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Two-stage vs single-stage management for concomitant gallstones and common bile duct stones 被引量:108
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作者 Jiong Lu Yao Cheng +3 位作者 Xian-Ze Xiong Yi-Xin Lin Si-Jia Wu Nan-Sheng Cheng 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS CSCD 2012年第24期3156-3166,共11页
AIM:To evaluate the safety and effectiveness of twostage vs single-stage management for concomitant gallstones and common bile duct stones.METHODS:Four databases,including PubMed,Embase,the Cochrane Central Register o... AIM:To evaluate the safety and effectiveness of twostage vs single-stage management for concomitant gallstones and common bile duct stones.METHODS:Four databases,including PubMed,Embase,the Cochrane Central Register of Controlled Trials and the Science Citation Index up to September 2011,were searched to identify all randomized controlled trials(RCTs).Data were extracted from the studies by two independent reviewers.The primary outcomes were stone clearance from the common bile duct,postoperative morbidity and mortality.The secondary outcomes were conversion to other procedures,number of procedures per patient,length of hospital stay,total operative time,hospitalization charges,patient acceptance and quality of life scores.RESULTS:Seven eligible RCTs [five trials(n = 621) comparing preoperative endoscopic retrograde cholangiopancreatography(ERCP)/endoscopic sphincterotomy(EST) + laparoscopic cholecystectomy(LC) with LC + laparoscopic common bile duct exploration(LCBDE);two trials(n = 166) comparing postoperative ERCP/EST + LC with LC + LCBDE],composed of 787 patients in total,were included in the final analysis.The metaanalysis detected no statistically significant difference between the two groups in stone clearance from the common bile duct [risk ratios(RR) =-0.10,95% confidence intervals(CI):-0.24 to 0.04,P = 0.17],postoperative morbidity(RR = 0.79,95% CI:0.58 to 1.10,P = 0.16),mortality(RR = 2.19,95% CI:0.33 to 14.67,P = 0.42),conversion to other procedures(RR = 1.21,95% CI:0.54 to 2.70,P = 0.39),length of hospital stay(MD = 0.99,95% CI:-1.59 to 3.57,P = 0.45),total operative time(MD = 