5 位作者 戴荣四 刘伟 李芬 徐平原 胡涛 刘毅 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期209-212,共4页
利用聚合酶链反应（PCR）扩增猬迭宫绦虫rDNA的ITS-1、5.8S及ITS-2片段,将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体,重组质粒通过菌落PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定并进行序列分析。结果显示,所获得的ITS及5.8S rDNA序列总长存... 利用聚合酶链反应（PCR）扩增猬迭宫绦虫rDNA的ITS-1、5.8S及ITS-2片段,将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体,重组质粒通过菌落PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定并进行序列分析。结果显示,所获得的ITS及5.8S rDNA序列总长存在一定差异,为1 369~1 393 bp,包含部分的18、28S及全部的ITS-1（662~687 bp）5、.8S（138 bp）及ITS-2（457~475 bp）序列。由于猬迭宫绦虫ITS序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记。 展开更多
关键词 猬迭宫绦虫 内转录间隔区(ITS) 5.8S rdna 序列分析
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骆驼刺青贮中胶红酵母菌分离鉴定和菌株特性研究 被引量：4
11
作者 管志荣 朱研 +2 位作者 童志霞 党彦宁 蒋慧 《畜牧与饲料科学》 2014年第7期25-27,共3页
用青贮骆驼刺进行倍比稀释、涂布获得单菌落,单菌落在PDA培养基上划线纯化,获得3株革兰氏阳性菌,经菌落形态特征鉴定、生理生化特征鉴定及ITS(ITS1+5.8S+ITS2)序列同源性分析,结果表明:其中1株菌红色单菌落的细胞形态呈圆形或椭圆形且... 用青贮骆驼刺进行倍比稀释、涂布获得单菌落,单菌落在PDA培养基上划线纯化,获得3株革兰氏阳性菌,经菌落形态特征鉴定、生理生化特征鉴定及ITS(ITS1+5.8S+ITS2)序列同源性分析,结果表明:其中1株菌红色单菌落的细胞形态呈圆形或椭圆形且中央隆起,能够利用蔗糖、D-半乳糖等多种碳源和(NH4)2SO4、L-谷氨酸2种氮源,不利用KNO3,5.8S rDNA测序的序列全长616 bp,采用DNA Star软件分析序列与胶红酵母标准菌株ATCC 4054(NCBI登录号:KC881069)的5.8S rDNA基因序列同源性为99.8%,确定其为胶红酵母(Rhodotorula mucilaginosa)。 展开更多
关键词 胶红酵母 分离鉴定 生理生化特性 5 8S rdna 骆驼刺
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江蓠属和龙须菜属5种海藻ITS序列分子系统学分析 被引量：3
12
作者 李婷婷 陈斌 +5 位作者 陈省平 刘翠 姚雪 陈伟洲 赖学文 刘涛 《中山大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期97-105,共9页
测定了江蓠属Gracilaria和龙须菜属Gracilariopsis 5个物种的23个群体的ITS(含5.8S rDNA)序列,并结合GenBank数据库中现有江蓠科Gracilariaceae的16个物种的ITS序列进行分析,在不同分类阶元中探讨了序列变异和和系统进化关系。江蓠科海... 测定了江蓠属Gracilaria和龙须菜属Gracilariopsis 5个物种的23个群体的ITS(含5.8S rDNA)序列,并结合GenBank数据库中现有江蓠科Gracilariaceae的16个物种的ITS序列进行分析,在不同分类阶元中探讨了序列变异和和系统进化关系。江蓠科海藻ITS序列长度在893～1 508 bp之间,种间遗传距离在0.041～0.600之间,种内遗传距离在0.000～0.012之间,其种间遗传距离均大于种内遗传距离;ITS系统发育聚类结果显示江蓠科分为两大分支,分别是江蓠属/Hydropuntia分支、龙须菜属/蓠生藻属Gracilariophila分支;江蓠科海藻5.8S序列种内种间变异很小,但存在稳定的属间区分位点,可用于属以上水平的分类鉴定;中国、美国和俄罗斯三地的真江蓠群体的ITS序列存在9个稳定的变异位点,可以将不同地理群体区分开。 展开更多
