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高通量测序法对清香大曲真菌群落结构的分析 被引量:33
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作者 乔晓梅 赵景龙 +1 位作者 杜小威 张秀红 《酿酒科技》 2015年第4期28-31,共4页
利用微生物生态学方法客观分析清香大曲真菌群落结构有利于分析大曲功能,同时明确大曲功能菌。利用高通量测序法分析了冷季和热季清香白酒生产用曲真菌群落结构。结果表明,用不同的宏基因组DNA提供试剂盒,以及不同测序区域得到较为一致... 利用微生物生态学方法客观分析清香大曲真菌群落结构有利于分析大曲功能,同时明确大曲功能菌。利用高通量测序法分析了冷季和热季清香白酒生产用曲真菌群落结构。结果表明,用不同的宏基因组DNA提供试剂盒,以及不同测序区域得到较为一致的结果,清香大曲在热季和冷季的主要真菌类群相同,主要的真菌类群有霉菌和酵母,霉菌有Rhizopus oryzae(米根霉)和Lichtheimia corymbifera(伞枝犁头霉),酵母有Pichia kudriavzevii(库德毕赤酵母)和Saccharomycopsis fibuligera(扣囊复膜酵母),2种霉菌含量明显高于酵母,而且冷季酵母比例较热季明显减少。通过本实验可以确认清香大曲主要真菌类群有米根霉、伞枝犁头霉,酵母菌则比较少,主要有扣囊复膜酵母和库氏毕赤酵母。 展开更多
关键词 高通量测序 清香大曲 真菌群落结构 18S v4 ITS
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山东半岛南北两侧海域真核浮游生物群落特征及与环境因子的相关性分析 被引量:7
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作者 刘朋超 王卫军 +5 位作者 骆启豪 李彬 孙国华 赵强 张金浩 杨建敏 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期876-885,共10页
为了解山东半岛南北两侧的烟台崆峒岛(KTD)海域和日照东港(DG)海域真核浮游生物群落特征,采用高通量测序技术,以18S rDNA V4区为目标基因,对2017年10月至2018年7月两海域的真核浮游生物多样性进行了检测;同期测定两海域的环境因子(溶解... 为了解山东半岛南北两侧的烟台崆峒岛(KTD)海域和日照东港(DG)海域真核浮游生物群落特征,采用高通量测序技术,以18S rDNA V4区为目标基因,对2017年10月至2018年7月两海域的真核浮游生物多样性进行了检测;同期测定两海域的环境因子(溶解氧、氨氮含量等10个理化指标),并与真核浮游生物丰富度做相关性分析。实验结果表明:通过高通量测序技术共鉴定出浮游生物455种,其中,KTD海域共检测出真核浮游生物36个门类424种;DG海域共检测出真核浮游生物34个门类365种。绿藻门(Chlorophyta)、硅藻门(Diatomea)是两海域浮游植物中整体丰度最高的门类。KTD海域,绿藻门各月丰度在3.0%-21.3%之间,其中2018年7月(K1807)最高,达到了21.3%;硅藻门各月丰度在2.0%-16.59%之间,其中2018年2月(K1802)最高,达到了16.59%。DG海域,绿藻门各月丰度在2.0%-12.3%之间,其中2017年11月份(D1711)最高,达到了12.3%;硅藻门各月丰度在2.0%-47.0%之间,其中1月(D1801)最高,达到了47.0%。占优势地位的浮游动物主要是节肢动物门类的物种,其每月丰度分别在6.0%-38.9%和7.6%-48.6%之间。环境因子相关性分析表明水温、DO、pH、硅酸盐、硝酸盐氮等环境因子为影响该海域浮游生物群落结构的主要因子。研究结果对了解双壳经济贝类养殖区饵料组成及其在时空的变化,对海岸带食物网、生态基础管理和海洋经济贝类养殖生产等方面提供数据支撑。 展开更多
关键词 真核浮游生物 环境因子 18S RDNA v4 多样性 相关性分析
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基于多个扩增子的DNA metabarcoding技术探究黄海微型真核浮游植物多样性 被引量:5
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作者 张莉 张远 +1 位作者 林佳宁 王书平 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第9期4052-4060,共9页
微型真核浮游植物是海洋生态系统中能量流动和物质循环的关键环节,对维持海洋生态系统的稳定发挥着关键的作用.本研究首次应用DNA metabarcoding技术探讨黄海微型真核浮游植物的物种组成及多样性,对比分析ITS、18SrDNAV4和18SrDNAV9扩... 微型真核浮游植物是海洋生态系统中能量流动和物质循环的关键环节,对维持海洋生态系统的稳定发挥着关键的作用.本研究首次应用DNA metabarcoding技术探讨黄海微型真核浮游植物的物种组成及多样性,对比分析ITS、18SrDNAV4和18SrDNAV9扩增子条件下微型真核浮游植物的群落结构及多样性水平,并探讨了其多样性与温度、盐度的响应关系.结果表明:①基于ITS扩增子获得的微型真核浮游植物中绿藻门所占比例较高,而基于18SrDNAV4和18SrDNAV9扩增子获得的甲藻门相对丰度较高.②基于18SrDNAV9扩增子获得的微型真核浮游植物的ACE、Chao1、Shannon和Simpson指数较ITS和18SrDNAV4扩增子更高,而且其门、纲、目和科的数目较高.③黄海微型真核浮游植物的Shannon指数与温度呈现出显著正相关的关系(P<0.01),而与盐度呈现出显著负相关的关系(P<0.05).本研究通过对比不同扩增子条件下黄海微型真核浮游植物的群落结构及丰度特征,丰富了黄海微型真核浮游植物的认识,可为今后该海域微型真核浮游植物的生态学研究、生物多样性监测、生物资源动态变化及持续开发生产等方面的分析提供科学依据. 展开更多
