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16S rRNA基因序列分析法鉴定病原细菌 被引量：91
1
作者 朱飞舟 陈利玉 陈汉春 《中南大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期1035-1041,共7页
目的:运用16S rRNA基因序列分析法鉴定14种细菌,为该方法的临床应用奠定基础。方法:提取细菌DNA,采用通用引物PCR扩增16S rRNA基因片段并测序。将测序结果用Blastn在线软件在Nucleotide数据库中进行序列同源性比对,根据序列同源性鉴定... 目的:运用16S rRNA基因序列分析法鉴定14种细菌,为该方法的临床应用奠定基础。方法:提取细菌DNA,采用通用引物PCR扩增16S rRNA基因片段并测序。将测序结果用Blastn在线软件在Nucleotide数据库中进行序列同源性比对,根据序列同源性鉴定病原细菌。结果:12种细菌可以鉴定到"种",2种细菌可以鉴定到"属"。结论:16SrRNA基因序列分析是一种有效的病原细菌鉴定方法。 展开更多
关键词 16S rrna 病原细菌 基因序列分析
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分子生物学方法在微生物多样性研究中的应用 被引量：41
2
作者 杨永华 姚健 《生物多样性》 CAS CSCD 2000年第3期337-342,共6页
微生物多样性是生物多样性的重要组成部分。由于微生物和大生物 (动、植物 )相比 ,存在着多种显著差异 ,因此其多样性研究、保护及利用也有所不同 ,尤其是研究方法亟待完善、提高。近年来 ,分子生物学方法广泛用于微生物多样性的研究并... 微生物多样性是生物多样性的重要组成部分。由于微生物和大生物 (动、植物 )相比 ,存在着多种显著差异 ,因此其多样性研究、保护及利用也有所不同 ,尤其是研究方法亟待完善、提高。近年来 ,分子生物学方法广泛用于微生物多样性的研究并取得了一系列研究成果。本文从四个方面加以介绍 :1)微生物总DNA制备及其遗传多样性检测方法 ;2 ) 16SrRNA基因序列研究 ;3)核酸杂交分析技术 ;4 )DNA动力学的研究。今后的发展趋势是加强这些方法间及其与传统方法的有机结合 ,并发展新的方法 ,促进微生物多样性研究的深入开展。 展开更多
关键词 微生物多样性 遗传多样性 核酸杂交 DNA动力学
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分子生物学方法在污染土壤微生物多样性研究中的应用 被引量：14
3
作者 李慧 陈冠雄 +1 位作者 张颖 张成刚 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期612-617,共6页
综述了应用于污染土壤微生物多样性分析的各种分子生物学方法 ,包括DNA中mol%G +C丰度的分析、核酸杂交技术、DNA复性动力学研究及基于PCR技术的DNA指纹图谱分析等方法。
关键词 分子生物学方法 土壤污染 微生物多样性 DNA复性动力学 核酸杂交
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基于16S rRNA基因序列分析家蚕肠道细菌的多样性 被引量：22
4
作者 许刚 孙振丽 +3 位作者 胡小龙 薛仁宇 曹广力 贡成良 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期641-649,共9页
家蚕肠道菌群与蚕体对营养物质的消化吸收及健康性密切相关。为了解家蚕肠道细菌的多样性及雌、雄个体间肠道细菌类群的差异,通过应用454焦磷酸测序技术检测细菌16S rRNA基因序列的方法分析家蚕5龄第3天雌、雄幼虫中肠内容物中的细菌类... 家蚕肠道菌群与蚕体对营养物质的消化吸收及健康性密切相关。为了解家蚕肠道细菌的多样性及雌、雄个体间肠道细菌类群的差异,通过应用454焦磷酸测序技术检测细菌16S rRNA基因序列的方法分析家蚕5龄第3天雌、雄幼虫中肠内容物中的细菌类群,共发现5 578个分类操作单元(operational taxonomic units),包括14个门、21个纲、30个目、71个科、120个属的细菌,雌、雄个体在上述分类阶元共有的肠道细菌菌群分别为8、9、20、38和46种。