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多位点序列分型技术及其研究进展 被引量:34
1
作者 王中强 邱少富 +2 位作者 王勇 孙岩松 宋宏彬 《军事医学科学院院刊》 CSCD 北大核心 2010年第1期76-79,共4页
多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术是一种基于核酸序列测定的基因分型方法,该方法选用多个看家基因(housekeeping gene)进行序列分析,通过序列的变化反映菌株之间的进化关系,具有较高的分辨率,可通过网络实现实验室... 多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术是一种基于核酸序列测定的基因分型方法,该方法选用多个看家基因(housekeeping gene)进行序列分析,通过序列的变化反映菌株之间的进化关系,具有较高的分辨率,可通过网络实现实验室间数据共享及比较,已广泛用于细菌基因分型研究。该文综述了MLST技术的原理、设计方法、结果分析及应用等方面的进展,并与其他分型方法进行了比较。 展开更多
关键词 多位点序列分型 基因分型 看家基因
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持家基因作为相对定量内标物的稳定性比较 被引量:25
2
作者 朱芷葳 董常生 《生物技术通讯》 CAS 2006年第5期807-809,共3页
定量PCR是在PCR定性技术基础上发展起来的核酸定量技术,定量检测时常用编码甘油醛-3-磷酸脱氢酶、β-肌动蛋白、28S和18SrRNA等的持家基因作为内部参照,这些基因被认为在某些类型细胞中的表达是恒定的。近年来,很多研究者发现上述持家... 定量PCR是在PCR定性技术基础上发展起来的核酸定量技术,定量检测时常用编码甘油醛-3-磷酸脱氢酶、β-肌动蛋白、28S和18SrRNA等的持家基因作为内部参照,这些基因被认为在某些类型细胞中的表达是恒定的。近年来,很多研究者发现上述持家基因的表达水平并不稳定,利用它们作为内标来定量并不准确。因此,在进行定量实验时应选择适当的2种或2种以上的内参基因,以减少检测标本间的差异。 展开更多
关键词 实时荧光定量反转录PCR 持家基因 定量检测
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葡萄果实发育后期半定量RT-PCR内参基因的优选 被引量:26
3
作者 赵晓 马会勤 +1 位作者 陈尚武 徐海英 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期7-14,共8页
葡萄果实发育后期基因表达水平的变化对果实品质形成具有重要影响,内参基因的选择是基因表达定量分析的关键影响因素。本试验以雷司令葡萄品种花后50、75和95 d的果实为材料,通过半定量RT-PCR,研究了常用持家基因Actin、Tubulin、GAPDH1... 葡萄果实发育后期基因表达水平的变化对果实品质形成具有重要影响,内参基因的选择是基因表达定量分析的关键影响因素。本试验以雷司令葡萄品种花后50、75和95 d的果实为材料,通过半定量RT-PCR,研究了常用持家基因Actin、Tubulin、GAPDH1、8 S rRNA的表达变化,探讨其作为葡萄果实发育后期基因表达半定量分析内参基因的可行性。结果表明:18 S rRNA的表达水平高,且最稳定,其次是Actin,而Tubulin和GADPH的相对表达水平较低;对VvTLP、GHF17 P和VvASR3个功能基因在不同果实材料中的表达水平进行半定量RT-PCR,VvTLP和VvASR的相对表达水平较高,GHF17 P的表达水平较低,整体上均呈现递增的趋势;以Actin和18 S rRNA为内参得到的归一化结果基本一致,在4个持家基因中18 S rRNA和Tubulin是优选的葡萄果实发育后期基因表达研究的内参基因。 展开更多
关键词 葡萄 发育后期 持家基因 半定量RT-PCR
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显齿蛇葡萄实时荧光定量PCR内参基因的筛选与验证 被引量:19
4
作者 许明 伊恒杰 +3 位作者 赵帅 张玉文 杨志坚 郑金贵 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期1192-1198,共7页
