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在中国发现普马拉型汉坦病毒 被引量:47
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作者 刘刚 李川 +13 位作者 扈光伟 李悦 姚来顺 陈玉庆 黄飚 任明 陈允志 关世新 于传友 那宝忠 钟向东 孙悦新 李文学 李德新 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期55-57,共3页
目的 确定我国是否存在普马拉 (Puumala)病毒。方法 从我国东北地区棕背肺标本中用RT PCR扩增汉坦病毒S片段基因序列 ,对所扩增序列进行核苷酸序列测定和分析。结果 从我国东北地区棕背肺标本中扩增出长度为 92 6碱基对的cDNA片... 目的 确定我国是否存在普马拉 (Puumala)病毒。方法 从我国东北地区棕背肺标本中用RT PCR扩增汉坦病毒S片段基因序列 ,对所扩增序列进行核苷酸序列测定和分析。结果 从我国东北地区棕背肺标本中扩增出长度为 92 6碱基对的cDNA片段 ,核苷酸序列测定证实为普马拉病毒S片段序列。与不同型别汉坦病毒代表株进行比较表明 ,此次发现为新的普马拉病毒株 ,系统发生分析结果表明 ,此次发现的病毒与普马拉病毒P3 60、K2 7、CG 82 0、CG 17株种系相近 ,同源性达到99 %以上。结论 我国存在普马拉病毒 。 展开更多
关键词 汉坦病毒 基因 结构 病毒 碱基序列
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一起引发手足口病流行的肠道病毒71型的分子特征 被引量:38
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作者 陈立 李秀珠 +5 位作者 张礼璧 朱晖 胡家瑜 丁晓光 祝双利 清水博之 《中国计划免疫》 2003年第5期283-287,共5页
上海市某幼儿园 2 0 0 0年 10~ 11月发生手足口病 (HFMD)流行 ,从患儿粪便标本中分离到 13株肠道病毒 71型 (EV71) ,血清学实验证明 ,所分离的病毒为此次HFMD流行的病因。对其中的 4株病毒 (SHANGHAI EV71 H2 5、SHANGHAI EV71 H2 6、S... 上海市某幼儿园 2 0 0 0年 10~ 11月发生手足口病 (HFMD)流行 ,从患儿粪便标本中分离到 13株肠道病毒 71型 (EV71) ,血清学实验证明 ,所分离的病毒为此次HFMD流行的病因。对其中的 4株病毒 (SHANGHAI EV71 H2 5、SHANGHAI EV71 H2 6、SHANGHAI EV71 F1和SHANGHAI EV71 F2 )进行了VP1区全基因核苷酸序列测定 ,并做了比较分析。 4株EV71VP1区全基因均为 891个核苷酸 ,编码 2 97个氨基酸 ,与检索到的广东省深圳市和台湾省HFMD病人EV71分离株同源性较高 (>94 % ) ,与脑炎EV71分离株 (BrCr株 )同源性低 (<83% )。种系发生树分析亦表明 ,上海市的 4株EV71与深圳株 (AF30 2 996 EV71 SHZH98)和台湾株 (AF2 86 5 31 FV71 TW 98)亲缘关系较近 ,与BrCr株亲缘关系较远。因此上海市HFMD 4株EV71分离株为本地流行株。 展开更多
关键词 手足口病 流行病学 肠道病毒71型 分子特征 小儿
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海南岛两株甲病毒基因组3′末端核苷酸序列的克隆与分析 被引量:28
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作者 赵文忠 周国林 +8 位作者 何海怀 付士红 金奇 赵春生 方美玉 蒋廉华 林立辉 梁国栋 侯云德 《中华实验和临床病毒学杂志》 CSCD 2000年第3期213-217,共5页
目的 从分子水平鉴定海南省分离的两株甲病毒 (HBb17和M1病毒 )。方法 采用RT-PCR方法 ,分别扩增两株病毒基因组的 3′末端核苷酸序列 ,扩增产物经亚克隆 ,筛选重组子并测定核苷酸序列对序列进行分析。结果 HBb17和M1病毒分别扩增出... 目的 从分子水平鉴定海南省分离的两株甲病毒 (HBb17和M1病毒 )。方法 采用RT-PCR方法 ,分别扩增两株病毒基因组的 3′末端核苷酸序列 ,扩增产物经亚克隆 ,筛选重组子并测定核苷酸序列对序列进行分析。结果 HBb17和M1病毒分别扩增出约 1 6kb和 1 3kb的特异片段。序列分析表明 ,在 3′末端非翻译区HBb17病毒与罗斯河病毒 (国际标准株T48病毒 )核苷酸同源性为99 % ,M1病毒与鹭山病毒 (SAG)同源性为 98% ;两病毒结构基因的E1区序列 ,HBb17病毒与罗斯河病毒核苷酸 (氨基酸 )同源性为 99% (99% ) ,M1病毒与鹭山病毒核苷酸 (氨基酸 )同源性为 97% (99% ) ,M1病毒与盖塔病毒同源性为 94% (98% )。结论 序列分析表明 ,海南岛分离的HBb17病毒属于罗斯河病毒 。 展开更多
关键词 甲病毒属 罗斯河病毒 鹭山病毒 克隆 分子生物学
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Partial nucleotide sequencing of hepatitis E viruses detected in sera of patients with hepatitis E from 14 cities in China 被引量:19
