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鸭肝炎病毒基因组3′末端序列的克隆和分析 被引量:73
1
作者 丁春宇 张大丙 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期312-319,共8页
用3′RACE和RT-PCR扩增并克隆鸭肝炎病毒(Duck hepatitis virus,DHV)Ⅰ型毒株C80和Ⅰ型变异株E63的3′末端序列。分析结果显示,C80株和E63株基因组3′末端均包含1 359 nt的3D、终止密码子TGA、长314nt的3′UTR,而poly(A)尾分别含18... 用3′RACE和RT-PCR扩增并克隆鸭肝炎病毒(Duck hepatitis virus,DHV)Ⅰ型毒株C80和Ⅰ型变异株E63的3′末端序列。分析结果显示,C80株和E63株基因组3′末端均包含1 359 nt的3D、终止密码子TGA、长314nt的3′UTR,而poly(A)尾分别含18个A和19个A。由2株DHV 3D核苷酸序列所推导的3D蛋白均含453个氨基酸,均包含KDELR、DxxxxD、GxxCSGxxxTxxxNS、YGDD和FLKR等小RNA病毒RNA聚合酶的特征基序,该结果进一步证实Ⅰ型DHV属于小RNA病毒科的成员。两株DHV与小RNA病毒科9个已知属之间3D蛋白的氨基酸序列同源性为16%-37%,介于属间3D蛋白的氨基酸序列同源性范围(18%-60%)之内;此外,Ⅰ型DHV的3′UTR在小RNA病毒科是最长的。用3D蛋白进行进化分析的结果表明,Ⅰ型DHV可能属于小RNA病毒科的一个独立的病毒属。 展开更多
关键词 鸭肝炎病毒 3D基因 3′UTR POLY(A) 3′race
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棉花类LRR抗病蛋白(GhLRR-RL)基因的克隆及表达分析 被引量:14
2
作者 肖月华 罗明 +3 位作者 侯磊 罗克明 罗小英 裴炎 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第7期653-658,T001-T002,共8页
从棉花胚珠的cDNA AFLP片段中 ,选取一个与拟南芥类LRR抗病蛋白 (LRR RL)序列相似的片段 ,用RACE方法延伸其 3′和 5′未知序列 ,得到一个棉花类LRR抗病蛋白的全长cDNA序列 (GenBank登录号 :AY0 4 0 5 32 )。该cDNA长 12 5 9bp ,包含一... 从棉花胚珠的cDNA AFLP片段中 ,选取一个与拟南芥类LRR抗病蛋白 (LRR RL)序列相似的片段 ,用RACE方法延伸其 3′和 5′未知序列 ,得到一个棉花类LRR抗病蛋白的全长cDNA序列 (GenBank登录号 :AY0 4 0 5 32 )。该cDNA长 12 5 9bp ,包含一个 987bp的开放阅读框 ,具有Poly(A)加尾信号。推测的蛋白质包含 32 8个氨基酸 ,其中大部分是LRR区 ,其序列符合膜外LRR的共有序列LXXLXXLXXLXLXXNXGXIPXX。序列和结构比较分析表明 :该棉花LRR RL蛋白与拟南芥的两个类LRR抗病蛋白高度同源 ,而与植物的其他LRR蛋白结构不同 ,推测LRR RL蛋白属于一类新的LRR蛋白。斑点杂交和 3′RACE扩增表明 ,棉花LRR RL基因具有组成性表达的特点。 展开更多
关键词 棉花 LRR蛋白 LRR-RL蛋白 3′race 5′race
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一个新的水稻MADS-box基因的克隆及表达分析 被引量:4
3
作者 贾红武 罗达 +4 位作者 丛斌 高之桢 邵坚寅 曹凯鸣 孙崇荣 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 2000年第5期490-495,共6页
