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导流杂交基因芯片技术在人乳头状瘤病毒检测中应用的研究 被引量:132
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作者 陶萍萍 卞美璐 +3 位作者 欧华 陈庆云 李敏 刘军 《中华妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期43-47,共5页
目的评价导流杂交基因芯片技术,即凯普导流杂交HPV DNA检测法(简称HybriMax)在女性生殖道人乳头状瘤病毒(HPV)感染检测中的临床效用。初步探讨女性生殖道感染最常见的HPV基因型。方法从2004年6月—2005年5月在中日友好医院妇科行宫颈癌... 目的评价导流杂交基因芯片技术,即凯普导流杂交HPV DNA检测法(简称HybriMax)在女性生殖道人乳头状瘤病毒(HPV)感染检测中的临床效用。初步探讨女性生殖道感染最常见的HPV基因型。方法从2004年6月—2005年5月在中日友好医院妇科行宫颈癌筛查的患者7520例中选取591例,包括宫颈细胞学检查正常者138例,异常者453例,并对异常者按组织病理学分为炎症组、宫颈上皮内瘤变(CIN)Ⅰ组、CINⅡ组、CINⅢ组、宫颈癌组和湿疣组。采用HybriMax方法对591名患者进行宫颈细胞21种HPV基因型分型检测,并对其中的413例同时采用第二代杂交捕获(HC-Ⅱ)试验行13种高危型HPV检测。另选取453例细胞学异常者中的101例患者的组织切片进行原位杂交HPV16、18检测。比较不同方法检测结果的一致性,计算用HybriMax法检测的各组患者不同HPV基因型的阳性率。结果HybriMax与HC-Ⅱ两种方法检测13种高危型HPV的总符合率92·5%(382/413),总Kappa指数(KI)0·814,宫颈癌组符合率100·0%;与原位杂交检测结果符合率89·1%(90/101),KI为0·776。10种最常见的HPV基因型依次(按阳性率递减)为:细胞学正常者16、68、18、52、58、11、53、31、39、33;细胞学异常者16、52、58、18、33、31、81、53、68、66,宫颈癌组16、18、52、58、33、66、68、31、51、53。结论HybriMax与HC-Ⅱ、原位杂交检测结果一致性良好,且能对更多基因型确切分型。宫颈病变患者最常见的6种HPV基因型为16、18、52、58、33、31。 展开更多
关键词 乳头状瘤病毒 基因型 寡核苷酸序列分析 原位杂交 宫颈肿瘤 宫颈上皮内瘤样病变
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反应停治疗强直性脊柱炎的临床与实验研究 被引量:75
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作者 黄烽 古洁若 +3 位作者 赵伟 朱剑 张江林 余德恩 《中华风湿病学杂志》 CAS CSCD 2002年第5期309-315,共7页
目的 通过为期 1年的开放性试验来验证反应停是否对强直性脊柱炎 (AS)有潜在的治疗作用以及从基因水平研究其作用机制。方法 共有 30例HLA B2 7阳性的男性难治性AS患者纳入该临床研究 ,服用剂量为 2 0 0mg/d。以 7项临床指标 (BASDAI... 目的 通过为期 1年的开放性试验来验证反应停是否对强直性脊柱炎 (AS)有潜在的治疗作用以及从基因水平研究其作用机制。方法 共有 30例HLA B2 7阳性的男性难治性AS患者纳入该临床研究 ,服用剂量为 2 0 0mg/d。以 7项临床指标 (BASDAI指数 ,BASFI指数 ,全身痛和脊柱痛Likert四级评分 ,晨僵时间以及患者和医生的总体评价四级评分 )作为主要疗效指标 ,并用 6个其他临床指标 (扩胸度 ,指地距 ,枕壁距 ,Schober试验 ,血沉和C反应蛋白水平 )作为次要疗效指标。同时用基因芯片研究部分患者的外周血单个核细胞 (PBMC)中炎性基因表达谱 ,然后再用反转录 多聚酶链反应 (RT PCR)来进行验证。结果 共有 2 6例患者完成了该项试验 ,毒副作用少 ,而且较轻。7个主要疗效指标中 ,有 4项改善超过 2 0 %的患者人数占总人数的 80 %。在治疗的第 3~ 6个月间 ,某些指数明显下降 ,9例患者疼痛症状消失 ;同时患者PBMC中的肿瘤坏死因子 (TNF) α的转录显著减少。结论 反应停对难治性AS是一个很有前途的药物 ,其生物学作用机制与炎症因子TNF 展开更多
关键词 反应停 治疗 强直性脊柱炎 临床研究 实验研究
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导流杂交基因芯片技术在人乳头状瘤病毒感染分型检测中的临床应用 被引量:81
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作者 赵健 杨英捷 廖秦平 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第12期1148-1151,共4页
