【目的】为明确水稻主要害虫稻纵卷叶螟Cnaphalocrocis medinalis（Guenée）幼虫肠道细菌的群落结构和多样性。【方法】利用Illumina Mi Seq技术对稻纵卷叶螟4龄幼虫肠道细菌的16S r DNA V3-V4变异区序列进行测序,应用USEARCH和QI...【目的】为明确水稻主要害虫稻纵卷叶螟Cnaphalocrocis medinalis（Guenée）幼虫肠道细菌的群落结构和多样性。【方法】利用Illumina Mi Seq技术对稻纵卷叶螟4龄幼虫肠道细菌的16S r DNA V3-V4变异区序列进行测序,应用USEARCH和QIIME软件整理和统计样品序列数和操作分类单元（operational taxonomic unit,OTU）数量,分析4龄幼虫肠道细菌的物种组成、丰度和多样性。【结果】稻纵卷叶螟4个数量不同的4龄幼虫样本（1,2,3和5头）共得165 386条reads,在97%相似度下可将其聚类为604个OTUs。总共注释到22个门,43个纲,82个目,142个科,204个属,244个种。其中在门水平上,主要优势菌为变形菌门（Proteobacteria）（相对丰度26%~34%）和放线菌门（Actinobacteria）（23%~32%）;在纲水平上,主要优势菌为放线菌纲（Actinobacteria）（相对丰度23%~32%）、酸杆菌纲（Acidobacteria）（9%~11%）、α-变形菌纲（Alphaproteobacteria）（10%~13%）、β-变形菌纲（Betaproteobacteria）（6%~8%）和γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria）（6%~12%）;在科水平上,共有优势菌为类诺卡氏菌科（Nocardioidaceae）、丛毛单胞菌科（Comamonadaceae）、黄单胞菌科（Xanthomonadaceae）、鞘脂单胞菌科（Sphingomonadaceae）和芽单胞菌科（Gemmatimonadaceae）等。在属水平上,4个样本前5位优势属中,类诺卡氏属Nocardioides和鞘脂单胞菌Sphingomonas为共有优势属。稻纵卷叶螟肠道细菌Simpson指数、Shannon指数、Ace指数和Chao指数分别为0.16~0.65,0.94~3.22,212~488和210~490。【结论】稻纵卷叶螟幼虫肠道细菌多样性比较丰富,个体间微生物群落结构和多样性有差异。不同数量样本数据与总体数据有助于综合反映稻纵卷叶螟种群肠道微生物状况。本研究结果为进一步研究稻纵卷叶螟肠道微生物的功能及其在防治中的应用奠定了基础。展开更多
【目的】观察大黄牡丹汤对肠道菌群结构及功能的影响。【方法】分别采用16S r DNA测序法、平板计数法和气相色谱法考察大黄牡丹汤对肠道菌群及其分泌短链脂肪酸(short-chain fatty acids,SCFAs)功能的影响。【结果】16S r DNA测序结果...【目的】观察大黄牡丹汤对肠道菌群结构及功能的影响。【方法】分别采用16S r DNA测序法、平板计数法和气相色谱法考察大黄牡丹汤对肠道菌群及其分泌短链脂肪酸(short-chain fatty acids,SCFAs)功能的影响。【结果】16S r DNA测序结果表明拟杆菌属、埃希菌属细菌明显减少,乳杆菌属、乳球菌属、变形菌属细菌增多。平板计数结果表明大黄牡丹汤能显著抑制脆弱拟杆菌体外增殖(P<0.001)。气相色谱法检测结果表明大黄牡丹汤可显著抑制SCFAs的分泌(P<0.05或P<0.01或P<0.001)。【结论】肠道菌群及其代谢产物可能是大黄牡丹汤发挥药效的靶点。展开更多
针对浓香型白酒大曲样本,以16S r RNA基因为目的片段,分别采用16S r DNA克隆文库法和高通量测序法分析大曲中细菌微生物群落的组成,并通过丰度和多样性分析,比较了两种方法在研究大曲样品细菌多样性方面的适用性。结果表明,在门、纲、...针对浓香型白酒大曲样本,以16S r RNA基因为目的片段,分别采用16S r DNA克隆文库法和高通量测序法分析大曲中细菌微生物群落的组成,并通过丰度和多样性分析,比较了两种方法在研究大曲样品细菌多样性方面的适用性。结果表明,在门、纲、目、科和属的分类水平上,克隆文库方法检测大曲样本微生物得到4个门,4个纲,5个目,4个科,6个属;高通量测序得到13个门,22个纲,33个目,61个科,133个属。在门的水平上,克隆文库与高通量测序检测出优势类群的总数量与总丰度分别为3个(99.32%)和4个(98.61%),共有优势类群及其丰度分别为Firmicutes(88.88%和79.32%)、Proteobacteria(7.8%和15.04%)、Actinobacteria(2.72%和1.77%)。重复样本分析,得出的结果相似。克隆文库法与高通量测序法在反映样本微生物群落规模上差异较大,而在反应大曲样本中主要微生物的物种组成及数量比例上结果相近,特别是样本中优势微生物类群的结果基本相同。两种方法各具优势。展开更多