根据MADS_box基因保守区结构 ,设计简并性引物 ,利用 3′RACE从水稻 (OryzasativaL .)中克隆了 1个新的水稻MADS_box基因的cDNA片段 ,同时利用 5′RACE获得了全长cDNA ,命名为FDRMADS8。序列分析表明 ,该cDNA全长 140 6bp ,开放阅读框... 根据MADS_box基因保守区结构 ,设计简并性引物 ,利用 3′RACE从水稻 (OryzasativaL .)中克隆了 1个新的水稻MADS_box基因的cDNA片段 ,同时利用 5′RACE获得了全长cDNA ,命名为FDRMADS8。序列分析表明 ,该cDNA全长 140 6bp ,开放阅读框共编码 2 33个氨基酸 ,具有典型的植物MADS_box基因的结构。推测的氨基酸序列与拟南芥的MADS_box基因AGL14同源性为 5 0 %。应用RT PCR表达分析表明 ,FDRMADS8在根、叶和花中均有表达 ,但在根和叶中表达较低。利用RNA原位杂交对其时空表达模式研究表明 :在花发育早期 ,FDRMADS8在苞片、苞毛和花序茎中有大量表达 ,但在顶端分生组织中表达量较少 ;在花发育后期 ,FDRMADS8在颖片以及花序茎中有明显表达 ,而在外稃、内稃、浆片、雄蕊和心皮原基中表达均不明显。在根中 ,FDRMADS8在伸长区和根毛区的皮层中有大量表达 ,在根冠、根尖分生区和根毛区的中柱鞘细胞中却无明显表达。结果表明水稻MADS_box基因的功能并不限于控制花发育。 展开更多
关键词 水稻 MADS-BOX基因 基因克隆 基因表达
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家兔BMP7基因的克隆及其生物信息学分析 被引量:6
4
作者 李明 赵巧辉 +2 位作者 陈其新 刘孟洲 石晓卫 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期885-892,共8页
在对已知部分编码序列(CDS)进行分析的基础上,采用RT-PCR分步扩增以及RACE方法,对家兔BMP7基因3′和5′末端未知序列进行了克隆与生物信息学分析。测序结果综合分析表明,所获序列共计1654bp,包括家兔BMP7近全长前肽、全长成熟肽CDS及3... 在对已知部分编码序列(CDS)进行分析的基础上,采用RT-PCR分步扩增以及RACE方法,对家兔BMP7基因3′和5′末端未知序列进行了克隆与生物信息学分析。测序结果综合分析表明,所获序列共计1654bp,包括家兔BMP7近全长前肽、全长成熟肽CDS及3′非翻译序列(3′UTR),将已有的序列向5′和3′端分别延伸了395bp和628bp。序列对比表明,克隆的家兔BMP7 CDS部分与人、小鼠的对应序列的同源性分别为91.89%和89.32%,预测的氨基酸序列同源性分别为96.51%和96.01%。家兔BMP7 3′UTR长446bp,与人、小鼠对应序列同源性分别为57.38%和45.57%;具有2个转录终止信号位点。推测家兔BMP7成熟蛋白有BMPs特有的7个位置固定的半胱氨酸残基和TGF-β家族指纹。家兔BMP7 3′UTR区转录终止信号的可选择性可能与基因转录后调控有关。 展开更多
关键词 家兔 BMP7 3′ 非翻译序列 克隆 3′race 生物信息学分析
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Cloning and Expression of a Profilin Gene from Rapeseed 被引量:4
5
作者 叶秋 李旭锋 +3 位作者 徐莺 王劲 林娟 陈放 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 2001年第7期727-730,共4页
Profilin has recently been identified as an actin-binding protein in higher plants. A cDNA clone (designated Repro) encoding profilin gene was isolated from rapeseed ( Brassica napus L. cv. canadian Tween) using RT-PC... Profilin has recently been identified as an actin-binding protein in higher plants. A cDNA clone (designated Repro) encoding profilin gene was isolated from rapeseed ( Brassica napus L. cv. canadian Tween) using RT-PCR technique. Sequence analysis showed 82% similarity to Zea mays L. ZmPro3, 85% to Arabidopsis AthPRF1, 82% to Nicotiana tabacum L. NTPRO, 81% to