在属水平上对细菌菌群构成的分析显示,雄蚕肠道中的主要优势细菌为代尔夫特菌属Delftia、橙单胞菌属Aurantimonas、肠球菌属Enterococcus、嗜糖假单胞菌属Pelomonas、青枯菌属Ralstonia、台湾温单胞菌属Tepidimonas、假单胞菌属Pseudomonas、阿斯普罗单胞菌属Aspromonas、甲基杆菌属Methylobacterium和葡萄球菌属Staphylococcus;雌蚕肠道中的主要优势细菌为代尔夫特菌属Delftia、橙单胞菌属Aurantimonas、假单胞菌属Pseudomonas、嗜糖假单胞菌属Pelomonas、佩特罗菌属Petrobacter、肠球菌属Enterococcus、台湾温单胞菌属Tepidimonas、狭义的梭菌属Clostridium sensu stricto、阿斯普罗单胞菌属Aspromonas。其中,雄蚕肠道中有23个属的细菌丰度是雌蚕的1.5倍以上,在雌蚕肠道中有7个属的细菌丰度是雄蚕的1.5倍以上,表明雌性与雄性家蚕肠道细菌类群的组成和比率存在明显差异。基于16S rRNA基因序列的聚类分析显示,家蚕肠道中的优势细菌属可分为2个大类。家蚕肠道细菌的多样性研究结果可作为探讨雌蚕和雄蚕经济性状差异的新线索。 展开更多
关键词 家蚕肠道 细菌类群 多样性 性别差异 16S rrna基因序列 454焦磷酸测序
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两株解磷细菌的解磷活性及作用机制研究 被引量：22
5
作者 陈丹阳 李汉全 +2 位作者 张炳火 查代明 杨建远 《中国生态农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期410-418,共9页
解磷细菌在增加土壤可溶性磷含量、提高磷肥利用效率方面具有重要作用。为选筛高效解磷菌、探讨其解磷机制,本文利用平板溶磷圈法筛选解磷细菌,采用钼锑抗比色法研究其解磷活性,苯磷酸二钠法研究其磷酸酶活性,利用薄层层析分析其产生的... 解磷细菌在增加土壤可溶性磷含量、提高磷肥利用效率方面具有重要作用。为选筛高效解磷菌、探讨其解磷机制,本文利用平板溶磷圈法筛选解磷细菌,采用钼锑抗比色法研究其解磷活性,苯磷酸二钠法研究其磷酸酶活性,利用薄层层析分析其产生的有机酸,根据生理生化特征和16S r RNA基因序列系统发育分析,确定其分类学地位。结果表明,菌株JXJ-11和JXJ-15对植酸钙的降解活性很强,3 d后培养液中可溶性磷浓度分别增加219 mg·L^(-1)和216 mg·L^(-1);对磷酸钙降解活性较弱,最高可溶性磷浓度仅为植酸钙的21.79%~30.37%;解磷细菌可分泌酸性、中性和碱性磷酸酶,降解不溶性磷,可能产生丙酸和琥珀酸等有机酸,降低培养液p H,增加可溶性磷浓度。两株细菌均为革兰氏阴性杆菌,无芽孢,产生硫化氢,其中菌株JXJ-11的16S rRNA基因序列与Sphingomonas melonis DAPP-PG 224T和S.aquatilis JSS7T相似性最高(99.79%),菌株JXJ-15的16S rRNA基因序列与Klebsiella pneumoniae subsp.pneumoniae DSM 30104T相似性最高(99.73%),根据以上信息,确定菌株JXJ-11和JXJ-15分别是鞘氨醇单胞菌属和克雷白氏杆菌属的成员。菌株JXJ-11和JXJ-15的解磷机制包括分泌有机酸和磷酸酶,其中JXJ-11在微生物磷肥研制方面具有潜在应用价值。 展开更多
关键词 解磷细菌 解磷活性 有机磷 无机磷 鞘氨醇单胞菌属 克雷白氏杆菌属 16S rrna基因序列
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醋醅中细菌菌株的分离鉴定及系统学分析 被引量：16
6
作者 王祝健 马海乐 崔恒林 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第6期170-176,共7页
