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鹅肌肉生长抑制素基因5′-调控区序列特征和组织表达分析 被引量:9
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作者 顾志良 卢祥云 +1 位作者 朱大海 李辉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第11期1606-1611,共6页
根据鸡的Myostatin基因序列设计引物,从鹅的基因组DNA中扩增到了Myostatin基因的5′-调控区,克隆并测序后获得了1.3 kb片段序列。与其他物种的序列比较发现,鹅Myostatin基因的该调控序列与鸭同源性为94.8%,与鸡同源性为69.2%,而与小鼠仅... 根据鸡的Myostatin基因序列设计引物,从鹅的基因组DNA中扩增到了Myostatin基因的5′-调控区,克隆并测序后获得了1.3 kb片段序列。与其他物种的序列比较发现,鹅Myostatin基因的该调控序列与鸭同源性为94.8%,与鸡同源性为69.2%,而与小鼠仅为14.3%。通过生物信息学方法,分析确定了其启动子和转录起始位点,发现在转录起始位点上游-34 bp处存在1个TATA盒,-77 bp处存在1个CAAT盒。还发现在该片段中包含5个E框、2个MEF2结合位点、1个MSX2盒和1个MTATA盒等肌肉特异性转录因子结合位点。采集鹅肝脏、胸肌、腿肌、心脏、肺、肠、肾和脑等8种组织并提取总RNA,用Northern blot方法检测了Myostatin基因mR-NA在8种组织中的表达情况,发现其只在胸肌和腿肌中表达,而在其他几种组织中没有检测到表达信号。 展开更多
关键词 肌肉生长抑制素 5'-调控区 E框 基因表达
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牛αS1-酪蛋白基因5’-调节区的分子克隆
2
作者 杨卫民 沈孝宙 +3 位作者 孙雪茵 彭红 劳为德 陈受宜 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 1990年第2期108-111,共4页
用牛αSl-酪蛋白cDNA作探针,从牛基因组文库中筛选出一段αSl-酪蛋白基因序列。由限制内切酶图谱和Southern印迹分析可以确定其中含有完整的αSl-酪蛋白基因的5’调节区。
关键词 牛αS1-酪蛋白 基因 5'调节区 分子克隆
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水稻种子特异表达OsEm基因5'上游调控区的克隆与序列分析 被引量:10
3
作者 范晶 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期797-805,共9页
植物分子农场能以低成本大规模生产重组医药蛋白,种子是重组蛋白最理想的积累场所。为了获得分子医药种子特异表达启动子,以取材方便的地方栽培水稻为材料克隆了种子特异Os Em基因767 bp的5'端调控序列。顺式作用元件分析的结果发现... 植物分子农场能以低成本大规模生产重组医药蛋白,种子是重组蛋白最理想的积累场所。为了获得分子医药种子特异表达启动子,以取材方便的地方栽培水稻为材料克隆了种子特异Os Em基因767 bp的5'端调控序列。顺式作用元件分析的结果发现5'端调控序列含有50 bp的核心启动子区域和保守的调控元件TATA box及CAAT box,还含有脱落酸和茉莉酸甲酯等激素响应元件、光反应元件、缺氧特异诱导元件以及种子特异性元件。进一步分析发现本研究克隆的序列内部有15 bp的核苷酸缺失,它与Gen Bank收录的野生型水稻Os Em基因5'端调控序列之间的序列相似性为98.08%。上述结果揭示不同来源的Os Em基因5'端调控序列具有序列多样性,它们能够参与激素、光和逆境胁迫防御等反应,可作为植物分子农场种子特异性启动子。 展开更多
关键词 植物分子农场 种子特异 启动子 OsEm基因 5’调控序列
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VIPR-1基因5′调控区多态位点与鸡就巢性的关联分析 被引量:11
4
作者 周敏 和俊 +3 位作者 谢袖娟 沈栩 徐海平 张细权 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期343-352,共10页