Oryza sativa L. profilin A. A new full-length cDNA was obtained by 5'-RACE and 3'-RACE techniques. Sequence analysis showed that the size of full-length cDNA is 672 bp which contains a major open reading frame of 134 amino, acids, 5' and 3' untranslated regions and a long Poly (A) tail. Northern blot analysis showed that the profilin gene is a pollen and anther specific gene. 展开更多
关键词 profilin gene 3 '-race 5 '-race rapeseed pollen RT-PCR
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中国驯鹿生长素(ghrelin)全长cDNA的克隆及序列分析 被引量:6
6
作者 杨银凤 余兴邦 +3 位作者 王冠玉 都格尔斯仁 包花尔 徐斯日古楞 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期1647-1652,共6页
采用cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE),在本课题组已获得的驯鹿ghrelin cDNA的部分片段的基础上进行3′和5′RACE。结果成功克隆出驯鹿ghrelin cDNA的3′和5′末端序列,从而得到604bp的驯鹿ghrelin cDNA全... 采用cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE),在本课题组已获得的驯鹿ghrelin cDNA的部分片段的基础上进行3′和5′RACE。结果成功克隆出驯鹿ghrelin cDNA的3′和5′末端序列,从而得到604bp的驯鹿ghrelin cDNA全序列,其中包含57bp 5′非翻译区(UTR)、405bp的开放读码框(ORF)、128bp的3′UTR和poly(A)14。405bp的ORF编码134个氨基酸残基的前原ghrelin(preproghrelin),其中包含41个氨基酸残基的N末端信号肽,27个氨基酸残基的成熟肽及66个氨基酸残基的C末端肽。序列同源性比较显示驯鹿ghrelin cDNA与山羊、绵羊和牛的同源性分别是92.0%、90.8%和89.5%;与猪和人的同源性分别是69.5%和65.2%;与鸡的同源性仅为33.8%。表明ghrelin的结构具有明显的种属特异性。驯鹿Ghrelin cDNA全序列的获得为进一步研究其生理作用奠定了基础。 展开更多
关键词 5′race 3′race GHRELIN 驯鹿 cDNA
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无核荔枝花发育相关MADS-box基因的克隆及结构分析 被引量:7
7
作者 禤维言 李明芳 郑学勤 《生物技术》 CAS CSCD 2005年第3期6-9,共4页
目的:克隆与无核荔枝花发育相关的MADS-box基因。方法:根据多种植物的MADS-box保守区及其C-端序列设计一对简并性引物,利用RT-PCR及3’-RACE的方法分离目的基因。结果:经同源分析,所克隆到的基因的cDNA序列包含有完整的MADS-box保守区... 目的:克隆与无核荔枝花发育相关的MADS-box基因。方法:根据多种植物的MADS-box保守区及其C-端序列设计一对简并性引物,利用RT-PCR及3’-RACE的方法分离目的基因。结果:经同源分析,所克隆到的基因的cDNA序列包含有完整的MADS-box保守区与半保守的K区,是典型的MADS-box家族基因,命名为LMADS1。结论:成功地克隆到一个与无核荔枝花发育相关的MADS-box基因,以便进一步研究其对无核荔枝花发育的调控作用。 展开更多
关键词 无核荔枝 花发育 MADS-BOX基因 RT-PCR 3′-race
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中华卵索线虫tra-1基因cDNA片段的克隆及实时定量表达分析 被引量:6
8