对取自陕西省的醋醅中分离得到的菌株进行16S rRNA基因序列的系统学分析。通过聚合酶链式反应(PCR)的扩增,结合16S rRNA基因序列的同源性分析,比较未成熟醋醅样品与已成熟醋醅样品中细菌组成的差异,并构建两者的系统发育树。结果表明,... 对取自陕西省的醋醅中分离得到的菌株进行16S rRNA基因序列的系统学分析。通过聚合酶链式反应(PCR)的扩增,结合16S rRNA基因序列的同源性分析,比较未成熟醋醅样品与已成熟醋醅样品中细菌组成的差异,并构建两者的系统发育树。结果表明,未成熟醋醅样品呈现较高的细菌多样性,并且在设定一个假定阈值后,2个醋醅样品中的优势种群均为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)和解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefa-ciens),仅在数量上存在差异。 展开更多
关键词 醋醅 醋酸菌 16S rrna基因序列 系统发育树 细菌多样性
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16S rRNA基因技术在环境科学领域中的应用 被引量：4
7
作者 乐毅全 顾国维 《四川环境》 2003年第6期1-4,16,共5页
随着分子生物学的发展,16SrRNA基因技术被逐渐应用到环境科学领域中。目前在环境保护和治理中,该技术主要被用于鉴定污染物的生物降解菌和分析环境样品中的微生物群落多样性,由于它不必将微生物培养分离出来,也就避免了在培养过程中可... 随着分子生物学的发展,16SrRNA基因技术被逐渐应用到环境科学领域中。目前在环境保护和治理中,该技术主要被用于鉴定污染物的生物降解菌和分析环境样品中的微生物群落多样性,由于它不必将微生物培养分离出来,也就避免了在培养过程中可能出现的微生物丢失的情况。本文对16SrRNA基因技术及其在环境科学领域中的应用现状和发展作了一简要介绍,并对16SrRNA基因技术存在的不足进行了讨论。 展开更多
关键词 16S rrna基因序列 DNA扩增 多样性分析
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3种星虫线粒体16S rRNA、COI和Cyt b基因片段的序列比较 被引量：11
8
作者 陈子安 杜晓东 +1 位作者 王庆恒 邓岳文 《广东海洋大学学报》 CAS 2007年第4期3-10,共8页
对裸体方格星虫(Sipunculus nudus)、可口革囊星虫(Phascolosoma esculenta)和澳洲管体星虫(Siphonosoma australe)的线粒体16S rRNA、COI和细胞色素b(Cytb)基因片段序列进行比较,并对其系统发生进行了初步探讨。采用PCR方法得到总长度... 对裸体方格星虫(Sipunculus nudus)、可口革囊星虫(Phascolosoma esculenta)和澳洲管体星虫(Siphonosoma australe)的线粒体16S rRNA、COI和细胞色素b(Cytb)基因片段序列进行比较,并对其系统发生进行了初步探讨。采用PCR方法得到总长度分别为531～544bp(16S)、652～675bp(COI)和406～453bp(Cytb)的线粒体片段。片段碱基A+T比例较高(16S rRNA基因58.3%,COI基因56.9%,Cytb基因59.5%)。16S rRNA片段存在169个碱基变异位点(其中包括167个简约信息位点)和44个碱基插入/缺失,种内个体间变异较小;COI片段有512个碱基(333个简约信息位点)存在变异,79个碱基插入/缺失;Cytb片段存在347个碱基(318个简约信息位点)变异位点,16个碱基插入/缺失。数据分析结果支持3种星虫和环节动物的分类地位较近,与软体动物较远的分类观点。此外,裸体方格星虫与澳洲管体星虫之间亲缘关系较近(D=0.3159、0.3156、0.2361)。认为3种星虫线粒体16S rRNA、COI和Cytb基因在种间存在明显的多态性,证实了三种基因序列均普遍适用于星虫种及以上阶元的系统学分析。 展开更多
关键词 星虫 线粒体 16Srrna基因 COⅠ基因 CYT B基因 基因序列
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16S rRNA基因序列、生化鉴定、质谱3类方法鉴定常见微生物的结果分析 被引量：12
