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花生根瘤菌群体遗传多样性和系统发育研究 被引量：10
1
作者 杨江科 谢福莉 周俊初 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第12期1118-1125,共8页
利用 16SrRNARFLP、16SrRNA序列分析和 16S～ 2 3SIGSPCRRFLP技术对 4 3株花生根瘤菌和来自其他种属的 15个参比菌株进行了群体遗传多样性和系统分析。 16SrRNAPCRRFLP分析结果表明 ,所有供试花生根瘤菌均属于慢生根瘤菌属 ,在系统发育... 利用 16SrRNARFLP、16SrRNA序列分析和 16S～ 2 3SIGSPCRRFLP技术对 4 3株花生根瘤菌和来自其他种属的 15个参比菌株进行了群体遗传多样性和系统分析。 16SrRNAPCRRFLP分析结果表明 ,所有供试花生根瘤菌均属于慢生根瘤菌属 ,在系统发育上与B .japonicum的亲缘关系最近 ,具有相同的 16SrRNARFLP基因型 ,而与B .elkanii相对较远。 16SrRNA序列分析结果表明 ,供试花生根瘤菌在系统发育上更接近于B .liaoningense ,序列间差异小于 1% ,而B .liaoningense在系统发育上与B .japonicum相距很近 ,其序列间差异小于 1%。 16S～ 2 3SrRNAIGSRFLP分析结果表明 ,尽管花生根瘤菌与B .japonicum和B .elkanii的亲缘关系很近 ,但在 71%的相似性水平上供试花生根瘤菌仍各自聚为一群 ,并可进一步分为A、B、C和D 4个亚群 ,该分群还明显反映了地理因素对群体遗传多样性和系统发育的影响。 展开更多
关键词 花生根瘤菌 群体遗传多样性 系统发育
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我国南北大豆产区慢生大豆根瘤菌的遗传多样性和系统发育研究 被引量：8
2
作者 张伟涛 杨江科 +1 位作者 袁天英 周俊初 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期127-131,共5页
利用16S rRNA基因RFLP、16S rRNA基因序列分析以及16S-23S rRNA IGS PCR RFLP技术对分离自我国南北大豆产区的慢生大豆根瘤菌进行了群体遗传多样性和系统发育研究。16S rRNA基因PCR RFLP分析以及16S rRNA基因序列分析结果表明:所有供试... 利用16S rRNA基因RFLP、16S rRNA基因序列分析以及16S-23S rRNA IGS PCR RFLP技术对分离自我国南北大豆产区的慢生大豆根瘤菌进行了群体遗传多样性和系统发育研究。16S rRNA基因PCR RFLP分析以及16S rRNA基因序列分析结果表明:所有供试慢生大豆根瘤菌可分为B.japonicum和B.elkanii两个类群,其中属于B.japonicum的为优势种群,占供试菌株的91%,属于B.elkanii的仅占9%,多样性水平较低。16S-23S rRNA IGS PCRRFLP研究结果表明:属于B.japonicum的慢生根瘤菌具有较丰富的遗传多样性,在69%的相似性水平上可分为群Ⅰ和群Ⅱ两大类群。群I的菌株以分离自黑龙江和河北等北部区域的菌株为代表,群Ⅱ的菌株以分离自广西和江苏等南部地域的菌株为代表,反映出明显的地域特征。两群菌株在系统发育上均与USDA6、USDA110和USDA122等B.japonicum的模式或代表菌株有差异。 展开更多
关键词 慢生大豆根瘤菌 16S rrna rflp 16S-23S rrna IGS PCR rflp 遗传多样性 系统发育
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神木地区耐旱灌木和草本豆科植物根瘤菌遗传多样性 被引量：12
3
作者 聂刚 陈卫民 韦革宏 《应用生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期1674-1680,共7页