目的筛选适用于显齿蛇葡萄Ampelopsis grossedentata实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR,qRT-PCR)的内参基因。方法设计简并引物,采用RT-PCR从显齿蛇葡萄中克隆6个候选内参基因片段,包括肌动蛋白基因(Actin)、3-... 目的筛选适用于显齿蛇葡萄Ampelopsis grossedentata实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR,qRT-PCR)的内参基因。方法设计简并引物,采用RT-PCR从显齿蛇葡萄中克隆6个候选内参基因片段,包括肌动蛋白基因(Actin)、3-磷酸甘油醛脱氢酶基因(GAPDH)、18 S核糖体rRNA基因(18 S-rRNA)、α-微管蛋白基因(α-Tubulin)、β-微管蛋白基因(β-Tubulin)和多聚泛素酶基因(UBQ)。应用qRT-PCR技术检测这6个候选内参基因在显齿蛇葡萄不同组织器官中(茎尖、嫩叶、成熟叶、老叶、茎和根)的表达情况。借助Ge Norm、Norm Finder和Best Keeper 3种统计学软件综合评价6个内参基因的表达稳定性。通过苯丙氨酸解氨酶基因(Ag PAL)的表达分析对筛选出的内参基因进行稳定性验证。结果 18 S-rRNA、GAPDH和Actin的表达稳定性较好,适合作为显齿蛇葡萄不同组织基因表达研究的内参基因,以这3个基因为内参基因分析Ag PAL基因的相对表达量,结果发现它们在各组织器官中的表达变化趋势基本一致。结论确定显齿蛇葡萄qRT-PCR分析的合适内参基因,为后续相关基因表达研究奠定基础。 展开更多
关键词 显齿蛇葡萄 实时定量PCR 内参基因 看家基因 肌动蛋白基因 3-磷酸甘油醛脱氢酶基因 18 S核糖体rRNA基因 α-微管蛋白基因 β-微管蛋白基因 多聚泛素酶基因
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拟诺卡氏菌16S rRNA,gyrB,sod和rpoB基因的系统发育分析 被引量:15
5
作者 杨玲玲 职晓阳 李文均 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期951-955,共5页
为了更好地了解拟诺卡氏菌属(Nocardiopsis)各物种间的系统发育关系,该属现有有效描述种的gyrB,sod和rpoB基因的部分序列被测定,结合16S rRNA基因,对拟诺卡氏菌属进行了系统发育重建。研究发现拟诺卡氏菌属gyrB,sod和rpoB基因的平均相... 为了更好地了解拟诺卡氏菌属(Nocardiopsis)各物种间的系统发育关系,该属现有有效描述种的gyrB,sod和rpoB基因的部分序列被测定,结合16S rRNA基因,对拟诺卡氏菌属进行了系统发育重建。研究发现拟诺卡氏菌属gyrB,sod和rpoB基因的平均相似性分别为87.7%、87.3%和94.1%,而16S rRNA基因的平均相似性则达到96.65%,3个看家基因均比16S rRNA具有更高的分歧度。比较基于不同基因的系统树发现,由gyrB基因得到的系统树拓扑结构与16S rRNA得到的结构在亚群上基本一致。因此,gyrB基因在拟诺卡氏菌属的系统分类上比16S rRNA基因更具优越性。 展开更多
关键词 拟诺卡氏菌属 系统发育分析 16S RRNA基因 看家基因
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多位点序列分型及其应用 被引量:14
6
作者 张少敏 徐建国 《疾病监测》 CAS 2008年第10期648-650,共3页
多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)是一种基于核酸序列测定的细菌分型方法。这种方法通过PCR扩增多个管家基因内部片段并测定其序列,分析菌株的变异。MLST操作简单,结果能快速得到并且便于不同实验室的比较,已经用于多... 多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)是一种基于核酸序列测定的细菌分型方法。这种方法通过PCR扩增多个管家基因内部片段并测定其序列,分析菌株的变异。MLST操作简单,结果能快速得到并且便于不同实验室的比较,已经用于多种细菌的流行病学监测和进化研究。随着测序速度的加快和成本的降低,以及分析软件的发展,MLST逐渐成为细菌的常规分型方法。 展开更多
关键词 管家基因 多位点序列分型 应用
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实时RT-PCR检测大鼠死后管家基因mRNA的时序性降解 被引量:11
7
作者 任广睦 刘季 王英元 《法医学杂志》 CAS CSCD 2009年第1期33-36,共4页