9
作者 刘娜 赵琳娜 +6 位作者 张伟 骆海朋 谢冠东 陈怡文 余文 任秀 崔生辉 《食品安全质量检测学报》 CAS 2019年第1期60-64,共5页
目的比较16SrRNA基因序列、生化鉴定、质谱鉴定3类实验方法分析沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、蜡样芽孢杆菌的鉴定结果的异同。方法挑选沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、蜡样芽孢杆菌各50株,分别进行16S rRNA基因序列测定、VITEK COMPACT 2生化... 目的比较16SrRNA基因序列、生化鉴定、质谱鉴定3类实验方法分析沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、蜡样芽孢杆菌的鉴定结果的异同。方法挑选沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、蜡样芽孢杆菌各50株,分别进行16S rRNA基因序列测定、VITEK COMPACT 2生化鉴定、质谱鉴定3类实验,并比较3类实验的鉴定结果。结果 3类实验方法对大部分沙门氏菌鉴定在属水平,生化鉴定方法对少数血清型鉴定到种水平;对金黄色葡萄球菌均鉴定到种水平; 16SrRNA基因序列、生化方法对蜡样芽孢杆菌鉴定到属水平,质谱鉴定到种水平。结论 3类实验方法对大部分沙门氏菌、所有金黄色葡萄球菌鉴定水平相同,质谱鉴定蜡样芽孢杆菌的结果更准确,且质谱鉴定时效性更高。 展开更多
关键词 16S rrna基因序列 生化鉴定 质谱鉴定 时效 常见微生物
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小溪自然保护区非盐环境土壤中嗜盐和耐盐菌多样性 被引量：12
10
作者 陈奇辉 刘祝祥 +5 位作者 彭清忠 黄苛 贺建武 张丽 李文均 陈义光 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第11期1452-1459,共8页
【目的】研究湖南小溪国家级自然保护区普通非盐环境(ordinary non-saline environment)土壤样品中可培养嗜盐及耐盐细菌(含放线菌)多样性。【方法】采用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对样品中嗜盐及耐盐细菌多样性进... 【目的】研究湖南小溪国家级自然保护区普通非盐环境(ordinary non-saline environment)土壤样品中可培养嗜盐及耐盐细菌(含放线菌)多样性。【方法】采用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对样品中嗜盐及耐盐细菌多样性进行研究。【结果】用补充5%-20%(w/v)NaCl的MA、ISP2、ISP5、NA和HAA培养基从土壤样品中分离到114株细菌,其中8株为中度嗜盐菌,19株为轻度嗜盐菌,87株为耐盐菌。根据形态观察和部分生理生化实验结果去冗余,选取61个代表性菌株进行基于16S rRNA基因序列的系统发育多样性分析。结果表明,这些菌株属于细菌域(Bacteria)的3个大的系统发育类群(门;phylum)(Actinobacteria,Firmicutes,Proteobacteria)的16个科、18个属,代表了41个物种。多数菌株属于Firmicutes门(38株,62.3%)和Actinobacteria门(18株,29.5%)。大多数菌株与其系统发育关系最密切的已知物种的典型菌株之间存在一定的遗传差异(16S rRNA基因序列相似性为96.9%-99.8%),其中有7个菌株(JSM070026,JSM081004,JSM081006,JSM081008,JSM083058,JSM083085,JSM084035)代表7个潜在新种(potential novel species)。【结论】研究结果表明,湖南小溪国家级自然保护区普通非盐环境土壤中存在较为丰富的可培养嗜盐及耐盐细菌多样性,并且潜藏着较多新的微生物类群(物种)。 展开更多