豆科植物具有抗逆性强、耐瘠薄的特性,许多豆科植物是荒漠地区的先锋植物,在生态环境保护中起重要作用.以神木地区主要的灌木和草本豆科植物-根瘤菌共生体系为材料,采用16S rRNA PCR-RFLP和序列分析等方法,对分离得到的55株菌进行多样... 豆科植物具有抗逆性强、耐瘠薄的特性,许多豆科植物是荒漠地区的先锋植物,在生态环境保护中起重要作用.以神木地区主要的灌木和草本豆科植物-根瘤菌共生体系为材料,采用16S rRNA PCR-RFLP和序列分析等方法,对分离得到的55株菌进行多样性分析,其中,30株菌分离自灌木豆科植物紫穗槐和柠条,25株菌分离自草本豆科植物斜茎黄芪、苜蓿、草木樨黄芪等.结果表明:这些菌株共有11种16S rRNA PCR-RFLP遗传图谱类型,分离自草本豆科植物的菌株主要归属于中慢生根瘤菌属、剑菌属、根瘤菌属、叶瘤杆菌属和土壤杆菌属5个属,分别与华癸中慢生根瘤菌、地中海中慢生根瘤菌、刺槐中慢生根瘤菌、费氏剑菌、草木樨剑菌、木兰根瘤菌、放射根瘤菌、突尼斯叶杆菌和根癌土壤杆菌系统发育关系最近.分离自灌木豆科植物的菌株仅归属于中慢生根瘤菌属,分别与华癸中慢生根瘤菌和地中海中慢生根瘤菌系统发育关系最近.华癸中慢生根瘤菌和地中海中慢生根瘤菌是两类豆科植物的共生菌种,表明在干旱地区,根瘤菌对两种类型豆科植物的选择共生存在差异,这与豆科植物种类有关,还可能与其所处生态环境有关. 展开更多
关键词 耐旱植物根瘤菌16S rrna PCR-rflp多样性
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新疆棉花根际土壤铁载体产生菌的遗传多样性及系统发育研究 被引量：11
4
作者 朱彭玲 杜秉海 +3 位作者 丁延芹 杜志兵 于素芳 陈强 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期1568-1574,共7页
【目的】了解中国新疆地区铁载体产生菌的遗传多样性和系统发育,为筛选高效铁载体产生菌提供依据。【方法】采用BOXAIR-PCR、16S rRNA PCR-RFLP和16SrDNA全序列分析方法对分离自新疆地区棉花根际土壤的铁载体产生菌的遗传多样性进行分... 【目的】了解中国新疆地区铁载体产生菌的遗传多样性和系统发育,为筛选高效铁载体产生菌提供依据。【方法】采用BOXAIR-PCR、16S rRNA PCR-RFLP和16SrDNA全序列分析方法对分离自新疆地区棉花根际土壤的铁载体产生菌的遗传多样性进行分析。【结果】在BOXAIR-PCR分析中,68株供试菌分为11个遗传群;在16SrRNAPCR-RFLP分析中,68株供试菌分10个遗传群;代表菌株的16SrDNA全序列分析表明,供试菌分属于假单胞菌属(Pseudomonas)、肠杆菌属(Enterobacter)、不动细菌属(Acinetobacter)、芽孢杆菌属(Bacillus)、产碱杆菌属(Alcaligenes)、短状杆菌属(Brachybacterium)和泛菌属(Pantoea)。其中,假单胞菌属(Pseudomonas)为优势属。【结论】分离自新疆地区棉花根际土壤铁载体菌存在极大的遗传多样性。 展开更多
关键词 棉花 铁载体 遗传多样性 根际 16S rrna PCR-rflp BOXAIR-PCR
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我国主要生态区域绿豆慢生根瘤菌的遗传多样性和系统发育研究 被引量：7
5
作者 袁天英 杨江科 +1 位作者 张伟涛 周俊初 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期869-874,共6页
利用16SrRNAPCR-RFLP、16SrRNA序列分析以及16S-23SrRNAIGS(IntergeneticSpacer)PCR-RFLP技术对分离自中国主要生态区域的44株慢生型绿豆根瘤菌和5株参比菌株进行了遗传多样性和系统发育研究。16SrRNAPCR-RFLP分析表明:在76%的相似水平... 利用16SrRNAPCR-RFLP、16SrRNA序列分析以及16S-23SrRNAIGS(IntergeneticSpacer)PCR-RFLP技术对分离自中国主要生态区域的44株慢生型绿豆根瘤菌和5株参比菌株进行了遗传多样性和系统发育研究。16SrRNAPCR-RFLP分析表明:在76%的相似水平上,所有供试菌株可分为三大类群:群I由LYG1等13株慢生根瘤菌组成,该群在系统发育上与B.japonicum和B.liaoningense的参比菌株存在一定的差异;群Ⅱ由XJ1等21株供试菌株、B.japonicum和B.liaoningense的代表菌株组成;群Ⅲ由10株来自广东和广西的菌株和B.elkanii的代表菌株组成。16S-23SrRNAIGSPCR-RFLP分析将供试菌株分为A、B两大群。群A由34株供试菌株、B.japonicum和B.liaoningense的代表菌株组成。在85%的相似性水平上,可再分为AⅠ、AⅡ和AⅢ3个亚群。群B由10株分离自广西和广东的菌株和B.elkanii的代表菌株组成。在85%的相似性水平上,可再分为BI和BⅡ两亚群,表现出一定的多样性。与16SrRNAPCR-RFLP相比,16S-23SrRNAIGSPCR-RFLP具有更高的解析度,供试菌株表现出更加丰富的遗传多样性。分离自中国新疆、广东和广西等地的菌株在分群上具有较为明显的地域特征。 展开更多
关键词 慢生型根瘤菌 16S rrna PER-rflp 16S-23S rrna IGS PER rflp