12.14,95% CI:-1.83 to 26.10,P = 0.09).Two-stage(LC + ERCP/EST) management clearly required more procedures per patient than single-stage(LC + LCBDE) management.CONCLUSION:Single-stage management is equivalent to two-stage management but requires fewer procedures.However,patient's condition,operator's expertise and local resources should be taken into account in making treatment decisions. 展开更多
关键词 Laparoscopic cholecystectomy Laparoscop-ic common bile duct exploration Endoscopic retrogradecholangiopancreatography Endoscopic sphincterotomy GALLSTONES Common bile duct stones META-ANALYSIS
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茶树EST-SSR的信息分析与标记建立 被引量:85
2
作者 金基强 崔海瑞 +4 位作者 陈文岳 卢美贞 姚艳玲 忻雅 龚晓春 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期17-23,共7页
在1589条茶树EST中,共发掘出了281个EST-SSR,分布于246条EST中,出现频率是17.68%,平均长度为33.06bp,平均分布频率是1/2.61kb。在茶树EST-SSR中,二核苷酸重复是主要的重复类型,出现最多的重复基元类型是AG/CT重复。设计了19对SSR引物,... 在1589条茶树EST中,共发掘出了281个EST-SSR,分布于246条EST中,出现频率是17.68%,平均长度为33.06bp,平均分布频率是1/2.61kb。在茶树EST-SSR中,二核苷酸重复是主要的重复类型,出现最多的重复基元类型是AG/CT重复。设计了19对SSR引物,在对引物、dNTP、MgCl2的浓度及退火温度等参数进行测试后,建立了合适的PCR反应体系。以衍生绝大多数EST-SSR的龙井43DNA为模板,对引物进行了筛选,有16对引物显示扩增,可用率为84.2%;进一步在10个茶树品种中进行多态性测试,显现出多态性的引物占可扩增引物的62.5%。本文研究结果证明了根据茶树EST建立SSR标记是有效、可行的。 展开更多
关键词 茶树 est SSR信息 标记建立
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从小麦EST序列中开发新的SSR引物 被引量:66
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作者 陈军方 任正隆 +1 位作者 高丽锋 贾继增 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期154-158,共5页
小麦EST数量的迅速增加为开发新的SSR标记提供了宝贵的数据资源 ,本实验从国际小麦族EST协作网 (ITEC)上公布的 10 380条EST序列中检索到 4 4 4条含有SSR的序列 ,检出率为 4 1%。其中含二核苷酸重复单元和三核苷酸重复单元的SSR ESTs... 小麦EST数量的迅速增加为开发新的SSR标记提供了宝贵的数据资源 ,本实验从国际小麦族EST协作网 (ITEC)上公布的 10 380条EST序列中检索到 4 4 4条含有SSR的序列 ,检出率为 4 1%。其中含二核苷酸重复单元和三核苷酸重复单元的SSR ESTs分别为 34条 (7 7% )和 347条 (78 0 % )。利用这些SSR ESTs序列共设计 135对cSSR引物 ,其中 82对在小麦上有扩增产物 ,占所设计引物总数的 6 0 8%。利用小麦缺体 四体 ,32对cSSR引物被定位到小麦除 2D、4B和 4D外的 18条染色体上。 展开更多
关键词 est SSR-ests cSSR引物 小麦
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白菜EST-SSR信息分析与标记的建立 被引量:73
4
作者 忻雅 崔海瑞 +4 位作者 卢美贞 姚艳玲 金基强 林容杓 崔水莲 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期549-554,共6页