本研究旨在探索血管活性肠肽I型受体(Vasoacitve intestinal peptide type I receptor,VIPR-1)基因5′调控区(-496~-1bp)多态性及其单倍型效应对鸡就巢性的影响,寻找影响肉鸡就巢性的分子标记,为降低或者剔除肉鸡就巢行为的育种研究提... 本研究旨在探索血管活性肠肽I型受体(Vasoacitve intestinal peptide type I receptor,VIPR-1)基因5′调控区(-496~-1bp)多态性及其单倍型效应对鸡就巢性的影响,寻找影响肉鸡就巢性的分子标记,为降低或者剔除肉鸡就巢行为的育种研究提供相应依据。采用测序技术对498只清远麻鸡VIPR-1基因5′调控区进行多态性检测及基因型分析,利用最小二乘均数对VIPR-1基因5′调控区的多态位点与就巢性状进行相关分析,利用PHASE软件对多态位点进行单倍型分析。结果,VIPR-1基因5′调控区存在12个多态性位点,G-359T、G-266T、A-134G、A-94G、C-72G对18~43周龄的就巢持续天数影响达到显著水平(P<0.05),A-94G位点对18~54周龄的就巢率的影响达到显著水平(P<0.05);构建的单倍型对18~54周龄的就巢持续天数的影响达到极显著水平(P<0.01)。最小二乘分析结果表明,CCTGGGAAGCAG/TTGGGGAAGCAC型个体的就巢持续天数比其它单倍型个体极显著的延长(P<0.01)。结果表明,VIPR-1基因5′调控区(-496~-1bp)可能存在影响鸡就巢行为的分子标记,CCTGGGAAGCAG/TTGGGGAAGCAC型个体对鸡就巢性具有较大的遗传效应,可作为分子标记应用于家鸡就巢行为的筛选。 展开更多
关键词 血管活性肠肽I型受体基因 5′调控区 多态位点 单倍型 就巢性
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巴西橡胶树法尼基焦磷酸合酶基因5'调控序列的克隆及功能初步鉴定 被引量:8
5
作者 郭冬 李辉亮 彭世清 《热带农业工程》 2010年第6期31-36,共6页
法尼基焦磷酸合酶是异戊二烯生物合成途径中的一个关键酶,根据NCBI数据库中巴西橡胶树法尼基焦磷酸合酶基因HbFPS序列设计引物,克隆了HbFPS起始密码子上游1066bp的5'调控序列。序列分析表明,该序列A/T含量为77.39%,含有典型的真核... 法尼基焦磷酸合酶是异戊二烯生物合成途径中的一个关键酶,根据NCBI数据库中巴西橡胶树法尼基焦磷酸合酶基因HbFPS序列设计引物,克隆了HbFPS起始密码子上游1066bp的5'调控序列。序列分析表明,该序列A/T含量为77.39%,含有典型的真核生物核心启动子区域,在该序列中发现了一些与真核生物典型的顺式调控元件相似的TATA-box、增强子元件、CAAT-box和GATA-box以及一些与激素、胁迫诱导、转录因子相关的顺式作用元件。构建了含有该序列的植物表达载体并转化烟草,对获得的转基因烟草T0代植株GUS染色发现转基因植株呈现蓝色,表明HbFPS的5'调控序列可以驱动GUS基因的表达,具有启动子的活性。 展开更多
关键词 巴西橡胶树 法尼基焦磷酸合酶 5'调控序列 顺式作用元件
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Polymorphisms in the 5 ′ regulatory region of my-ostatin gene are associated with early growth traits in Yorkshire pigs 被引量:3
6
作者 YU LingZhi1, TANG Hui1, WANG JiYing2, WU Ying2, ZOU LiLi1, JIANG YunLiang1, WU ChangXin3 & LI Ning4 1 College of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Agricultural University, Taian 271018, China 2 Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences, Jinan 250100, China +1 位作者 3 College of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Beijing 100094, China 4 State Key Laboratory for Agro-biotechnology, China Agricultural University, Beijing 100094, China. 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS 2007年第5期642-647,共6页
Myostatin is a negative regulator of skeletal muscle mass.The present studycloned the 5' regulatory region of porcine myostatin gene,screened its polymorphisms and analyzedtheir associations with early growth trai... Myostatin is a negative regulator of skeletal muscle mass.The present studycloned the 5' regulatory region of porcine myostatin gene,screened its