作者 贺俊飞 王伟娜 +2 位作者 周青春 刘绪生 王国秀 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期324-328,共5页
利用RT-PCR和3′-RACE,从中华卵索线虫Ovomermis sinensis中获得tra-1基因cDNA部分序列,该序列长800bp,共编码195个氨基酸,与GLI转录因子家族其它成员在锌指区域具有较高的相似性(70%~77%)。实时荧光定量检测显示:雌成虫tra-1相对表达... 利用RT-PCR和3′-RACE,从中华卵索线虫Ovomermis sinensis中获得tra-1基因cDNA部分序列,该序列长800bp,共编码195个氨基酸,与GLI转录因子家族其它成员在锌指区域具有较高的相似性(70%~77%)。实时荧光定量检测显示:雌成虫tra-1相对表达量最高,与其它虫期差异极显著(P<0.01),在怀卵雌虫和胚胎发育期卵中,tra-1相对表达量明显下降,但仍显著高于其它试验组(P<0.05);其它试验组,即感染期幼虫、1~6天寄生期幼虫、寄生后期幼虫与雄成虫之间表达量无明显差异(P>0.05)。线虫在宿主体内不同的感染强度(40/1与10/1)对tra-1基因转录活性无显著影响(P>0.05)。表明tra-1基因参与调控中华卵索线虫雌性生殖系统的发育、卵的形成以及胚胎的发育。 展开更多
关键词 昆虫病原线虫 索科 tra—1基因 3′-race 实时荧光定量PCR
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桑泛素延伸蛋白基因片段的克隆及序列分析 被引量:4
9
作者 王利芬 陈正凯 陆小平 《生物技术》 CAS CSCD 2007年第4期6-10,共5页
目的:利用3’RACE技术克隆植物泛素基因,是进一步研究其功能的基础。方法:本研究从桑树(丰驰桑)(Morus bomby-cis)幼叶中提取总RNA,反转录成cDNA,根据已报道的泛素基因序列设计1条正向引物,利用3’RACE(Rapid Amplification of cDNAEnd... 目的:利用3’RACE技术克隆植物泛素基因,是进一步研究其功能的基础。方法:本研究从桑树(丰驰桑)(Morus bomby-cis)幼叶中提取总RNA,反转录成cDNA,根据已报道的泛素基因序列设计1条正向引物,利用3’RACE(Rapid Amplification of cDNAEnd)技术进行扩增。结果:扩增出1条690 bp的泛素基因片段。该片段5’端为编码156个氨基酸残基的阅读框,3’末端有219bp的非翻译区。结论:同源分析表明,此cDNA序列为泛素延伸蛋白基因(Genebank登录号为DQ839403)。用Genedoc软件对该片段编码的氨基酸序列进行同源性分析的结果表明:桑树泛素延伸蛋白与马铃薯、烟草、陆地棉、黄瓜的泛素延伸蛋白以及苜蓿的核糖体S27A蛋白的同源性都在96%以上。 展开更多
关键词 桑树 3’race 泛素延伸蛋白基因 序列分析
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大麦黄矮病毒GPV株系基因组末端序列的克隆和分析 被引量:1
10
作者 张文蔚 成卓敏 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 2009年第1期102-107,共6页
利用5′RACE、3′RACE和RT-PCR完成了大麦黄矮病毒GPV株系5′和3′末端序列的克隆和分析。分析结果显示,GPV株系5′末端长302 nt,包含起始密码子ATG和长100 nt的5′UTR。与马铃薯卷叶病毒属其他病毒比较,5′UTR的长度差异大且不保守。3... 利用5′RACE、3′RACE和RT-PCR完成了大麦黄矮病毒GPV株系5′和3′末端序列的克隆和分析。分析结果显示,GPV株系5′末端长302 nt,包含起始密码子ATG和长100 nt的5′UTR。与马铃薯卷叶病毒属其他病毒比较,5′UTR的长度差异大且不保守。3′末端长328 nt,包含终止密码子TGA和长93 nt的3′UTR。比RPV3′UTR短74 nt,同源性为40%,但末端较为保守,与RPV3′UTR末端序列同源性达84.34%。 展开更多
关键词 大麦黄矮病毒GPV株系 5′race 3′race 5′UTR 3′UTR
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褐飞虱Nilaparvata lugens(S"非汉字符号"l)肌动蛋白基因3′-RACE及基因表达的RT-PCR检测 被引量:3
11