数量迅速增加的EST为开发新的SSR标记提供了宝贵的资源。本研究对4584条白菜EST进行了搜索,共检索出474个SSR,检出率为10·3%,包括40种重复基元。其中二核苷酸和三核苷酸重复单元的EST-SSR占主导地位,二者出现的频率基本相近,占总SS... 数量迅速增加的EST为开发新的SSR标记提供了宝贵的资源。本研究对4584条白菜EST进行了搜索,共检索出474个SSR,检出率为10·3%,包括40种重复基元。其中二核苷酸和三核苷酸重复单元的EST-SSR占主导地位,二者出现的频率基本相近,占总SSR的近83%;其它重复类型所占比例均不足5%。GA和GAA是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复类型的71·5%和37·5%。设计了15对EST-SSR引物,在合适的PCR反应体系下,以构建EST的白菜自交系A的DNA为模板,对设计的EST-SSR引物进行筛选,发现15对EST-SSR引物都能扩增出产物。进一步用这些可扩增的引物对28个白菜品种进行PCR扩增,发现7对引物显示多态性,占引物总数的46·7%。此结果表明,根据EST建立EST-SSR标记是一条简便而又有效的途径。 展开更多
关键词 白菜 est SSR信息 标记
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油菜EST资源的SSR信息分析 被引量:67
5
作者 李小白 张明龙 崔海瑞 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期20-25,共6页
从NCBI公共数据库获得63 334条油菜EST,通过前处理得到全长为12 165.38kb的无冗余EST17 987条。在这些序列中搜索出2 803个SSR,分布于2 443条EST中,出现频率是15.58%。这些EST-SSR的平均长度为18.84bp,平均分布频率是1/4.34kb。二核苷... 从NCBI公共数据库获得63 334条油菜EST,通过前处理得到全长为12 165.38kb的无冗余EST17 987条。在这些序列中搜索出2 803个SSR,分布于2 443条EST中,出现频率是15.58%。这些EST-SSR的平均长度为18.84bp,平均分布频率是1/4.34kb。二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要的类型,二者出现的频率基本相近,占总SSR的89.05%。AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复的84.04%和35.71%,同时对这些SSR的可用性进行了评价。 展开更多
关键词 油菜 est SSR 频率 特性
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油茶种子EST文库构建及主要表达基因的分析 被引量:59
6
作者 谭晓风 胡芳名 +3 位作者 谢禄山 石明旺 张党权 乌云塔娜 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第1期43-48,共6页
为研究油茶种子在油脂转化高峰期的基因表达并分离克隆与油脂合成等有关的重要基因,以油茶优良无性系湘林1号和湘林4号近成熟种子为材料构建cDNA文库;随机挑取2327个克隆进行3′端测序构建EST文库。将数据完整并无X、N的1979条cDNA序列... 为研究油茶种子在油脂转化高峰期的基因表达并分离克隆与油脂合成等有关的重要基因,以油茶优良无性系湘林1号和湘林4号近成熟种子为材料构建cDNA文库;随机挑取2327个克隆进行3′端测序构建EST文库。将数据完整并无X、N的1979条cDNA序列与NCBI核酸数据库的非冗余序列进行同源性比较,确认763条cDNA序列与核酸数据库中其他物种的DNA序列具有很高或较高的同源性,可确认266种基因;有1216个克隆序列为未知功能的基因序列。各类基因表现出不同的表达丰度,其中贮藏蛋白基因、与基因表达调控相关的基因、抗逆相关基因、种子成熟和胚胎发育相关的基因等为高丰度表达,与脂肪酸代谢相关的基因等为中丰度表达,另外还有大量的其他基因和未知功能基因在种子中表达。各类基因表达的数量和趋势与种子接近发育成熟阶段相吻合。 展开更多
关键词 油茶 CDNA est 文库 表达基因
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镉在河蟹五种组织器官的积累及对酯酶同工酶的影响 被引量:53
7
作者 王兰 杨秀清 +1 位作者 王茜 王定星 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第S1期96-100,共5页
以体腔注射法两次对中华绒螯蟹 (Eriocheirsiensises)给镉 ,处理一周后 ,测镉在蟹体内的积累及对酯酶同工酶的影响。结果表明 :镉在河蟹组织器官的积累具有选择性 ,且主要积累在肝胰腺中 ,其次是鳃、触角腺 ,而卵巢与肌肉几乎没有积累... 以体腔注射法两次对中华绒螯蟹 (Eriocheirsiensises)给镉 ,处理一周后 ,测镉在蟹体内的积累及对酯酶同工酶的影响。结果表明 :镉在河蟹组织器官的积累具有选择性 ,且主要积累在肝胰腺中 ,其次是鳃、触角腺 ,而卵巢与肌肉几乎没有积累。镉对蟹体主要组织器官酯酶同工酶的影响不但有组织差异性 ,而且与积累量有很大关系 ,主要表现为应激性 ,即低剂量镉可诱导酶活性提高 ,同时应激性有一定范围。 展开更多