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作者 李奎 庄辉 朱万孚 《Chinese Medical Journal》 SCIE CAS CSCD 2002年第7期1058-1063,152-153,共6页
OBJECTIVE: To investigate the genotypes of hepatitis E viruses (HEV) detected in sera of patients from different regions of China. METHODS: The partial genome (nt6461-6860, nt5994-6294) of open reading frame 2 (ORF2) ... OBJECTIVE: To investigate the genotypes of hepatitis E viruses (HEV) detected in sera of patients from different regions of China. METHODS: The partial genome (nt6461-6860, nt5994-6294) of open reading frame 2 (ORF2) of 45 HEV strains detected from 14 cities of China was amplified and sequenced using polymerase chain reaction (PCR) and direct sequencing. RESULTS: Forty-one of 45 strains (91%) share the same genotype with HEV Burma strain (B), with nucleotide identities higher than 98% with the representative HEV Chinese strain. Only 4 HEV strains are significantly divergent from the 3 prototype strains of HEV, with nucleotide identities of 77%-80% with HEV Burmese/Chinese strain, 74%-76% with Mexican strain and 74%-77% with the newly discovered HEV US/swine strain, respectively. Phylogenetic analysis suggests that these 4 strains may represent 2 different subtypes that belong to a novel genotype of HEV, which is significantly divergent from the prototype Mexico, Burmese and US/swine strains. CONCLUSION: Among patients with hepatitis E in China, most are infected by the Chinese prototype HEV, and only a small part by the new genotype HEV. 展开更多
关键词 base sequence GENOTYPE Hepatitis E Hepatitis E virus Humans Open Reading Frames PHYLOGENY RNA Viral Research Support Non-U.S. Gov't
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黑龙江省首次发现汉坦病毒家鼠型的分子生物学证据 被引量:18
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作者 孙成群 陈露菲 +9 位作者 吴玉华 陶伟英 刘彦成 崔岩 许君 李冀宏 刘忠伟 孙荣芳 甄尚敏 张秀彬 《疾病控制杂志》 2000年第4期313-316,共4页
目的 测定从疫区捕获的宿主动物 -褐家鼠肺中分离的汉坦病毒 Pf2 6株的 S基因片段的全基因序列。方法 选择汉坦病毒 S基因序列保守区设计引物 ,用 RT- PCR方法将 S基因分两段扩增 ,再将扩增片段连接到 PU C19载体上 ,然后进行测序和... 目的 测定从疫区捕获的宿主动物 -褐家鼠肺中分离的汉坦病毒 Pf2 6株的 S基因片段的全基因序列。方法 选择汉坦病毒 S基因序列保守区设计引物 ,用 RT- PCR方法将 S基因分两段扩增 ,再将扩增片段连接到 PU C19载体上 ,然后进行测序和分析。结果  Pf2 6株的 S基因片段的全序列长为 1776 nt。只有一个主要的编码 N蛋白的 ORF,起始位置为第 43 nt,终止于1332 nt,编码的蛋白长为 42 9aa。 Pf2 6株的 S基因片段核苷酸序列与 SEO型中的病毒株的同源性最高 ,而与汉坦病毒其他型的同源性较差。从种系发生树分析来看 ,Pf2 6株归结于汉坦病毒的SEO型。