目的研究实时荧光定量RT-PCR方法检测死亡大鼠管家基因mRNA时序性降解的可行性,为死亡时间(postmortem interval,PMI)推断寻找新的研究手段。方法应用SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR技术,检测死后不同时间大鼠脑和脾中管家基因GAPDH m... 目的研究实时荧光定量RT-PCR方法检测死亡大鼠管家基因mRNA时序性降解的可行性,为死亡时间(postmortem interval,PMI)推断寻找新的研究手段。方法应用SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR技术,检测死后不同时间大鼠脑和脾中管家基因GAPDH mRNA及β-actin mRNA的水平,结果用循环阈值(简称Ct值)表示,分析死后经过时间与Ct值的线性关系,并建立死亡时间推断回归方程。结果GAPDH mRNA和β-actin mRNA的Ct值均与PMI之间存在显著的相关性。结论SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR在定量分析mRNA降解的研究中是一个较理想的技术手段。选用管家基因作为PMI推断的研究对象,可在法医检案中消除其他基因因为个体差异带来的误差,更具实用性。Ct值作为动态监测机体死后不同时间点的客观指标,与死后不同时间点的线性关系良好,推断死后经过时间尤其是晚期死亡时间较为理想。 展开更多
关键词 法医病理学 逆转录聚合酶链反应 死亡时间推断 管家基因 大鼠
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可用于实时荧光定量PCR标准化的白桦内参基因 被引量:12
8
作者 尹静 任春林 +4 位作者 詹亚光 滕文华 陈秀福 王玉成 孙红冉 《植物生理学通讯》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1061-1066,共6页
为了快速、准确的对白桦多个样品进行基因表达分析,本研究应用荧光定量PCR技术,对白桦持家基因微管蛋白基因(Tu)和泛素基因(UbQ)在不同处理的细胞及不同树龄或不同生长季节白桦植株各部位表达的稳定性进行检测。结果表明,对于茉莉酸甲酯... 为了快速、准确的对白桦多个样品进行基因表达分析,本研究应用荧光定量PCR技术,对白桦持家基因微管蛋白基因(Tu)和泛素基因(UbQ)在不同处理的细胞及不同树龄或不同生长季节白桦植株各部位表达的稳定性进行检测。结果表明,对于茉莉酸甲酯(MeJA)、水杨酸(SA)处理的白桦细胞和不同生长季节白桦植株的基因定量表达分析,可同时使用Tu和UbQ平衡化qRT-PCR数据;而针对不同树龄白桦茎皮中基因表达研究时,单独使用UbQ基因作为内参对照即可获得精确的表达数据。 展开更多
关键词 白桦 实时定量PCR 持家基因
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霍乱弧菌主要毒力和管家基因序列分析 被引量:11
9
作者 芮勇宇 许锐恒 +2 位作者 阚飙 高守一 俞守义 《中国公共卫生》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期31-33,共3页
目的分析广东霍乱弧菌(VC)代表菌株主要毒力基因和管家基因序列。方法PCR扩增霍乱弧菌的主要毒力基因(ctxAB和tcpA)和管家基因(dnaE、hlyA、mdh和recA)、基因测序、对序列进行生物信息学分析。结果不同年代分离的2株埃尔托型(EV... 目的分析广东霍乱弧菌(VC)代表菌株主要毒力基因和管家基因序列。方法PCR扩增霍乱弧菌的主要毒力基因(ctxAB和tcpA)和管家基因(dnaE、hlyA、mdh和recA)、基因测序、对序列进行生物信息学分析。结果不同年代分离的2株埃尔托型(EVC)产毒株和1株0139群VC产毒株的主要毒力基因序列与国内外相关报告比较,ctxA基因及推测的氨基酸序列的同源性分别为99.7%~100%和98.8%~100%.ctxB基因及推测的氨基酸序列的同源性分别为98.8%~100%和96.8%~100%,tcpA基因序列与EVC国际标准株N16961 100%同源。3株产毒株的dnaE、hlyA、mdh和recA基因序列同源性分别为99.8%~100%,100%,99.5%~99.8%和100%,氨基酸序列同源性分别为100%.100%,98.5%~99.3%和100%;3株产毒株和O139群VC非产毒株的管家基因序列同源性分别为97.0%~97.2%,91.8%,94.1%~94.4%,96.9%,氨基酸序列同源性分别为100%,94.6%,94.3%~98.5%和99.7%。结论广东省不同年代EVC产毒株和O139群VC产毒株的群体遗传学关系高度密切,而与O139群VC非产毒株较远,O139群VC产毒株可能起源于EVC产毒株。 展开更多
关键词 霍乱弧菌 霍乱肠毒素基因 毒力协同调节菌毛A亚单位基因 管家基因 序列分析
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基于管家基因与水平转移基因的菌株亲缘性分析 被引量:10
10
作者 姜如金 朱健铭 吴康乐 《中华医院感染学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第18期3765-3769,共5页