关键词 中华绒螯蟹 积累 酯酶 同工酶
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荔枝EST资源的SSR信息分析及EST-SSR标记开发 被引量:54
8
作者 孙清明 马文朝 +6 位作者 马帅鹏 赵俊生 白丽军 陈洁珍 蔡长河 向旭 欧良喜 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第19期4037-4049,共13页
【目的】明确荔枝EST序列中SSR的总体特点,开发荔枝EST-SSR引物,为利用EST-SSR分子标记进行荔枝种质资源遗传多样性、连锁图谱构建及亲缘关系研究奠定基础。【方法】应用SSRIT软件,按照设定标准从自行构建的一个荔枝果皮发育关键期的cDN... 【目的】明确荔枝EST序列中SSR的总体特点,开发荔枝EST-SSR引物,为利用EST-SSR分子标记进行荔枝种质资源遗传多样性、连锁图谱构建及亲缘关系研究奠定基础。【方法】应用SSRIT软件,按照设定标准从自行构建的一个荔枝果皮发育关键期的cDNA文库中的1 331条Unigene(惟一序列)中搜索SSR位点。利用软件Primer primer5.0设计EST-SSR引物。选用16份表型差异较大的荔枝种质资源检测引物的有效性及多态性,利用聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)进行片段分离。【结果】荔枝的1 331条EST序列中共搜索出220个SSR位点,分布于189条EST中,出现频率是16.53%。这些EST-SSR的平均长度为18.43 bp,平均分布频率1/4.42 kb。在1—6 bp的重复基元中,二核苷酸和三核苷酸重复类型占主导地位,共占总SSR的69.09%,二者出现的频率分别为37.27%和31.82%。共观察到72种重复基元,出现频率最高的是GA/TC(16.82%);其次是AG/CT、A/T、AT/TA及GAA/TTC,频率分别为14.55%、11.82%、5.00%和3.64%。不同核苷酸数目的重复基元的重复次数差异很大。设计、合成150对EST-SSR引物,122对(81.33%)引物在荔枝中获得有效扩增,100对引物具有多态性。【结论】荔枝EST资源中含有高频率的SSR位点,且EST-SSR标记开发效率较高。本研究为利用EST-SSR标记开展荔枝遗传研究提供了100对EST-SSR引物,并为进一步开发荔枝EST-SSR标记提供了含SSR位点的候选序列。 展开更多
关键词 荔枝 est SSR
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橡胶树EST-SSR标记的开发与应用 被引量:53
9
作者 安泽伟 赵彦宏 +2 位作者 程汉 李维国 黄华孙 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期311-319,共9页
通过对橡胶树10778条EST序列进行拼接,共得到Unigene3090条,从中发掘出分布于353条Unigene的430个EST-SSR位点,SSR发生频率为11.42%,平均分布距离为3.93kb。在橡胶树EST-SSR中,二核苷酸和三核苷酸重复是主要的重复类型,分别占63.49%、32... 通过对橡胶树10778条EST序列进行拼接,共得到Unigene3090条,从中发掘出分布于353条Unigene的430个EST-SSR位点,SSR发生频率为11.42%,平均分布距离为3.93kb。在橡胶树EST-SSR中,二核苷酸和三核苷酸重复是主要的重复类型,分别占63.49%、32.09%。TC/AG、CT/GA和CTT/GAA、AAG/TTC、AGA/TCT是二、三核苷酸的优势重复类型。利用PRIMER5.0设计引物148对,随机挑选21对引物进行合成,并用其中15对扩增较好的引物,通过变性聚丙烯酰胺凝胶结合银染的方法对44个橡胶树无性系进行了遗传多样性检测,构建了聚类分析树状图。研究结果表明,从橡胶树EST中开发SSR标记是有效、可行的,文章所开发的EST-SSR引物可用于橡胶树遗传分析研究。 展开更多
关键词 橡胶树 SSR est
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Development, chromosome location and genetic mapping of EST-SSR markers in wheat 被引量:48
10
作者 CHEN Haimei LI Linzhi WEI Xianyun LI Sishen LEI Tiandong HU Haizhou WANG Honggang ZHANG Xiansheng 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2005年第20期2328-2336,共9页