在 SEO型之内 ,从 S基因的种系发生树 (A)上看 ,Pf2 6株与 sr- 11株的亲缘关系比较近。但是 ,从编码的 N蛋白的种系发生树 (B)上看 ,Pf2 6株与 Z37株、Guo3株的亲缘关系比较近。Pf2 6株的 S基因和 N蛋白序列与汉坦病毒 SEO型分离株 sr- 11,Z37,Guo3株的同源性最高 ,分别为 :核苷酸同源性 ,97% ,96 % ,88% ;氨基酸同源性 ,97% ,98% ,98%。Pf2 6株与 sr- 11株 ,Guo3株 ,Z37株 N蛋白氨基酸变异主要发生在 N蛋白的前半部分。中国分离到的 Pf2 6 ,Guo3,Z37株与 sr- 11株氨基酸变异主要集中在 aa6 9- aa75位之间。结论  Pf2 6株为一株新的汉坦病毒 SEO型病毒株。 展开更多
关键词 汉坦病毒 克隆聚合酶链反应 碱基序列
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具有cagA、vacA基因的幽门螺杆菌感染及其与胃十二指肠疾病的关系 被引量:17
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作者 许春娣 郑洁 +2 位作者 奚容平 陈舜年 徐家裕 《中华儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期144-147,共4页
目的 研究上海地区儿童慢性胃炎及消化性溃疡患者中具有cagA、vacA基因幽门螺杆菌感染 (HP)的感染状况以及cagA、vacA基因的存在与不同种类胃十二指肠疾病发生的关系。方法 对 12 4例有消化道症状 ,年龄在 4~ 13岁的儿童行胃镜检查 ... 目的 研究上海地区儿童慢性胃炎及消化性溃疡患者中具有cagA、vacA基因幽门螺杆菌感染 (HP)的感染状况以及cagA、vacA基因的存在与不同种类胃十二指肠疾病发生的关系。方法 对 12 4例有消化道症状 ,年龄在 4~ 13岁的儿童行胃镜检查 ,并在胃窦部取活检粘膜作HP的分离培养。利用聚合酶链反应技术 (PCR)测定分离培养出的HP菌株的cagA、vacA基因进行分型。扩增所用引物 :cagA1:5′ CCGGAGAATTCGATAACAGGCAAGCTTTTGAGG 3′ ,cagA2 :5′ GCCTGCAGTTATCGAAAA GATTGTTTGGCAG 3′,vacA1:5′ GTCAGCATCACACCGCAAC 3′ ,vacA2 :5′ CTGCTTGAATGCGCCAAAC 3′。结果  12 4例患儿中 ,分离培养出的HP菌株 6 1株 ,平均检出率为 5 0 0 % ,其中慢性胃炎培养阳性率为 48 45 % (4 7/ 97例 ) ,十二指肠球部溃疡为 6 2 30 % (14/ 2 6例 ) ,基因测定结果显示 ,6 1株HP中6 2 30 %含有cagA基因 ,42 6 2 %含有vacA基因。慢性胃炎和十二指肠球部溃疡cagA基因检出率相似(分别为 6 1 70 %和 6 4 2 8% ) ,而vacA基因检出率十二指肠球部溃疡明显高于慢性胃炎组 (71 43%和34 0 4% ,χ2 =6 16 6 ,P <0 0 5 )。进一步分型发现感染Hp菌株的十二指肠球部溃疡患儿中 ,5 0 % (7/14)为cagA+ 、vacA+ 型 ,慢性胃炎患儿中 38 30 % (18/ 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 儿童 感染 碱基序列 聚合酶链反应 胃炎 二十指肠溃疡 CAGA基因 cacA基因
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福建省新分离3株乙型脑炎病毒的分子特征鉴定 被引量:16
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作者 陈端 王环宇 +4 位作者 付士红 宋宏 邓娟 杨益良 梁国栋 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期5-8,共4页
目的 确定福建省新分离乙型脑炎病毒 (JEV)的基因分型及其E区段氨基酸序列特征。方法 用逆转录聚合酶链反应 (RT PCR)扩增并克隆新分离JEV(0 2 4 1、0 2 4 3、0 2 10 2 )的PrM、E区段核苷酸序列 ,测序后应用ClustalX软件做碱基配... 目的 确定福建省新分离乙型脑炎病毒 (JEV)的基因分型及其E区段氨基酸序列特征。方法 用逆转录聚合酶链反应 (RT PCR)扩增并克隆新分离JEV(0 2 4 1、0 2 4 3、0 2 10 2 )的PrM、E区段核苷酸序列 ,测序后应用ClustalX软件做碱基配对和比较分析 ,种系发生采用PHYLIP软件包分析。结果 新分离的 3株JEV属于基因Ⅲ型 ,E区段核苷酸和氨基酸与减毒活疫苗株SA 14 14 2株的同源性均在 96 %以上 ,在关键结构域有部分氨基酸差异。结论 福建省新分离的 3株病毒属于基因Ⅲ型JEV 。 展开更多
关键词 乙型脑炎病毒 JEV 分离 基因 E蛋白 分子特征 减毒活疫苗 区段 氨基酸 同源性
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中国和日本部分地区TT病毒的检出率及基因亚型分析 被引量:12
8
作者 刘卫东 波田寿一 +2 位作者 徐辉 程继东 东野一弥 《中华实验和临床病毒学杂志》 CSCD 2000年第2期169-172,共4页