关键词 江蓠科 江蓠属 龙须菜属 ITS 5.8S rdna 系统发育
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酸马奶中酵母菌5．8S rDNA及ITS的基因序列分析 被引量：3
13
作者 苟荣 姚新奎 +8 位作者 李红 谭晓海 努尔巴哈提 马江飞 刘珩 玉山江 叶再华 陈阳 潘晓东 《新疆农业科学》 CAS CSCD 2008年第5期868-874,共7页
实验将两株从酸马奶中分离提纯的酵母菌,提取单菌株基因组DNA,用一对真菌通用引物ITS1和ITS4 PCR扩增它们的5.8S rRNA和ITS基因,连接入pMD19-T载体,克隆鉴定后,测定序列,将测得的序列与GenBank数据库的序列进行同源性分析,并建立系统进... 实验将两株从酸马奶中分离提纯的酵母菌,提取单菌株基因组DNA,用一对真菌通用引物ITS1和ITS4 PCR扩增它们的5.8S rRNA和ITS基因,连接入pMD19-T载体,克隆鉴定后,测定序列,将测得的序列与GenBank数据库的序列进行同源性分析,并建立系统进化树。结合系统发育树及5.8 S rDNA和ITS的序列分析结果,将菌株J14和S33判定为Kluyveromyces marxianus(马克斯克鲁维酵母)。酸马奶中传统的酵母菌分类主要依靠形态学和生理生化等鉴定方法,实验首次利用5.8S rRNA和ITS基因扩增和测序的分子生物学方法对其进行鉴定。 展开更多
关键词 酸马奶 酵母菌 5.8 S rdna ITS 同源性 系统发育树
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猫锡兰钩虫rDNA ITS1的扩增及分子鉴定 被引量：3
14
作者 刘远佳 郑国超 +5 位作者 刘田 任邵娜 李雅文 孟祥龙 Loutou H M 李国清 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期821-824,共4页
为了对从猫粪便样品中分离的钩虫虫卵进行种类鉴定,本研究提取该虫卵基因组DNA,根据核糖体内转录间区1(ITS1)的保守序列设计钩虫属引物,通过PCR扩增、克隆、测序、相关软件分析,建立系统进化树,从分子水平对其进行种类鉴定。结果表明扩... 为了对从猫粪便样品中分离的钩虫虫卵进行种类鉴定,本研究提取该虫卵基因组DNA,根据核糖体内转录间区1(ITS1)的保守序列设计钩虫属引物,通过PCR扩增、克隆、测序、相关软件分析,建立系统进化树,从分子水平对其进行种类鉴定。结果表明扩增出404 bp DNA片段,测序结果显示该片段包括309 bp ITS1和95 bp的5.8S rDNA,与NCBI中登录的序列进行比对以及采用Clustal X和MEGA5.1软件分析确定该钩虫为锡兰钩虫。这是我国首次建立钩虫的分子鉴定方法,也是40年来再次发现猫源锡兰钩虫,为锡兰钩虫分子生物学和分子流行病学研究奠定了基础。 展开更多
关键词 锡兰钩虫 猫 ITSl 5 8S rdna
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大熊猫蛔虫ITS及5.8SrDNA序列的克隆与分析 被引量：3
15
作者 陈绚姣 唐志玲 +1 位作者 陈武 金超宇 《野生动物》 2011年第6期332-335,共4页
基于核糖体DNA第一与第二转录间隔序列以及5.8S序列,以分离自广州动物园大熊猫体内的蛔虫为研究对象,用保守引物NC_5和NC_2对核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区ITS-1,ITS-2及5.8S序列进行PCR扩增,扩增后的片段纯化后克隆至pGEM-Teasy载体,... 基于核糖体DNA第一与第二转录间隔序列以及5.8S序列,以分离自广州动物园大熊猫体内的蛔虫为研究对象,用保守引物NC_5和NC_2对核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区ITS-1,ITS-2及5.8S序列进行PCR扩增,扩增后的片段纯化后克隆至pGEM-Teasy载体,重组质粒通过菌液PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定及分析,鉴定大熊猫蛔虫的种类。结果显示,目的片段总长为910 bp,2个不同样品之间的ITS及5.8S序列没有差异,与GenBank^(TM)中的拜林蛔线虫(Baylisascaris transfuga)、猪蛔虫(Ascaris suum)和人蛔虫(Ascaris lumbricoides)的ITS序列相似性分别为96.6%、82.9%和82.7%。结果表明,此次分离的大熊猫蛔线虫可能为拜林蛔线虫。 展开更多
