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棉花类LRR抗病蛋白(GhLRR-RL)基因的克隆及表达分析 被引量:14
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作者 肖月华 罗明 +3 位作者 侯磊 罗克明 罗小英 裴炎 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第7期653-658,T001-T002,共8页
从棉花胚珠的cDNA AFLP片段中 ,选取一个与拟南芥类LRR抗病蛋白 (LRR RL)序列相似的片段 ,用RACE方法延伸其 3′和 5′未知序列 ,得到一个棉花类LRR抗病蛋白的全长cDNA序列 (GenBank登录号 :AY0 4 0 5 32 )。该cDNA长 12 5 9bp ,包含一... 从棉花胚珠的cDNA AFLP片段中 ,选取一个与拟南芥类LRR抗病蛋白 (LRR RL)序列相似的片段 ,用RACE方法延伸其 3′和 5′未知序列 ,得到一个棉花类LRR抗病蛋白的全长cDNA序列 (GenBank登录号 :AY0 4 0 5 32 )。该cDNA长 12 5 9bp ,包含一个 987bp的开放阅读框 ,具有Poly(A)加尾信号。推测的蛋白质包含 32 8个氨基酸 ,其中大部分是LRR区 ,其序列符合膜外LRR的共有序列LXXLXXLXXLXLXXNXGXIPXX。序列和结构比较分析表明 :该棉花LRR RL蛋白与拟南芥的两个类LRR抗病蛋白高度同源 ,而与植物的其他LRR蛋白结构不同 ,推测LRR RL蛋白属于一类新的LRR蛋白。斑点杂交和 3′RACE扩增表明 ,棉花LRR RL基因具有组成性表达的特点。 展开更多
关键词 棉花 LRR蛋白 LRR-RL蛋白 3′race 5′race
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反向嵌套PCR法高效扩增辽宁碱蓬甜菜碱醛脱氢酶cDNA5′末端序列 被引量:8
2
作者 李秋莉 高晓蓉 +3 位作者 范琦 袁晓东 刘大伟 安利佳 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2001年第11期17-19,共3页
采用反向嵌套PCR法 ,根据已获得的辽宁碱蓬甜菜碱醛脱氢酶cDNA的部分序列 ,设计一条 5′末端磷酸化的特异性反转录引物和两对特异性反向嵌套PCR引物 ,成功地克隆了辽宁碱蓬甜菜碱醛脱氢酶cDNA 5′末端。与锚定PCR法相比 ,反向嵌套PCR法... 采用反向嵌套PCR法 ,根据已获得的辽宁碱蓬甜菜碱醛脱氢酶cDNA的部分序列 ,设计一条 5′末端磷酸化的特异性反转录引物和两对特异性反向嵌套PCR引物 ,成功地克隆了辽宁碱蓬甜菜碱醛脱氢酶cDNA 5′末端。与锚定PCR法相比 ,反向嵌套PCR法具有特异性强、扩增效率高等优点 ,是一种非常有效的扩增cDNA 5′末端序列的方法。 展开更多
关键词 反向嵌套PCR 辽宁碱蓬 甜菜碱醛脱氢酶 5′cDNA 末端序列 基因工程 race 反转录 克隆 扩增效率
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一个新的水稻MADS-box基因的克隆及表达分析 被引量:4
3
作者 贾红武 罗达 +4 位作者 丛斌 高之桢 邵坚寅 曹凯鸣 孙崇荣 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 2000年第5期490-495,共6页
根据MADS_box基因保守区结构 ,设计简并性引物 ,利用 3′RACE从水稻 (OryzasativaL .)中克隆了 1个新的水稻MADS_box基因的cDNA片段 ,同时利用 5′RACE获得了全长cDNA ,命名为FDRMADS8。序列分析表明 ,该cDNA全长 140 6bp ,开放阅读框... 根据MADS_box基因保守区结构 ,设计简并性引物 ,利用 3′RACE从水稻 (OryzasativaL .)中克隆了 1个新的水稻MADS_box基因的cDNA片段 ,同时利用 5′RACE获得了全长cDNA ,命名为FDRMADS8。序列分析表明 ,该cDNA全长 140 6bp ,开放阅读框共编码 2 33个氨基酸 ,具有典型的植物MADS_box基因的结构。推测的氨基酸序列与拟南芥的MADS_box基因AGL14同源性为 5 0 %。应用RT PCR表达分析表明 ,FDRMADS8在根、叶和花中均有表达 ,但在根和叶中表达较低。利用RNA原位杂交对其时空表达模式研究表明 :在花发育早期 ,FDRMADS8在苞片、苞毛和花序茎中有大量表达 ,但在顶端分生组织中表达量较少 ;在花发育后期 ,FDRMADS8在颖片以及花序茎中有明显表达 ,而在外稃、内稃、浆片、雄蕊和心皮原基中表达均不明显。在根中 ,FDRMADS8在伸长区和根毛区的皮层中有大量表达 ,在根冠、根尖分生区和根毛区的中柱鞘细胞中却无明显表达。结果表明水稻MADS_box基因的功能并不限于控制花发育。 展开更多