目的 比较中国及日本部分地区TT病毒 (TTV)感染情况及基因亚型分布特征。方法采用半巢式 聚合酶链反应 (Semi nestedPCR)检测中国和日本部分慢性丙型肝炎患者及正常人血标本中的TTV感染情况 ,并对阳性产物片段直接进行序列分析。结果... 目的 比较中国及日本部分地区TT病毒 (TTV)感染情况及基因亚型分布特征。方法采用半巢式 聚合酶链反应 (Semi nestedPCR)检测中国和日本部分慢性丙型肝炎患者及正常人血标本中的TTV感染情况 ,并对阳性产物片段直接进行序列分析。结果 发现中国部分正常人群TTV感染率为 6 4% ;慢性丙型肝炎患者TTV感染率中国为 6 8% ,日本为 49.1%。基因亚型分布中国TTVG2a +2b亚型占 6 0 % ,G1a+1b亚型占 40 %。日本TTVG1a+1b亚型占 78.6 % ,G2a +2b亚型占 2 1.4%。结论 TTV在中日两国部分人群中均有较高的感染率 ,TTV基因亚型分布也有一定差异。 展开更多
关键词 肝炎病毒 TTV 聚合酶链反应 碱基序列 检出率
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基于基因技术的羊绒与羊毛纤维定性鉴别方法 被引量:13
9
作者 金美菊 阮勇 +2 位作者 李翔 石东亮 叶凌 《纺织学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第8期19-23,共5页
随着羊毛改性技术的发展,传统的光学显微镜鉴别羊绒和羊毛的方法逐渐显出其局限性。为此,采用基因技术,利用山羊与绵羊之间特定碱基序列的差别,通过纯羊绒、羊毛纤维及不同比例羊绒/羊毛混合物线粒体DNA的测序实验,研究羊绒、羊毛的DNA... 随着羊毛改性技术的发展,传统的光学显微镜鉴别羊绒和羊毛的方法逐渐显出其局限性。为此,采用基因技术,利用山羊与绵羊之间特定碱基序列的差别,通过纯羊绒、羊毛纤维及不同比例羊绒/羊毛混合物线粒体DNA的测序实验,研究羊绒、羊毛的DNA鉴别方法。结果表明:基于基因技术的DNA测序方法可以准确定性鉴别极小比例的羊绒、羊毛纤维;对于纯羊绒、羊毛纤维,采用1组引物,即可通过特定位点特征碱基序列组来鉴别;对于羊绒/羊毛混合物,分别采用羊绒引物和羊毛引物对样品测序,通过查找羊绒、羊毛纤维各自的特征序列,可鉴别样品中是否含有羊绒或羊毛。 展开更多
关键词 基因技术 羊绒 羊毛 碱基序列 引物 定性鉴别
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大肠杆菌LTB与霍乱弧菌CTB基因的克隆和表达及鉴定 被引量:9
10
作者 夏肖萍 严杰 +2 位作者 钊守凤 毛亚飞 李淑萍 《浙江大学学报(医学版)》 CAS CSCD 2003年第1期17-20,共4页
目的 :克隆大肠杆菌不耐热肠毒素 B亚单位 (L TB)及霍乱弧菌肠毒素 B亚单位 (CTB)基因 ,构建其表达载体。方法 :采用高保真 PCR分别从 E.coli4 4 815株与 V.cholerae东 74株基因组 DNA中扩增 L TB与 CTB基因 ,T- A克隆后测定核苷酸序列... 目的 :克隆大肠杆菌不耐热肠毒素 B亚单位 (L TB)及霍乱弧菌肠毒素 B亚单位 (CTB)基因 ,构建其表达载体。方法 :采用高保真 PCR分别从 E.coli4 4 815株与 V.cholerae东 74株基因组 DNA中扩增 L TB与 CTB基因 ,T- A克隆后测定核苷酸序列。分别构建 p ET32 a的 LTB及 CTB表达载体 ,在 E.coli BL2 1DE3宿主菌中用不同浓度的 IPTG诱导表达。采用 SDS- PAGE及 GM1- EL ISA鉴定表达产物。结果 :所克隆的 LTB和 CTB基因与报道的相应核苷酸序列同源性分别为 99.12 %~ 99.71%和 98.5 4 %~ 99.4 2 % ,氨基酸序列同源性分别高达 97.5 8%~99.19%和 96.77%~ 99.19%。p ET32 a- L TB- BL2 1DE3和 p ET32 a- CTB- BL2 1DE3系统表达的融合蛋白产量分别占细菌总蛋白的 30 %和 10 %左右。GM1- EL ISA结果证实 LTB及 CTB融合蛋白均能与牛 GM1结合。结论 :本研究成功地构建了 LTB与 CTB表达系统 ,所表达的 L TB与 CTB融合蛋白具有粘膜免疫佐剂活性。 展开更多
关键词 大肠杆菌 LTB基因 霍乱弧菌 CTB基因 分子克隆 LTB融合蛋白 CTB融合蛋白 免疫学
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PCR analysis of Yq microdeletions in infertile males, a study from South India 被引量:9
11
作者 S. Ramesh Babu M. Swarna +1 位作者 P. Padmavathi P.P. Reddy 《Asian Journal of Andrology》 SCIE CAS CSCD 2002年第4期265-268,共4页
