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中国明对虾基因组小卫星重复序列分析 被引量：4
1
作者 高焕 孔杰 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第1期101-107,共7页
通过对中国明对虾基因组随机DNA片断的测序 ,我们获得了总长度约 6 4 10 0 0个碱基的基因组DNA序列 ,从中共找到 172 0个重复序列。其中 ,小卫星序列的数目为 398个 ,占重复序列总数目的 2 3 14 %。这些小卫星序列的重复单位长度为 7- 1... 通过对中国明对虾基因组随机DNA片断的测序 ,我们获得了总长度约 6 4 10 0 0个碱基的基因组DNA序列 ,从中共找到 172 0个重复序列。其中 ,小卫星序列的数目为 398个 ,占重复序列总数目的 2 3 14 %。这些小卫星序列的重复单位长度为 7- 16 5个碱基 ,集中分布于 7- 2 1个碱基范围内 ,其中以重复单位长度为 12个碱基的重复序列数目最多 ,为 5 8个 ,占小卫星重复序列总数目的 14 5 7%。不同拷贝数目所对应的重复序列的数目情况为 :拷贝数目为 2的重复单位所组成的重复序列数目最多 ,为 137个 ;其次是拷贝数目为 3的重复序列 ,为12 2个 ,且随着拷贝数目的增加 ,由其所组成的重复序列的数目呈递减的趋势。其中一部分序列见GeneBank数据库 ,登录号为AY6 990 72 -AY6 990 76。 398个重复序列分别由 398种重复单位所组成 ,因而小卫星重复序列的类型很多 ,我们初步分成三类 :两种碱基组成类别、三种碱基组成类别和四种碱基组成类别 ,并进一步根据各个重复序列中所含有的碱基种类的数量从大到小排列这些碱基而分成若干小类。从这些分类中可以看出 ,中国明对虾基因组中的小卫星整体上是富含A +T的重复序列 ,并具有一定的“等级制度” ,揭示了其与微卫星重复序列之间的关系 。 展开更多
关键词 碱基 重复序列 小卫星重复 数目 基因组 拷贝数 动物学 总数 微卫星重复 序列分析
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广东汉族人群St14(DXS52)VNTR与血友病A携带者的检测 被引量：3
2
作者 马爱华 曾瑞萍 贺奇才 《中华血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2000年第7期362-365,共4页
目的　研究广东正常人群St14(DXS5 2 )位点的遗传多态性 ,为血友病A的基因诊断提供依据。方法　采用扩增片段长度多态性 (Amp FLP)分析技术 ,检测了广东地区无血缘关系的正常汉族个体 12 5名 ,男 2 1名 ,女 10 4名 ,总计 2 2 9条X染色... 目的　研究广东正常人群St14(DXS5 2 )位点的遗传多态性 ,为血友病A的基因诊断提供依据。方法　采用扩增片段长度多态性 (Amp FLP)分析技术 ,检测了广东地区无血缘关系的正常汉族个体 12 5名 ,男 2 1名 ,女 10 4名 ,总计 2 2 9条X染色体。利用此数目可变串联重复序列 (VNTR)多态作为遗传标记 ,对 4个血友病A家系进行连锁分析。结果　共检出 11种等位片段 ,其片段大小为 70 0～1810bp ,基因频率分布为 0 .0 0 44～ 0 .480 3。在该群体的男性个体中观察到 7种基因型 ,女性个体中观察到 17种基因型 ,观察杂合度为 0 .432 ,多态信息含量为 0 .7335。研究的 4个家系中 2个有诊断信息 ,在 1个家系中确定了 2名女性为正常人 ,而非携带者 ;在另 1个家系中检出 1名女性携带者。结论　St14(DXS5 2 )位点VNTR多态是对华南地区血友病A携带者检测有一定应用价值的遗传标记 ,并与欧洲白种人群间存在差异性。 展开更多
关键词 St14(DXS52) 血友病A 汉族人群 VNTRe
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日本囊对虾基因组小卫星的特征分析 被引量：1
3
作者 栾生 孔杰 +3 位作者 王清印 高焕 王伟继 张庆文 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期137-144,共8页
为了分析日本囊对虾基因组中小微星序列的分布特征并开发小卫星标记,构建了日本囊对虾随机基因组文库,对其中片段长度为400-1 000bp的3 395个克隆测序,共获得总长度为1 606 711bp的DNA序列。在序列拼接后的2 815个克隆中,筛选到487个小... 为了分析日本囊对虾基因组中小微星序列的分布特征并开发小卫星标记,构建了日本囊对虾随机基因组文库,对其中片段长度为400-1 000bp的3 395个克隆测序,共获得总长度为1 606 711bp的DNA序列。在序列拼接后的2 815个克隆中,筛选到487个小卫星序列,其序列总长度占测序序列总长度的3.97%。小卫星序列中,以12bp重复单位的序列数量最多(8.62%),总体趋势表现为重复单位越长,相应的重复序列数目越少(R=-0.826,P<0.01)。小卫星重复单位拷贝数分布范围以8bp重复单位最广(3.1-47.6),其次是10bp(2.5-44),再次是12bp(2.2-28)。平均拷贝数最高的三种重复类型分别为8bp重复单位(13.45),32bp(9.32)和7bp(9.28)。小卫星序列重复单位的拷贝数分布范围2-48,集中分布在2-30,且表现为拷贝数目越大,其相应的重复序列数目越低的趋势。小卫星序列中,AT含量大于50%的序列占66%小卫星AT含量与相应的序列数目不相关(R=0.063,P<0.05)。小卫星侧翼序列分析表明,随着小卫星GC含量的升高,其两端侧翼序列GC含量表现为不断增大的趋势(R=0.731,P<0.01),小卫星序列的产生与其两端侧翼序列的碱基组成可能存在一定的关系。 展开更多