目的 探讨核酸分子快速导流杂交基因芯片技术(HybriMax)在临床人乳头状瘤病毒(human papillomavious,HPV)感染分型检测中的应用。方法采用HybriMax技术,对门诊就诊的3086例有性生活史妇女,进行下生殖道HPV感染分型检测。463例宫... 目的 探讨核酸分子快速导流杂交基因芯片技术(HybriMax)在临床人乳头状瘤病毒(human papillomavious,HPV)感染分型检测中的应用。方法采用HybriMax技术,对门诊就诊的3086例有性生活史妇女,进行下生殖道HPV感染分型检测。463例宫颈病变患者在阴道镜下定点活检病理诊断,以病理诊断为金标准评价HybriMax在发现宫颈病变中的价值,并对80例HPV16阳性的患者DNA进行E6/E7基因测序,确定其分型的准确性。结果21种HPV亚型均被检出,3086例门诊妇女中HPV阳性率63.1%(1947/3086),检出率在5.0%以上的有7种,依次为HPVl6(15.9%、490/3086)、58(11.2%、346/3086)、52(8.5%、261/3086)、33(6.3%、195/3086)、53(6.2%、192/3086)、6(5.6%、172/3086)和CP8304(5.0%、155/3086)型。HybriMax技术发现高级别鳞状上皮内瘤变(HSIL,CINII+CINⅢ)的敏感度为95.49%(95%6'I=95.44%~98.27%)、特异度34.85%(95%CI=32.59%~37.57%)、阳性预测值37.13%(95%CI=30.79%~40.96%),阴性预测值95.04%(95%6'I=89.24%~98.44%)。HPV16E6/E7基因序列检测对HPV16型的准确性达100%,同时发现有型内变异存在。结论HybriMax技术检测HPV分型准确性高,对发现HSIL有较好的敏感性和特异性,是临床HPV感染分型检测的有效方法。 展开更多
关键词 乳头状瘤病毒 寡核苷酸序列分析 宫颈疾病
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飞行时间质谱检测技术在非综合征型耳聋基因检测中的应用 被引量:35
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作者 曾云 姜丹 +4 位作者 冯大飞 金冬冬 吴晓慧 丁艳丽 邹婧 《中华耳鼻咽喉头颈外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期985-990,共6页
目的 应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(Matrix-Assisted Laser DesorptionIonization Time of Flight Mass Spectrometry,MALDI-TOF-MS)技术检测非综合征型耳聋患者突变基因,并用直接测序法进行验证,评估MALDI-TOF-MS在临床耳... 目的 应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(Matrix-Assisted Laser DesorptionIonization Time of Flight Mass Spectrometry,MALDI-TOF-MS)技术检测非综合征型耳聋患者突变基因,并用直接测序法进行验证,评估MALDI-TOF-MS在临床耳聋基因检测中的可行性.方法 采集454例非综合征型耳聋患者的外周血,提取基因组DNA,采用MALDI-TOF-MS检测常见的4个耳聋致病基因的20个位点,包括GJB2(35delG、167delT、176_191de116、235delC、299_300delAT),GJB3 (538C→T、547G→A),SLC26A4 (281C→T、589G→A、IVS7-2A→G、1174A→T、1226G→A、1229C→T、IVS15+5G→A、1975G→C、2027T→A、2162C→T、2168A→G),线粒体12S rRNA(1494C→T、1555A→G).同时应用直接测序法对上述20个位点进行检测,以验证MALDI-TOF MS的准确性.结果 454例耳聋患者中共检出166例存在致聋突变(36.56%).其中GJB2基因突变96例(21.15%),GJB3基因突变4例(0.88%),SLC26A4基因突变64例(14.10%),线粒体12S rRNA基因突变3例(0.66%).直接测序法结果与MALDI-TOF-MS结果一致,两者符合率达100%.结论 针对中国人群常见耳聋相关基因热点突变设计的MALDI-TOF-MS对非综合征型耳聋患者的突变检出率较高,与传统常用基因检测方法相比,具有检测位点多、覆盖率高、准确、高通量、低成本等特点,能够满足临床对常见耳聋基因检测的要求. 展开更多
关键词 听觉丧失 突变 光谱法 质量 基质辅助激光解吸电离 寡核苷酸序列分析
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基因芯片检测肠道致病菌技术的建立和应用 被引量:21