关键词 普通非盐土壤 嗜盐和耐盐细菌 纯培养法 16S rrna基因序列 系统发育分析
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一种新厌氧氨氧化菌的16S rRNA基因序列测试 被引量：10
11
作者 祖波 张代钧 阎青 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第2期469-473,共5页
运用序批式试验测定厌氧氨氧化污泥的氨氮和亚硝态氮消耗量,求得厌氧氨氧化活性为9.84×10-4mg.(mg.h)-1,厌氧氨氧化菌消耗NO2--N与NH4+-N之比为1.311;采用分子生物学方法从EGSB反应器颗粒污泥中提取细菌总DNA,经纯化、特异引物PCR... 运用序批式试验测定厌氧氨氧化污泥的氨氮和亚硝态氮消耗量,求得厌氧氨氧化活性为9.84×10-4mg.(mg.h)-1,厌氧氨氧化菌消耗NO2--N与NH4+-N之比为1.311;采用分子生物学方法从EGSB反应器颗粒污泥中提取细菌总DNA,经纯化、特异引物PCR扩增、克隆、测序等过程,得到厌氧氨氧化菌部分16S rDNA序列;通过系统发育树分析可以发现,在EGSB反应器中富集得到的厌氧氨氧化菌种(anaerobic ammonium-oxidizingPlanctomycete cquenviron-1)与Candidatus'Anammoxoglobus propionicus'和Candidatus'Jettenia asiatica'同属,anaerobic ammonium-oxidizingPlanctomycete cquenviron-1与其他厌氧氨氧化菌基因序列的同源性最大为93%.结果表明,前期EGSB反应器富集得到了一种新型厌氧氨氧化菌,该菌株命名为anaerobic ammonium-oxidizing Planctomycete cquenviron-1. 展开更多
关键词 厌氧氨氧化菌 16Srrna 基因序列
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55株芽孢杆菌16S rRNA基因序列测定与系统发育学分析 被引量：9
12
作者 程池 刘光全 +1 位作者 李金霞 姚粟 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期20-24,共5页
采用16S rRNA基因序列分析法对中国工业微生物菌种保藏管理中心(CCIC)保藏的55株枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)进行复核鉴定。菌株经纯化培养,以改良CTAB法提取总DNA,采用细菌16S rRNA通用引物、TD-PCR方法(touchdown-PCR)进行16S r... 采用16S rRNA基因序列分析法对中国工业微生物菌种保藏管理中心(CCIC)保藏的55株枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)进行复核鉴定。菌株经纯化培养,以改良CTAB法提取总DNA,采用细菌16S rRNA通用引物、TD-PCR方法(touchdown-PCR)进行16S rRNA基因序列扩增,PCR产物纯化后直接进行序列测定,序列经人工校对后用Clustal X进行比对分析,最后用MEGA3.1软件构建系统发育树。系统发育分析结果表明:55株枯草芽孢杆菌中有52株菌种与原鉴定结果一致,有3株菌种与原鉴定结果存在差异,其中2株鉴定结果为巨大芽孢杆菌(B.megaterium),另1株鉴定结果为地衣芽孢杆菌(B.licheniformis)。 展开更多
关键词 枯草芽孢杆菌 16S rrna基因 TD-PCR 序列分析 系统发育树
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多粮浓香型白酒生产中放线菌的多样性 被引量：10
13
作者 张超 赵东 +4 位作者 王涛 游玲 冯瑞章 王松 何建蓉 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第23期192-196,共5页