关键词 日本囊对虾 串联重复序列 小卫星 重复单位 拷贝数
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基于SCAR标记和DNA条形码技术的苍术基原鉴别研究
4
作者 陈研 冯露露 +1 位作者 黄荣 齐伟辰 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2024年第2期490-501,共12页
目的开发出能同时鉴别北苍术和关苍术的分子标记方法,并探究不同种质资源苍术的遗传进化关系。方法对不同地区北苍术Atractylodes chinensis(Bunge)Koidz及关苍术A.japonica Koidz.ex Kitam基因组DNA的差异片段进行测序,结合SRAP、ISSR... 目的开发出能同时鉴别北苍术和关苍术的分子标记方法,并探究不同种质资源苍术的遗传进化关系。方法对不同地区北苍术Atractylodes chinensis(Bunge)Koidz及关苍术A.japonica Koidz.ex Kitam基因组DNA的差异片段进行测序,结合SRAP、ISSR、DAMD分子标记方法,优化PCR反应体系,筛选并转换成特异性标记,同时,采用条形码方法分析种间序列差异。结果通过SRAP、ISSR、DAMD三种分子标记方法的PCR扩增,共筛选出198对能稳定扩增且重现性好的引物,转换出7对能稳定、快速鉴别北苍术和关苍术的SCAR引物。条形码方法检测出北苍术ITS2序列长度为454 bp,关苍术ITS2序列长度为453 bp,与其他苍术属植物之间遗传距离较远。NJ树结果显示,北苍术、关苍术及其他苍术属植物均各自聚为一支,表现出良好的单系性。依据ITS2二级结构,4种苍术属植物在螺旋区的茎环数目、大小、位置均有明显差异,可以直观地进行区分。结论所开发的特异性SCAR标记为苍术属植物优良品种的筛选提供了新方法,DNA条形码能稳定、准确鉴别北苍术。 展开更多
关键词 北苍术 关苍术 Internal transcribed spacer 2(ITS2) Sequence-related amplified polymorphism(SRAP) Inter-simple sequence repeat(ISSR) Direct amplification of minisatellite region DNA(DAMD) Sequence characterized amplified regions(SCAR)
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3′HVR的结构多态性及其PCR指纹分析
5
作者 余裕炉 张思仲 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 1995年第2期72-74,共3页
设计了一对与３＇ＨＶＲ（Ｄ１６Ｓ８５）中重复单位ａ以及旁侧单拷贝序列互补的寡核苷酸引物，建立了直接反映重复单位变异体排序多态性的ＰＣＲ技术，即小卫星变异重复单位ＰＣＲ（ｍｉｎｉｓａｔｅｌｌｉｔｅｖａｒｉａｂｌｅｒｅｐ... 设计了一对与３＇ＨＶＲ（Ｄ１６Ｓ８５）中重复单位ａ以及旁侧单拷贝序列互补的寡核苷酸引物，建立了直接反映重复单位变异体排序多态性的ＰＣＲ技术，即小卫星变异重复单位ＰＣＲ（ｍｉｎｉｓａｔｅｌｌｉｔｅｖａｒｉａｂｌｅｒｅｐｅａｔＰＣＲ，ＭＶＲＰＣＲ）。对１０名无血缘关系正常个体外周血白细胞ＤＮＡ样本以及１例死胎蜡块组织ＤＮＡ进行了分析。初步证实３＇ＨＶＲ内部结构具有高度的多态性，其带型类似经典的ＤＮＡ指纹图谱。结果提示，该方法有可能代替经典的ＤＮＡ指纹技术，并具有快速、简单、不需ＤＮＡ印迹杂交而易于推广，以及可以分析微量或部分降解ＤＮＡ样本的优点，特别适于法医鉴定及遗传病基因连锁诊断。 展开更多
关键词 DNA 指纹分析 聚合酶链反应 基因诊断 小卫星DNA
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河北汉族人群D1S8位点DNA结构多态性 被引量：1
6
作者 郭晓青 丛斌 +6 位作者 谷振勇 左敏 张国忠 姚玉霞 彭郁葱 王俊霞 尤红煜 《中华医学遗传学杂志》 EI CAS CSCD 北大核心 2000年第3期192-195,共4页
目的　研究小卫星变异重复序列 (minisatellite variant repeat,MVR)位点 D1S8的结构多态性 ,为 DNA指纹数据库的构建及法医学应用提供基础资料。方法　应用 MVR-聚合酶链反应和聚丙烯酰胺梯度凝胶电泳银染法 ,检测 2 40名河北汉族无关... 目的　研究小卫星变异重复序列 (minisatellite variant repeat,MVR)位点 D1S8的结构多态性 ,为 DNA指纹数据库的构建及法医学应用提供基础资料。方法　应用 MVR-聚合酶链反应和聚丙烯酰胺梯度凝胶电泳银染法 ,检测 2 40名河北汉族无关个体 D1S8位点重复序列的变异并进行数字编码。结果每一个体得到约 30个数字编码 ,未发现任何两个无关个体编码相同 ,30个编码完全相同的概率为 3.5 5×10 - 1 1 。 3种重复单位 a-型、t-型和 o-型出现的比例分别为 5 4.77%、42 .5 4%和 2 .6 9%。该位点杂合度为0 .9837,非父排除率为 0 .96 6 9,多态性信息含量为 0 .9833。结论　 D1S8位点多态性程度高 。 展开更多
关键词 D1S8 DNA结构多态性 数字编码 个人识别
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