关键词 水稻 MADS-BOX基因 基因克隆 基因表达
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Cloning and Expression of a Profilin Gene from Rapeseed 被引量:4
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作者 叶秋 李旭锋 +3 位作者 徐莺 王劲 林娟 陈放 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 2001年第7期727-730,共4页
Profilin has recently been identified as an actin-binding protein in higher plants. A cDNA clone (designated Repro) encoding profilin gene was isolated from rapeseed ( Brassica napus L. cv. canadian Tween) using RT-PC... Profilin has recently been identified as an actin-binding protein in higher plants. A cDNA clone (designated Repro) encoding profilin gene was isolated from rapeseed ( Brassica napus L. cv. canadian Tween) using RT-PCR technique. Sequence analysis showed 82% similarity to Zea mays L. ZmPro3, 85% to Arabidopsis AthPRF1, 82% to Nicotiana tabacum L. NTPRO, 81% to Oryza sativa L. profilin A. A new full-length cDNA was obtained by 5'-RACE and 3'-RACE techniques. Sequence analysis showed that the size of full-length cDNA is 672 bp which contains a major open reading frame of 134 amino, acids, 5' and 3' untranslated regions and a long Poly (A) tail. Northern blot analysis showed that the profilin gene is a pollen and anther specific gene. 展开更多
关键词 profilin gene 3 '-race 5 '-race rapeseed pollen RT-PCR
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中国驯鹿生长素(ghrelin)全长cDNA的克隆及序列分析 被引量:6
5
作者 杨银凤 余兴邦 +3 位作者 王冠玉 都格尔斯仁 包花尔 徐斯日古楞 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期1647-1652,共6页
采用cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE),在本课题组已获得的驯鹿ghrelin cDNA的部分片段的基础上进行3′和5′RACE。结果成功克隆出驯鹿ghrelin cDNA的3′和5′末端序列,从而得到604bp的驯鹿ghrelin cDNA全... 采用cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE),在本课题组已获得的驯鹿ghrelin cDNA的部分片段的基础上进行3′和5′RACE。