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利用ABEEM/MM模型对气态丝氨酸和苏氨酸残基二肽分子构象的研究
1
作者
张霞
张强
杨忠志
《渤海大学学报（自然科学版）》
CAS
2006年第4期295-299,共5页
应用ABEEM/MM浮动电荷模型(原子-键电负性均衡方法融合进分子力场)对气态丝氨酸和苏氨酸残基二肽分子构象进行了初步的研究,与经典的力场模型相比,该方法中的静电势包含了分子内和分子间的静电极化作用,以及分子内电荷转移影响,同时加...
应用ABEEM/MM浮动电荷模型(原子-键电负性均衡方法融合进分子力场)对气态丝氨酸和苏氨酸残基二肽分子构象进行了初步的研究,与经典的力场模型相比,该方法中的静电势包含了分子内和分子间的静电极化作用,以及分子内电荷转移影响,同时加入了化学键等非原子中心电荷位点,合理的体现了分子中的电荷分布。相对其他极化力场模型,该模型具有计算量较小的特点。结果表明:我们模型计算的两种二肽分子的构象能和关键二面角结构与从头计算结果符合得很好,优于其他力场模型。
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关键词
丝氨酸残基二肽
苏氨酸残基二肽
原子-键电负性均衡方法融合进分子力场
(
abeem
/
mm
)
构象
极化力场
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职称材料
题名
利用ABEEM/MM模型对气态丝氨酸和苏氨酸残基二肽分子构象的研究
1
作者
张霞
张强
杨忠志
机构
渤海大学化学化工学院
辽宁师范大学化学化工学院辽宁
出处
《渤海大学学报（自然科学版）》
CAS
2006年第4期295-299,共5页
基金
国家自然基金项目(NO:20373021)
文摘
应用ABEEM/MM浮动电荷模型(原子-键电负性均衡方法融合进分子力场)对气态丝氨酸和苏氨酸残基二肽分子构象进行了初步的研究,与经典的力场模型相比,该方法中的静电势包含了分子内和分子间的静电极化作用,以及分子内电荷转移影响,同时加入了化学键等非原子中心电荷位点,合理的体现了分子中的电荷分布。相对其他极化力场模型,该模型具有计算量较小的特点。结果表明:我们模型计算的两种二肽分子的构象能和关键二面角结构与从头计算结果符合得很好,优于其他力场模型。
关键词
丝氨酸残基二肽
苏氨酸残基二肽
原子-键电负性均衡方法融合进分子力场
(
abeem
/
mm
)
构象
极化力场
Keywords
serine dipeptide
threonine dipeptide
atom- bobd electronegaticity equalization fused into molecular mechanics （
abeem
/
mm
）
conformation
分类号
Q5-3 [生物学—生物化学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
利用ABEEM/MM模型对气态丝氨酸和苏氨酸残基二肽分子构象的研究
张霞
张强
杨忠志
《渤海大学学报（自然科学版）》
CAS
2006
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