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作者 靳连群 李君文 +5 位作者 晁福寰 王升启 王新为 郑金来 宋农 古长庆 《中华传染病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期24-26,i001,共4页
目的 快速、准确地检测水中存在的肠道致病菌。方法 采用基因芯片技术对水中常见肠道致病菌进行检测和鉴定 ,包括检测靶基因的扩增、基因芯片的制备、杂交反应和杂交结果的检测与分析四个步骤。结果 应用基因芯片对涉及 9个菌属的 1... 目的 快速、准确地检测水中存在的肠道致病菌。方法 采用基因芯片技术对水中常见肠道致病菌进行检测和鉴定 ,包括检测靶基因的扩增、基因芯片的制备、杂交反应和杂交结果的检测与分析四个步骤。结果 应用基因芯片对涉及 9个菌属的 14 3株致病菌在相同的条件下进行了杂交检测 ,得到菌属 (科 )特异性的杂交图谱 ,从而达到对细菌进行检测鉴定的目的。结论 制备的基因芯片能够同时检测沙门菌属、志贺菌属、埃希菌属、葡萄球菌属、变形杆菌属的细菌以及小肠结肠炎耶尔森菌、副溶血性弧菌等。 展开更多
关键词 基因芯片 检测 肠道致病菌技术 寡核苷酸序列分析
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基因芯片诊断耐多药结核病的临床多中心研究 被引量:24
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作者 周杨 欧喜超 +7 位作者 乐军 谭耀驹 王胜芬 逄宇 李强 姜广路 赵冰 赵雁林 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期793-799,共7页
目的评估基因芯片法检测耐多药结核临床分离株的临床意义。方法采取分层抽样的方法分别从北京胸科医院、同济大学附属上海市肺科医院和广州市胸科医院保存的临床菌株库的耐药组和敏感组中,随机抽取利福平耐药株800株,异烟肼耐药株797... 目的评估基因芯片法检测耐多药结核临床分离株的临床意义。方法采取分层抽样的方法分别从北京胸科医院、同济大学附属上海市肺科医院和广州市胸科医院保存的临床菌株库的耐药组和敏感组中,随机抽取利福平耐药株800株,异烟肼耐药株797株,耐多药株791株,利福平/异烟肼双敏感380株。用基因芯片法检测包括rpoB基因的511(T→C)、513(A→C,C→A)、516(G→T,A→T,A→G)、526(C→T,C→G,A→T,A→G)、531(C→T,C→G)、533(T→C)位点、katG的315(G→C,G→A)位点和inhA的-15(C→T)位点的耐药突变。以绝对浓度法药敏结果为金标准,计算基因芯片法的符合率、敏感度和特异度。同时对基因芯片法的核酸扩增产物进行测序,以验证基因芯片对核酸序列检测的准确性。结果以绝对浓度法药敏结果作为标准,基因芯片法检测利福平、异烟肼耐药和耐多药的符合率分别是93.7%(1108/1183)、83.8%(994/1186)、82.4%(975/1183)。检测利福平耐药的敏感度为92.0%(733/797),特异度为97.2%(375/386);检测异烟肼的敏感度为77.4%(617/797),特异度为96.9%(377/389);检测耐多药的敏感度为74.6%(588/788),特异度为98.0%(387/395)。在利福平基因芯片检测为突变的菌株中,突变频率最高的位点是531(TCG),突变率为64.5%(480/744);在katG/inhA突变菌株中,基因芯片检测为katG315(AGC)单突变的为77.4%(487/629);且与测序结果基本一致,仅有5例菌株中不完全相符。其中1株异烟肼耐药菌基因芯片法检测为katG315(G→C)突变,而测序结果为野生型,其余4株为基因芯片法未包含的突变类型。结论基因芯片法可快速可靠地检测结核临床分离株利福平和异烟肼的耐药性,有望在临床诊断中广泛应用。 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 抗药性 多种 细菌 寡核苷酸序列分析 多中心研究
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以基因芯片技术研究黄芪多糖对NOD小鼠胰岛基因表达的影响 被引量:16
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作者 陈蔚 俞茂华 《中华内分泌代谢杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第6期545-548,共4页
目的 深入探讨黄芪多糖 (APS)对NOD小鼠 1型糖尿病预防作用的分子机制。方法 应用基因芯片技术比较APS处理组和生理盐水对照组NOD小鼠胰岛的基因表达谱差异。结果 APS组中5 .47%的检测基因 (63 / 115 2 )表达明显差异 ;上调基因 2 8... 目的 深入探讨黄芪多糖 (APS)对NOD小鼠 1型糖尿病预防作用的分子机制。方法 应用基因芯片技术比较APS处理组和生理盐水对照组NOD小鼠胰岛的基因表达谱差异。结果 APS组中5 .47%的检测基因 (63 / 115 2 )表达明显差异 ;上调基因 2 8条 ,下调基因 3 5条 ;17条基因在功能上与免疫有关。结论 黄芪多糖能预防或延缓NOD小鼠 1型糖尿病的发生 ,可能与其纠正Th1/Th2 型细胞 /细胞因子的免疫失衡状态有关。 展开更多
