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基于IMPUTE2的全基因组关联性研究的基因型填补
1
作者
辛俊逸
葛雨秋
+5 位作者
邵卫
杜牧龙
马高祥
储海燕
王美林
张正东
《科学技术与工程》
北大核心
2018年第15期56-60,共5页
多数全基因组关联性研究(GWAS)采用不同的分型芯片,导致遗传变异位点的数目及选择准则不同。基因型填补可以依据已有的基因分型数据,对未分型的位点进行填补。在应用IMPUTE2软件对基因型和表型数据库(db Ga P)中胃癌GWAS数据进行全基因...
多数全基因组关联性研究(GWAS)采用不同的分型芯片,导致遗传变异位点的数目及选择准则不同。基因型填补可以依据已有的基因分型数据,对未分型的位点进行填补。在应用IMPUTE2软件对基因型和表型数据库(db Ga P)中胃癌GWAS数据进行全基因组填补,以详细介绍全基因组填补的原理和过程。以第九号染色体为例,使用1000 Genome Project模板介绍全基因组填补的过程,包括填补前的质量控制、Pre-phasing、填补过程、填补的质量评估及填补后的关联性分析。第九号染色体在填补前有21 033个位点;而在填补后有1 630 406个SNP;其中INFO>0.3的SNP位点有817 494个;而填补质量较高(INFO>0.5)的位点数目有584 755个。IMPUTE2软件可以快速准确的对未分型的基因型进行填补,从而可以将多个GWAS数据整合到相同的位点数和密度上,再进行联合分析可以提高检验的把握度以便发现新的遗传易感性位点。
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关键词
GWAS
基因型填补
IMPUTE2
填补质量
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职称材料
高原坝区栽培青稞遗传的多样性再认识
被引量：
1
2
作者
赵惠青
《现代农业科学》
2009年第5期41-41,50,共2页
利用SSR标记位点、单体醇溶蛋白、B组醇溶蛋白和淀粉粒结合蛋白(SGP)等4个方面对中国高原坝区栽培青稞的遗传多样性进行综合评价。认为高原坝区栽培青稞具有丰富的遗传多样性。
关键词
高原坝区
栽培青稞
遗传多样性
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职称材料
北美车前种群内遗传多样性分析
被引量：
3
3
作者
张东旭
刘丽敏
郭水良
《杂草科学》
2010年第2期14-17,共4页
目的：研究外来人侵种北美车前种群内遗传多样性水平，以期揭示其较强环境适应性在分子水平的根源。方法：用60条10碱基随机引物对生长于浙江师范大学校园内北美车前的9个不同样本进行了PCR扩增，筛选出7条有较高多态性检测能力的引物...
目的：研究外来人侵种北美车前种群内遗传多样性水平，以期揭示其较强环境适应性在分子水平的根源。方法：用60条10碱基随机引物对生长于浙江师范大学校园内北美车前的9个不同样本进行了PCR扩增，筛选出7条有较高多态性检测能力的引物，用这7条随机引物对北美车前的RAPD指纹图谱进行了研究。结果：（1）共扩增到82条带，每条引物扩增带数在6—17条，平均带数为11．71条，其中60条带具有遗传多态性，约占总数的73．17％。（2）浙师大校园种群内的北美车前不同样本之间DNA指纹存在着较明显的差异，这种差异主要是受到了相对空间位置和极端土壤环境条件的影响。结论：（1）北美车前在种群内有较高的遗传多样性；（2）北美车前对极端土壤环境有较强适应性。
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关键词
北美车前
种群内
RAPD
遗传多样性
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职称材料
峨眉山车前草、水辣蓼及天名精RAPD遗传多样性分析
被引量：
4
4
作者
熊莉丽
王万军
+2 位作者
谭睿
李迪强
茆灿泉
《现代农业科学》
2009年第6期31-33,共3页
采用RAPD分子标记技术对峨眉山保护区不同海拔高度的车前草、水辣蓼、天名精野生资源进行遗传多样性分析。从24条随机引物中分别筛选得到5条(车前草)、3条(水辣蓼)、5条(天名精)能够产生可重复DNA片段的随机引物,PCR扩增片段的多态率分...