polymorphisms and analyzedtheir associations with early growth traits in Yorkshire pigs.The results indicated that a fragmentlength polymorphism and a polymorphism concerning two nucleotide changes exist in the 5' regulatoryregion of porcine myostatin gene.At sites 435 and 447,allele A and allele B have the haplotypes ofA-G and G-A,respectively.The allelic frequency of B is 0.475 in Yorkshire pigs.No homozygous BBgenotype was detected in 9 Laiwu Black pigs.Allele B was found to have positive effect on bodyweight on day 21 (BW21) (P【0.01),body weight on day 28 (BW28) (P【0.05),body weight on day 70 (BW70)(P【0.05),average daily gain from birth to 21 d (ADG1) (P【0.01),average daily gain from birth to 28 d(ADG2) (P【0.05) and average daily gain from 21 d to 70 d (ADG3) (P【0.01),respectively.The additiveeffect of allele B on BW21,BW28,BW70,ADG1,ADG2 and ADG3 was 0.596±0.205 kg (P=0.0041),0.498±0.200kg (P=0.0136) 1.409±0.551 kg (P=0.0112),28.39±9.74 g P=0.0041),17.78±7.15 g (P=0.0136) and37.00±16.92 g (P=0.0304),respectively,whereas its effect on average daily gain from 28 d to 70 d(ADG4) was not significant (P】0.1),although BB individuals are superior in average daily gain to AAand AB. 展开更多
关键词 pig myostatin 5' regulatory region polymorphism early growth TRAIT
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紧密连接蛋白claudin-10基因5′调控区序列的生物信息学分析 被引量:4
7
作者 周雯 王青松 《海南医学院学报》 CAS 2010年第7期820-823,共4页
目的:研究紧密连接蛋白对claudin-10基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法:利用BLAST比对分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件Neural NetworkPromoter Prediction、PROMOTERSCAN和PROMOTER2.0分析cl... 目的:研究紧密连接蛋白对claudin-10基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法:利用BLAST比对分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件Neural NetworkPromoter Prediction、PROMOTERSCAN和PROMOTER2.0分析claudin-10基因5′调控区序列中启动子;利用在线分析软件EMBOSS和CpGIsland Searcher分析claudin-10基因5′调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH分析claudin-10基因5′调控区序列中潜在的转录因子结合位点。结果:claudin-10基因5′调控区序列中存在1个CAAT-box和3个GC-box,没有TATA-box;claudin-10基因可能存在4个启动子位点;CpG岛为444bp区间(1700bp-2143bp)或834bp区间(1367bp-2200bp);评分在85分以上时,该区域具有159个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上时,该区域具有48个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上时,该区域具有9个潜在的转录因子结合位点。结论:通过生物信息学的方法对于claudin-10基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测,对于科研具有十分重要的指导意义,但最终的结论还需要实验来证实。 展开更多