作者 刘美德 洪晓月 +1 位作者 杜建光 程遐年 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第3期49-51,共3页
通过锚定的 3′ RACE筛选实验 ,确定锚定效率最好的下游引物 ,用于褐飞虱各发育期肌动蛋白基因表达的RT PCR检测。结果表明 :3个锚定引物中 ,0 4 2 2 7( 5′ >TCACACAGGAAACAGCTATGACTTTTTTTTTTTTTTA <3′)的锚定效率最好 ,可以... 通过锚定的 3′ RACE筛选实验 ,确定锚定效率最好的下游引物 ,用于褐飞虱各发育期肌动蛋白基因表达的RT PCR检测。结果表明 :3个锚定引物中 ,0 4 2 2 7( 5′ >TCACACAGGAAACAGCTATGACTTTTTTTTTTTTTTA <3′)的锚定效率最好 ,可以扩增出 5条褐飞虱的肌动蛋白基因 3′末端片段 ,依其大小命名为BPH A、BPH B、BPH C、BPH D、BPH E。RT PCR检测表明 :BPH A从 3龄开始到成虫期都有常量表达 ;BPH B、BPH C、BPH E从 2龄开始到成虫期都有表达 ;BPH D在整个幼虫期都有表达 。 展开更多
关键词 褐飞虱 肌动蛋白基因 3′-race基因 基因表达 RT-PCR检测 翅型分化
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鼻咽癌细胞系CNE2中NPCEDRG基因mRNA剪接变异体分析 被引量:2
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作者 侯德富 关勇军 +5 位作者 关瑞 万恂恂 李国庆 欧阳咏梅 余艳辉 陈主初 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期841-850,共10页
NPCEDRG基因是采用基因定位候选克隆策略获得的1个鼻咽癌候选抑瘤基因.NPCEDRG在鼻咽癌细胞和组织中表达下调,重新恢复NPCEDRG基因在CNE2细胞系的表达,可部分逆转CNE2的恶性表型.本研究对CNE2细胞所表达的NPCEDRG基因mRNA剪接变异体克... NPCEDRG基因是采用基因定位候选克隆策略获得的1个鼻咽癌候选抑瘤基因.NPCEDRG在鼻咽癌细胞和组织中表达下调,重新恢复NPCEDRG基因在CNE2细胞系的表达,可部分逆转CNE2的恶性表型.本研究对CNE2细胞所表达的NPCEDRG基因mRNA剪接变异体克隆、鉴定,发现NPCEDRG基因至少有7个转录起始位点,其中NM_032316的TSS位于ATG上游-85 nt处,AF538150和AK094248的TSS位于-25 nt处;AF538150不存在第2外显子中6核苷酸序列(3'-TTGCAG-3')的缺失,其CDs为516 bp,编码1种由171个氨基酸组成的蛋白质(而非GenBank中公布的CDs为510 bp,1种由169个氨基酸组成的蛋白质).本研究成功克隆得到1种新的NPCEDRG基因的mRNA剪接变异体V2,其TSS位于-23 nt处,其CDs为297 bp,编码1种由98个氨基酸组成的蛋白质. 展开更多
关键词 NPCEDRG基因 mRNA剪接变异体 5'-race 3'-race RT-PCR
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驯鹿β-防御素reBD-1全长cDNA的克隆及序列分析 被引量:2
13
作者 杨银凤 郝永峰 +2 位作者 赵艳芳 余兴帮 都格尔斯仁 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期657-662,共6页
为了获得驯鹿β-防御素reBD-1全长cDNA序列,根据已获得的reBD-1cDNA的已知序列设计1条序列特异性引物作为上游引物,反转录引物中的部分序列即3′接合器引物作为下游引物,克隆reBD-1cDNA的3′末端序列。另外,采用反向嵌套PCRRACE法,根据r... 为了获得驯鹿β-防御素reBD-1全长cDNA序列,根据已获得的reBD-1cDNA的已知序列设计1条序列特异性引物作为上游引物,反转录引物中的部分序列即3′接合器引物作为下游引物,克隆reBD-1cDNA的3′末端序列。另外,采用反向嵌套PCRRACE法,根据reBD-1cDNA的已知序列,设计1条5′末端磷酸化的特异性反转录引物和2对特异性反向嵌套PCR引物,首先进行反转录(RT),然后将mRNA反转录成的cDNA进行环化,最后进行反向嵌套巢式PCR,克隆reBD-1cDNA的5′末端序列。结果成功的克隆出了reBD-1cDNA的3′和5′末端序列,从而得到372bp的reBD-1cDNA全序列,其中包含44bp5′非翻译区(UTR)、192bp的开放读码框(ORF)、终止密码子TAA、118bp的3′UTR和poly(A)15。reBD-1cDNA全序列的获得为进一步研究其基因结构、基因表达和基因功能奠定了基础。 展开更多