A number of 151695 wheat expression sequence tags (ESTs) that originated from GenBank/dbEST from July 14, 2003 to August 24, 2004 were used to search for simple sequence repeats (SSRs) with motif 2―5 bp, and 2038 sim... A number of 151695 wheat expression sequence tags (ESTs) that originated from GenBank/dbEST from July 14, 2003 to August 24, 2004 were used to search for simple sequence repeats (SSRs) with motif 2―5 bp, and 2038 simple sequence repeats (EST-SSRs), which accounted for 1.34% of EST database, were identified. Based on these SSR sequences, 249 EST-SSR primer pairs and 166 amplified clear bands in various wheat cultivars were designed. These EST-SSR markers can be used as new molecular markers in wheat and related species. Using Chinese Spring nulli-tetrasomic lines, 93 EST-SSR primer pairs and 193 EST-SSR loci were located on 19 wheat chromosomes except for 4A and 4B. Forty-three loci were mapped on 11 chromosomes of the genetic frame- work map previously constructed using recombinant inbred lines. 展开更多
关键词 染色体 遗传映射 小麦 序列重复 est
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转录组学在药用植物研究中的应用 被引量:46
11
作者 吴琼 孙超 +4 位作者 陈士林 罗红梅 李滢 孙永珍 牛云云 《世界科学技术-中医药现代化》 2010年第3期457-462,共6页
药用植物转录组学研究已经成为药用植物基因组研究中最活跃的领域之一。以转录组学的产生、发展和研究方法为基础,介绍了药用植物中转录组学的应用现状,重点介绍了转录组学当前采用的技术手段以及在西洋参、丹参、乌拉尔甘草功能基因组... 药用植物转录组学研究已经成为药用植物基因组研究中最活跃的领域之一。以转录组学的产生、发展和研究方法为基础,介绍了药用植物中转录组学的应用现状,重点介绍了转录组学当前采用的技术手段以及在西洋参、丹参、乌拉尔甘草功能基因组学中的研究进展。同时对转录组学在药用植物中的发展前景进行了讨论。 展开更多
关键词 药用植物 转录组学 功能基因组学 454 GS FLX 表达序列标签
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腹腔镜联合内镜治疗胆石症 被引量:43
12
作者 刘凤军 智绪亭 +2 位作者 寿楠海 徐克森 胡三元 《中华肝胆外科杂志》 CAS CSCD 2004年第1期26-28,共3页
目的 探讨腹腔镜联合内镜治疗胆石症的适应证和方法。方法 回顾性分析 12 5 0例胆囊结石和 (或 )胆总管结石的治疗方法和结果。结果  114 7例单纯胆囊病变行腹腔镜胆囊切除 (la paroscopiccholecystectomy ,LC) ,成功率 97 6 %。合... 目的 探讨腹腔镜联合内镜治疗胆石症的适应证和方法。方法 回顾性分析 12 5 0例胆囊结石和 (或 )胆总管结石的治疗方法和结果。结果  114 7例单纯胆囊病变行腹腔镜胆囊切除 (la paroscopiccholecystectomy ,LC) ,成功率 97 6 %。合并胆总管结石 (commonbileductstones,CBDS)的12 7例分为三组 :Ⅲ组 :肝内无结石 ,且CBDS少于 3个 ,直径≤ 1 0cm者首先内窥镜乳头括约肌切开取石 (endoscopicspincterotomy ,EST) ,成功率 80 % (2 4 / 30 ) ;Ⅱ组 :肝内无结石或结石局限于Ⅰ~Ⅱ级肝管 ,无肝内胆管狭窄 ,EST无法取出CBDS者行腹腔镜联合纤维胆道镜胆总管切开取石 (laparoscop iccholedocholithotomyandT tubedrainage,LCTD) ,4 7例仅 1例未成功 ;Ⅰ组 :因合并Ⅰ~Ⅱ级肝管狭窄或肝内多发结石而开腹手术。术后残石 4 5例 ,4 2例EST和 (或 )胆道镜取石成功。结论 LC是单纯胆囊病变的首选治疗。力争LC术前或术中适于EST取出CBDS ,EST失败或结石局限于Ⅰ~Ⅱ级肝管 ,且无肝内胆管狭窄者 ,LCTD是行之有效的方法。EST和 (或 )胆道镜是术后残石的主要治疗措施。 展开更多