以改良的高氏I号培养基为基质,从多家宜宾多粮浓香型白酒生产企业的窖房空气、曲房空气、窖泥和糟醅分离到123株典型丝状放线菌,并对其进行了基于16S rRNA基因序列的系统发育分析。结果显示;123株典型放线菌分属于Streptomyce、Massilia... 以改良的高氏I号培养基为基质,从多家宜宾多粮浓香型白酒生产企业的窖房空气、曲房空气、窖泥和糟醅分离到123株典型丝状放线菌,并对其进行了基于16S rRNA基因序列的系统发育分析。结果显示;123株典型放线菌分属于Streptomyce、Massilia、Nocardiopsis 3个属,Streptomyce为绝对优势属(121株,占总菌株数的98.4%);Streptomyce属的121株菌与该属内26个种的典型菌株序列相似度≥98%,其中,有45株与S.violascensISP 5183T序列最接近,分布于4个取样点;在4个取样点中,窖泥的丰富度指数和多样性指数最高,糟醅的优势度指数最高;各样点间放线菌的相似性较低,且都存在特有的放线菌类群。 展开更多
关键词 浓香型白酒 放线菌 16S rrna基因序列 系统发育分析 多样性
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原料乳生产过程中微生物污染的来源追溯研究 被引量：10
14
作者 刘潇忆 张彧 +1 位作者 陈历俊 姜铁民 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2013年第6期51-55,64,共6页
为研究原料乳微生物污染的来源,2011—2012年间,研究者对北京市原料乳产地的牛乳、牛体涂抹、挤乳设备涂抹等及生活用水、卧床土壤、饲料等进行了大量采样分析和调查,并针对采集样品中分离出的目的菌株进行了生化鉴定及分析。研究结果表... 为研究原料乳微生物污染的来源,2011—2012年间,研究者对北京市原料乳产地的牛乳、牛体涂抹、挤乳设备涂抹等及生活用水、卧床土壤、饲料等进行了大量采样分析和调查,并针对采集样品中分离出的目的菌株进行了生化鉴定及分析。研究结果表明,该地区原料乳中的特征病原菌为金黄色葡萄球菌,对后期加工乳品质影响较大的微生物种类为嗜冷菌和芽孢杆菌属。在此基础上,研究者对原料乳和其他来源样品中的这三种菌利用16S rRNA分子生物学技术建立了目的菌株来源系统发育树,以此来进行基因序列比对分析,确定了原料乳中这三种菌的主要来源,为有效减少和控制该地区原料乳污染提供了参考。 展开更多
关键词 原料乳 微生物污染 16Srrna 基因序列
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16S rRNA基因序列法对30例泪囊炎致病细菌的鉴定 被引量：9
15
作者 安娜 刘先宁 +1 位作者 兰雅娴 陶沙 《中华实验眼科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期867-869,共3页
背景泪囊炎是眼科常见的感染性疾病，对泪囊炎致病菌检测的金标准为培养法，在培养法的基础上结合分子生物学的检测方法可以更精确地鉴定出致病菌的种属，但目前眼科领域类似的研究资料比较缺乏。目的采用PCR法扩增细菌核糖体16SrRNA基... 背景泪囊炎是眼科常见的感染性疾病，对泪囊炎致病菌检测的金标准为培养法，在培养法的基础上结合分子生物学的检测方法可以更精确地鉴定出致病菌的种属，但目前眼科领域类似的研究资料比较缺乏。目的采用PCR法扩增细菌核糖体16SrRNA基因序列鉴定泪囊炎病原细菌的种属。方法取10例质控标准菌样本，利用PCR的加热过程使细菌核酸释放，扩增出细菌16SrRNA基因序列，测序后与GenBank中的基因序列进行比对，鉴定出细菌的种属信息，与生化鉴定法结果进行对比，确定16SrRNA基因检测方法的可靠性。取30例泪囊炎患者泪囊分泌物培养出的细菌，利用上述方法进行病原菌鉴定。结果10例质控标准菌样本经PCR扩增后其产物序列的鉴定结果与生化鉴定法结果完全一致。30例泪囊炎病原细菌标本中，16SrRNA基因序列法鉴定结果为表皮葡萄球菌13例，沃氏葡萄球菌2例，人葡萄球菌1例，麦氏棒杆菌5例，肺炎链球菌3例，蜡状芽孢杆菌2例，藤黄微球菌1例；卡他莫拉菌1例，奥斯陆莫拉菌1例，铜绿假单胞菌1例。结论通过PCR扩增细菌核糖体16SrRNA基因序列鉴定泪囊炎病原细菌种属的方法准确性高，特异性强。 展开更多