关键词 反向嵌套PCR 5′race 3′race Β-防御素 驯鹿
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骆驼β-防御素caBD-1全长cDNA的扩增 被引量:1
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作者 杨银凤 唐博 +1 位作者 曹贵方 王永胜 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期264-268,共5页
获得全长cDNA序列是研究基因结构、基因表达和基因功能的前提。我们根据已获得的骆驼β_防御素caBD_1cDNA的已知序列设计一条上游引物,反转录引物中的部分序列即3′末端序列。另外,采用反向嵌套PCRRACE法,根据caBD_1cDNA的已知序列,设... 获得全长cDNA序列是研究基因结构、基因表达和基因功能的前提。我们根据已获得的骆驼β_防御素caBD_1cDNA的已知序列设计一条上游引物,反转录引物中的部分序列即3′末端序列。另外,采用反向嵌套PCRRACE法,根据caBD_1cDNA的已知序列,设计一条5′末端磷酸化的特异性反转录引物和两对特异性反向嵌套PCR引物,首先进行反转录(RT),然后将mRNA反转录成的cDNA进行环化,最后进行反向嵌套巢式PCR,成功的克隆了骆驼β_防御素caBD_1cD NA的5′末端序列。本研究扩增出的caBD_1cDNA序列全322bp,其中包含一个由192bp组成的开放读码框(ORF),该ORF编码64个氨基酸残基的前原caBD_1肽。 展开更多
关键词 反向嵌套PCR 5’race 3’race Β-防御素 骆驼
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河南省猪戊型肝炎病毒HN-JY40的全基因组序列测定及分析 被引量:1
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作者 张小霞 张亲 +2 位作者 梁振普 许锋 邵新峰 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期231-238,共8页
本文旨在测定猪戊型肝炎病毒HN-JY40株的全基因组序列,并对其序列特征和进化关系进行分析。设计8对引物,利用RT-PCR、3′RACE和5′RACE技术得到了戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)河南分离株HNJY40的近似全基因组序列,命名为"HN-... 本文旨在测定猪戊型肝炎病毒HN-JY40株的全基因组序列,并对其序列特征和进化关系进行分析。设计8对引物,利用RT-PCR、3′RACE和5′RACE技术得到了戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)河南分离株HNJY40的近似全基因组序列,命名为"HN-JY40";用Expasy、Megalign、Clustal X和MEGA 4等生物学软件进行序列分析、同源比对和进化树的构建。测序得到的HN-JY40序列去除polyA后全长7 223bp,5′UTR有9个碱基,3′UTR全长69bp。ORF1(5 124bp)编码1 707个氨基酸,ORF2(2 025bp)编码674个氨基酸,ORF3(345bp)编码114个氨基酸。全基因组相似性分析发现,HN-JY40为典型的基因4型病毒,且属于一个新亚型。猪HN-JY40ORF1的部分核苷酸(153~432bp)与人源HK104-2004同源性高达到96%,为揭示戊型肝炎的跨种传播提供了新的分子生物学依据。 展开更多
关键词 猪戊型肝炎病毒HN-JY40 RT-PCR 3′race 5′race 序列分析 同源性
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红麻Ms5基因的克隆及多转录本分析 被引量:3