结果成功克隆出驯鹿ghrelin cDNA的3′和5′末端序列,从而得到604bp的驯鹿ghrelin cDNA全序列,其中包含57bp 5′非翻译区(UTR)、405bp的开放读码框(ORF)、128bp的3′UTR和poly(A)14。405bp的ORF编码134个氨基酸残基的前原ghrelin(preproghrelin),其中包含41个氨基酸残基的N末端信号肽,27个氨基酸残基的成熟肽及66个氨基酸残基的C末端肽。序列同源性比较显示驯鹿ghrelin cDNA与山羊、绵羊和牛的同源性分别是92.0%、90.8%和89.5%;与猪和人的同源性分别是69.5%和65.2%;与鸡的同源性仅为33.8%。表明ghrelin的结构具有明显的种属特异性。驯鹿Ghrelin cDNA全序列的获得为进一步研究其生理作用奠定了基础。 展开更多
关键词 5′race 3′race GHRELIN 驯鹿 cDNA
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2个水稻花发育相关MADS-box基因的全序列cDNA克隆及结构分析 被引量:3
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作者 陈锐 高之桢 +2 位作者 詹树萱 孙崇荣 曹凯鸣 《复旦学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期570-575,共6页
一组具有MADS box结构域的转录因子在控制花器官的诱导与发育中起着重要作用.以水稻广陆矮4号(OryzasativaL.Guang Lu AiNo.4)幼穗总RNA为模板,根据MADS box保守区的序列设计简并性引物,利用3′ RACE的方法获得了2个新的水稻花发育相关M... 一组具有MADS box结构域的转录因子在控制花器官的诱导与发育中起着重要作用.以水稻广陆矮4号(OryzasativaL.Guang Lu AiNo.4)幼穗总RNA为模板,根据MADS box保守区的序列设计简并性引物,利用3′ RACE的方法获得了2个新的水稻花发育相关MADS box基因,分别命名为FDRMADS3和FDRMADS4;并利用5′ RACE的方法获得了该2个基因完整的cDNA序列,包括完整的编码区,5′ UTR和3′ UTR.它们编码的蛋白质都具有典型的MADS box结构域和半保守的K区,其与水稻中其他家族成员的MADS box结构域同源性高达90%以上,这说明它们都是典型的MADS box基因. 展开更多
关键词 水稻 MADS-BOX基因 RT-PCR 5′-race 系统进化树分析
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人肝刺激因子基因5′-侧翼序列克隆和结构分析 被引量:3
7
作者 王新楠 宋智刚 +3 位作者 吴媛 陈莉 赵彦艳 安威 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第12期1171-1176,共6页
为探讨人肝刺激因子 (humanhepaticstimulatorsubstance ,hHSS)基因表达调控的分子机制 ,分离人了hHSS基因组DNA ,克隆其 5′ 侧翼序列 4 890bp ,与GenBank比对后 ,将hHSS基因定位于人 16号染色体。通过逆转录PCR(RT PCR)和 5′RACE确定... 为探讨人肝刺激因子 (humanhepaticstimulatorsubstance ,hHSS)基因表达调控的分子机制 ,分离人了hHSS基因组DNA ,克隆其 5′ 侧翼序列 4 890bp ,与GenBank比对后 ,将hHSS基因定位于人 16号染色体。通过逆转录PCR(RT PCR)和 5′RACE确定hHSS基因转录起始位点 。 展开更多
关键词 hHSS 5′-侧翼序列 5′race 基因转录
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大麦黄矮病毒GPV株系基因组末端序列的克隆和分析 被引量:1
8
作者 张文蔚 成卓敏 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 2009年第1期102-107,共6页
利用5′RACE、3′RACE和RT-PCR完成了大麦黄矮病毒GPV株系5′和3′末端序列的克隆和分析。分析结果显示,GPV株系5′末端长302 nt,包含起始密码子ATG和长100 nt的5′UTR。与马铃薯卷叶病毒属其他病毒比较,5′UTR的长度差异大且不保守。3... 利用5′RACE、3′RACE和RT-PCR完成了大麦黄矮病毒GPV株系5′和3′末端序列的克隆和分析。分析结果显示,GPV株系5′末端长302 nt,包含起始密码子ATG和长100 nt的5′UTR。与马铃薯卷叶病毒属其他病毒比较,5′UTR的长度差异大且不保守。3′末端长328 nt,包含终止密码子TGA和长93 nt的3′UTR。比RPV3′UTR短74 nt,同源性为40%,但末端较为保守,与RPV3′UTR末端序列同源性达84.34%。 展开更多