关键词 NOD小鼠 胰岛 基因芯片技术 黄芪多糖 1型糖尿病 基因表达谱 APS 上调基因 分子机制
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趋化因子受体CXCR4及其配体SDF-1与强直性脊柱炎发病的相关性研究 被引量:17
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作者 古洁若 黄烽 +1 位作者 Jatinderpal Kalsi 余得恩 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期224-229,共6页
目的 :探讨趋化因子及其受体在强直性脊柱炎 (AS)时的变化及其在关节炎发病机制中的作用。方法 :用含 5 88个基因的cDNA微阵列方法比较 13例AS患者和 7例健康志愿者外周血单个核细胞 (PBMC)基因的表达水平 ;用流式细胞术对PBMC表面C -X... 目的 :探讨趋化因子及其受体在强直性脊柱炎 (AS)时的变化及其在关节炎发病机制中的作用。方法 :用含 5 88个基因的cDNA微阵列方法比较 13例AS患者和 7例健康志愿者外周血单个核细胞 (PBMC)基因的表达水平 ;用流式细胞术对PBMC表面C -X -C趋化因子受体 4 (CXCR4 )蛋白表达水平进行检测 ,并以免疫组化方法和ELISA方法检测其配体SDF - 1(基质来源因子 )在滑膜成纤维细胞和滑膜组织的表达情况。结果 :AS的 5 88个基因谱和健康志愿者有明显区别 ,其中趋化因子受体 (CXCR4 )在AS外周血的单核细胞和CD8+ 的T淋巴细胞表达显著高于健康志愿者组 (P <0 . 0 5 )。SDF - 1在AS病人的PBMC、滑液单个核细胞 (SFMC)、关节液成纤维细胞和关节滑膜衬里层细胞的表达也增高。结论 :趋化因子受体CXCR4及其产物在AS患者的PBMC表达明显增多 ,SDF - 1在AS关节炎患者滑膜成纤维细胞和滑膜组织表达增多 ,提示CXCR4及其配体SDF - 1这一信息通道在AS炎症病变的发展与持续中可能起重要作用。 展开更多
关键词 脊柱炎 强直性 受体 趋化因子 配体 SDF-1 寡核苷酸序列分析
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应用组织芯片技术研究卵巢癌组织中缺氧诱导因子1α与血管生成的关系 被引量:14
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作者 罗军 彭芝兰 +4 位作者 杨开选 王和 杨红 董丹丹 姚先莹 《中华妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期38-41,共4页
目的 探讨缺氧诱导因子 1α(hypoxiainduciblefactor 1α ,HIF 1α)在卵巢癌组织中的表达及其与血管生成的关系。方法 联合应用组织芯片和原位杂交、免疫组化技术 ,检测 2 95份卵巢上皮性肿瘤 (其中卵巢癌 2 38份、交界性卵巢肿瘤 1... 目的 探讨缺氧诱导因子 1α(hypoxiainduciblefactor 1α ,HIF 1α)在卵巢癌组织中的表达及其与血管生成的关系。方法 联合应用组织芯片和原位杂交、免疫组化技术 ,检测 2 95份卵巢上皮性肿瘤 (其中卵巢癌 2 38份、交界性卵巢肿瘤 19份、良性卵巢肿瘤 38份 )及 13份正常卵巢组织中HIF 1αmRNA和血管内皮生长因子 (VEGF)的表达情况 ,以CD3 4 单克隆抗体标记血管内皮细胞来检测微血管密度 (MVD)。结果 卵巢癌、交界性卵巢肿瘤和良性卵巢肿瘤、正常卵巢组织中HIF 1αmRNA的阳性表达率分别为 81 9%、4 2 1%、13 2 %和 0。交界性卵巢肿瘤和卵巢癌组织中HIF 1αmRNA的表达高于正常卵巢和良性卵巢肿瘤 ,卵巢癌高于交界性肿瘤 ,差异均有统计学意义 (P <0 0 1)。卵巢癌组织中HIF 1αmRNA的表达与手术病理分期和病理类型无关 (P >0 0 5 ) ,而与病理分级呈正相关 (r=0 2 4 6 ,P <0 0 1)。卵巢癌组织中HIF 1αmRNA表达与VEGF表达 (r =0 2 0 6 ,P =0 0 1)和MVD计数 (r =0 4 5 1,P <0 0 1)均呈显著正相关。结论 卵巢癌组织过度表达HIF 1αmRNA ,并通过诱导VEGF促进肿瘤的新生血管形成。 展开更多
关键词 组织芯片技术 卵巢癌 肿瘤组织 缺氧诱导因子1Α 血管生成
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利用基因芯片研究六味地黄丸对老年大鼠基因表达的影响 被引量:17
10
作者 余榕捷 蒲含林 +2 位作者 周天鸿 李志英 林剑 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期260-265,共6页