为分析"黑老虎"烟叶表面微生物群落及其产酶情况,基于PE:2×300 bp测序策略利用Illumina Miseq平台对以不同调制方式处理的"黑老虎"烟叶进行16S r DNA高通量测序,并用水解圈平板分析微生物产木聚糖酶、纤维素...为分析"黑老虎"烟叶表面微生物群落及其产酶情况,基于PE:2×300 bp测序策略利用Illumina Miseq平台对以不同调制方式处理的"黑老虎"烟叶进行16S r DNA高通量测序,并用水解圈平板分析微生物产木聚糖酶、纤维素酶、果胶酶、蛋白酶和淀粉酶的能力。3个样品共获得346 060条有效序列,组装成303个、228个和196个OTU。主要细菌类群为厚壁菌门(Firmicutes)下的芽孢杆菌(Bacillus)、变形菌门(Proteobacteria)下的假单胞菌(Pseudomonadaceae)及放线菌门(Actinobacteria)下的微球菌(Micrococcaceae)。85株分离的细菌多数能产多种酶,产果胶酶和木聚糖酶能力较强,产蛋白酶和淀粉酶次之,而产纤维素酶能力稍弱。芽孢杆菌是"黑老虎"烟叶表面最主要的菌群,而假单胞菌可能是刷米浆调制工艺赋予烟叶独特风味的重要菌群。所分离出的产酶微生物在烟草加工上有作为微生物菌剂实现提质增香的应用潜力。展开更多
文摘【目的】为明确水稻主要害虫稻纵卷叶螟Cnaphalocrocis medinalis（Guenée）幼虫肠道细菌的群落结构和多样性。【方法】利用Illumina Mi Seq技术对稻纵卷叶螟4龄幼虫肠道细菌的16S r DNA V3-V4变异区序列进行测序,应用USEARCH和QIIME软件整理和统计样品序列数和操作分类单元（operational taxonomic unit,OTU）数量,分析4龄幼虫肠道细菌的物种组成、丰度和多样性。【结果】稻纵卷叶螟4个数量不同的4龄幼虫样本（1,2,3和5头）共得165 386条reads,在97%相似度下可将其聚类为604个OTUs。总共注释到22个门,43个纲,82个目,142个科,204个属,244个种。其中在门水平上,主要优势菌为变形菌门（Proteobacteria）（相对丰度26%~34%）和放线菌门（Actinobacteria）（23%~32%）;在纲水平上,主要优势菌为放线菌纲（Actinobacteria）（相对丰度23%~32%）、酸杆菌纲（Acidobacteria）（9%~11%）、α-变形菌纲（Alphaproteobacteria）（10%~13%）、β-变形菌纲（Betaproteobacteria）（6%~8%）和γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria）（6%~12%）;在科水平上,共有优势菌为类诺卡氏菌科（Nocardioidaceae）、丛毛单胞菌科（Comamonadaceae）、黄单胞菌科（Xanthomonadaceae）、鞘脂单胞菌科（Sphingomonadaceae）和芽单胞菌科（Gemmatimonadaceae）等。在属水平上,4个样本前5位优势属中,类诺卡氏属Nocardioides和鞘脂单胞菌Sphingomonas为共有优势属。稻纵卷叶螟肠道细菌Simpson指数、Shannon指数、Ace指数和Chao指数分别为0.16~0.65,0.94~3.22,212~488和210~490。【结论】稻纵卷叶螟幼虫肠道细菌多样性比较丰富,个体间微生物群落结构和多样性有差异。不同数量样本数据与总体数据有助于综合反映稻纵卷叶螟种群肠道微生物状况。本研究结果为进一步研究稻纵卷叶螟肠道微生物的功能及其在防治中的应用奠定了基础。
文摘【目的】观察大黄牡丹汤对肠道菌群结构及功能的影响。【方法】分别采用16S r DNA测序法、平板计数法和气相色谱法考察大黄牡丹汤对肠道菌群及其分泌短链脂肪酸(short-chain fatty acids,SCFAs)功能的影响。【结果】16S r DNA测序结果表明拟杆菌属、埃希菌属细菌明显减少,乳杆菌属、乳球菌属、变形菌属细菌增多。平板计数结果表明大黄牡丹汤能显著抑制脆弱拟杆菌体外增殖(P<0.001)。气相色谱法检测结果表明大黄牡丹汤可显著抑制SCFAs的分泌(P<0.05或P<0.01或P<0.001)。【结论】肠道菌群及其代谢产物可能是大黄牡丹汤发挥药效的靶点。
文摘针对浓香型白酒大曲样本,以16S r RNA基因为目的片段,分别采用16S r DNA克隆文库法和高通量测序法分析大曲中细菌微生物群落的组成,并通过丰度和多样性分析,比较了两种方法在研究大曲样品细菌多样性方面的适用性。结果表明,在门、纲、目、科和属的分类水平上,克隆文库方法检测大曲样本微生物得到4个门,4个纲,5个目,4个科,6个属;高通量测序得到13个门,22个纲,33个目,61个科,133个属。在门的水平上,克隆文库与高通量测序检测出优势类群的总数量与总丰度分别为3个(99.32%)和4个(98.61%),共有优势类群及其丰度分别为Firmicutes(88.88%和79.32%)、Proteobacteria(7.8%和15.04%)、Actinobacteria(2.72%和1.77%)。重复样本分析,得出的结果相似。克隆文库法与高通量测序法在反映样本微生物群落规模上差异较大,而在反应大曲样本中主要微生物的物种组成及数量比例上结果相近,特别是样本中优势微生物类群的结果基本相同。两种方法各具优势。