目的了解30株多药耐药鲍氏不动杆菌(MDRAB)的菌株亲缘性。方法对该组MDRAB完成了2种与耐药相关的管家基因和49种水平转移获得与β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类耐药相关基因,以及13种接合性质粒、转座子、插入序列、整合子等可移动... 目的了解30株多药耐药鲍氏不动杆菌(MDRAB)的菌株亲缘性。方法对该组MDRAB完成了2种与耐药相关的管家基因和49种水平转移获得与β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类耐药相关基因,以及13种接合性质粒、转座子、插入序列、整合子等可移动遗传元件遗传标记检测,并对检测结果作了样本聚类分析。结果 30株MDRAB多态性明显,多数菌株已发生演化;只有A群与B群为克隆传播,水平转移基因检测阳性的模式可分15种。结论与耐药相关的管家基因和水平转移获得的耐药基因均为显性遗传,与我们研究耐药菌所观察的表型相对应,为追溯耐药菌传播途径提供了方便。 展开更多
关键词 鲍氏不动杆菌 管家基因 水平转移基因 菌株亲缘性分析
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罗汉果内参基因筛选和3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶时空表达分析 被引量:10
11
作者 郭茜茜 马小军 +3 位作者 白隆华 潘丽梅 冯世鑫 莫长明 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2014年第15期2224-2229,共6页
目的筛选罗汉果Siraitia grosvenorii基因表达分析的内参基因,研究苷V生物合成关键酶3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)时空表达特性。方法克隆罗汉果看家基因甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、微管蛋白(α-tubulin)、肌动蛋白(β-actin... 目的筛选罗汉果Siraitia grosvenorii基因表达分析的内参基因,研究苷V生物合成关键酶3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)时空表达特性。方法克隆罗汉果看家基因甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、微管蛋白(α-tubulin)、肌动蛋白(β-actin)和泛素(UBQ5)的基因片段,评价了4个基因在不同部位(叶、茎和果)及果实发育不同时期的稳定性,筛选内参基因,分析HMGR的时空表达特性。结果 UBQ5表达最稳定,适宜作为内参基因;叶片的HMGR相对表达量较低,茎和果实相对表达量较高;果实不同发育时期,HMGR的相对表达量呈现先升高再降低然后再升高再降低的波动式变化,70 d后HMGR的相对表达量最高,然后依次是5、30、10、50 d。结论 UBQ5是适宜的内参基因。叶片、茎和果实中,HMGR的相对表达量差异明显。果实发育不同时期,HMGR的相对表达量呈波动式变化,与苷V合成积累变化规律相似。 展开更多
关键词 罗汉果 看家基因 内参基因 3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶 时空表达特性 甘油醛-3-磷酸脱氢酶 微管蛋白 肌动蛋白 泛素
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上海市动物源性食品中单增李斯特菌的MLST分析 被引量:9
12
作者 刘萍萍 王少辉 +5 位作者 赵秋华 李蓓蓓 邵东华 史子学 魏建超 马志永 《中国动物传染病学报》 CAS 2013年第4期18-22,共5页
为了解上海市动物性食品中单增李斯特菌的进化情况和群体遗传学特征,本研究采用MLST法和eBURST软件对33株分离株进行分子分型及进化树分析。结果共分成8个型别,并且33株单增李斯特菌之间遗传相关性不是很大。分为4个进化谱系:ST11和ST19... 为了解上海市动物性食品中单增李斯特菌的进化情况和群体遗传学特征,本研究采用MLST法和eBURST软件对33株分离株进行分子分型及进化树分析。结果共分成8个型别,并且33株单增李斯特菌之间遗传相关性不是很大。分为4个进化谱系:ST11和ST196为一个进化谱系,ST9、ST8和ST155为一个进化谱系,ST87和ST277/589为一个进化谱系,所占比例最多的ST121单独一个进化谱系。 展开更多
关键词 单增李斯特菌 MLST分型 管家基因 进化树
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链霉菌看家基因引物的设计与验证 被引量:8