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作者 唐向民 金刚 +3 位作者 李刚 周琼 陈鹏 周瑞阳 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期536-540,共5页
为研究Ms5基因在红麻(Hibiscus canabius L.)花药中的转录特征,以L23A不育系为试材,基于已知的红麻Ms5基因5′端cDNA序列,采用3′RACE和RT-PCR技术对该基因全长cDNA序列进行克隆。序列比对分析结果表明,红麻花药组织中同时存在Ms5基因2... 为研究Ms5基因在红麻(Hibiscus canabius L.)花药中的转录特征,以L23A不育系为试材,基于已知的红麻Ms5基因5′端cDNA序列,采用3′RACE和RT-PCR技术对该基因全长cDNA序列进行克隆。序列比对分析结果表明,红麻花药组织中同时存在Ms5基因2种不同的转录本,其长度分别为972和1 105bp,依次命名为HcMs5-α和HcMs5-β。这2种转录本均包含了完整且一致的编码序列,其编码序列(CDS)全长为858bp,预测编码的蛋白质含有285个氨基酸残基,分子质量为32.4ku,理论等电点为7.62;两者5′端前972bp序列完全一致,但3′端的非编码区(UTR)长度有所不同,HcMs5-β在第972bp以后比HcMs5-α多出133bp的序列,具有选择性转录终止的特征。这种转录终止信号的可选择性可能与该基因转录后水平的调控有关。 展开更多
关键词 红麻 Ms5基因 3′race 多转录本 选择性转录终止
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中华补血草Syntaxin基因的克隆 被引量:3
17
作者 张莹 陈世华 +4 位作者 韩会玲 窦伟红 尹海波 赵吉强 郭善利 《安徽农业科学》 CAS 2012年第6期3245-3247,共3页
[目的]对中华补血草Syntaxin基因进行克隆。[方法]以中华补血草叶片为材料,提取总RNA并进行反转录反应。依据已知Syntaxin基因5'端EST序列信息设计巢式引物,以反转录得到的cDNA为模板,利用2轮PCR扩增cDNA3'末端(3'RACE),获... [目的]对中华补血草Syntaxin基因进行克隆。[方法]以中华补血草叶片为材料,提取总RNA并进行反转录反应。依据已知Syntaxin基因5'端EST序列信息设计巢式引物,以反转录得到的cDNA为模板,利用2轮PCR扩增cDNA3'末端(3'RACE),获得Syntaxin基因3'端序列。[结果]获得1090bp的DNA片段。分析表明,该片段编码LsSyntaxin全长基因,其中开放阅读框长816bp,编码271个氨基酸。该基因编码的Syntaxin蛋白相对分子量为30254.3Da,理论等电点为5.55。[结论]为研究Syntaxin基因在补血草中的功能及其在补血草泌盐过程的作用奠定了基础。 展开更多
关键词 中华补血草 3'race Syntaxin基因 克隆
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成年小鼠ECSIT 3′-UTR的鉴定及功能分析
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作者 周小蓉 陆霞 +2 位作者 李建涛 阙玲琍 李跃华 《南京医科大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期937-942,共6页
目的:鉴定成年小鼠Toll途径进化保守信号介导因子(evolutionarily conserved signaling intermediate in Toll pathways,ECSIT)的3′非翻译区(3′-untranslated region,3′-UTR)序列,并在细胞中验证非编码RNA对ECSIT表达的影响。方法:采... 目的:鉴定成年小鼠Toll途径进化保守信号介导因子(evolutionarily conserved signaling intermediate in Toll pathways,ECSIT)的3′非翻译区(3′-untranslated region,3′-UTR)序列,并在细胞中验证非编码RNA对ECSIT表达的影响。方法:采用RACE技术克隆得到小鼠ECSIT 3′-UTR序列,并与基因组数据库进行比对;预测ECSIT 3′-UTR可能结合的微小RNA(microRNA,miRNA),并针对ECSIT的全长序列设计小干扰RNA(siRNA);通过Western blot分别检测使用不同miRNA和siRNA干扰后,细胞中ECSIT的表达。结果:成功鉴定了346 bp的小鼠ECSIT 3′-UTR,与NCBI上序列一致率达到99%;在细胞中miR-7-5p和siRNA1、2可以干扰ECSIT的表达。结论:成功鉴定得到成年小鼠心脏ECSIT m RNA 3′-UTR序列,该非编码区可作为非编码RNA的调控区域,为进一步从分子水平探明ECSIT在小鼠生长发育及疾病中的作用提供科学依据。 展开更多