关键词 紧密连接蛋白 claudin-10 5′调控区 生物信息学
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毛果杨WND1B基因启动子的克隆与缺失初步分析 被引量:3
8
作者 黄婷 徐刚标 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期164-169,共6页
毛果杨Populus trichocarpa WND1B基因是拟南芥纤维细胞次生壁加厚中关键性调控因子SND1的同源基因。根据其序列进行BLAST分析,设计引物,用PCR方法克隆了WND1B起始密码子上游约2100 bp的5’调控序列。序列分析表明,该序列含典型的真核... 毛果杨Populus trichocarpa WND1B基因是拟南芥纤维细胞次生壁加厚中关键性调控因子SND1的同源基因。根据其序列进行BLAST分析,设计引物,用PCR方法克隆了WND1B起始密码子上游约2100 bp的5’调控序列。序列分析表明,该序列含典型的真核生物核心启动子区域,一些与真核生物典型的顺式调控元件相似的TATA-box、增强子元件、CAAT-box、GATA-box也存在于其中,此外还发现了一些与激素、低温胁迫诱导相关的顺式作用元件。分别设计引物,获得WND1B启动子的缺失序列。构建其表达载体pCAMBIA1301POG-1BP/1BP-F2/1BP-F3/1BP-F4-GUS,并进行瞬时表达分析。GUS染色表明,PtrWND1BP/1BP-F3/1BP-F4序列具GUS活性,PtrWND1BP-F2序列不具有。这说明PtrWND1B 5’非编码区影响其启动子活性。 展开更多
关键词 启动子 5’调控序列 克隆 生物信息学
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人Mcl-1基因启动子区结合蛋白的生物信息学分析 被引量:3
9
作者 杜冠魁 骆凯丽 +6 位作者 庞驰 郭杨 恽枫林 柳红琴 文茂羽 张雪子 肖曼 《吉林医学》 CAS 2016年第12期2865-2867,共3页
目的:对人Mcl-1基因启动子区结合蛋白进行生物信息学分析。方法:从Gene Bank数据库中获取人Mcl-1基因5'调控区,使用在线软件JASPAR对该序列可能存在的转录因子结合位点进行预测。结果:Relative profile score threshold在85%、90%、... 目的:对人Mcl-1基因启动子区结合蛋白进行生物信息学分析。方法:从Gene Bank数据库中获取人Mcl-1基因5'调控区,使用在线软件JASPAR对该序列可能存在的转录因子结合位点进行预测。结果:Relative profile score threshold在85%、90%、95%和100%时,该序列存在1700、1147、368和32个可能的转录因子结合位点,包含Arid3a,Atoh1,ETV6,Gata1,GATA3,KLF5,LMX1A,LMX1B,MZF1,Prrx2,SPI1,TBX4,USF1,YY1,ZEB1等。结论:人Mcl-1基因5'调控区存在多种转录因子的结合位点,这些转录因子大多与肿瘤发生,红细胞生成及神经发育等有关。 展开更多
关键词 人Mcl-1基因 启动子5'调控区 转录因子结合位点
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巴西橡胶树HbCOI1基因5′调控序列的克隆及分析 被引量:1
10
作者 徐靖 李辉亮 +1 位作者 田维敏 彭世清 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期23-27,共5页
利用GenomeWalker方法获得了巴西橡胶树HbCOI1的5’调控序列。通过分析表明,在该序列中除了含有真核生物典型的核心启动子区域(879-928bp,TATAbox存在于886bp)外,一些与真核生物顺式调控元件相似的序列也存在其中,如在63、85和60... 利用GenomeWalker方法获得了巴西橡胶树HbCOI1的5’调控序列。通过分析表明,在该序列中除了含有真核生物典型的核心启动子区域(879-928bp,TATAbox存在于886bp)外,一些与真核生物顺式调控元件相似的序列也存在其中,如在63、85和604bp等处具有CAAT序列;在212、385和427bp处有5’UTRPy-riehstretch元件;在96bp处有1个与茉莉酸应答相关的元件TGACG;在43bp处存在1个与水杨酸应答相关的TCA—element;在145bp处存在1个与抗性和胁迫应答相关的TC丰富重复序列。此外,在626、745、834和864bp处分别有ACGTT—box、GATA—box、ARRlAT和bbox等顺式作用元件。 展开更多