13
作者 郭银平 黄英 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期1080-1083,共4页
看家基因的扩增与测序是进行多基因系统进化分析首先需要解决的问题。针对链霉菌这一群高(G+C)mol%革兰氏阳性细菌,选定4个看家基因:atpD、recA、rpoB和trpB,利用NCBI数据库中已有的2个链霉菌和3个分枝杆菌的全基因组序列,以及另两个链... 看家基因的扩增与测序是进行多基因系统进化分析首先需要解决的问题。针对链霉菌这一群高(G+C)mol%革兰氏阳性细菌,选定4个看家基因:atpD、recA、rpoB和trpB,利用NCBI数据库中已有的2个链霉菌和3个分枝杆菌的全基因组序列,以及另两个链霉菌的recA基因序列,通过软件分析设计了各基因的扩增和测序引物,并优化了扩增反应条件。从所试验的55株链霉菌中,均特异地扩增出了上述4个基因的片段,并成功进行了序列测定,验证了所设计引物的实用性。所归纳的引物设计方法可用于高(G+C)mol%革兰氏阳性细菌的其它看家基因,以促进多基因系统进化研究的开展。 展开更多
关键词 看家基因 引物 链霉菌 扩增 测序 高(G+C)mol%
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反转录实时定量PCR在植物基因表达分析上的研究进展 被引量:8
14
作者 胡昊 李进进 王彩云 《中国农学通报》 CSCD 2013年第15期127-134,共8页
近年来,反转录实时定量PCR作为一项新的核酸序列定量分析技术以其定量准确、高灵敏度和高通量等特点,已被广泛的应用于分子诊断、病理分析以及食品安全检测等方面。然而其在植物基因表达水平研究上的报道较为少见。在前人研究基础上,总... 近年来,反转录实时定量PCR作为一项新的核酸序列定量分析技术以其定量准确、高灵敏度和高通量等特点,已被广泛的应用于分子诊断、病理分析以及食品安全检测等方面。然而其在植物基因表达水平研究上的报道较为少见。在前人研究基础上,总结了反转录实时定量PCR在植物基因综合表达分析、基因家族表达分析、基因差异表达分析、转基因表达分析等方面的应用;分析了反转录、看家基因选择等影响检测基因表达的因素;指出该技术在重复性、灵敏度、标准化上所存在的问题。随着分子生物技术的发展,反转录实时定量PCR将会在植物遗传育种、植物病理检疫以及分子进化等方面发挥更为广泛的作用。 展开更多
关键词 实时定量PCR 植物基因表达 反转录 看家基因
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黑木相思根瘤菌遗传多样性 被引量:9
15
作者 窦雅静 陆俊锟 +3 位作者 康丽华 王胜坤 江业根 廖绍波 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期1439-1448,共10页
【目的】研究分离自广东、福建、江西等15个地点的174株黑木相思(Acacia melanoxylon)根瘤菌的遗传多样性。【方法】采用16S rDNA限制性片段长度多态性分析(Restriction fragment length polymorphism,RFLP)和16S rDNA基因、持家基因(r... 【目的】研究分离自广东、福建、江西等15个地点的174株黑木相思(Acacia melanoxylon)根瘤菌的遗传多样性。【方法】采用16S rDNA限制性片段长度多态性分析(Restriction fragment length polymorphism,RFLP)和16S rDNA基因、持家基因(recA、atpD、glnII)系统发育分析的方进行研究。【结果】16S rDNAPCR-RFLP分析中,在70%的相似性水平上,所有供试菌株分成9个类群;16S rDNA基因和持家基因系统发育分析结果基本一致,34株代表菌株主要分布在α-变形菌纲(Alpha-Proteobacteria)的慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)、根瘤菌属(Rizobium)、中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium),并与Bradyrhizobium liaoningense、Bradyrhizobium betae、Bradyrhizobium cytisi、Rizobium multihospitium、Mesorhizobium plurifarium亲缘关系较近。【结论】供试菌株被鉴定到属的水平,Bradyrhizobium、Rhizobium或Mesorhizobium为优势菌群,证明了黑木相思根瘤菌具有丰富的遗传多样性。 展开更多
关键词 黑木相思 根瘤菌 遗传多样性 16S rDNAPCR-RFLP 持家基因