关键词 3′非翻译区 3′race ECSIT MICRORNA SIRNA
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RACE法扩增梅花鹿β-防御素-1(siBD-1)全长cDNA
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作者 唐娟 金鑫 +6 位作者 张曼 侯永跃 李军燕 田巧珍 刘骄 王云鹤 杨银凤 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第3期635-643,共9页
为了获得梅花鹿β-防御素-1(sika deerβ-defensin-1,siBD-1)cDNA全序列,本试验以梅花鹿舌黏膜组织内提取的总RNA为模板,根据前期已获得的siBD-1cDNA的已知部分序列设计引物,采用5′-RACE和3′-RACE技术分别扩增5′-和3′-末端序列,将... 为了获得梅花鹿β-防御素-1(sika deerβ-defensin-1,siBD-1)cDNA全序列,本试验以梅花鹿舌黏膜组织内提取的总RNA为模板,根据前期已获得的siBD-1cDNA的已知部分序列设计引物,采用5′-RACE和3′-RACE技术分别扩增5′-和3′-末端序列,将此扩增产物克隆入pMD18-T载体,进行PCR、双酶切鉴定及序列测定与分析。结果表明,成功克隆出长度约为172和299bp的siBD-1cDNA 5′-和3′-末端序列,从而得到418bp的siBD-1cDNA全序列(GenBank登录号:HM588696.1),其中包含89bp 5′-非翻译区(UTR)、192bp的开放阅读框(ORF)、终止密码子TAA、118bp的3′-UTR和Poly(A)16。同源性比对结果显示,siBD-1cDNA与水牛的肠防御素(BEBD)同源性最高,为90.6%,与牛(EBD、LAP、TAP、BNBD-4)、山羊(GBD-1、GBD-2)、驯鹿(reBD-1)、绵羊(sBD-1、sBD-2)和骆驼(caBD-1)的防御素cDNA的同源性较高,分别为83.2%、83.1%、87.3%、87.0%、87.5%、87.5%、84.4%、79.9%、77.1%和70.5%;与马(hoBD-1)和猪(pBD-1)的同源性较低,为60.3%和72.4%;而与人(hBD-2)的同源性最低,为16.0%。siBD-1成熟肽由38个氨基酸残基组成,其中包含9个带正电荷的氨基酸残基。 展开更多
关键词 梅花鹿 5′-race 3′-race β-防御素-1
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亚洲璃眼蜱唾液腺一新功能基因的克隆与测序 被引量:2
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作者 程天印 周金林 +2 位作者 施启顺 周勇志 林矫矫 《畜牧与兽医》 北大核心 2005年第5期4-6,共3页
HaB1是亚洲璃眼蜱雌成蜱唾液腺差异表达基因文库中的一个片段,根据其序列设计引物HaB1-GSP1和HaB1-GSP2,以唾液腺总RNA为模板,RACE法扩增获得HaB1的未知3′-末端。测定该末端序列,进行序列拼接,设计全长引物5-′CCAGTCCGAAGGAAGGGCG-3′... HaB1是亚洲璃眼蜱雌成蜱唾液腺差异表达基因文库中的一个片段,根据其序列设计引物HaB1-GSP1和HaB1-GSP2,以唾液腺总RNA为模板,RACE法扩增获得HaB1的未知3′-末端。测定该末端序列,进行序列拼接,设计全长引物5-′CCAGTCCGAAGGAAGGGCG-3′和5-′TCTC-CGGGCACGTGAAGTGTC-3′。以cDNA第一链为模板,扩增获得基因全长。经核查表明,该基因为一新基因(登录号AY803896)。 展开更多
关键词 亚洲璃眼蜱 唾液腺 基因克隆 序列分析 HaB1基因 体外寄生虫
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