AIM: To estimate the frequency of microdeletions in the long arm of Y-chromosome of 20 infertile males from South India. METHODS: Polymerase chain reaction (PCR) amplification using Y-specific STS of azoospermia facto... AIM: To estimate the frequency of microdeletions in the long arm of Y-chromosome of 20 infertile males from South India. METHODS: Polymerase chain reaction (PCR) amplification using Y-specific STS of azoospermia factor (AZF) regions i.e., SY 84 for AZFa, SY 127 for AZFb and SY 254 for AZFc. RESULTS: Of the 20 infertile subjects 3 (15 %), one azoospermic and two oligozoospermic, showed microdeletions in the AZF region of Y-chromosome. CONCLUSION: The frequency of deletions involving AZF region of the Y-chromosome is 15 % in azoospermic and severely oligozoospermic infertile men. PCR amplification of AZF locus is useful for the diagnosis of microdeletions in the Y-chromosome. 展开更多
关键词 Chromosome Deletion Chromosomes Human Y base sequence Chromosome Mapping Comparative Study DNA Primers Female Gene Frequency Humans India Infertility Male MALE OLIGOSPERMIA Polymerase Chain Reaction Reference Values Research Support Non-U.S. Gov't Seminal Plasma Proteins
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汉族人群载脂蛋白(a)五核苷酸重复序列基因多态性与动脉硬化性脑梗死的关系 被引量:8
12
作者 胡波 周新 +2 位作者 邵华 郑芳 鲁敏翔 《中华神经科杂志》 CSCD 2000年第3期172-175,共4页
目的 研究载脂蛋白 (a) [Apo(a) ]五核苷酸重复序列 (PNR)基因多态性与动脉硬化性脑梗死 (ABI)的关系。方法  1998年 3~ 12月收治的ABI患者 82例 ,男 5 4例 ,女 2 8例 ,平均年龄 6 8岁。健康对照组 15 3名 ,男 86名 ,女 6 7名 ,平均... 目的 研究载脂蛋白 (a) [Apo(a) ]五核苷酸重复序列 (PNR)基因多态性与动脉硬化性脑梗死 (ABI)的关系。方法  1998年 3~ 12月收治的ABI患者 82例 ,男 5 4例 ,女 2 8例 ,平均年龄 6 8岁。健康对照组 15 3名 ,男 86名 ,女 6 7名 ,平均年龄 6 2岁。分别检测血清脂蛋白A [Lp(a) ]、总胆固醇 (TC)、高密度脂蛋白胆固醇 (HDL C)、低密度脂蛋白胆固醇 (LDL C)、甘油三酯 (TG)、载脂蛋白AⅠ(ApoAⅠ )及载脂蛋白B(ApoB)水平。同时采用聚合酶链反应结合高压聚丙烯酰胺凝胶电泳检测Apo(a) 5′调控区五核苷酸重复序列基因的多态性 ,并加以对照分析。结果 ABI患者Lp(a) [(2 40±2 2 5 )mg/L]、TC[(4.7± 0 .7)mmol/L]、TG[(1.7± 0 .6 )mmol/L]和LDL C[(2 .8± 0 .6 )mmol/L]水平明显高于对照组 [(134± 98)mg/L、(4.3± 0 .7)mmol/L、(1.1± 0 .5 )mmol/L和 (2 .8± 0 .6 )mmol/L],HDL C水平 [(0 .9± 0 .2 )mmol/L]明显低于对照组 [(1.0± 0 .4)mmol/L];两组ApoAⅠ [(1.1± 0 .2 )mmol/L ,(1.2± 0 .2 )mmol/L]、ApoB[(0 .9± 0 .1)mmol/L ,(0 .9± 0 .2 )mmol/L]比较 ,差异无显著意义 ;ABI组中重复序列数为 5的等位基因频率 (0 .0 98)明显高于正常对照组 (0 .0 2 6 ) ,重复序列数为 9的等位基因频率 (0 .0 73) 展开更多
关键词 脑动脉硬化 脑梗塞 载脂蛋白A类 碱基序列 基因 多态现象(遗传学)
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汉城病毒新亚型的发现 被引量:5
13
作者 王华 吉松组子 +4 位作者 张全福 霍子威 张明 杭长寿 有川二郎 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2000年第4期317-321,共5页