关键词 泪囊炎 多聚酶链反应 16S rrna 基因测序 细菌
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23株芽孢杆菌16S rRNA基因序列扩增与系统发育分析 被引量：9
16
作者 张晓娟 宋萍 +3 位作者 王柱 张蓓蓓 周光燕 王菊英 《食品与发酵科技》 CAS 2012年第2期9-12,共4页
采用16S rRNA基因序列分析对西南菌种站(SICC)收集保藏的23株芽孢杆菌进行复核鉴定,以改良的CTAB法提取细菌DNA,用通用引物F1、R1对菌株进行16S rRNA扩增,使用Clustal X对序列进行比对分析,并用MEGA 4进行建树分析。鉴定结果表明其中13... 采用16S rRNA基因序列分析对西南菌种站(SICC)收集保藏的23株芽孢杆菌进行复核鉴定,以改良的CTAB法提取细菌DNA,用通用引物F1、R1对菌株进行16S rRNA扩增,使用Clustal X对序列进行比对分析,并用MEGA 4进行建树分析。鉴定结果表明其中13株与原学名一致,1株与原学名不符,其余9株在绘制的N-J发育树中显示同时与枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、解淀粉芽孢杆菌(B.amyloliquefaciens)汇聚到一个分支,需要用特异PCR方法进一步核实。 展开更多
关键词 芽孢杆菌 16S rrna 序列分析 系统发育
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一株产蓝色素放线菌的分离、鉴定及其色素稳定性初步研究 被引量：8
17
作者 牛世全 韩彩虹 +3 位作者 胡蛟龙 李海云 耿晖 阎薇如 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期134-138,共5页
为了研究一株从盐碱土中分离的产蓝色素放线菌菌株DA04417的分类地位及其色素稳定性。通过形态学、生理生化特征、16S rRNA基因序列分析对该菌株进行鉴定,并对其色素稳定性进行初步研究。结果表明菌株DA04417初步鉴定为灰红链霉菌（Stre... 为了研究一株从盐碱土中分离的产蓝色素放线菌菌株DA04417的分类地位及其色素稳定性。通过形态学、生理生化特征、16S rRNA基因序列分析对该菌株进行鉴定,并对其色素稳定性进行初步研究。结果表明菌株DA04417初步鉴定为灰红链霉菌（Streptomyces griseoruber）。其产色素最大吸收峰为580 nm,色素在p H 3~11区域内增色作用明显;自然光和紫外光对色素都有一定的消色作用,但影响不大;色素在4~80℃内稳定;色素对还原剂Na2SO3稳定,而氧化剂H2O2对色素有消色作用;色素对Na Cl、蔗糖稳定,柠檬酸钠对色素有明显消色作用;金属离子对色素都有不同程度的消色作用。放线菌DA04417是一株具有开发前景和应用潜力的产蓝色素菌株。 展开更多
关键词 蓝色素 灰红链霉菌 16S rrna基因 色素稳定性
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81株铜绿假单胞菌16S rRNA基因序列测定及系统发育学分析 被引量：7
18
作者 曾晓琮 周露 +2 位作者 苏妙贞 韩志杰 陈丹霞 《食品与机械》 CSCD 北大核心 2016年第11期21-24,89,共5页
采用16SrRNA基因序列分析法对2015年7-9月广东省食品检验所桶装水专项抽检中筛查所得的81株铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）进行复核鉴定。菌株经纯化培养后提取总DNA,采用细菌16SrRNA通用引物进行16SrRNA基因序列扩增,PCR扩增... 采用16SrRNA基因序列分析法对2015年7-9月广东省食品检验所桶装水专项抽检中筛查所得的81株铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）进行复核鉴定。