关键词 结石 联合 腹腔镜 est 肝内 内镜治疗 胆石症 成功率
原文传递
柑橘EST-SSR分子标记分析(英文) 被引量:44
13
作者 江东 钟广炎 洪棋斌 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第4期345-353,共9页
对来源于甜橙(Citrus sinensis Osbeck)、枳壳(Poncirus trifoliata Raf.)和其他柑橘非冗余EST数据库的38 124条单一基因(Unigene)序列进行了简单重复序列SSRs(Simple Sequence Repeat)搜索,所分析的柑橘非冗余核酸序列总长23.29 Mb,从... 对来源于甜橙(Citrus sinensis Osbeck)、枳壳(Poncirus trifoliata Raf.)和其他柑橘非冗余EST数据库的38 124条单一基因(Unigene)序列进行了简单重复序列SSRs(Simple Sequence Repeat)搜索,所分析的柑橘非冗余核酸序列总长23.29 Mb,从中获得了 8 218 条 SSR,其中包括单碱基重复 4 913 条(59.8%), 2 碱基重复 1 419 条(17.3%),3 碱基重复 1 709条(20.8%),4碱基重复114条(1.39%), 5碱基重复23条(0.28%), 6碱基重复40条(0.49%)。大约每2.8kb 长度的单一基因序列中即存在1个SSR, 即平均4.6个单一基因中存在1个SSR。随碱基重复单元(motif)的不同, SSR的最大长度在40–105之间,全部重复序列的平均长度为20.9 bp。各种SSR (1-,2-,3-,4-,5-,6-核苷酸重复)的发生频率在甜橙和枳壳间非常接近。其中单碱基重复序列是最丰富的重复单元,其次为3碱基重复。在所得的SSR的重复单元中,富含A碱基的重复单元的分布占据优势地位,出现的频率与密度均较高,而富含CG碱基的重复单元出现频率和密度较低。用25对EST-SSR引物对6个柑橘品种的多样性进行了PCR检测,结果表明,所有25对引物在6个柑橘品种间均扩增到多样性条带,证实通过柑橘EST数据库的发掘能够高效地筛选到基因水平的SSR标记。 展开更多
关键词 柑橘 est 微卫星 SSR
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香蕉EST-SSRs标记的开发与应用 被引量:38
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作者 王静毅 陈业渊 +1 位作者 刘伟良 武耀廷 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期933-940,共8页
从NCBI搜索的2282条香蕉EST中,发掘出含有SSR的EST序列110条,共有122个SSR位点,检出率为5.3%。SSR位点可分为37种重复单元,平均长度为20bp,其中二、三核苷酸重复单元的SSR占主导地位,分别占总SSR的33.1%和47.6%。GA和GAA是... 从NCBI搜索的2282条香蕉EST中,发掘出含有SSR的EST序列110条,共有122个SSR位点,检出率为5.3%。SSR位点可分为37种重复单元,平均长度为20bp,其中二、三核苷酸重复单元的SSR占主导地位,分别占总SSR的33.1%和47.6%。GA和GAA是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复类型的75.7%和36.0%;其他重复类型所占比例均不足10%,而四核苷酸重复类型最少,为4.0%。设计的63对EST-SSRs引物中,有41对EST-SSRs引物对巴西蕉基因组DNA能扩增出产物,占总引物数的65.1%。应用进一步筛选出的重复性好、多态性高的19对引物对49个香蕉品种(系)进行PCR扩增。每对51物扩增的多态性带数目为4~12个,平均7.58个;引物多态信息量变化范围为0.3572.0.8744,平均0.7324。在相似系数为0.63的水平可将49个品种聚为2个类群:一类为含B基因组香蕉品种;另一类为不合B基因组的香蕉品种,表明EST-SSR引物可以应用于香蕉品种资源分类的研究。 展开更多
关键词 香蕉 est est-SSR 遗传多样性 聚类分析
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EST分子标记开发及在比较基因组学中的应用 被引量:36
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作者 李小白 崔海瑞 张明龙 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期541-547,共7页