目的 至今为止 ,汉城病毒间核苷酸序列的同源性均在 95 %以上 ,而氨基酸序列显示出更高的保守性。本研究对一株分离于褐家鼠的汉城病毒Gou3株的M、S片段进行了部分核苷酸序列测定 ,观察其与已知汉城病毒的差异。方法 采用逆转录 PCR... 目的 至今为止 ,汉城病毒间核苷酸序列的同源性均在 95 %以上 ,而氨基酸序列显示出更高的保守性。本研究对一株分离于褐家鼠的汉城病毒Gou3株的M、S片段进行了部分核苷酸序列测定 ,观察其与已知汉城病毒的差异。方法 采用逆转录 PCR方法对Gou3病毒进行了扩增鉴定 ,并对其部分M和S基因组片段进行了碱基序列测定。结果 表明Gou3与其他SEO病毒有不同的PCR扩增特点。序列测定也显示其是一个差异较大的汉城病毒株 ,与其它汉城型病毒的同源性却只有 85 %左右。但由其推导出的Gou3的部分糖蛋白的氨基酸序列与其他汉城型病毒相比却高度保守。系统发生树分析表明Gou3是介乎于汉城病毒与汉滩病毒之间 ,但其亲缘关系较近于已知汉城病毒。结论 Gou3病毒为汉城病毒 。 展开更多
关键词 汉坦病毒 碱基序列 基因型
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腺病毒六邻体蛋白的基因测序在流行性角膜结膜炎病原检测中的应用 被引量:8
14
作者 王旌 赵蓉 +1 位作者 童晓维 朱剑锋 《中华实验眼科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期430-435,共6页
背景 流行性角膜结膜炎是常见的眼部传染性疾病,腺病毒为常见病原体之一.六邻体蛋白是构建病毒衣壳的重要蛋白,也是病毒与抗体结合的主要靶点.应用针对六邻体蛋白编码区的测序方法可对腺病毒进行快速分型,对于流行性角膜结膜炎的早期诊... 背景 流行性角膜结膜炎是常见的眼部传染性疾病,腺病毒为常见病原体之一.六邻体蛋白是构建病毒衣壳的重要蛋白,也是病毒与抗体结合的主要靶点.应用针对六邻体蛋白编码区的测序方法可对腺病毒进行快速分型,对于流行性角膜结膜炎的早期诊断、病情监测和预后判断具有重要意义. 目的 通过针对腺病毒六邻体蛋白编码区的测序,完成上海地区腺病毒与流行性角膜结膜炎相关的分子流行病学调查.方法 在受检者知情同意的情况下,收集2010年1月至2012年12月在上海市眼病防治中心和上海市急性出血性结膜炎防控办公室下属红眼病监测站点就诊的214例可疑流行性角膜结膜炎患者结膜囊的结膜拭子样本214份.对结膜囊标本提取DNA后,通过PCR法扩增病原体六邻体蛋白编码区内140 bp的保守序列,对于腺病毒阳性的标本,通过对六邻体蛋白保守区域内956 bp的序列进一步测序以确定其病毒分型. 结果 在214例患者中,109例在通用PCR中显示腺病毒阳性,占50.93%.其中通过基因测序确定AdV1者4例,AdV2者33例,AdV3者15例,AdV4者12例,AdV8者19例,AdV19者15例,AdV37者8例.属于D组腺病毒的AdV8、AdV19和AdV37检出阳性患者更容易出现角膜炎症反应、伪膜性结膜炎和耳前淋巴结肿大等,而B组腺病毒检出阳性者易伴发上呼吸道感染,但角膜受累者较少.结论 针对六邻体蛋白编码区内保守区域的测序是腺病毒分型的重要方法之一,可快速确定流行性角膜结膜炎是否系腺病毒感染引起,并确定腺病毒分型. 展开更多
关键词 人腺病毒感染 病毒性角膜结膜炎/诊断 碱基序列 保守序列 PCR/方法 六邻体蛋白
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北京地区TT病毒分离株全基因的克隆及序列测定 被引量:7
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作者 何忠平 周育森 +3 位作者 张启云 彭国爱 王海涛 崔振宇 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2000年第1期65-68,共4页
目的 克隆和测定北京地区TT病毒 (TTV)分离株全基因序列。方法 采用聚合酶链反应 (PCR)技术从 1例临床非甲~庚型肝炎病人血清中分段扩增TTV全基因 ,获得 5个互相重叠的片段 ,分别长 199bp(1 199) ,12 6 7bp(90 135 6 ) ,878bp(135 4... 目的 克隆和测定北京地区TT病毒 (TTV)分离株全基因序列。方法 采用聚合酶链反应 (PCR)技术从 1例临床非甲~庚型肝炎病人血清中分段扩增TTV全基因 ,获得 5个互相重叠的片段 ,分别长 199bp(1 199) ,12 6 7bp(90 135 6 ) ,878bp(135 4 2 2 31) ,112 9bp(2 178 330 6 ) ,434bp(330 6 3739) ,用标准的分子生物学方法测定了这 5个序列 ,从而得到全长TTV基因序列。结果 北京地区TTV分离株全基因长 3739个核苷酸 ,含 2个开放读码框架 (ORF)。第 1个ORF位于 5 89至 2 90 2位核苷酸 ,编码 770个氨基酸 ,第 2个ORF位于 10 7至 715位核苷酸 ,编码 2 0 2个氨基酸。TTV基因的 5′和 3′末端为非编码区 ,分别有 10 6和 837个核苷酸。在该基因中A占 31 2 % ,C占2 5 4% ,G占 2 2 5 % ,T占 2 0 9%。北京地区TTV分离株与日本分离株的核苷酸和氨基酸同源性均在 95 %以上。结论 北京地区TTV分离株和日本株属同一基因型。 展开更多
关键词 病毒基因 碱基序列 TTV PCR 肝炎病毒