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花生根瘤菌遗传多样性的RFLP分析 被引量：5
6
作者 康凯 徐艳 +1 位作者 李友国 周俊初 《湖北农业科学》 北大核心 2007年第5期677-680,共4页
利用16S rRNA PCR-RFLP和16S～23S rRNA IGS PCR-RFLP技术对分离自我国不同地区的55株花生慢生根瘤菌和6株参比菌株进行了遗传多样性研究。16S rRNA PCR-RFLP分析结果表明,在63%的相似性水平上,91%的供试花生慢生根瘤菌与B.japonicum和B... 利用16S rRNA PCR-RFLP和16S～23S rRNA IGS PCR-RFLP技术对分离自我国不同地区的55株花生慢生根瘤菌和6株参比菌株进行了遗传多样性研究。16S rRNA PCR-RFLP分析结果表明,在63%的相似性水平上,91%的供试花生慢生根瘤菌与B.japonicum和B.elkanii聚在一起;16S～23S rRNAIGS PCR-RFLP分析结果表明,供试花生慢生根瘤菌具有较丰富的遗传多样性,在65.8%的相似性水平上可分为3大类群。 展开更多
关键词 花生慢生根瘤菌 16SrrnaPCR-rflp 16S^23SrrnaIGSPCR-rflp 遗传多样性
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日本弓背蚁肠道细菌群落的季节特征（英文） 被引量：5
7
作者 徐阳 南小宁 +1 位作者 魏琮 贺虹 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期632-640,共9页
【目的】在长期的进化过程中,蚂蚁和微生物之间建立了复杂的联系,尤其肠道微生物对蚂蚁的食性进化和物种分化产生了巨大的影响。弓背蚁属Camponotus蚂蚁消化道内普遍存在内共生菌Blochmannia及其他肠道细菌,这些细菌在寄主蚂蚁营养补充... 【目的】在长期的进化过程中,蚂蚁和微生物之间建立了复杂的联系,尤其肠道微生物对蚂蚁的食性进化和物种分化产生了巨大的影响。弓背蚁属Camponotus蚂蚁消化道内普遍存在内共生菌Blochmannia及其他肠道细菌,这些细菌在寄主蚂蚁营养补充方面发挥了重要的作用,此外肠道微生物对食物类型的变化十分敏感,这些信息可能有助于调查寄主蚂蚁在不同季节的取食习性。本研究旨在揭示弓背蚁属蚂蚁肠道微生物是否存在季节特征。【方法】采用16S rRNA-RFLP方法分析比较了了2个日本弓背蚁蚁巢（巢1和2）的工蚁在4个月份时间点（2012年6月12日,8月15日和10月10日,2013年4月15日）的肠道菌群组成。【结果】在8个样品中共发现了17个属的细菌和1种未知细菌,弓背蚁属蚂蚁特有的内共生菌Blochmannia是优势细菌,出现在所有样品中,占67.1%~98.8%;假单胞菌属Pseudomonas和肠杆菌属Enterobacter在大多数的样本中都检测到,其他属的细菌则零星分布在个别样品中,只占较低的比例。两个蚁巢工蚁肠道菌群在4个月份没有呈现一致的变化趋势,都具有低的细菌多样性。在巢1中,4月和10月的肠道细菌多样性相对较高,在6月和8月较低;而在巢2中,8月的肠道细菌多样性明显高于4,6和10月。两个蚁巢6月和10月的肠道菌群组成相似,但是8月和4月差异较大。【结论】日本弓背蚁两个蚁巢的工蚁肠道菌群组成和多样性都随季节产生变化,但是没有呈现一致的变化趋势,没有表现出明显的季节特征。 展开更多
关键词 日本弓背蚁 肠道微生物 16S rrna-rflp 季节特征 细菌多样性
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三种深渊钩虾肠道微生物组成与群落结构 被引量：4
8
作者 耿道强 产久林 +2 位作者 潘彬彬 许强华 刘志国 《上海海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期83-91,共9页
针对马里亚纳海沟、玛索海沟、新不列颠海沟东部、新不列颠海沟中部等4个采样点的3种钩虾共120个样品,利用16S rRNA-RFLP分析方法对不同样品间的微生物组成进行研究,并比较了4个采样点的细菌群落结构多样性。结果表明:4个采样点钩虾肠... 针对马里亚纳海沟、玛索海沟、新不列颠海沟东部、新不列颠海沟中部等4个采样点的3种钩虾共120个样品,利用16S rRNA-RFLP分析方法对不同样品间的微生物组成进行研究,并比较了4个采样点的细菌群落结构多样性。结果表明:4个采样点钩虾肠道的微生物多样性有着显著差别。马里亚纳海沟Hirondellea gigas钩虾肠道细菌的优势菌群为嗜冷单胞菌属(Psychromonas sp.)和Uncultured bacterium,分别占37.05%和18.52%。