关键词 巴西橡胶树 HbCOI1 5’调控序列 克隆 顺式作用元件
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褪黑激素受体MTNR1B5′调控区多态及其与鸡产蛋性状的关联分析 被引量:2
11
作者 赵雪丹 王慧 +5 位作者 康丽 宋倩 温杰锋 贾美婷 张秀梅 唐辉 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期1855-1860,共6页
为研究褪黑激素受体基因MTNR1B对鸡产蛋性状的影响,本试验用直接测序法检测了434只寿光鸡MTNR1B5′调控区的SNPs,并与寿光鸡的产蛋性状进行关联分析。结果发现,在5′调控区有13个SNPs位点,9个位点中度多态,4个位点低度多态,所有位点处... 为研究褪黑激素受体基因MTNR1B对鸡产蛋性状的影响,本试验用直接测序法检测了434只寿光鸡MTNR1B5′调控区的SNPs,并与寿光鸡的产蛋性状进行关联分析。结果发现,在5′调控区有13个SNPs位点,9个位点中度多态,4个位点低度多态,所有位点处于哈代温伯格平衡状态。-836位点(C→T),-778位点(G→A)和-629位点(G→A)完全连锁,群体中有CGA和TAG 2种单倍型。CGA使产蛋数增加,在前、中、后期和总产蛋数上,加性效应值分别为1.0、2.5、1.4和4.9枚。在中期、后期和总产蛋数上2种单倍型存在正向互作效应,显性效应分别达到了2.7、2.3和5.6枚。构建的包含TAG、CGA和TGG 3种单倍型启动活性试验表明,-778位点突变是单倍型效应差异的关键。综上所述,MTNR1B的5′调控区有丰富的SNPs位点,-836、-778和-629位点SNPs及单倍型对寿光鸡的产蛋量有显著影响,可作为寿光鸡产蛋量辅助选择的具有潜在应用价值的分子遗传标记。 展开更多
关键词 MTNR1B 5′调控区 SNPS 产蛋性状
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巴西橡胶树小橡胶粒子蛋白基因5'调控序列的克隆及功能初步鉴定 被引量:1
12
作者 郭冬 李辉亮 彭世清 《热带农业工程》 2010年第6期37-42,共6页
在橡胶树中小橡胶粒子蛋白是催化和调控天然橡胶生物合成的重要蛋白因子。根据小橡胶粒子蛋白基因(HbSRPP)的mRNA序列(GenBank登陆号:AF051317)设计引物,利用Genome Walking方法克隆了HbSRPP起始密码子上游1159bp的5′调控序列。序列分... 在橡胶树中小橡胶粒子蛋白是催化和调控天然橡胶生物合成的重要蛋白因子。根据小橡胶粒子蛋白基因(HbSRPP)的mRNA序列(GenBank登陆号:AF051317)设计引物,利用Genome Walking方法克隆了HbSRPP起始密码子上游1159bp的5′调控序列。序列分析表明,该序列A/T含量为68.25%,含有典型的真核生物核心启动子区域(-141bp-99bp),一些与真核生物典型的顺式调控元件相似的TATA-box、增强子元件、CAAT-box、GATA-box也存在序列中,此外还发现一些与激素、转录因子、光调节和胁迫诱导相关的顺式作用元件。构建了含有该序列的植物表达载体并转化烟草,通过PCR和GUS染色对转化植株进行了鉴定。对获得的转基因烟草T0代植株GUS染色发现,在转基因植株的茎、叶和根呈现蓝色,表明HbSRPP的5′调控序列可以启动GUS基因的表达,具有启动子的活性。 展开更多
关键词 巴西橡胶树 小橡胶粒子蛋白 5′调控序列 顺式作用元件
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紧密连接蛋白claudin-8基因5'调控区序列的生物信息学分析 被引量:1
13
作者 周雯 蔡望伟 +1 位作者 周代锋 王青松 《滨州医学院学报》 2012年第6期415-418,共4页
目的研究紧密连接蛋白claudin-8基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法利用BLAST比对获得claudin-8基因5'调控区序列;利用模序识别分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件NeuralNetwork Promoter Pr... 目的研究紧密连接蛋白claudin-8基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法利用BLAST比对获得claudin-8基因5'调控区序列;利用模序识别分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件NeuralNetwork Promoter Prediction和PROMOTER 2.0分析claudin-8基因5'调控区序列中启动子;利用在线分析软件EMBOSS和CpGIsland Searcher分析claudin-8基因5'调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH分析claudin-8基因5'调控区序列中潜在的转录因子结合位点。