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眼咽型肌营养不良病理及分子遗传学研究 被引量:8
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作者 刘嘉晖 张朝东 陈淑兰 《中华神经科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第11期677-682,共6页
目的研究眼咽肌营养不良(ocu lopharyngeal muscu lar dystrophy,OPMD)的遗传学和病理形态学表现。方法应用透射电镜技术对6例患者提上睑肌进行超微结构观察和分析,并采用聚合酶链反应(PCR)产物直接测序法对来自3个家系的OPMD患者11例... 目的研究眼咽肌营养不良(ocu lopharyngeal muscu lar dystrophy,OPMD)的遗传学和病理形态学表现。方法应用透射电镜技术对6例患者提上睑肌进行超微结构观察和分析,并采用聚合酶链反应(PCR)产物直接测序法对来自3个家系的OPMD患者11例及其亲属共27名外周血进行检测。结果4例患者眼肌活检标本于电镜下可观察到特异性核内包涵体(intranuc lear inc lusions,INIs),在细胞核内出现率分别为18%、20%、34%及40%。而9例患者基因中存在(GCG)6重复序列拷贝数异常(GCG)8、(GCG)10,亲属中未发病者均未见重复序列的异常扩增。结论OPMD患者受累眼肌活组织检查于电镜下可见INIs,并且INIs出现比率与异常扩增数目成正比。OPMD患者存在(GCG)6重复序列的异常扩增,并且发病年龄与异常扩增数目成反比。 展开更多
关键词 肌营养不良 眼咽 显微镜检查 电子 碱基序列 系谱
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儿童系统性红斑狼疮与HLA-DR等位基因的相关性及编码基因序列分析 被引量:6
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作者 李彩凤 江载芳 +1 位作者 何晓琥 滕庆 《中华儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2001年第11期654-657,T001,共5页
目的 研究儿童系统性红斑狼疮 (SLE)与HLA II类DR等位基因的相关性 ,以及临床表型与基因序列及可能的分子结构之间的关系 ,可望对 (SLE)的易感基因有所发现 ,并揭示其可能的发病机理。方法 应用PCR SSP方法 ,分析了 5 3例SLE患者及 7... 目的 研究儿童系统性红斑狼疮 (SLE)与HLA II类DR等位基因的相关性 ,以及临床表型与基因序列及可能的分子结构之间的关系 ,可望对 (SLE)的易感基因有所发现 ,并揭示其可能的发病机理。方法 应用PCR SSP方法 ,分析了 5 3例SLE患者及 78例正常对照HLA II类基因DRB1位点的多态性 ,并对DRB1 15阳性患者 35人进行PCR SSCP分析 ,结合PCR产物直接测序 ,分析临床表型与基因序列之间的关系。结果 SLE患者DRB1 15基因频率较对照明显增高 (RR =4 5 ,Pc <0 0 5 ,χ2 =15 3) ,DRB1 0 3基因频率较对照升高 (RR =5 4 ,Pc<0 0 5 ,χ2 =7 7) ;而DRB1 0 4基因频率明显降低 (RR =0 2 2 ,Pc <0 0 5 ,χ2 =8 2 )。其中 ,HLA基因的型别不同 ,可影响SLE的临床表现。合并狼疮脑病、狼疮肾炎的重症患者 ,DRB1 15基因第 12 3位碱基发生C→G取代突变 ,从而使第 4 1位氨基酸由天冬氨酸变为谷氨酸。结论 儿童SLE的发病与携带HLA DRB1 15、DRB1 0 3等位基因有关 ,此二基因可能为疾病相关基因。其中HLA型别不同 ,影响SLE患者的临床表现。DRB1 0 4基因频率降低 ,可能为疾病保护性基因。发生DRB1 15基因编码序列突变者以重症患者为主 ,提示HLA分子结构改变对功能的影响 。 展开更多
关键词 系统性红斑狼疮 儿童 HLA-DR抗原 等位基因 疾病遗传易感性 碱基序列基因突变
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异源双链泳动分析法对流行性角膜结膜炎致病腺病毒分型的研究 被引量:7
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作者 王旌 赵蓉 +1 位作者 童晓维 朱剑锋 《中华实验眼科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期1030-1035,共6页
