在群体遗传学和分子生态学研究中,种群的分化分析是一个重要的内容。IM(Isolation with Migration)模型以DNA序列数据为基础同时评估两个种群分化过程中分化时间和迁移概率。IM模型能够模拟许多真实世界中一个种群分行为两个种群的现象...在群体遗传学和分子生态学研究中,种群的分化分析是一个重要的内容。IM(Isolation with Migration)模型以DNA序列数据为基础同时评估两个种群分化过程中分化时间和迁移概率。IM模型能够模拟许多真实世界中一个种群分行为两个种群的现象。IM模型应用MCMC(Markov Chain Monte Carlo)方法进行参数的推断。然而马尔科夫链需要经过漫长的时间才能达到一个稳定的概率分布,并且参数推断所需要的空间可能超过一个计算机的内存。本文利用MPI(Message Passing Interface)实现了基于数据并行的IM模型,在减少单个计算机内存使用和总的运行时间方面都有很好的效果。展开更多
文摘在群体遗传学和分子生态学研究中,种群的分化分析是一个重要的内容。IM(Isolation with Migration)模型以DNA序列数据为基础同时评估两个种群分化过程中分化时间和迁移概率。IM模型能够模拟许多真实世界中一个种群分行为两个种群的现象。IM模型应用MCMC(Markov Chain Monte Carlo)方法进行参数的推断。然而马尔科夫链需要经过漫长的时间才能达到一个稳定的概率分布,并且参数推断所需要的空间可能超过一个计算机的内存。本文利用MPI(Message Passing Interface)实现了基于数据并行的IM模型,在减少单个计算机内存使用和总的运行时间方面都有很好的效果。