玛索海沟Bathycallisoma(syn.Scopelocheirus)schellenbergi钩虾肠道细菌的优势菌群为Uncultured Mollicutes bacterium和Uncultured deep-sea bacterium,分别占62.5%和25%。新不列颠海沟东部Alicella gigantean钩虾肠道细菌的优势菌群为Uncultured Mollicutes bacterium和Uncultured Mycoplasmataceae bacterium,含量分别占到50%和44.44%。新不列颠中部的A.gigantean钩虾肠道细菌的优势菌群为Psychromonas sp.、Uncultured Mollicutes bacterium、Uncultured Mycoplasmataceae bacterium和Uncultured bacterium,含量分别为39.29%、32.14%、14.29%和10.71%。Uncultured Mollicutes bacterium在玛索海沟S.schellenbergi肠道内占了62.5%,在新不列颠海沟东部A.gigantean肠道内的含量为50%,在新不列颠海沟中部A.gigantean肠道内含量为32.14%,而在马里亚纳海沟H.gigas肠道中仅占3.7%。由此可见,4个采样点3种钩虾肠道内微生物多样性丰富、且存在较大的差异,马里亚纳海沟H.gigas肠道内微生物物种最丰富、且种群结构最复杂,玛索海沟S.schellenbergi钩虾和新不列颠海沟A.gigantean钩虾次之。 展开更多
关键词 深渊海沟 钩虾 细菌 16S rrna-rflp
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柏大蚜和松大蚜体内细菌的16S rRNA-RFLP分析 被引量：2
9
作者 杨青青 南小宁 +2 位作者 王云果 郭新荣 贺虹 《西北林学院学报》 CSCD 北大核心 2015年第6期168-173,共6页
利用16SrRNA-RFLP方法分析了同一样地柏大蚜和松大蚜体内细菌的组成。结果表明:2种蚜虫体内细菌主要由其初级内共生菌Buchneraaphidicola和次级内共生菌Candidatus Serratia symbiotica组成,但各自所占的比例存在差异;在柏大蚜克隆文库... 利用16SrRNA-RFLP方法分析了同一样地柏大蚜和松大蚜体内细菌的组成。结果表明:2种蚜虫体内细菌主要由其初级内共生菌Buchneraaphidicola和次级内共生菌Candidatus Serratia symbiotica组成,但各自所占的比例存在差异;在柏大蚜克隆文库中,B.aphidicola和Ca.Serratia symbiotica分别占37%和56%,还有少量的霍氏肠杆菌(Enterobacter hormaechei)占7%;在松大蚜克隆文库中,B.aphidicola和Ca.Serratia symbiotica分别占66.7%和33.3%。表明2种蚜虫体内的微生物组成比较简单且相似,内共生菌种类相同。 展开更多
关键词 柏大蚜 松大蚜 细菌 16S rrna-rflp
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用16S rRNA基因的内切酶图谱快速鉴别几种对虾病原菌 被引量：5
10
作者 孔杰 刘萍 +4 位作者 张岩 杨丛海 叶军 徐怀恕 郭华荣 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 1997年第5期449-452,共4页
坎普氏弧菌是青岛海洋大学生物系微生物实验室于1989－1990年自对虾养殖场中国对虾红腿病虾心脏及血淋巴中分离并鉴定的菌株，副溶血弧菌和溶藻胶弧菌两菌株于1994年9月得自中国科学院微生物研究所。为建立快速、准确的中国对虾病原菌... 坎普氏弧菌是青岛海洋大学生物系微生物实验室于1989－1990年自对虾养殖场中国对虾红腿病虾心脏及血淋巴中分离并鉴定的菌株，副溶血弧菌和溶藻胶弧菌两菌株于1994年9月得自中国科学院微生物研究所。为建立快速、准确的中国对虾病原菌的诊断技术，根据几种细菌的16SrRNA基因的序列，设计并合成该基因的多聚酶链反应的引物PLI和PL2。用该对引物分别从坎普氏弧菌、副溶血弧菌和溶藻胶弧菌的DNA样品中扩增出分子量与原设计相同的DNA片段，然后用AluI内切酶对3种细菌的多聚酶链反应产物进行酶切，形成3种不同的限制性内切酶图谱。研究结果证明，用16SrRNA基因的限制性内切酶图谱，可快速、准确地鉴别3种对虾病原菌。 展开更多
关键词 弧菌 基因 限制性 内切酶图谱 对虾 病原菌
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