数量迅速增加的EST(expressed sequence tags)为分子标记的开发提供了宝贵的资源。与来自于基因组DNA开发的传统标记相比,以EST为基础的分子标记是一种新型分子标记,具有其显著的优势,如开发简便、信息量高和通用性好等,在多方面都有重... 数量迅速增加的EST(expressed sequence tags)为分子标记的开发提供了宝贵的资源。与来自于基因组DNA开发的传统标记相比,以EST为基础的分子标记是一种新型分子标记,具有其显著的优势,如开发简便、信息量高和通用性好等,在多方面都有重要的利用价值。本文详细地介绍了目前基于EST开发的5类分子标记以及基于生物信息学方法的开发策略,这些标记包括EST-PCR、EST-SSR、EST-SNP、EST-RFLP和EST-AFLP。此外,对这些标记在比较基因组学研究中的应用进行了评述,包括比较作图、遗传多样性评价及系统发育研究等。 展开更多
关键词 est 标记开发 比较作图 遗传多样性 系统发育学
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基于EST信息的百合SSR标记的建立 被引量:41
16
作者 杨素丽 明军 +2 位作者 刘春 穆鼎 李名扬 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期1069-1074,共6页
依据已知的百合EST(expres sedsequence tags)序列信息,开发新的SSR(simple sequence re-peats)标记,在NCBI的EST数据库1688条EST中检索到98条含有101个SSR的序列,SSR的检出率为5.98%,其中三核苷酸重复类型占主导地位,出现频率为2.84%。... 依据已知的百合EST(expres sedsequence tags)序列信息,开发新的SSR(simple sequence re-peats)标记,在NCBI的EST数据库1688条EST中检索到98条含有101个SSR的序列,SSR的检出率为5.98%,其中三核苷酸重复类型占主导地位,出现频率为2.84%。EST-SSR的重复基元共搜索到47种,其中三核苷酸重复基元类型最为丰富,大约占重复基元类型总数的一半。利用部分EST-SSRs序列共设计23对SSR引物,以铁炮百合‘Snow Queen’DNA为模板,对引物进行筛选,其中18对引物有扩增产物,占所设计引物总数的78.26%;进一步用这些引物在5个杂种系列13个百合品种进行多态性测试,显示多态性的引物占可扩增引物的66.7%。本研究结果证明了基于百合EST信息建立SSR标记是一种有效而又可行的方法。 展开更多
关键词 百合 est SSR 引物设计
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梨EST-SSR标记的开发及其在梨品种遗传多样性分析中的应用评价 被引量:40
17
作者 王西成 姜淑苓 +4 位作者 上官凌飞 曹玉芬 乔玉山 章镇 房经贵 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第24期5079-5087,共9页
【目的】分析梨EST中SSR位点分布规律,开发梨EST-SSR引物,探讨EST-SSR用于梨品种遗传差异研究的可行性。【方法】从NCBI公共数据库中下载梨表达序列标签(expressed sequence tag,EST)1293条,利用MISA软件对其进行SSR位点查找,将符合条... 【目的】分析梨EST中SSR位点分布规律,开发梨EST-SSR引物,探讨EST-SSR用于梨品种遗传差异研究的可行性。【方法】从NCBI公共数据库中下载梨表达序列标签(expressed sequence tag,EST)1293条,利用MISA软件对其进行SSR位点查找,将符合条件的序列选出,利用Primer3.0Plus软件设计48对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物克隆与测序,以验证其真实性。【结果】1293条梨的EST序列中含有SSR位点的序列为82条,SSR位点92个。二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占48.91%、17.39%和17.39%。48对引物中有31对引物能扩增出理想的PCR产物,其中27对引物扩增条带具有多态性。同时发现11对引物中,有83.87%的片段具有相应的SSR位点。聚类结果表明,梨被明显地区分成东方梨和西方梨两大群,分类效果明显。【结论】梨EST-SSR标记开发效率较高,是梨SSR标记开发的重要措施,对于梨品种的鉴定与遗传多样性分析具有重要应用价值。 展开更多
关键词 est SSR 遗传多样性
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白菜EST-SSR标记的通用性 被引量:33