结果 claudin-8基因5'调控区序列中存在2个CAAT-box,无TATA-box和GC-box;clau-din-8基因可能存在6个启动子位点;CpG岛为148 bp(379 bp-526 bp)、64 bp(1662 bp-1725 bp)、319 bp(296 bp-614 bp)。结果显示评分在85分以上(Score Threshold:85.0)时,该区域具有498个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上(ScoreThreshold:90.0)时,该区域具有221个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上(Score Threshold:95.0)时,该区域具有98个潜在的转录因子结合位点;评分在100分(Score Threshold:99.0)时,该区域具有37个潜在的转录因子结合位点。结论通过生物信息学的方法对于claudin-8基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测,对于科研具有十分重要的指导意义。 展开更多
关键词 紧密连接蛋白 claudin-8 5’调控区 生物信息学
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褪黑激素受体MTNR1B5′调控区多态性及其与鸡产蛋性状的关联分析 被引量:1
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作者 赵雪丹 王慧 +5 位作者 康丽 宋倩 温杰锋 贾美婷 张秀梅 唐辉 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期330-334,339,共6页
用直接测序法检测了434只寿光鸡MTNR1B 5'调控区的SNPs,并与寿光鸡的产蛋性状进行关联分析。结果发现,在5'调控区有13个SNPs位点,9个位点中度多态,4个位点低度多态,所有位点处于哈代温伯格平衡状态。-836位点(C→T),-778位点(G... 用直接测序法检测了434只寿光鸡MTNR1B 5'调控区的SNPs,并与寿光鸡的产蛋性状进行关联分析。结果发现,在5'调控区有13个SNPs位点,9个位点中度多态,4个位点低度多态,所有位点处于哈代温伯格平衡状态。-836位点(C→T),-778位点(G→A)和-629位点(G→A)完全连锁,群体中有CGA和TAG两种单倍型。CGA使产蛋数增加,在前期、中期、后期和总产蛋数上,加性效应值分别为1.0,2.5,1.4,4.9枚。在中期、后期和总产蛋数上2种单倍型存在正向互作效应,显性效应分别达到了2.7,2.3,5.6枚。构建的包含TAG、CGA和TGG 3种单倍型启动活性试验表明,-778位点突变是单倍型效应差异的关键。综上所述,MTNR1B的5'调控区有丰富的SNPs位点,-836、-778和-629位点SNPs及单倍型对寿光鸡的产蛋量有显著影响,可作为寿光鸡产蛋量辅助选择的具有潜在应用价值的分子遗传标记。 展开更多
关键词 MTNR1B 5’调控区 SNPS 产蛋性状
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京海黄鸡白介素8基因5′调控区单核苷酸多态性及其与柔嫩艾美耳球虫抗性指标的关联性 被引量:1
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作者 王晓慧 于海亮 +7 位作者 邹文斌 糜长浩 戴国俊 张涛 张跟喜 谢恺舟 王金玉 施会强 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期1262-1269,共8页
【目的】研究白介素8(IL-8)基因5′调控区单核苷酸突变对鸡柔嫩艾美耳球虫(E. tenella)抗性指标的影响。【方法】本试验利用DNA直接测序技术,检测京海黄鸡IL-8基因5′调控区单核苷酸多态性(SNPs),并对5′调控区的SNPs突变前后的转录因... 【目的】研究白介素8(IL-8)基因5′调控区单核苷酸突变对鸡柔嫩艾美耳球虫(E. tenella)抗性指标的影响。【方法】本试验利用DNA直接测序技术,检测京海黄鸡IL-8基因5′调控区单核苷酸多态性(SNPs),并对5′调控区的SNPs突变前后的转录因子进行预测,然后分析SNPs与柔嫩艾美耳球虫抗性指标的关联性。【结果】测序结果表明:IL-8基因5′调控区共检测到3个突变位点(T-550C、G-398T和T-360C),均形成了3种基因型,杂合度在0.436~0.471,PIC值在0.25~0.50,均属于中度多态,且3个突变位点均处于哈代-温伯格平衡状态。生物信息学分析表明:3个突变位点均改变了其原有的转录因子结合位点。关联分析显示:T-550C突变位点的TC型个体的IL-8表达量与TT型差异显著,TC型GSH-PX、CAT、IL-2、IL-6、IFN-γ指标均高于其他2种基因型,但差异不显著。G-398T突变位点的TT型个体SOD活性和GT型个体CAT活性均显著高于GG型;TT型个体NO含量与GG型差异极显著,与GT型差异显著;TT型IL-2表达量显著高于GT型。T-360C突变位点的TT型和TC型个体SOD活性与CC型差异极显著或差异显著;TT型和TC型个体的NO含量均显著高于CC型;TT型个体的IL-2、IL-8表达量均显著高于CC型。【结论】G-398T和T-360C突变位点的TT型个体球虫抗性优于其他基因型个体,T-550C突变位点的杂合型个体球虫抗性优于纯合型个体,表明IL-8基因5′调控区的突变对球虫抗性指标有显著的调控作用,可作为球虫病抗性鸡新品种或新品系的育种参考依据。 展开更多
