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题名小RNA高通量测序数据分析方法
被引量：1
- 1
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作者
彭骅
李佛生
王胜华
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机构
四川大学生命科学学院
中国科学院遗传与发育生物学研究所
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出处
《生命科学仪器》
2017年第2期19-28,共10页
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基金
国家自然科学基金(31070276):植物不同启动子与雄配子体in-mi RNA的表达关系
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文摘
本文应用Perl语言和My SQL数据库构建了小RNA高通量测序数据分析平台,以4个水稻数据集为分析对象,详细介绍了小RNA高通量测序数据的处理方法和流程。我们以MSU 6.1水稻基因组为参考,构建了该版本的全基因组结构及已知nc RNAs位点信息数据库,结合Perl脚本可以实现小RNA在基因组上的详细定位与统计,同时我们从数据库中提取已知pre-mi RNAs表达特征,设计了一个新的mi RNAs挖掘方法,该方法可以筛选出大量的新mi RNAs,其中已知mi RNAs命中率可以达到98%。针对水稻小RNA种类的多样性,我们对mi RNAs和endo-si RNAs的鉴别也给予了探讨和说明。本文设计的高通量测序数据分析平台,方法简单高效,以数据库作为存储和查询媒介,能够实现多位点reads的分析,可以得到灵活多样的数据统计结果。依照本文的方法同样可以构建其他模式物种的小RNA数据分析平台,在高通量测序逐渐普及的将来,本文的方法对中小实验室建立自己的数据分析平台具有实践指导意义。
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关键词
小RNA(small
RNAs)
非编码RNA(nc
RNAs)
微小RNA(micro
RNAs
mi
RNAs)内源小干扰RNA(endo-si
RNAs)
小RNA高通量测序(small
RNA-Seq)
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Keywords
small RNAs
non-coding RNA（nc RNAs）
micro RNAs（mi RNAs）
endo-si RNAs
small RNA high-throughput sequencing（small RNA-Seq）
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分类号
Q531
[生物学—生物化学]
Q751
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题名钙离子对海藻酸钠自组装行为影响的AFM研究
被引量：17
- 2
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作者
周世海
蔡继业
陈勇
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机构
暨南大学化学系
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出处
《药物生物技术》
CAS
CSCD
2004年第2期81-85,共5页
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基金
国家 973项目 ( 2 0 0 1CB5 10 10 1)
国家自然科学基金 ( 60 2 780 14 )
+1 种基金
国家自然科学重点项目 ( 3 0 2 3 0 3 5 0 )
教育部科技重点项目( 0 0 12 4)
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文摘
利用氯化钙试剂掺入海藻酸钠溶液中诱导分子链聚集形成自组装膜 ,研究钙离子对海藻酸钠自组装膜结构的影响。运用原子力显微镜 (Atomicforcemicroscope ,AFM )对不同浓度海藻酸钠在钙离子作用下的自组装膜进行成像 ,并结合红外谱图分析。当海藻酸钠浓度在 0 .0 1mg/ml和 0 .1mg/ml时 ,5mg/mlCa2 + 能很好的诱导海藻酸钠自组装膜 ,这种自组装结构呈现出典型的“蛋盒结构”。无机小分子通过与同种大分子的表面活性基团相互作用可以诱导高分子物质的自组装 ,这种自组装结构是一种非平衡状态下的耗散结构 ,自组装结构受高分子本身的性质与浓度、加入的小分子试剂的浓度、基片的性质以及外界温度等因素的影响。
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关键词
海藻酸钠自组装
蛋盒结构
原子力显微镜
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Keywords
Sodium alginate,Self-assembly,Egg box structure,AFM
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分类号
Q531
[生物学—生物化学]
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题名原子力显微镜对硫酸软骨素分形结构的研究
被引量：1
- 3
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作者
夏科
蔡继业
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机构
广州暨南大学生命科学技术学院化学系
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出处
《中国医学生物技术应用》
2002年第4期60-64,共5页
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基金
广东省自然科学基金
广东省高教厅重点实验室
+1 种基金
教育部重点项目基金编号:990483
00124
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文摘
自组装纳米结构一直是化学科学中的前沿课题。本文运用原子力显微镜(AFM)对硫酸软骨素溶液在Ca2+试剂作用下的自组装纳米结构随时间的形态学变化进行了研究,实验结果显示当硫酸软骨素的浓度大于1.0mg/mL时,该聚合物在水溶液中可以形成纳米尺寸的类似于胶束结构的自组装聚集体,且这种类似胶束结构体现了分形学上所说的自相似性,聚合物凝集的过程实际上就是分形生长的过程。该分形结构会因为Ca2+的作用而随时间而发生形态学改变。本文探讨了这种分形生长的机理,并对这种分形结构随时间变化的现象给予了初步解释,为高分子自组装为纳米分散粒子,特别是功能化的聚合物在水中形成稳定的纳米粒子的研究提供了一定的实验依据。
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关键词
硫酸软骨素
原子力显微镜
自组装
分形
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Keywords
chondroitin sulfate
AFM
self-assembly
fractal
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分类号
Q531
[生物学—生物化学]
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