关键词 大麦黄矮病毒GPV株系 5′race 3′race 5′UTR 3′UTR
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杨树miR393对FBL基因家族成员调控作用的鉴定 被引量:3
9
作者 唐芳 楚立威 +2 位作者 贺学娇 舒文波 卢孟柱 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期146-153,共8页
【目的】揭示ptc-miR393对杨树FBL基因家族不同成员的剪切调控作用。【方法】首先将杨树FBL基因家族成员与双子叶植物、单子叶植物和蕨类植物代表物种拟南芥、水稻和小立碗藓的FBL基因家族成员进行系统进化分析;再对杨树FBL家族成员的... 【目的】揭示ptc-miR393对杨树FBL基因家族不同成员的剪切调控作用。【方法】首先将杨树FBL基因家族成员与双子叶植物、单子叶植物和蕨类植物代表物种拟南芥、水稻和小立碗藓的FBL基因家族成员进行系统进化分析;再对杨树FBL家族成员的基因结构进行比较;最后通过ptc-miR393与杨树FBL基因家族成员的序列比对、ptc-miR393及FBL基因家族成员在杨树不同发育时期及不同组织中的表达模式以及5′-RACE检测等方面对杨树miR393与FBL基因家族成员的调控作用进行鉴定。【结果】杨树FBL基因家族共有8个不同成员,两两成员之间的同源性较高,通过基因结构和功能域分析,表明它们之间可能存在冗余的功能;PtFBL1-PtFBL4之间具有较高的同源性,位于一个进化分支上,而PtFBL5、PtFBL6和PtFBL7、PtFBL8分别位于不同的分支且与PtFBL1-PtFBL4的同源关系较远。杨树FBL基因的结构和结构域出现一定的变化,预示着它们之间可能出现了分化,在时空调控上的作用有所改变。ptc-miR393与PtFBL1-PtFBL4的互补配对率较高,而与PtFBL5-PtFBL8之间有5~7个碱基的差异,在杨树不同发育时期及不同组织中,PtFBL1-PtFBL4的表达与ptc-miR393呈相反的趋势,而PtFBL5-PtFBL8的表达不受ptc-miR393的影响,5′-RACE实验也检测出PtFBL1-PtFBL4受ptc-miR393的剪切,而PtFBL5-PtFBL8不受ptc-miR393的剪切。【结论】PtFBL1、PtFBL2、PtFBL3和PtFBL4是ptc-miR393的靶基因,而PtFBL5、PtFBL6、PtFBL7和PtFBL8不受ptc-miR393的剪切调控,这为进一步揭示ptc-miR393对杨树FBL基因的调控功能奠定理论基础。 展开更多
关键词 杨树 miR393 FBL基因 靶基因 5′-race 表达模式
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野生大豆盐胁迫响应基因GsPIP的克隆及其序列分析 被引量:3
10
作者 王希 李勇 +3 位作者 柏锡 才华 纪巍 朱延明 《草业学报》 CSCD 北大核心 2011年第1期131-139,共9页
盐胁迫是影响植物生长、发育以至产量的重要因素,野生大豆是优良的非生物胁迫抗性材料,是天然的优质抗性基因库。本研究以耐盐东北野生大豆为试材,利用东北农业大学植物生物工程研究室已获得的基因芯片杂交结果,对植物生物工程研究室构... 盐胁迫是影响植物生长、发育以至产量的重要因素,野生大豆是优良的非生物胁迫抗性材料,是天然的优质抗性基因库。本研究以耐盐东北野生大豆为试材,利用东北农业大学植物生物工程研究室已获得的基因芯片杂交结果,对植物生物工程研究室构建的野生大豆盐胁迫EST数据库中各EST在胁迫下的表达情况进行了分析,从中选出了1个在高盐、低温、干旱胁迫早期均上调表达的3′-EST,序列分析表明该EST编码质膜结合蛋白(plasmamembrane intrinsic protein,PIP),属于主嵌入蛋白(major intrinsic protein,MIP)家族;通过电子克隆和改进的5′-RACE获得了基因完整的编码区;其翻译产物与含羞草质膜结合蛋白的相似性为90%,将该基因命名为GsPIP。GsPIP基因的翻译产物具有主嵌入蛋白家族特征性的跨膜结构域,无信号肽,与已发现的植物PIP蛋白一致。本研究获得的基因具有自主知识产权,通过进一步的功能分析,可为耐渗透胁迫基因工程研究提供基因资源,并为植物耐渗透胁迫机理研究提供依据。 展开更多