关键词 京海黄鸡 柔嫩艾美耳球虫 白介素8基因 5′调控区SNPs 抗性指标
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人Sirt6基因启动子区结合蛋白的生物信息学分析
16
作者 颜冬菁 王青松 +1 位作者 蔡望伟 唐敏 《生物技术世界》 2015年第6期5-6,共2页
目的:对人Sirt6基因启动子区结合蛋白进行生物信息学分析。方法:从Gene Bank数据库中获取人Sirt6基因5’调控区,使用在线软件JASPAR对该序列可能存在的转录因子结合位点进行预测。结果:Relative profile score threshold在85%、90%、95%... 目的:对人Sirt6基因启动子区结合蛋白进行生物信息学分析。方法:从Gene Bank数据库中获取人Sirt6基因5’调控区,使用在线软件JASPAR对该序列可能存在的转录因子结合位点进行预测。结果:Relative profile score threshold在85%、90%、95%和100%时,该序列存在939、276、70和9个可能的转录因子结合位点,包含Ahr、SPIB、Pdx1、Prrx2、MZF1、Mafb和KLF5等。结论:人Sirt6基因5’调控区存在多种转录因子的结合位点,这些转录因子大多与免疫系统调节、肿瘤发生和代谢调节等有关。 展开更多
关键词 人Sirt6基因 启动子5’调控区 转录因子结合位点
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青海牦牛与云南牦牛乳球蛋白基因5′调控区核苷酸序列同源性比较
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作者 刘建忠 周丽芳 +3 位作者 朱艳君 田为宇 敖敬 马季骅 《武汉科技大学学报》 CAS 2006年第4期419-421,共3页
利用一对PCR引物,寡聚核苷酸序列的上游引物为5-′gCg,AAT,TCA,TCC,CAC,gTg,CCT,gC-3;′下游引物为5-′gAg,AAT,TCC,Tgg,ggA,ggg,ACC,TT-3′。经68℃退火及30轮循环的PCR程序后,分别克隆来自我国青海和云南地区牦牛的乳球蛋白基因的5′... 利用一对PCR引物,寡聚核苷酸序列的上游引物为5-′gCg,AAT,TCA,TCC,CAC,gTg,CCT,gC-3;′下游引物为5-′gAg,AAT,TCC,Tgg,ggA,ggg,ACC,TT-3′。经68℃退火及30轮循环的PCR程序后,分别克隆来自我国青海和云南地区牦牛的乳球蛋白基因的5′调控区1 447 bp的DNA片段。将该片段从琼脂糖凝胶中回收,克隆在pMD18-T Vector后进行序列测定。序列分析结果表明,青海牦牛该序列的核苷酸序列与文献报道的奶牛该基因的同源性为97.65%,云南牦牛该序列的核苷酸序列与奶牛该基因的同源性为96.8%,青海牦牛与云南牦牛该基因片段的核苷酸序列同源性为99.4%。 展开更多
关键词 牦牛 乳球蛋白基因 5’调控区 同源性
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牙鲆IGF-IR基因5′调控区的克隆及功能初步分析
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作者 张俊玲 施志仪 +2 位作者 程琦 陈晓武 王晓竹 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期572-576,共5页
胰岛素样生长因子-I受体(Insulin-like growth factorIreceptor,IGF-IR)是一种跨膜的酪氨酸激酶受体蛋白,是IGF-I生物功能的关键调节因子之一。当配体IGF-I与其结合时激活酪氨酸激酶活性,从而引起大多数细胞的促有丝分裂和抑制凋... 胰岛素样生长因子-I受体(Insulin-like growth factorIreceptor,IGF-IR)是一种跨膜的酪氨酸激酶受体蛋白,是IGF-I生物功能的关键调节因子之一。当配体IGF-I与其结合时激活酪氨酸激酶活性,从而引起大多数细胞的促有丝分裂和抑制凋亡效应,在细胞的正常生长和分化中起至关重要的作用。在生物体内,IGF-IR基因的表达受到多层次的调控,其中以转录水平的调控为主。 展开更多