背景 目前对流行性角膜结膜炎致病腺病毒的分型多采用直接DNA测序法,而异源双链泳动分析(HMA)法可对腺病毒进行基因分型,且更符合成本-效益原则,HMA法对流行性角膜结膜炎致病腺病毒分型的应用尚少有研究.目的 将流行性角膜结膜炎致病... 背景 目前对流行性角膜结膜炎致病腺病毒的分型多采用直接DNA测序法,而异源双链泳动分析(HMA)法可对腺病毒进行基因分型,且更符合成本-效益原则,HMA法对流行性角膜结膜炎致病腺病毒分型的应用尚少有研究.目的 将流行性角膜结膜炎致病腺病毒六邻体蛋白编码区内保守区的测序结果与HMA的结果进行对照,评价HMA法在流行性角膜结膜炎病原体检查中的有效性和可行性.方法 在知情同意的情况下收集2010年1月至2012年12月在上海市眼病防治中心和上海市急性出血性结膜炎防控办公室下属红眼病监测站点就诊的可疑流行性角膜结膜炎患者214例,取患者结膜囊的结膜拭子标本214份.使用QIA-amp minikit提取结膜拭子标本中的病毒DNA,然后通过PCR法扩增病毒DNA六邻体蛋白编码区内366 bp的保守序列,并对该片段进行基因测序,确定是否为腺病毒及其分型.采用HMA法同时对PCR扩增产物进行分析,将HMA结果与基因测序法进行比较.结果 使用QIA-amp minikit提取的病毒基因组DNA经质量分数1%琼脂糖凝胶电泳可见边界清楚的长约35 kb的金黄色荧光条带,无拖尾现象,DNA吸光度比值(A260/A280)约为1.7.214例患者中,经PCR检测确定为腺病毒感染者109例,经基因测序确定为腺病毒l型(AdVl)者4例,AdV2者33例,AdV3者15例,AdV4者12例,AdV8者19例,AdV19者15例,AdV37者8例.HMA法可以鉴别AdV1、AdV2、AdV3、AdV8、AdV19和AdV37,其结果与基因测序结果一致.AdV4的DNA突变点为59.6%,超过10%,不适合HMA法.结论 针对六邻体蛋白编码区内保守区域的基因测序是腺病毒分型的重要方法之一,可以快速确定流行性角膜结膜炎是否系腺病毒感染引起,并可以确定腺病毒分型.HMA的结果与基因测序相一致,可作为大规模分子流行病学调查的检测工具. 展开更多
关键词 角膜结膜炎/流行性 腺病毒感染 异源双链核苷酸/遗传学 碱基序列 聚合酶链反应 异源双链泳动实验
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副溶血弧菌不耐热溶血毒素tlh基因的序列分析 被引量:2
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作者 李志峰 聂军 +3 位作者 戴迎春 李建栋 陈清 俞守义 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2004年第10期1153-1155,共3页
目的利用PCR技术扩增副溶血弧菌不耐热溶血毒素tlh基因,对tlh基因进行生物信息学分析。方法利用PCR技术扩增tlh基因,克隆至载体pET32a+并测序。将测序结果提交国际互联网上有关生物信息网站进行生物信息学分析。结果和结论测序结果tlh14... 目的利用PCR技术扩增副溶血弧菌不耐热溶血毒素tlh基因,对tlh基因进行生物信息学分析。方法利用PCR技术扩增tlh基因,克隆至载体pET32a+并测序。将测序结果提交国际互联网上有关生物信息网站进行生物信息学分析。结果和结论测序结果tlh14-90被GenBank收录,登录号为AY289609。tlh14-90全长1 257 bp,与国际标准株WP1的同源性为99%,含有启动子和密码子,预测其编码一个含418个氨基酸的蛋白质(TLH14-90),分子式为C2131H3184N548O649S16, 相对分子质量47 392.9,理论等电点pI为4.92,丙氨酸、亮氨酸和天冬酰氨的含量分别为11.0%、7.4%和7.2%,含有4个半胱氨酸(Cys),κ-D法推算的疏水性参数为-34。预测其二级折叠结构为α/□蛋白,三级结构未给出。 展开更多
关键词 弧菌 副溶血性 碱基序列 聚合酶链反应 溶血素类
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杂合性歧义引物分离法在解决人类白细胞抗原基因歧义分型结果中的应用 被引量:6
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作者 程良红 邹红岩 +5 位作者 金士正 李桢 王大明 程曦 蒋妍 王巍 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期40-43,共4页
目的评估杂合性歧义引物分离法(HARPs)在解决中国汉族人群人类白细胞抗原(H/A)基因歧义分型结果中的应用价值,并筛选合适的HARPs引物。方法416名南方汉族个体的HLA—A、HLA—B、HLA—DRB1基因通过PCR-测序分型(PCR—SBT)方法进... 目的评估杂合性歧义引物分离法(HARPs)在解决中国汉族人群人类白细胞抗原(H/A)基因歧义分型结果中的应用价值,并筛选合适的HARPs引物。方法416名南方汉族个体的HLA—A、HLA—B、HLA—DRB1基因通过PCR-测序分型(PCR—SBT)方法进行基因分型,并采用美闰Atria公司的HARPs引物对其中的歧义分型标本进行附加测序分型。结果86.3%(132/153)的HLA—A、73.9%(130/176)的HLA-B和38.1%(85/223)的HIM—DRB1歧义分型标本可以通过HARPs方法有效解决;其中48.5%(64/132)的HLA-A、80.0%(104/130)的HLA—B和100.0%(85/85)的HIM—DRB1歧义分型标本只需要1种HAPRs引物,47.7%(63/132)的HLA—A、20.0%(26/130)的HLA-B需要同时使用2种HAPRs引物;3~6种HARPs引物可以解决90%以上的歧义分型标本。结论HARPs可作为解决中国汉族人群HLA—A、HLA—B、HL4-DRB1基因SBT歧义分型结果的常规方法。 展开更多
关键词 HLA抗原 基因型 碱基序列 杂合性歧义引物分离法
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