关键词 微型真核浮游植物 DNAmetabarcoding ITS 18SrDNAv4 18SrDNAv9 多样性
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基于高通量测序和形态学鉴定的马来西亚马塘红树林区浮游动物多样性分析
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作者 张金勇 高养春 +3 位作者 Amir Shah Ruddin Md Sah Aileen TAN Shau-Hwai Norlaila Binti Mohd Zanuri 李宏俊 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期910-919,共10页
为评价DNA宏条形码(DNA metabarcoding)技术在海洋生物多样性监测中的应用潜力,本研究中采集了马来西亚马塘红树林保护区(Matang Mangrove Reserve,Malaysia)10个站位(SO1~SO10)浮游动物样品,分别采用宏条形码和形态学鉴定方法分析了浮... 为评价DNA宏条形码(DNA metabarcoding)技术在海洋生物多样性监测中的应用潜力,本研究中采集了马来西亚马塘红树林保护区(Matang Mangrove Reserve,Malaysia)10个站位(SO1~SO10)浮游动物样品,分别采用宏条形码和形态学鉴定方法分析了浮游动物群落组成和结构。结果表明:以18S rDNA V4区为标志基因的宏条形码方法共鉴定出浮游动物25门88目138属249个操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs),而借助光学显微镜的形态学方法仅鉴定出2门6目13属;利用形态学方法鉴定出来的大部分类别(门100%、目83%、属54%)同时也能用宏条形码方法鉴定出来,而宏条形码分子方法鉴定出的大部分类别(门92%、目94%、属95%)却未能利用形态学方法鉴定出来;宏条形码方法根据热点图样本相似性聚类树可将10组浮游动物样本划分为3类(在门和目水平上),即第Ⅰ类(SO1、SO2、SO3和SO6)、第Ⅱ类(SO4、SO7、SO8、SO9和SO10)和第Ⅲ类(SO5),但在属分类水平上,SO4从第Ⅱ类站位划归到了第Ⅰ类中。研究表明:比较两种方法,宏条形码方法不但具有鉴定效率高、花费较低等优点,而且能得到更多的浮游动物种类和丰富度信息;随着DNA宏条形码技术体系的不断完善,数据库不断更新,使得DNA条形码技术的准确性更高,其将在浮游生物多样性评价中具有较高的应用潜力。 展开更多
关键词 浮游动物 群落结构 DNA宏条形码 18S rDNA v4 马塘红树林保护区
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渤海长兴岛海域微型和微微型浮游植物多样性 被引量:21
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作者 宋伦 吴景 +2 位作者 刘卫东 宋永刚 王年斌 《环境科学研究》 EI CAS CSSCI CSCD 北大核心 2016年第11期1635-1642,共8页
为研究微型/微微型浮游植物在褐潮生消过程的多样性变化,以18S r DNA V4区作为目标基因,结合高通量测序技术,对2014年5月、7月和2015年5月、7月长兴岛近岸海域海水中微型/微微型浮游植物多样性进行了检测.结果表明,高通量测序技术可有... 为研究微型/微微型浮游植物在褐潮生消过程的多样性变化,以18S r DNA V4区作为目标基因,结合高通量测序技术,对2014年5月、7月和2015年5月、7月长兴岛近岸海域海水中微型/微微型浮游植物多样性进行了检测.结果表明,高通量测序技术可有效地检测长兴岛近岸海域海水中微型/微微型浮游植物多样性,自行设计的V4(F/R)引物在微型/微微型浮游植物群落鉴定方面更为高效.2014年5月、7月在长兴岛海域分别检出微型/微微型浮游植物143、165种,2015年5月、7月分别检出123、167种.微型/微微型浮游植物群落中绿藻门相对丰度最高,2014年5月、7月分别为44.5%、65.6%,2015年5月、7月分别为81.8%、73.7%.微型/微微型浮游植物多样性指数和种类数都是同年7月高于5月,说明7月海水中微型/微微型浮游植物群落结构较5月稳定.同时发现了渤海海域的褐潮致灾种微拟球藻(Nannochloris sp.)和金牛微球藻(Ostreococcus tauri),2014年和2015年其平均优势度分别为0.37和0.39;而已发现的褐潮致灾种——抑食金球藻(Aureococcus anophagefferens)在长兴岛海域的4次调查中虽都有检出,但其优势度(平均为0.000 3)较低. 展开更多
关键词 微型/微微型浮游植物 高通量测序 18S rDNA可变区v4 多样性
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