目的 :利用基因芯片研究六味地黄丸对老年大鼠基因表达的影响。方法 :将 4 0只 2 0月龄SD雄性大鼠分成不用药与用六味地黄丸两组 ,用药 5周后 ,通过检测相关生化指标 ,确定用药组与对照组之间具显著差异。提取 2 0只 4月龄SD雄性大鼠脾... 目的 :利用基因芯片研究六味地黄丸对老年大鼠基因表达的影响。方法 :将 4 0只 2 0月龄SD雄性大鼠分成不用药与用六味地黄丸两组 ,用药 5周后 ,通过检测相关生化指标 ,确定用药组与对照组之间具显著差异。提取 2 0只 4月龄SD雄性大鼠脾脏mRNA ,平均分成两组 ,分别与老年用药组脾脏mRNA和老年对照组脾脏mRNA配对进行逆转录和芯片杂交实验 ,获得老年对照组和老年用药组分别和青年组相比 ,相关基因表达水平的差异 ,通过比较两组数据 ,评价六味地黄丸对与衰老相关的基因表达的调节作用。结果 :芯片结果显示老年对照组与青年组相比有 13个基因表达显著下调 ,1个基因表达显著上调。而在老年用药组中 ,14个相关基因的表达水平没有明显变化 ;而另有 2序列与青年组相比表达显著上调。结论 :通过基因芯片技术 ,发现 16个基因的表达水平可受六味地黄丸用药的影响。通过深入研究对我们深入理解六味地黄丸抗衰老的分子机制可能有帮助。 展开更多
关键词 六味地黄丸 寡核苷酸序列分析 基因表达 衰老
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系统性红斑狼疮的基因表达谱及其免疫调控通路的研究 被引量:11
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作者 叶霜 沈南 +9 位作者 顾越英 陈顺乐 韩光明 冯修高 冯学兵 陈兴国 华晶 黄文群 王元 鲍春德 《中华风湿病学杂志》 CAS CSCD 2002年第6期411-416,I002,共7页
目的 通过基因表达谱勾画系统性红斑狼疮 (SLE)发病机制中可能的免疫调控通路。方法 用寡核苷酸基因芯片研究了 10例SLE(包括 2例SLE同胞对 )和 10份正常对照的外周血白细胞基因表达谱。进行了基因表达谱和临床免疫表型的聚类分析和比... 目的 通过基因表达谱勾画系统性红斑狼疮 (SLE)发病机制中可能的免疫调控通路。方法 用寡核苷酸基因芯片研究了 10例SLE(包括 2例SLE同胞对 )和 10份正常对照的外周血白细胞基因表达谱。进行了基因表达谱和临床免疫表型的聚类分析和比较 ;筛选统计学显著性差异表达的SLE相关基因 ,并在转录和蛋白表达水平验证芯片表达谱结果。结果 聚类分析揭示SLE临床免疫表型与基因表达谱特征存在关联。获得 2 5个显著性差异表达的SLE相关基因 ,其中大部分未经报道。转录水平直接验证了其中C/EBPD ,LY6E ,OAS2三个基因的表达 ;较大样本独立验证了C/EBPD ,LY6E在SLE中的表达上调 ;蛋白质水平验证了C/EBPD的高表达。结论 SLE基因表达谱可能是其临床免疫表型的分子基础 ,探讨了通过基因表达谱进行SLE分型乃至鉴别诊断的可能性。通过显著性差异表达的SLE相关基因 ,推测干扰素及其免疫调控通路在SLE发病中可能扮演重要角色。 展开更多
关键词 系统性红斑狼疮 基因表达谱 免疫调控通路 研究 寡核苷酸 序列分析
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小鼠脑微血管内皮细胞株bEnd.3的细胞特征及基因表达谱分析 被引量:13
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作者 乐飞 张国平 +2 位作者 金惠铭 史连国 殷莲华 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第8期1340-1344,共5页
目的 :对一种小鼠脑组织来源的血管内皮细胞株bEnd .3的主要细胞特征进行研究并做血管内皮细胞生物学功能基因芯片分析。方法 :利用倒置显微镜、扫描和透射电子显微镜观察细胞形态特征 ;免疫细胞化学法显示血管内皮细胞特异性表面标志 ;... 目的 :对一种小鼠脑组织来源的血管内皮细胞株bEnd .3的主要细胞特征进行研究并做血管内皮细胞生物学功能基因芯片分析。方法 :利用倒置显微镜、扫描和透射电子显微镜观察细胞形态特征 ;免疫细胞化学法显示血管内皮细胞特异性表面标志 ;ELISA定量检测PGE2 ;流式细胞术、MTT法研究增殖和凋亡、血管内皮细胞基因芯片研究正常培养bEnd 3基因表达谱。结果 :bEnd 3具备多种典型的微血管内皮细胞 (MVEC)特征 :细胞呈多边形或梭型、呈铺路石样生长 ;存在管腔样结构 (TLS)和毛细血管样网络 ,细胞表面有丰富的微绒毛 ;vW因子、CD34阳性 ;CD31、CD36、CD10 5等也有不同程度的表达 ;细胞高水平分泌前列腺素E2 (PGE2 ) ;多种与正常血管功能密切相关的基因也有不同程度的表达。结论 :bEnd .3保留了MVEC的基本特性 ,可用于心脑血管疾病。 展开更多
关键词 bEnd.3细胞 内皮 von WILLEBRAND因子 抗原 CD34 寡核苷酸序列分析
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基因表达谱芯片在盆腔器官脱垂发病相关基因检测中的应用 被引量:14