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作者 忻雅 崔海瑞 +5 位作者 张明龙 姚艳玲 卢美贞 金基强 林容杓 崔水莲 《细胞生物学杂志》 CSCD 2006年第2期248-252,共5页
EST-SSR是从表达序列标签(expressedsequencetag,EST)中开发的新型简单序列重复(simplesequencerepeat,SSR)标记。根据白菜EST设计了15对SSR引物,对白菜、油菜、玉米、高粱、水稻和茶树等进行了PCR,研究了白菜的EST-SSR标记在不同物种... EST-SSR是从表达序列标签(expressedsequencetag,EST)中开发的新型简单序列重复(simplesequencerepeat,SSR)标记。根据白菜EST设计了15对SSR引物,对白菜、油菜、玉米、高粱、水稻和茶树等进行了PCR,研究了白菜的EST-SSR标记在不同物种间的通用性。所设计的引物对不同白菜品种、近缘种油菜和远缘种玉米、高粱、水稻和茶树的扩增成功率分别为100%、93.3%、80%、93.3%、93.3%和86.7%。在15对引物中,有11对在远缘种中都有扩增产物,而且一些引物可显示多态性,多态性引物分别占了可扩增引物的33.3%、28.6%、28.6%和61.5%。这些结果表明,白菜EST-SSR引物具有较高的通用性,这对于比较基因组学研究有重要意义。 展开更多
关键词 SSR标记 通用性 白菜 SSR引物 表达序列标签 简单序列重复 比较基因组学 扩增产物 多态性 est
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草莓EST-SSR标记开发及在品种遗传多样性分析中的应用 被引量:38
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作者 董清华 王西成 +3 位作者 赵密珍 宋长年 葛安静 王静 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第17期3603-3612,共10页
【目的】探讨草莓EST序列中SSR位点的分布规律,开发草莓EST-SSR引物,并分析其在草莓品种遗传多样性研究中的应用。【方法】从NCBI公共数据库下载草莓表达序列标签(expressed sequence tag,EST)55 750条,利用MISA软件查找SSR位点,并利用P... 【目的】探讨草莓EST序列中SSR位点的分布规律,开发草莓EST-SSR引物,并分析其在草莓品种遗传多样性研究中的应用。【方法】从NCBI公共数据库下载草莓表达序列标签(expressed sequence tag,EST)55 750条,利用MISA软件查找SSR位点,并利用Primer3.0 Plus软件设计60对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物进行克隆和测序,以验证其真实性。【结果】55 750条草莓EST序列含有SSR位点的序列1 334条,SSR位点1 490个。其中,二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占36.17%、26.51%和19.87%。60对引物中有42对引物能在20个草莓品种中扩增出理想的PCR产物,其中36对引物扩增条带具有多态性。利用11对验证的EST-SSR引物分析了20个草莓品种的亲缘关系。【结论】草莓EST-SSR标记的开发对于草莓品种鉴定与遗传多样性分析具有重要应用价值。 展开更多
关键词 草莓 est SSR 遗传多样性
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新一代测序技术在植物转录组研究中的应用 被引量:37
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作者 梁烨 陈双燕 刘公社 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第12期1317-1326,共10页
随着DNA测序技术的发展,新一代测序技术以其高通量、低成本的特点,成为越来越多的生物学研究者在开展工作时的首选。在所有的新一代测序技术中,454测序系统是最早实现商业化且发展相对成熟的一种,目前被广泛的应用于各个领域的生物学研... 随着DNA测序技术的发展,新一代测序技术以其高通量、低成本的特点,成为越来越多的生物学研究者在开展工作时的首选。在所有的新一代测序技术中,454测序系统是最早实现商业化且发展相对成熟的一种,目前被广泛的应用于各个领域的生物学研究中。文章以454测序系统为例,综述了新一代测序系统的原理、优缺点,及其在植物转录组研究中的应用,并对其在植物研究领域中可能的发展应用方向进行了展望。 展开更多
关键词 新一代测序平台 454测序技术 植物转录组 est SNP
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