关键词 大熊猫 蛔虫 内转录间隔区 5.8S核糖体DNA 序列分析
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浒苔(Ulva prolifera)核糖体基因簇单元全长序列的克隆与分析 被引量：1
16
作者 沈伟杰 缪晓翔 +4 位作者 何渊 韩红宾 王宗灵 穆新武 沈颂东 《海洋科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期487-494,共8页
核糖体基因簇单元全长序列对于藻类分子鉴定与分类具有重要意义,而浒苔(Ulvaprolifera)作为形成我国黄海绿潮的主要物种,其核糖体基因簇单元全长序列的克隆还未见研究报道。本研究通过分子克隆技术成功扩增了浒苔的核糖体基因簇单元全... 核糖体基因簇单元全长序列对于藻类分子鉴定与分类具有重要意义,而浒苔(Ulvaprolifera)作为形成我国黄海绿潮的主要物种,其核糖体基因簇单元全长序列的克隆还未见研究报道。本研究通过分子克隆技术成功扩增了浒苔的核糖体基因簇单元全长序列。浒苔核糖体基因簇单元全长序列为8948bp,其中18SrDNA1760bp,28SrDNA3259bp,ITS1205bp,5.8SrDNA160bp,ITS2176bp和IGS3388bp。对各部分序列的碱基组成进行分析后,我们发现ITS1,ITS2和IGS序列对胞嘧啶具有明显的偏好性,而18SrDNA和28SrDNA序列对鸟嘌呤具有明显的偏好性。浒苔核糖体基因簇单元全长序列的GC含量为54.12%,其中ITS1、ITS2和IGS序列的GC含量比保守序列的GC含量高,这表明内转录单元间隔区序列和基因间间隔区序列比保守序列变异率更高,进化速率更快。另外,IGS序列中发现大量简单的直接重复序列、串联重复序列、短对称序列和回文序列。浒苔核糖体基因簇单元全长序列可为其分类及分子鉴定提供有效的工具。 展开更多
关键词 浒苔 18Srdna 28Srdna ITS1 ITS2 5.8Srdna IGS 核糖体基因簇
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牛羊源土耳其斯坦东毕吸虫ITS和28S rDNA-LSU序列分析 被引量：1
17
作者 仇建华 李利 +3 位作者 王春仁 陈佳 陈爱华 翟延庆 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期183-186,190,共5页
目的探讨牛羊源土耳其斯坦东毕吸虫(Orientobilharzia turkestanicum)核糖体内转录间隔区(ITS)和28S核糖体大亚基序列(rDNA-LSU)的差异。方法粪便检查、剖杀自然感染东毕吸虫的绒山羊、山羊、绵羊和黄牛,收集虫体,形态学鉴定为土耳其斯... 目的探讨牛羊源土耳其斯坦东毕吸虫(Orientobilharzia turkestanicum)核糖体内转录间隔区(ITS)和28S核糖体大亚基序列(rDNA-LSU)的差异。方法粪便检查、剖杀自然感染东毕吸虫的绒山羊、山羊、绵羊和黄牛,收集虫体,形态学鉴定为土耳其斯坦东毕吸虫。抽提成虫基因组DNA,扩增其ITS(包括ITS-1、5.8S rDNA和ITS-2)和28S rDNA-LSU序列,测序并分析以上序列,以及28S rDNA-LSU序列RNA二级结构。结果牛、羊源土耳其斯坦东毕吸虫的ITS-1、5.8S rDNA、ITS-2和28S rDNA-LSU序列分别长384、159、331和1304bp。牛源和羊源的ITS-1和5.8S rDNA序列完全相同;黄牛源、绵羊源和绒山羊源的ITS-2序列完全相同,与山羊源存在1个碱基的差异;绵羊源和绒山羊源的28S rDNA-LSU序列完全相同,与牛源和山羊源分别有2个碱基的差异。绵羊源和绒山羊源的28S rDNA-LSU序列RNA二级结构相同,与山羊源存在微小差异,但牛源与羊源存在较大差异。结论不同终末宿主源土耳其斯坦东毕吸虫的核糖体序列存在不同程度的差异,羊源28S rDNA-LSU序列的RNA二级结构相同或相似,但与牛源存在较大差异。 展开更多
关键词 土耳其斯坦东毕吸虫 核糖体内转录间隔区 5.8S核糖体DNA 28S核糖体DNA大亚基序列 序列分析
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小熊猫蛔虫ITS及5.8S rDNA序列的克隆与分析 被引量：1
18
作者 彭仕明 李少基 +1 位作者 肖建雄 陈武 《野生动物》 2012年第2期91-96,共6页