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作者 戴毓欣 郎景和 +3 位作者 朱兰 刘珠凤 潘凌亚 孙大为 《中华妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期342-347,共6页
目的 应用基因表达谱芯片检测绝经后盆腔器官脱垂(POP)患者与绝经后非POP患者子宫主韧带组织中差异表达的基因,探讨POP发生的分子机制.方法 选择2007年1-5月在北京协和医院妇产科手术的绝经后POP患者3例为POP组,同期因妇科良性疾病行... 目的 应用基因表达谱芯片检测绝经后盆腔器官脱垂(POP)患者与绝经后非POP患者子宫主韧带组织中差异表达的基因,探讨POP发生的分子机制.方法 选择2007年1-5月在北京协和医院妇产科手术的绝经后POP患者3例为POP组,同期因妇科良性疾病行子宫全切除术的绝经后非POP患者3例为对照组.获取两组患者的子宫主韧带组织,进行组织来源确定及形态学观察;应用基因表达谱芯片筛选两组子宫主韧带组织中的差异表达基因,并进行功能分析;采用实时荧光定量PCR技术验证所筛选的差异表达基因的表达水平.结果 POP组患者子宫主韧带组织中胶原纤维与平滑肌束失去正常的排列,形态紊乱,可见胶原纤维断裂,平滑肌束细碎.采用基因表达谱芯片共筛选出179个差异表达的基因,其中包括加个功能未知的基因.107个基因在POP组中表达上调,72个基因在POP组中表达下调.差异基因涉及多种功能蛋白和代谢通路,其中Wnt信号传导通路的变化最显著(P=0.000).实时荧光定量PCR技术检测证实,COL1A1、DKK1、SFRP1、FZD5、WNT16b基因在POP组中的表达水平分别为2.98±1.40、3.03±0.48、8.13±4.42、5.19.4±3.50和12.40±3.88,均明显高于对照组(分别为1.09±0.08、1.20±0.18、0.41±0.51、0.87±0.24和1.40±0.47,P〈0.05),与基因表达谱芯片的检测结果一致.结论 POP的病理牛理过程复杂,涉及多种功能蛋白和代谢通路,其中Wnt信号传导通路拮抗剂DKK1、SFRP1介导的神经退行性病变可能与POP的发病密切相关. 展开更多
关键词 子宫脱垂 寡核苷酸序列分析 胞间信号肽类和蛋白质类 膜蛋白质类 神经变性疾病
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芯片检测结合测序技术在遗传性耳聋产前基因筛查与诊断中的应用 被引量:14
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作者 孙莲花 李磊 +5 位作者 王晓雯 朱亚忠 柴永川 李晓华 吴皓 杨涛 《中华耳鼻咽喉头颈外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期991-995,共5页
目的探讨遗传性耳聋基因检测芯片在中国孕妇人群常见遗传性耳聋基因突变位点检测中的作用,并评估其在遗传性耳聋产前诊断中的应用。方法对3056例孕妇采集外周血并抽提DNA,采用遗传性耳聋基因芯片检测GJB2、SLC26A4、线粒体12SrRNA、C... 目的探讨遗传性耳聋基因检测芯片在中国孕妇人群常见遗传性耳聋基因突变位点检测中的作用,并评估其在遗传性耳聋产前诊断中的应用。方法对3056例孕妇采集外周血并抽提DNA,采用遗传性耳聋基因芯片检测GJB2、SLC26A4、线粒体12SrRNA、CJB3等4个中国人群常见遗传性耳聋基因共9个突变热点。根据检测结果对有耳聋生育风险的夫妇提供遗传咨询与生育指导。结果3056例孕妇中,共检测到156例携带至少一种基因突变,占总抽查人数的5.11%。其中7例为线粒体12SrRNA突变,预测后代亦为此突变携带者,需终生避免使用氨基糖苷类抗生素。149例为另外三种隐性耳聋基因突变,对其中的124例生育配偶进行了相关基因的全序列测序分析,共有20对夫妇具有遗传性耳聋生育风险。5对夫妇要求进行耳聋产前诊断,4例产前诊断结果均为相应致病基因单杂合突变或野生型,出生后听力随访均未发现异常;1例为P.V37I/c.235delC复合杂合突变,有产生轻、中度耳聋的风险。结论利用遗传性耳聋基因芯片进行临床耳聋基因突变产前筛查具有高度可靠性和可操作性,结合产前诊断技术能有效预防先天性耳聋患儿的出生。 展开更多
关键词 突变 遗传筛查 遗传咨询 产前诊断 寡核苷酸序列分析
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基于染色体芯片分析的产前诊断 被引量:14
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作者 傅启华 郑昭璟 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期6-9,共4页