菌株经纯化培养后提取总DNA,采用细菌16SrRNA通用引物进行16SrRNA基因序列扩增,PCR扩增产物经2%琼脂糖凝胶电泳后,进行序列测定,序列经人工校对后用Clustal X进行比对分析,最后用MEGA5.1软件构建系统发育树。系统发育分析结果 表明：81株铜绿假单胞菌与原鉴定结果一致。其中,编号24-3-QY、100-5-JM、106-3-JM菌株形成一个分支,28-1-WD单独为一支,其余77株野生菌和铜绿假单胞菌标准菌株ATCC27853聚为一群。该研究是2015年5月24日中国开始实施GB 19298—2014《食品安全国家标准包装饮用水》以来,广东省首次对水源性铜绿假单胞菌进行的研究,为下一步菌种污染朔源等研究提供依据。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 16S rrna基因 序列分析 系统发育树
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网箱养殖卵形鲳鲹“烂身病”病原分离鉴定及药敏分析 被引量：7
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作者 涂志刚 崔婧 +4 位作者 严耿杰 骆丽珍 李丹萍 周永灿 邱名毅 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期634-639,共6页
2016年5月,在海南临高和澄迈等深水网箱养殖区,养殖的卵形鲳鲹出现"烂身病",两周内鱼类大量死亡,对该产业带来较大冲击。针对海南省深水网箱养殖卵形鲳鲹"烂身病"进行调查分析,自患病鱼类肝脏中分离到1株优势菌株QT... 2016年5月,在海南临高和澄迈等深水网箱养殖区,养殖的卵形鲳鲹出现"烂身病",两周内鱼类大量死亡,对该产业带来较大冲击。针对海南省深水网箱养殖卵形鲳鲹"烂身病"进行调查分析,自患病鱼类肝脏中分离到1株优势菌株QT520,经回归感染试验确定其为病原菌。通过形态学、生理生化特征以及16SrRNA基因序列分析等综合鉴定,菌株QT520为弧菌属哈维弧菌,其单位质量半致死密度为2.5×105 cfu/(mL·g),属强毒菌株。药敏分析结果显示,哈维弧菌QT520对利福平、庆大霉素和多西环素等9种药物敏感,而对四环素、链霉素和卡那霉素等6种药物耐药。 展开更多
关键词 卵形鲳鲹 烂身病 16Srrna基因序列分析 病原 哈维弧菌QT520
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表面活性剂产生菌SQ6:筛选及其发酵液表面活性 被引量：6
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作者 李娜娜 史荣久 +4 位作者 郝金生 韩斯琴 刘晓波 徐慧 张颖 《生态学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期1618-1623,共6页
从大庆油田油藏采出水中成功筛选获得一株表面活性剂产生菌,编号为SQ6,该菌为短杆状革兰氏阴性菌。16S rRNA基因序列比对结果显示,SQ6与铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)序列相似性达到99.9%;生理生化鉴定结果进一步表明,SQ6符合... 从大庆油田油藏采出水中成功筛选获得一株表面活性剂产生菌,编号为SQ6,该菌为短杆状革兰氏阴性菌。16S rRNA基因序列比对结果显示,SQ6与铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)序列相似性达到99.9%;生理生化鉴定结果进一步表明,SQ6符合假单胞菌属特征。以葡萄糖为碳源,24h内SQ6发酵液表面张力(ST)从57.0mN·m-1降至25.6mN·m-1。SQ6发酵液在高温(121℃,30min)、高盐(NaCl浓度为12%)和广泛pH条件下保持较稳定的表面活性,其临界胶束浓度(CMC)为50mg·L-1。薄层层析结果显示,SQ6发酵液表面活性成分主要为糖脂类。 展开更多
关键词 油藏采出水 表面张力 生物表面活性剂 16S rrna基因序列
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