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甜樱桃流胶病原菌的分子鉴定和致病性检测 被引量：9
1
作者 徐丽 王甲威 +3 位作者 陈新 魏海蓉 宗晓娟 刘庆忠 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期350-355,共6页
为明确甜樱桃流胶病的病原菌,采用普通细菌学方法从15个病样中分离获得10个代表性菌株,对病原菌的形态学特征、生理生化特性以及致病性进行了研究。利用PCR对菌株的16S-23S rDNA转录间隔区(ITS)序列进行扩增,扩增产物克隆测序,结果显示... 为明确甜樱桃流胶病的病原菌,采用普通细菌学方法从15个病样中分离获得10个代表性菌株,对病原菌的形态学特征、生理生化特性以及致病性进行了研究。利用PCR对菌株的16S-23S rDNA转录间隔区(ITS)序列进行扩增,扩增产物克隆测序,结果显示该菌株属于丁香假单胞菌(Pseudomonas syringae)。用Meg Align构建系统发育树,结果显示该菌株与丁香假单胞菌丁香致病变种(P.syringae pv.syringae)亲缘关系最近,两者最先聚在一起。分离菌株中均可检测到syr B基因。研究结果表明P.syringae pv.syringae为甜樱桃流胶病的病原菌。 展开更多
关键词 甜樱桃流胶病 丁香假单胞菌丁香致病变种 16S-23Srdna转录间隔区序列 致病性 syrB基因
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12种寄主来源的茄科雷尔氏菌16S-23S rDNA间隔区序列比较 被引量：3
2
作者 佘小漫 何自福 +1 位作者 李华平 虞皓 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期37-41,共5页
应用PCR方法，获得了分离自广东番茄、茄子、辣椒、烟草、空心茱、沙姜、姜、马铃薯、花生、菊花、桑树和藿香等12种作物21个茄科雷尔氏菌菌株的16S-23SrDNA间隔区序列（ITS）。序列分析结果表明，除HZ-1菌株外，其余20个茄科雷尔氏菌菌... 应用PCR方法，获得了分离自广东番茄、茄子、辣椒、烟草、空心茱、沙姜、姜、马铃薯、花生、菊花、桑树和藿香等12种作物21个茄科雷尔氏菌菌株的16S-23SrDNA间隔区序列（ITS）。序列分析结果表明，除HZ-1菌株外，其余20个茄科雷尔氏菌菌株ITS序列长均为503bp，序列间相似性99．2％～100％，序列间差异仅1～4bp；而HZ-1菌株的ITS序列长为498bp，与其他菌株的ITS序列相似性为95．4％～95．6％。这些结果说明，这21株来源于12种不同寄主的茄科雷尔氏菌菌株的16S-23SrDNAITS序列比较保守。系统进化分析显示，仅菌株HZ-1聚类于茄科雷尔氏菌区组2中，其余20个菌株均聚类于茄科雷尔氏菌区组1中。 展开更多
关键词 茄科雷尔氏菌 16S-23S rdna its 序列分析
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基于16S-23S rDNA间隔区序列(ITS)、REP序列的基因指纹图谱及UPGMA聚类法的拟诺卡菌属分类方法 被引量：3
3
作者 石楠 张利平 张晓 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期40-47,共8页
拟诺卡菌属(Nocardiopsis)是拟诺卡菌科(Nocardiopsaceae)的唯一属.该属内进行物种鉴别时通常是在多相分类方法基础上,以全基因组杂交同源性在70%以下的为不同物种,此为国际公认的定种标准;但在进行大量菌株的比对时操作比较复杂,于是... 拟诺卡菌属(Nocardiopsis)是拟诺卡菌科(Nocardiopsaceae)的唯一属.该属内进行物种鉴别时通常是在多相分类方法基础上,以全基因组杂交同源性在70%以下的为不同物种,此为国际公认的定种标准;但在进行大量菌株的比对时操作比较复杂,于是多种基于DNA的基因图谱技术发展起来.本实验利用适宜引物,对拟诺卡菌属15株基准株基因组DNA的16S-23S rDNA间隔区序列(ITS)和REP序列进行了扩增,获得了两种基因指纹图谱,同时根据UPGMA聚类法构建了相应的进化距离树图.结果表明,对于拟诺卡菌属中不同物种的区分,两种基因图谱技术的分辨力相当,均可以较好的呈现物种间差异,可以作为拟诺卡菌属菌株多相分类的组成部分,应用于物种水平的分类与鉴定. 展开更多
关键词 拟诺卡菌属 REP-PCR 16S-23S rdna间隔区序列
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链孢囊菌属3种分子分类方法的对比 被引量：2
4
作者 张利平 石楠 +3 位作者 张晓 吕志堂 杨润蕾 张秀敏 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期776-782,共7页
链孢囊菌属(Streptosporangium)是链孢囊菌科(Streptosporangiaceae)的模式属,包含13个种.种的鉴别通常是多相分类方法,其中尤以DNA同源性分析为国际公认的定种标准;全基因组杂交同源性在70%以下的为不同种.但在进行大量菌株的比对时操... 链孢囊菌属(Streptosporangium)是链孢囊菌科(Streptosporangiaceae)的模式属,包含13个种.种的鉴别通常是多相分类方法,其中尤以DNA同源性分析为国际公认的定种标准;全基因组杂交同源性在70%以下的为不同种.但在进行大量菌株的比对时操作比较复杂.本实验以链孢囊菌属15株标准菌株为实验菌株,选择适宜引物,对其基因组DNA的16S-23SrDNA间隔区序列(ITS)和REP序列进行了扩增,分别获得了两种基因指纹图谱,并通过UPGMA聚类法构建了相应的进化距离树图.结果表明,对于链孢囊菌属中不同种的区分,两种基因图谱技术的分辨力相当,且两种方法呈现的菌株间同源性与DNA-DNA杂交的结果吻合,有望为链孢囊菌属分类学的研究提供简单、准确、快速的标准程序. 展开更多
关键词 16S-23S rdna间隔区序列 REP-PCR 链孢囊菌属
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