关键词 野生大豆 盐胁迫 主嵌入蛋白(MIP) GsPIP 5′-race
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鼻咽癌细胞系CNE2中NPCEDRG基因mRNA剪接变异体分析 被引量:2
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作者 侯德富 关勇军 +5 位作者 关瑞 万恂恂 李国庆 欧阳咏梅 余艳辉 陈主初 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期841-850,共10页
NPCEDRG基因是采用基因定位候选克隆策略获得的1个鼻咽癌候选抑瘤基因.NPCEDRG在鼻咽癌细胞和组织中表达下调,重新恢复NPCEDRG基因在CNE2细胞系的表达,可部分逆转CNE2的恶性表型.本研究对CNE2细胞所表达的NPCEDRG基因mRNA剪接变异体克... NPCEDRG基因是采用基因定位候选克隆策略获得的1个鼻咽癌候选抑瘤基因.NPCEDRG在鼻咽癌细胞和组织中表达下调,重新恢复NPCEDRG基因在CNE2细胞系的表达,可部分逆转CNE2的恶性表型.本研究对CNE2细胞所表达的NPCEDRG基因mRNA剪接变异体克隆、鉴定,发现NPCEDRG基因至少有7个转录起始位点,其中NM_032316的TSS位于ATG上游-85 nt处,AF538150和AK094248的TSS位于-25 nt处;AF538150不存在第2外显子中6核苷酸序列(3'-TTGCAG-3')的缺失,其CDs为516 bp,编码1种由171个氨基酸组成的蛋白质(而非GenBank中公布的CDs为510 bp,1种由169个氨基酸组成的蛋白质).本研究成功克隆得到1种新的NPCEDRG基因的mRNA剪接变异体V2,其TSS位于-23 nt处,其CDs为297 bp,编码1种由98个氨基酸组成的蛋白质. 展开更多
关键词 NPCEDRG基因 mRNA剪接变异体 5'-race 3'-race RT-PCR
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骆驼β-防御素caBD-1全长cDNA的扩增 被引量:1
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作者 杨银凤 唐博 +1 位作者 曹贵方 王永胜 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期264-268,共5页
获得全长cDNA序列是研究基因结构、基因表达和基因功能的前提。我们根据已获得的骆驼β_防御素caBD_1cDNA的已知序列设计一条上游引物,反转录引物中的部分序列即3′末端序列。另外,采用反向嵌套PCRRACE法,根据caBD_1cDNA的已知序列,设... 获得全长cDNA序列是研究基因结构、基因表达和基因功能的前提。我们根据已获得的骆驼β_防御素caBD_1cDNA的已知序列设计一条上游引物,反转录引物中的部分序列即3′末端序列。另外,采用反向嵌套PCRRACE法,根据caBD_1cDNA的已知序列,设计一条5′末端磷酸化的特异性反转录引物和两对特异性反向嵌套PCR引物,首先进行反转录(RT),然后将mRNA反转录成的cDNA进行环化,最后进行反向嵌套巢式PCR,成功的克隆了骆驼β_防御素caBD_1cD NA的5′末端序列。本研究扩增出的caBD_1cDNA序列全322bp,其中包含一个由192bp组成的开放读码框(ORF),该ORF编码64个氨基酸残基的前原caBD_1肽。 展开更多
关键词 反向嵌套PCR 5’race 3’race Β-防御素 骆驼
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驯鹿β-防御素reBD-1全长cDNA的克隆及序列分析 被引量:2
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作者 杨银凤 郝永峰 +2 位作者 赵艳芳 余兴帮 都格尔斯仁 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期657-662,共6页