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进境油菜籽中十字花科黑斑病菌的检测 被引量:7
16
作者 叶露飞 周国梁 +4 位作者 印丽萍 白章红 李孝军 杨赛军 易建平 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期410-417,共8页
利用MT选择性培养基从加拿大进境油菜籽样品中分离到2株细菌分离物2305-1和5309-1,对分离物进行致病性测定、LOPAT测试、Biolog测试、hrpZ和印基因序列分析,以及多位点序列分析。结果表明:2株分离物人工接种油菜、花椰菜和番茄幼苗... 利用MT选择性培养基从加拿大进境油菜籽样品中分离到2株细菌分离物2305-1和5309-1,对分离物进行致病性测定、LOPAT测试、Biolog测试、hrpZ和印基因序列分析,以及多位点序列分析。结果表明:2株分离物人工接种油菜、花椰菜和番茄幼苗都能引起典型黑斑症状;LOPAT测试和Biolog测试结果与丁香假单胞菌(Pseudomonas syringae)的各项生理指标一致;hrpZ基因序列与十字花科黑斑病菌(P.syringaepv.maculicola)和番茄细菌性叶斑病菌(P.syringae pv.tomato)的序列相似性均为99.18%-100%;cfl基因序列分析表明分离物2305一l和5309—1基因组中存在冠毒素合成基因;选择gyrB、ropD、gltA、gap1、acnB和pgi6个看家基因进行多位点序列分析,系统发育树显示分离物2305.1和5309—1均与P.syringaepv.ma.culicola聚在一起。根据试验结果将分离物2305.1和5309.1鉴定为十字花科黑斑病菌P.syringaepv.maculicola。 展开更多
关键词 油菜籽 十字花科黑斑病菌 多位点序列分析 看家基因 检测
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火龙果UQT和18s rRNA内参基因片段的克隆及表达分析 被引量:6
17
作者 罗霞 文晓鹏 《山地农业生物学报》 2015年第2期23-26,共4页
本文基于植物UQT和18s rRNA基因的保守区设计简并引物,克隆了UQT基因和18s rRNA基因,分别命名为Hu UQT和Hu18s rRNA。生物信息学分析表明,Hu UQT基因c DNA序列为271 bp,编码87个氨基酸;Hu18s rRNA基因c DNA序列为209 bp。Hu UQT基因片... 本文基于植物UQT和18s rRNA基因的保守区设计简并引物,克隆了UQT基因和18s rRNA基因,分别命名为Hu UQT和Hu18s rRNA。生物信息学分析表明,Hu UQT基因c DNA序列为271 bp,编码87个氨基酸;Hu18s rRNA基因c DNA序列为209 bp。Hu UQT基因片段与其他植物UQT基因核苷酸序列的同源性均在78%以上;Hu18s rRNA基因片段与其他植物Hu18s rRNA基因核苷酸序列的同源性均在98%以上。RT-PCR结果显示,Hu UQT基因和Hu18s rRNA基因不仅在火龙果不同种质之间表达稳定,而且在干旱胁迫不同时期的样品中表达稳定。因此,UQT基因和Hu18s rRNA基因可以作为内参基因用于火龙果抗逆性和生长发育过程中基因表达规律研究。 展开更多
关键词 火龙果 克隆 内参基因 表达分析
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铜绿假单胞菌耐药率与多位点序列分型研究 被引量:6
18
作者 徐立群 吴立燕 +4 位作者 丁汀 魏霞 严倩 赖登攀 陈燕 《中华医院感染学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期501-504,共4页
目的研究铜绿假单胞菌的耐药率与分子流行病学规律,明确其进化特征,为临床抗菌药物的合理应用提供依据。方法2010年6月-2012年10月对168株铜绿假单胞菌开展体外药物敏感性试验与多位点序列分型(MLST)研究,并应用BioNumerics与START... 目的研究铜绿假单胞菌的耐药率与分子流行病学规律,明确其进化特征,为临床抗菌药物的合理应用提供依据。方法2010年6月-2012年10月对168株铜绿假单胞菌开展体外药物敏感性试验与多位点序列分型(MLST)研究,并应用BioNumerics与START2软件进行生物信息学分析,以揭示其流行趋势。结果MLST方案中选取的7个管家基因GC含量分布达60.0%~70.0%;各等位基因数分布于4~10个,aroE的等位基因数只有4个,而acsA的等位基因数有10个,trpE的多态性位点最多,为16个;168株铜绿假单胞菌对除多黏菌素外的抗菌药物耐药率为16.3%~35.2%;MLST结果显示,全部菌株共形成20个ST型,其中ST244有26株、ST986有22株、ST597有16株、ST441有13株,上述4个ST型均属于克隆复合体CC244,此外,研究还发现5个新ST型。结论铜绿假单胞菌对临床常用抗菌药物的耐药率较高,呈现多药耐药趋势;铜绿假单胞菌的传播趋势以散发为主,其进化速度较快,但在医院抗菌药物选择压力的作用下也易形成典型的克隆复合体,目前需要重点监控以CC244为代表的铜绿假单胞菌的流行,以防其在医院内大规模暴发与流行。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 多位点序列分型 管家基因 克隆复合体
