本研究旨在挖掘影响蕨麻猪总产仔数(Total number born,TNB)和产活仔数(Number born alive,NBA)的候选基因,为蕨麻猪高繁殖力基因组选育提供参考数据。采集140头蕨麻猪耳组织样品,提取DNA,利用50K液相芯片进行SNPs检测。分别采用广义线...本研究旨在挖掘影响蕨麻猪总产仔数(Total number born,TNB)和产活仔数(Number born alive,NBA)的候选基因,为蕨麻猪高繁殖力基因组选育提供参考数据。采集140头蕨麻猪耳组织样品,提取DNA,利用50K液相芯片进行SNPs检测。分别采用广义线性模型和混合线性模型对140头蕨麻猪个体的SNPs与TNB和NBA进行全基因组关联分析(Genome-wide association studies,GWAS),筛选影响该群体繁殖性状的候选基因。结果显示:针对TNB和NBA等2个性状,广义线性模型分别检测到14个和1个显著的SNPs位点。混合线性模型检测到TNB有2个显著的SNPs位点;未检测到显著影响NBA的SNP。筛选ZCCHC24、ENSSSCG00000046125和TENM1作为影响TNB的重要候选基因,ZCCHC24作为影响NBA的重要候选基因。展开更多
旨在评估两个不同来源大白猪群体经过近8个世代的选育后总产仔数(total number of piglets born,TNB)近交衰退的程度。本研究对1937头大白猪使用GeneSeek GGP Porcine HD芯片进行分型,其中1039头来自加系大白猪和898头来自法系大白猪,...旨在评估两个不同来源大白猪群体经过近8个世代的选育后总产仔数(total number of piglets born,TNB)近交衰退的程度。本研究对1937头大白猪使用GeneSeek GGP Porcine HD芯片进行分型,其中1039头来自加系大白猪和898头来自法系大白猪,且两品系均有表型记录和系谱记录,系谱共由3086头大白猪组成。分别使用系谱、SNP和ROH进行个体近交系数估计,并将近交系数作为协变量利用动物模型对总产仔数进行近交衰退评估。为了精准定位导致总产仔数衰退的基因组片段,又进一步对每条染色体以及显著染色体分段计算近交系数并估计其效应,检测是否能引起总产仔数发生近交衰退现象。对于加系群体,FROH、FGRM和FPED估计的近交系数均值分别为0.124、0.042和0.013,其中FROH和FPED相关最高,相关系数为0.358;对于法系群体,FROH、FGRM和FPED均值分别为0.123、0.052和0.007,其中FROH和FGRM相关最高,相关系数为0.371。利用3种不同计算方法所得近交系数用于估计近交衰退时,加系群体的总产仔数均检测到显著的近交衰退,而且当FROH、FGRM和FPED每增加10%时,总产仔数分别减少0.571、0.341和0.823头;但法系群体仅有FROH估计的总产仔数检测到显著近交衰退,FROH每增加10%时,总产仔数减少0.690头。为了锁定相关的染色体和基因组区段,首先利用ROH估计每条染色体近交系数并进行近交衰退分析发现,加系群体中检测到第6、7、8和13号染色体产生了显著近的总产仔数交衰退,而法系群体未检测到与近交衰退相关的染色体。然后,又将与加系总产仔数近交衰退显著相关的4条染色体平均分为2、4、6、8个片段进行近交衰退检测,其中平均分成8段后的染色片段的长度范围为15.1~25.8 Mb。在第6、7和8号染色体分别检测到1、2和3个与总产仔数相关的近交衰退染色体片段。这些区域注释到了CUL7、MAPK14和PPARD基因与胎盘发育相关,AREG和ER展开更多
文摘本研究旨在挖掘影响蕨麻猪总产仔数(Total number born,TNB)和产活仔数(Number born alive,NBA)的候选基因,为蕨麻猪高繁殖力基因组选育提供参考数据。采集140头蕨麻猪耳组织样品,提取DNA,利用50K液相芯片进行SNPs检测。分别采用广义线性模型和混合线性模型对140头蕨麻猪个体的SNPs与TNB和NBA进行全基因组关联分析(Genome-wide association studies,GWAS),筛选影响该群体繁殖性状的候选基因。结果显示:针对TNB和NBA等2个性状,广义线性模型分别检测到14个和1个显著的SNPs位点。混合线性模型检测到TNB有2个显著的SNPs位点;未检测到显著影响NBA的SNP。筛选ZCCHC24、ENSSSCG00000046125和TENM1作为影响TNB的重要候选基因,ZCCHC24作为影响NBA的重要候选基因。
文摘旨在评估两个不同来源大白猪群体经过近8个世代的选育后总产仔数(total number of piglets born,TNB)近交衰退的程度。本研究对1937头大白猪使用GeneSeek GGP Porcine HD芯片进行分型,其中1039头来自加系大白猪和898头来自法系大白猪,且两品系均有表型记录和系谱记录,系谱共由3086头大白猪组成。分别使用系谱、SNP和ROH进行个体近交系数估计,并将近交系数作为协变量利用动物模型对总产仔数进行近交衰退评估。为了精准定位导致总产仔数衰退的基因组片段,又进一步对每条染色体以及显著染色体分段计算近交系数并估计其效应,检测是否能引起总产仔数发生近交衰退现象。对于加系群体,FROH、FGRM和FPED估计的近交系数均值分别为0.124、0.042和0.013,其中FROH和FPED相关最高,相关系数为0.358;对于法系群体,FROH、FGRM和FPED均值分别为0.123、0.052和0.007,其中FROH和FGRM相关最高,相关系数为0.371。利用3种不同计算方法所得近交系数用于估计近交衰退时,加系群体的总产仔数均检测到显著的近交衰退,而且当FROH、FGRM和FPED每增加10%时,总产仔数分别减少0.571、0.341和0.823头;但法系群体仅有FROH估计的总产仔数检测到显著近交衰退,FROH每增加10%时,总产仔数减少0.690头。为了锁定相关的染色体和基因组区段,首先利用ROH估计每条染色体近交系数并进行近交衰退分析发现,加系群体中检测到第6、7、8和13号染色体产生了显著近的总产仔数交衰退,而法系群体未检测到与近交衰退相关的染色体。然后,又将与加系总产仔数近交衰退显著相关的4条染色体平均分为2、4、6、8个片段进行近交衰退检测,其中平均分成8段后的染色片段的长度范围为15.1~25.8 Mb。在第6、7和8号染色体分别检测到1、2和3个与总产仔数相关的近交衰退染色体片段。这些区域注释到了CUL7、MAPK14和PPARD基因与胎盘发育相关,AREG和ER