产前诊断是预防出生缺陷、提高人口素质的重要举措。目前染色体核型分析、超声检查、血清学筛查、荧光原位杂交及PCR技术等已广泛用于临床产前诊断。近几年来,随着高通量芯片技术在产后诊断中的临床有效性得到广泛证实,染色体芯片分... 产前诊断是预防出生缺陷、提高人口素质的重要举措。目前染色体核型分析、超声检查、血清学筛查、荧光原位杂交及PCR技术等已广泛用于临床产前诊断。近几年来,随着高通量芯片技术在产后诊断中的临床有效性得到广泛证实,染色体芯片分析技术在产前诊断中的应用也得到了普遍关注并已取得良好的效果。但是,染色体芯片分析在产前诊断中的应用还存在许多没有解决的问题,如临床意义未明的拷贝数变异的解释和报告、基因芯片平台的选择、产前诊断遗传咨询等。这些问题的解决需要临床医生、实验室专家以及遗传咨询专家等的共同努力,达成共识并建立具有中国特色的应用指南和准则,以确保基因芯片技术在产前诊断中的良好应用。 展开更多
关键词 染色体畸变 产前诊断 DNA拷贝数变异 寡核苷酸序列分析
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13种虫媒病毒基因芯片检测方法的建立 被引量:13
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作者 朱晓光 杨银辉 +4 位作者 康晓平 刘洪 胡玉洋 曾海攀 祝庆余 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第8期832-835,共4页
目的建立能对虫媒病毒进行属水平筛查及种水平鉴定的基因芯片技术,为虫媒病毒提供一种高通量的检测与鉴定技术。方法从GenBank获得13种虫媒病毒的全部基因组序列,利用Clustal X和BLAST等比对软件,设计针对这些虫媒病毒所在的3个属的通... 目的建立能对虫媒病毒进行属水平筛查及种水平鉴定的基因芯片技术,为虫媒病毒提供一种高通量的检测与鉴定技术。方法从GenBank获得13种虫媒病毒的全部基因组序列,利用Clustal X和BLAST等比对软件,设计针对这些虫媒病毒所在的3个属的通用寡核苷酸探针,用于病毒的属水平筛查。然后设计针对每种病毒的特异性寡核苷酸探针,用于每种病毒的检测鉴定。寡核苷酸探针长度均为70mer,将设计好的探针与GenBank上所有病毒基因组序列进行比对,验证其种属特异性,然后进行探针合成和基因芯片制备。所有病毒在BSL-3和BSL-2实验室进行培养,待检病毒核酸通过锚定随机PCR进行扩增,经荧光染料标记后与基因芯片杂交,利用激光共聚焦扫描仪扫描后进行结果分析。结果所检测的13种虫媒病毒均可获得种特异性及所在属的属特异性杂交信号,非特异性杂交信号不明显。分别用两种不同的病毒混合后,进行模拟混合病毒感染,也得到了相应的特异杂交信号。结论初步建立了13种虫媒病毒的基因芯片检测技术,可用于这些病毒的属水平筛查及种水平鉴定,并且可以进行混合感染标本的检测,为虫媒病毒的检测与鉴定提供了一种新的手段。 展开更多
关键词 寡核苷酸序列分析 虫媒病毒 检测
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16S rRNA基因芯片诊断新生儿败血症 被引量:10
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作者 郑季彦 尚世强 +2 位作者 吴亦栋 徐亚萍 杜立中 《中华传染病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期187-190,共4页
目的建立16S rRNA基因加基因芯片检测新生儿败血症的诊断技术,以提高临床检测细菌的速度及准确性。方法对125例拟诊为败血症的新生儿血标本及部分脑脊液标本进行细菌16S rRNA基因及基因芯片检测,包括DNA提取、设计引物和探针、聚合酶链... 目的建立16S rRNA基因加基因芯片检测新生儿败血症的诊断技术,以提高临床检测细菌的速度及准确性。方法对125例拟诊为败血症的新生儿血标本及部分脑脊液标本进行细菌16S rRNA基因及基因芯片检测,包括DNA提取、设计引物和探针、聚合酶链反应(PCR)扩增、基因芯片的制备、杂交、激光扫描与读片。结果125例中PCR检测血标本阳性64例,占51.2%;血培养阳性32例,占25.6%;非特异性指标41例,占32.8%,差异有统计学意义(P<0.01)。若以血培养阳性和/或非特异指标至少两项阳性为诊断标准,PCR灵敏度为90.3%(56/62),特异度为87.3%(55/63),正确诊断指数为0.776。3例脑脊液标本中PCR阳性2例,培养阳性仅1例。对64例PCR阳性血标本进一步作基因芯片检测,结果通用探针均阳性。其中G+探针阳性60份,G-探针阳性4份。30份PCR和血培养均阳性的标本中其探针菌株与血培养细菌阳性结果相符。2例脑脊液标本PCR阳性,基因芯片检测结果与培养结果相符。结论16S rRNA基因PCR加基因芯片杂交可为新生儿败血症提供早期、敏感的病原学诊断依据。 展开更多
关键词 寡核苷酸序列分析 RNA 核糖体 1 6S 败血病 婴儿 新生 16SRRNA基因 基因芯片检测 新生儿败血症 诊断技术 聚合酶链反应(PCR)
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染矽尘大鼠早期肺组织差异基因表达谱的研究 被引量:13
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作者 陈蕾 王世鑫 +4 位作者 刘萍 魏茂提 栾大伟 何瑞波 涂植光 《中华预防医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期515-521,共7页