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从珍珠龙趸体内分离的1株创伤弧菌的鉴定及耐药性分析 被引量:6
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作者 辜良斌 徐力文 +4 位作者 王雨 苏友禄 刘广锋 郭志勋 冯娟 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期162-167,共6页
为研究创伤弧菌Vibrio vulnificus对药物的敏感性,减少珍珠龙趸养殖业中的病害影响,从患病珍珠龙趸(pearl gentian)(棕点石斑鱼Epinephelus fuscoguttatus早×鞍带石斑鱼E.1anceolatus♂)肝肾中分离出一株病原菌,编号为X11X... 为研究创伤弧菌Vibrio vulnificus对药物的敏感性,减少珍珠龙趸养殖业中的病害影响,从患病珍珠龙趸(pearl gentian)(棕点石斑鱼Epinephelus fuscoguttatus早×鞍带石斑鱼E.1anceolatus♂)肝肾中分离出一株病原菌,编号为X11XC26,并对其进行了鉴定及耐药性分析。经攻毒试验证明,该菌对斜带石斑鱼E.eoioide5有较强的致病性,半数致死浓度(LD与n)为1.70x105CFU/g,呈急性感染型;对该菌株进行常规生理生化试验、API(32E)系统鉴定和16SrDNA、rctB、topA、mreB、rpoD等5种管家基因序列分析,可将该菌株鉴定为创伤弧菌;通过纸片扩散K-B法测试了该菌株对16种药物的敏感性,结果显示,该菌株对氧氟沙星、诺氟沙星、环丙沙星、恩诺沙星和阿莫西林5种药物敏感,对多粘菌素B等11种药物不敏感。本研究中从患病珍珠龙趸体内分离出创伤弧菌在国内属首次报道,而该菌株较强的耐药性应引起人们的关注。 展开更多
关键词 珍珠龙趸 创伤弧菌 药物敏感 管家基因
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鸡杆菌河南分离株的分子进化分析 被引量:6
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作者 张金来 杨猛 +5 位作者 陈陆 付仁一 杨霞 赵军 王川庆 王泽霖 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2011年第6期8-14,共7页
【目的】确定鸡杆菌河南分离株的具体种属和进化地位。【方法】以9株鸡杆菌河南分离株为研究对象,根据GenBank上登录的相关序列,针对鸡杆菌3个管家基因rpoB、infB和atpD设计引物,并进行PCR扩增、克隆和序列测定分析;将9株鸡杆菌的3个管... 【目的】确定鸡杆菌河南分离株的具体种属和进化地位。【方法】以9株鸡杆菌河南分离株为研究对象,根据GenBank上登录的相关序列,针对鸡杆菌3个管家基因rpoB、infB和atpD设计引物,并进行PCR扩增、克隆和序列测定分析;将9株鸡杆菌的3个管家基因部分核苷酸序列,与已知的鸡杆菌属和巴氏杆菌科其他属相关参考株的相应基因序列进行比较分析并构建进化树。【结果】扩增出rpoBi、nfB和atpD3个管家基因部分序列,长度分别为566,531和1 441 bp,将测序结果登陆到GenBank。鸡杆菌分离株间的同源性分别为98.3%~100%(rpoB)、90.5%~100%(infB)和98.3%~100%(atpD);分离株与国外鸭源鸡杆菌分离株间的同源性分别为97.1%~98.5%(rpoB)8、5.2%~93.2%(infB)和98.3%~98.8%(atpD);分离株与国外鸡杆菌属其他种的同源性分别为84.3%~86.8%(rpoB),83.1%~86.7%(infB);鸡杆菌分离株与巴氏杆菌科其他代表属的同源性分别为77.4%~79.3%(rpoB)、78.2%~79.7%(infB)和83.5%~84.1%(atpD)。遗传进化分析显示,9株鸡杆菌河南分离株与鸭源鸡杆菌处于同一大分支之中。【结论】9株鸡杆菌河南分离株均为鸭源鸡杆菌。 展开更多
关键词 鸡杆菌 管家基因 进化分析 进化树
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