关键词 牙鲆 IGF-IR 5’调控区
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紧密连接蛋白claudin-14基因5'调控区序列的生物信息学分析
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作者 周雯 蔡望伟 +1 位作者 周代锋 王青松 《新乡医学院学报》 CAS 2013年第1期20-23,共4页
目的研究紧密连接蛋白claudin-14基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法利用局部序列比对基本检索工具(BLAST)比对获得claudin-14基因5'调控区序列;利用模序识别分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析... 目的研究紧密连接蛋白claudin-14基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法利用局部序列比对基本检索工具(BLAST)比对获得claudin-14基因5'调控区序列;利用模序识别分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件Neural Network Promoter Prediction和PROMOTER 2.0分析claudin-14基因5'调控区序列中启动子;利用在线分析软件EMBOSS和CpG Island Searcher分析claudin-14基因5'调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH分析claudin-14基因5'调控区序列中潜在的转录因子结合位点。结果 Claudin-14基因5'调控区序列中存在1个CAAT-box、1个TATA-box和1个GC-box;claudin-14基因可能存在5个启动子位点;CpG岛位于62 bp区间(229~290 bp)、99 bp区间(417~515 bp)、76 bp区间(523~598 bp)、89 bp区间(836~924 bp)、69 bp区间(1 216~1 284 bp)和194 bp区间(1 235~1 428 bp)。评分在85分以上时,该区域有432个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上时,该区域有156个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上时,该区域有66个潜在的转录因子结合位点;评分在100分时,该区域有24个潜在的转录因子结合位点。结论 Claudin-14基因可能存在不同的转录起始位点;claudin-14基因的转录受DNA甲基化和多种转录因子的调控。 展开更多
关键词 紧密连接蛋白 claudin-14 5’调控区 生物信息学
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人Daintain基因5'调控区序列的生物信息学分析
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作者 颜冬菁 王青松 +3 位作者 唐敏 王咸寿 冯秋芳 陈正望 《现代生物医学进展》 CAS 2015年第21期4178-4181,共4页
目的:探讨人Daintain基因5’调控区的序列特征。方法:利用在线软件BLAST、Neural Network Promoter Prediction、Promoter2.0、Promoter SCAN、EMBOSS、CpG Island Searcher和TFSEARCH预测人Daintain基因启动子区域、CpG岛分布和转... 目的:探讨人Daintain基因5’调控区的序列特征。方法:利用在线软件BLAST、Neural Network Promoter Prediction、Promoter2.0、Promoter SCAN、EMBOSS、CpG Island Searcher和TFSEARCH预测人Daintain基因启动子区域、CpG岛分布和转录因子结合位点。结果:人Daintain基因5’调控区存在1个CAAT盒。Daintain基因可能存在6个启动子位点,CpG岛可能位于216bp区间(23~238bp)。评分85分以上时,该序列存在251个可能的转录因子结合位点;评分90分以上时,该序列存在70个可能的转录因子结合位点;评分95分以上时,该序列存在16个可能的转录因子结合位点;评分100分以上时,该序列存在7个可能的转录因子结合位点;这些结合的转录因子基本是与免疫细胞增殖或性别发生有关。结论:人Daintain基因5’调控区的生物信息学研究表明其转录受甲基化和多种转录因子的调控,为研究Daintain基因启动子的功能提供理论基础。 展开更多
关键词 人Daintain基因 5’调控区 启动子 CPG岛 转录因子结合位点
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