为了获得驯鹿β-防御素reBD-1全长cDNA序列,根据已获得的reBD-1cDNA的已知序列设计1条序列特异性引物作为上游引物,反转录引物中的部分序列即3′接合器引物作为下游引物,克隆reBD-1cDNA的3′末端序列。另外,采用反向嵌套PCRRACE法,根据r... 为了获得驯鹿β-防御素reBD-1全长cDNA序列,根据已获得的reBD-1cDNA的已知序列设计1条序列特异性引物作为上游引物,反转录引物中的部分序列即3′接合器引物作为下游引物,克隆reBD-1cDNA的3′末端序列。另外,采用反向嵌套PCRRACE法,根据reBD-1cDNA的已知序列,设计1条5′末端磷酸化的特异性反转录引物和2对特异性反向嵌套PCR引物,首先进行反转录(RT),然后将mRNA反转录成的cDNA进行环化,最后进行反向嵌套巢式PCR,克隆reBD-1cDNA的5′末端序列。结果成功的克隆出了reBD-1cDNA的3′和5′末端序列,从而得到372bp的reBD-1cDNA全序列,其中包含44bp5′非翻译区(UTR)、192bp的开放读码框(ORF)、终止密码子TAA、118bp的3′UTR和poly(A)15。reBD-1cDNA全序列的获得为进一步研究其基因结构、基因表达和基因功能奠定了基础。 展开更多
关键词 反向嵌套PCR 5′race 3′race Β-防御素 驯鹿
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河南省猪戊型肝炎病毒HN-JY40的全基因组序列测定及分析 被引量:1
14
作者 张小霞 张亲 +2 位作者 梁振普 许锋 邵新峰 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期231-238,共8页
本文旨在测定猪戊型肝炎病毒HN-JY40株的全基因组序列,并对其序列特征和进化关系进行分析。设计8对引物,利用RT-PCR、3′RACE和5′RACE技术得到了戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)河南分离株HNJY40的近似全基因组序列,命名为"HN-... 本文旨在测定猪戊型肝炎病毒HN-JY40株的全基因组序列,并对其序列特征和进化关系进行分析。设计8对引物,利用RT-PCR、3′RACE和5′RACE技术得到了戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)河南分离株HNJY40的近似全基因组序列,命名为"HN-JY40";用Expasy、Megalign、Clustal X和MEGA 4等生物学软件进行序列分析、同源比对和进化树的构建。测序得到的HN-JY40序列去除polyA后全长7 223bp,5′UTR有9个碱基,3′UTR全长69bp。ORF1(5 124bp)编码1 707个氨基酸,ORF2(2 025bp)编码674个氨基酸,ORF3(345bp)编码114个氨基酸。全基因组相似性分析发现,HN-JY40为典型的基因4型病毒,且属于一个新亚型。猪HN-JY40ORF1的部分核苷酸(153~432bp)与人源HK104-2004同源性高达到96%,为揭示戊型肝炎的跨种传播提供了新的分子生物学依据。 展开更多
关键词 猪戊型肝炎病毒HN-JY40 RT-PCR 3′race 5′race 序列分析 同源性
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旋毛虫抗原基因Ts88的克隆及鉴定 被引量:2
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作者 诸欣平 杨雅平 +2 位作者 杨静 雷丽萍 Pascal Boireau 《中国人兽共患病杂志》 CSCD 北大核心 2004年第1期19-21,共3页
目的 获取旋毛虫具有抗原性的新基因。方法 应用旋毛虫免疫血清和人工感染血清对旋毛虫成虫cDNA文库约 3× 10 5重组噬菌斑进行筛选。基因克隆、DNA测序及 5′ -RACE获cDNA全长 ;采用ESEE、DNAstar软件及核苷酸序列数据库 (GenBa... 目的 获取旋毛虫具有抗原性的新基因。方法 应用旋毛虫免疫血清和人工感染血清对旋毛虫成虫cDNA文库约 3× 10 5重组噬菌斑进行筛选。基因克隆、DNA测序及 5′ -RACE获cDNA全长 ;采用ESEE、DNAstar软件及核苷酸序列数据库 (GenBank)进行cDNA序列分析。结果与结论 免疫筛选成虫cDNA文库 ,获得 3个阳性克隆。其中的Ts88克隆cDNA全长为 196 6bp ,编码 4 84个氨基酸 ,含有一个PWWP功能结构域及多个抗原表位。Ts88cDNA是一个尚未见报道的旋毛虫抗原新基因。 展开更多
关键词 旋毛虫 抗原基因 Ts88克隆 鉴定