目的研究染矽尘大鼠早期肺组织与正常肺组织的差异基因表达谱。方法应用气管暴露法建立雄性Wistar大鼠染矽尘模型和对照组,每组3只,应用Illumina激光共聚焦光纤微珠基因芯片技术,研究建模后14d时的大鼠肺组织差异基因表达谱,并采用D... 目的研究染矽尘大鼠早期肺组织与正常肺组织的差异基因表达谱。方法应用气管暴露法建立雄性Wistar大鼠染矽尘模型和对照组,每组3只,应用Illumina激光共聚焦光纤微珠基因芯片技术,研究建模后14d时的大鼠肺组织差异基因表达谱,并采用DAVID生物信息学分析工具,进行Fisher精确概率检验,对差异基因的基因功能和生物学通路进行富集统计学分析。结果检测出的有效基因共22107个,筛选出染矽尘组与对照组的差异基因共1567个,其中上调基因为765个,下调基因为802个。在KEGG生物学通路数据库中,共406个差异基因获得注释,上调基因为204个,其中11个生物学通路相关基因显著上调;下调的基因有202个,其中3个生物学通路相关基因显著下调。Real-timePCR实验验证了血红素加氧酶1(HMOX1)、超氧化物歧化酶2(SOD2)基因上调的趋势和基因芯片结果是一致的。结论本次实验筛选出了染矽尘早期大鼠肺组织差异基因,提示矽尘致肺纤维化过程中可能存在相互作用的基因簇。 展开更多
关键词 矽肺 寡核苷酸序列分析 大鼠
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基因芯片技术在复发性流产遗传学诊断中的应用 被引量:12
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作者 沈国松 张甦 何平亚 《中华妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期515-518,共4页
目的 探讨基因芯片单核苷酸多态性阵列(SNP-array)技术在复发性流产遗传学诊断中的应用价值.方法 选择2012年1-10月在浙江省湖州市妇幼保健院产前诊断中心就诊的、曾有自然流产≥2次、本次妊娠又发生自然流产的患者26例(RSA组),对... 目的 探讨基因芯片单核苷酸多态性阵列(SNP-array)技术在复发性流产遗传学诊断中的应用价值.方法 选择2012年1-10月在浙江省湖州市妇幼保健院产前诊断中心就诊的、曾有自然流产≥2次、本次妊娠又发生自然流产的患者26例(RSA组),对流产物分别应用绒毛染色体核型分析技术和SNP-array技术进行分析;同时选取20例早孕期人工流产妇女作为对照组.结果 绒毛染色体核型分析获得结果19例,检测成功率为73% (19/26),发现染色体异常10例,异常检出率为10/19;SNP-array技术检测获得结果26例,检测成功率为100%,发现全基因组拷贝数异常15例,异常检出率为58% (15/26).对照组胚胎绒毛染色体核型分析获得结果16例,检测成功率为16/20,均未发现染色体核型异常;SNP-array技术检测获得结果20例,检测成功率为20/20,均未发现全基因组拷贝数异常.结论 SNP-array技术具有分辨率高、准确性好等优点,是自然流产特别是复发性流产遗传学诊断的有力工具. 展开更多
关键词 流产 习惯性 寡核苷酸序列分析 多态性 单核苷酸 绒毛膜绒毛 核型分析
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口腔黏膜扁平苔藓差异基因筛选及其通路分析 被引量:12
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作者 许彦枝 杨凤英 《中华临床医师杂志(电子版)》 CAS 2010年第1期47-53,共7页
目的应用基因芯片技术筛选口腔扁平苔藓(OLP)差异表达基因及其相关通路分析。方法分别从15例患者OLP组织和5例健康者口腔黏膜组织中提取总RNA,随后用反转录的方法将两种组织的mRNA分别进行荧光标记,与含有32050个基因的人类基因芯片进... 目的应用基因芯片技术筛选口腔扁平苔藓(OLP)差异表达基因及其相关通路分析。方法分别从15例患者OLP组织和5例健康者口腔黏膜组织中提取总RNA,随后用反转录的方法将两种组织的mRNA分别进行荧光标记,与含有32050个基因的人类基因芯片进行杂交。探针长度为60mer,杂交信号用Genepix4000B扫描仪扫描,用芯片图像分析软件(GenepixProV6.0和Genesring)进行分析。结果经过杂交筛选并与正常组织比较,从32050个基因中筛选出有统计学意义的差异表达基因142个,其中上调表达基因25个,下调表达基因117个。有差异表达的通路8个。与OLP密切相关的通路有参与感染类疾病的幽门螺杆菌感染的上皮细胞信号传导通路(epithelial cell signaling in Helicobacterpylori infection)等。结论应用基因表达谱芯片可初步筛选出OLP差异表达基因和通路,OLP发生、发展过程中存在着多个不同基因及多条功能通路表达调控的改变。 展开更多
关键词 扁平苔藓 口腔 寡核苷酸序列分析 螺杆菌 幽门 动力传导 细胞
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