以广州动物园小熊猫体内分离出的蛔虫为研究对象,运用PCR方法,以保守引物NC5和NC2扩增其核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)和5.8S序列,并对扩增后的片段进行纯化、克隆至pGEM-Teasy载体、转化、测序和序列分析,以鉴定小熊猫蛔虫的种... 以广州动物园小熊猫体内分离出的蛔虫为研究对象,运用PCR方法,以保守引物NC5和NC2扩增其核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)和5.8S序列,并对扩增后的片段进行纯化、克隆至pGEM-Teasy载体、转化、测序和序列分析,以鉴定小熊猫蛔虫的种类。结果显示2条蛔虫样品的ITS及5.8S rDNA序列基本一致,总长为913 bp,样品间序列相似性为99.7%。将序列与GenBank^(TM)公布的相关序列进行比较分析,结果显示2条蛔虫的ITS及5.8S序列与黑熊横走贝蛔虫(Baylisascaris transfuga注册号AB571304)相似性分别为98.1%、98.4%,与大熊猫西氏贝蛔虫(Baylisascaris schroederi注册号JN210912)相似性分别为96.9%、97.1%,与猪蛔虫(Ascaris suum注册号AB571302)相似性分别为89.9%、90.1%,与人蛔虫(Ascaris lumbricoides注册号AB571296)相似性分别为89.8%、90.1%,ITS-1序列与浣熊贝蛔虫(Baylisascaris procyonis注册号AB053230)相似性分别为92.0%、92.3%。研究结果表明小熊猫体内分离的蛔虫可能为贝蛔属蛔虫,从而为蛔虫的进一步分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础。 展开更多
关键词 小熊猫 蛔虫:内转录间隔区(ITS) 5.8S核糖体DNA PCR扩增 序列分析
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应用5.8S rDNA及ITS区序列分析链格孢种级分类 被引量：69
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作者 王洪凯 张天宇 张猛 《菌物系统》 CSCD 北大核心 2001年第2期168-173,共6页
对9个链格孢小孢子种和3个大孢子种共20个链格孢菌株的5.8S rDNA及其两侧的ITS1区和ITS2区进行了序列分析。聚类分析结果表明形态差异大的种可以明确加以区分，而供试的9个小孢子种之间差异很小，不能根据对所选区段的序列分析加以区分... 对9个链格孢小孢子种和3个大孢子种共20个链格孢菌株的5.8S rDNA及其两侧的ITS1区和ITS2区进行了序列分析。聚类分析结果表明形态差异大的种可以明确加以区分，而供试的9个小孢子种之间差异很小，不能根据对所选区段的序列分析加以区分。传统分类上的滨菊链格孢不属于Alternaria, 其分类地位需进一步研究。 展开更多
关键词 链格孢 序列分析 ITS区 rdna5.8s段 分类地位
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小花棘豆(Oxytropis glabra DC.)内生真菌的培养与鉴定 被引量：30
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作者 卢萍 Dennis Child +3 位作者 赵萌莉 Dale R Gardener 吕桂芬 韩国栋 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期53-58,共6页
小花棘豆（Oxytropis glabra DC.）是内蒙古草原上的重要毒草,实验结合微生物学和分子生物学手段进行了其内生真菌研究。结果表明：体外培养的小花棘豆内生真菌生长缓慢,呈圆形、隆起、边缘整齐、辐射状生长的白色菌落,后菌体分泌黑褐... 小花棘豆（Oxytropis glabra DC.）是内蒙古草原上的重要毒草,实验结合微生物学和分子生物学手段进行了其内生真菌研究。结果表明：体外培养的小花棘豆内生真菌生长缓慢,呈圆形、隆起、边缘整齐、辐射状生长的白色菌落,后菌体分泌黑褐色的色素物质,分生孢子近圆柱形,有粗且比孢子壁厚的暗色横隔膜,隔膜数1-5个。10个菌株的5.8S rDNA/ITS序列与内生真菌Embellisia sp.L12株的序列高度相似。推测该内生真菌属于Embellisia。 展开更多
关键词 小花棘豆 内生真菌 5.8S rdna/ITS 分生孢子
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