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利用5′-RACE技术进行人肝再生增强因子相互作用肽cDNA5′末端快速扩增及序列分析 被引量:2
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作者 邓建川 刘杞 +3 位作者 陈曜 孙航 唐琳 王娜 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 2006年第4期463-465,共3页
目的:利用5′-RACE技术进行人肝再生增强因子(hALR)相互作用肽cDNA5′末端快速扩增并进行序列分析。方法:按照5′-RACE试剂盒(Takara)操作流程进行hALR相互作用肽cDNA5′末端快速扩增,用BLAST技术对扩增序列进行生物信息学分析。结果:... 目的:利用5′-RACE技术进行人肝再生增强因子(hALR)相互作用肽cDNA5′末端快速扩增并进行序列分析。方法:按照5′-RACE试剂盒(Takara)操作流程进行hALR相互作用肽cDNA5′末端快速扩增,用BLAST技术对扩增序列进行生物信息学分析。结果:成功获取487bp的5′-RACE反应产物,其中5′端延伸了275bp,同源序列分析表明与人Citron激酶mRNA高度同源。结论:5′-RACE技术可以用于快速有效扩增已知部分cDNA序列的5′末端,Citron激酶可能是与hALR具有相互作用的蛋白。 展开更多
关键词 5′-race 人肝再生增强因子 相互作用肽 CDNA
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牛MYOZ2基因启动子克隆及活性分析 被引量:2
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作者 王明明 赵志东 +6 位作者 李安宁 张亚冉 段美艳 李世军 吴森 王晓宇 昝林森 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期652-660,共9页
旨在克隆测定牛肌原调节蛋白2基因(Myozenin2,MYOZ2)启动子的全长序列,进行活性区域分析,为牛MYOZ2基因功能和表达调控机理研究提供理论依据。通过5′RACE方法确定牛MYOZ2基因转录起始位点;采用PCR技术,以牛基因组为模板克隆MYOZ2基因... 旨在克隆测定牛肌原调节蛋白2基因(Myozenin2,MYOZ2)启动子的全长序列,进行活性区域分析,为牛MYOZ2基因功能和表达调控机理研究提供理论依据。通过5′RACE方法确定牛MYOZ2基因转录起始位点;采用PCR技术,以牛基因组为模板克隆MYOZ2基因启动子序列。利用在线软件分析启动子区域中可能包含的转录因子结合位点。依据分析结果重新设计引物,构建7个包含不同缺失片段的双荧光素酶报告基因载体,转染C2C12细胞系,利用双荧光素酶系统检测不同片段的启动子活性。结果表明,克隆得到牛MYOZ2基因启动子序列2 065bp,确定MYOZ2基因的转录起始位点;MYOZ2基因片段-84/+125荧光素酶相对活性极显著高于空载体pGL3-Basic(P<0.01),MYOZ2基因片段-683/+125荧光素酶相对活性极显著高于基因片段-263/+125(P<0.01)。MYOZ2基因启动子核心区域位于-84/+125bp,而且MEF2,SRF,MyoD,YY1等转录因子可能参与MYOZ2基因的转录调控。 展开更多
关键词 肌原调节蛋白2基因启动子 基因克隆 活性分析 5′race
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RLM-RACE法快速克隆盐角草胆碱单加氧酶cDN A5′末端全序列 被引量:2
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作者 葛庆燕 吴凇 +1 位作者 苏乔 安利佳 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2005年第3期336-338,共3页
采用RLM-RACE法,根据已获得的盐角草胆碱单加氧酶基因的部分序列,设计2条特异性嵌套PCR引物,成功地克隆了该基因cDNA 5′末端全序列,测序结果显示该片段包括5′UTR 154个核苷酸和编码区606个核苷酸,编码N端202个氨基酸.Blast P结果表明... 采用RLM-RACE法,根据已获得的盐角草胆碱单加氧酶基因的部分序列,设计2条特异性嵌套PCR引物,成功地克隆了该基因cDNA 5′末端全序列,测序结果显示该片段包括5′UTR 154个核苷酸和编码区606个核苷酸,编码N端202个氨基酸.Blast P结果表明,该片段编码的蛋白序列与辽宁碱篷及其他藜科植物的胆碱单加氧酶同源性达到85%以上.同时找出了其转录起始位点,即为该序列的第1个碱基g. 展开更多
关键词 RLM-race 盐角草 胆碱单加氧酶 cDNA 5′末端 转录起始位点
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牛Meg8基因5′末端的克隆及生物信息学分析 被引量:2
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作者 侯晓慧 苏红 李世杰 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期81-86,共6页
利用RACE方法从奶牛中克隆得到了Meg8基因的5′端cDNA序列(GenBank登录号:HQ407410~HQ407413),序列比对发现该基因存在4种可变剪接体。选取牛Meg8基因的5′侧翼区作为研究对象,生物信息学在线分析发现:在人、绵羊、鼠、猪、狗和马... 利用RACE方法从奶牛中克隆得到了Meg8基因的5′端cDNA序列(GenBank登录号:HQ407410~HQ407413),序列比对发现该基因存在4种可变剪接体。选取牛Meg8基因的5′侧翼区作为研究对象,生物信息学在线分析发现:在人、绵羊、鼠、猪、狗和马这几个物种中,牛Meg8基因5′侧翼区与绵羊相似性最高,为80.45%;该区域内存在2个SINEs、1个Si mple repeat,未发现CpG岛;可能存在2个启动子位点,位于牛Meg8基因的Exon1前3 402~4 118 bp和1 200~1 367 bp处,并富含Sp1、SRY、CdxA、GATA-1、MZF1等多个潜在的转录因子位点。Meg8基因5′侧翼区密集存在的转录因子可能与基因的转录起始有关。可变剪接体及侧翼区域的诸多转录因子可能是Meg8基因行使调控功能的原因,本研究结果将为阐明该基因的功能及其调控机理提供分子基础。 展开更多
关键词 Meg8基因 5′race 可变剪接 启动子 转录因子结合位点
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RACE法扩增梅花鹿β-防御素-1(siBD-1)全长cDNA
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作者 唐娟 金鑫 +6 位作者 张曼 侯永跃 李军燕 田巧珍 刘骄 王云鹤 杨银凤 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第3期635-643,共9页
为了获得梅花鹿β-防御素-1(sika deerβ-defensin-1,siBD-1)cDNA全序列,本试验以梅花鹿舌黏膜组织内提取的总RNA为模板,根据前期已获得的siBD-1cDNA的已知部分序列设计引物,采用5′-RACE和3′-RACE技术分别扩增5′-和3′-末端序列,将... 为了获得梅花鹿β-防御素-1(sika deerβ-defensin-1,siBD-1)cDNA全序列,本试验以梅花鹿舌黏膜组织内提取的总RNA为模板,根据前期已获得的siBD-1cDNA的已知部分序列设计引物,采用5′-RACE和3′-RACE技术分别扩增5′-和3′-末端序列,将此扩增产物克隆入pMD18-T载体,进行PCR、双酶切鉴定及序列测定与分析。结果表明,成功克隆出长度约为172和299bp的siBD-1cDNA 5′-和3′-末端序列,从而得到418bp的siBD-1cDNA全序列(GenBank登录号:HM588696.1),其中包含89bp 5′-非翻译区(UTR)、192bp的开放阅读框(ORF)、终止密码子TAA、118bp的3′-UTR和Poly(A)16。同源性比对结果显示,siBD-1cDNA与水牛的肠防御素(BEBD)同源性最高,为90.6%,与牛(EBD、LAP、TAP、BNBD-4)、山羊(GBD-1、GBD-2)、驯鹿(reBD-1)、绵羊(sBD-1、sBD-2)和骆驼(caBD-1)的防御素cDNA的同源性较高,分别为83.2%、83.1%、87.3%、87.0%、87.5%、87.5%、84.4%、79.9%、77.1%和70.5%;与马(hoBD-1)和猪(pBD-1)的同源性较低,为60.3%和72.4%;而与人(hBD-2)的同源性最低,为16.0%。siBD-1成熟肽由38个氨基酸残基组成,其中包含9个带正电荷的氨基酸残基。 展开更多
关键词 梅花鹿 5′-race 3′-race β-防御素-1
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