采用RAPD分子标记技术对峨眉山保护区不同海拔高度的车前草、水辣蓼、天名精野生资源进行遗传多样性分析。从24条随机引物中分别筛选得到5条(车前草)、3条(水辣蓼)、5条(天名精)能够产生可重复DNA片段的随机引物,PCR扩增片段的多态率分别为45%、63.9%、71%;通过遗传距离的计算和聚类分析,结果表明峨眉山不同海拔高度的车前草、水辣蓼、天名精在遗传距离上存在着一定的差异,遗传距离最大的是不同海拔之间的天名精,其次是水辣蓼,最小的是车前草。笔者对峨眉山车前草等3种药用植物的鉴定和资源保护、利用具有一定的指导意义。
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关键词
峨眉山
药用植物
RAPD
遗传多样性
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职称材料
题名
基于IMPUTE2的全基因组关联性研究的基因型填补
1
作者
辛俊逸
葛雨秋
邵卫
杜牧龙
马高祥
储海燕
王美林
张正东
机构
南京医科大学公共卫生学院劳动卫生与环境卫生学系
南京医科大学生物统计学系
出处
《科学技术与工程》
北大核心
2018年第15期56-60,共5页
基金
国家自然科学基金(81473050)
江苏高校优势学科建设工程项目资助
文摘
多数全基因组关联性研究(GWAS)采用不同的分型芯片,导致遗传变异位点的数目及选择准则不同。基因型填补可以依据已有的基因分型数据,对未分型的位点进行填补。在应用IMPUTE2软件对基因型和表型数据库(db Ga P)中胃癌GWAS数据进行全基因组填补,以详细介绍全基因组填补的原理和过程。以第九号染色体为例,使用1000 Genome Project模板介绍全基因组填补的过程,包括填补前的质量控制、Pre-phasing、填补过程、填补的质量评估及填补后的关联性分析。第九号染色体在填补前有21 033个位点;而在填补后有1 630 406个SNP;其中INFO>0.3的SNP位点有817 494个;而填补质量较高(INFO>0.5)的位点数目有584 755个。IMPUTE2软件可以快速准确的对未分型的基因型进行填补,从而可以将多个GWAS数据整合到相同的位点数和密度上,再进行联合分析可以提高检验的把握度以便发现新的遗传易感性位点。
关键词
GWAS
基因型填补
IMPUTE2
填补质量
Keywords
genome-wide association study
genotype imputationIMPUTE2
imputation quality
分类号
Q311.3 [生物学—遗传学]
下载PDF
职称材料
题名
高原坝区栽培青稞遗传的多样性再认识
被引量：
1
2
作者
赵惠青
机构
云南省迪庆州香格里拉县建塘镇农科站
出处
《现代农业科学》
2009年第5期41-41,50,共2页
文摘
利用SSR标记位点、单体醇溶蛋白、B组醇溶蛋白和淀粉粒结合蛋白(SGP)等4个方面对中国高原坝区栽培青稞的遗传多样性进行综合评价。认为高原坝区栽培青稞具有丰富的遗传多样性。
关键词
高原坝区
栽培青稞
遗传多样性
Keywords
high altitude dam
cultivated barley
genetic diversity
分类号
Q311.3 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
北美车前种群内遗传多样性分析
被引量：
3
3
作者
张东旭
刘丽敏
郭水良
机构
山西大同大学农学与生命科学学院
上海师范大学生命与环境科学学院
出处
《杂草科学》
2010年第2期14-17,共4页
基金
国家自然科学基金(编号:30170619)
国家"十五"攻关"外来入侵物种调查和风险评估与防除技术示范"(编号:2001BA611B-06-1)工作的一部分
文摘
目的：研究外来人侵种北美车前种群内遗传多样性水平，以期揭示其较强环境适应性在分子水平的根源。方法：用60条10碱基随机引物对生长于浙江师范大学校园内北美车前的9个不同样本进行了PCR扩增，筛选出7条有较高多态性检测能力的引物，用这7条随机引物对北美车前的RAPD指纹图谱进行了研究。结果：（1）共扩增到82条带，每条引物扩增带数在6—17条，平均带数为11．71条，其中60条带具有遗传多态性，约占总数的73．17％。（2）浙师大校园种群内的北美车前不同样本之间DNA指纹存在着较明显的差异，这种差异主要是受到了相对空间位置和极端土壤环境条件的影响。结论：（1）北美车前在种群内有较高的遗传多样性；（2）北美车前对极端土壤环境有较强适应性。
关键词
北美车前
种群内
RAPD
遗传多样性
分类号
Q311.3 [生物学—遗传学]
下载PDF
职称材料
题名
峨眉山车前草、水辣蓼及天名精RAPD遗传多样性分析
被引量：
4
4
作者
熊莉丽
王万军
谭睿
李迪强
茆灿泉
机构
西南交通大学生物工程学院
中国林业科学院森林生态环境与保护研究所
出处
《现代农业科学》
2009年第6期31-33,共3页
基金
国家科技部自然科技资源平台子项目"自然保护区生物标本整理
整合与共享试点"(2005DKA21404)资助
文摘
采用RAPD分子标记技术对峨眉山保护区不同海拔高度的车前草、水辣蓼、天名精野生资源进行遗传多样性分析。从24条随机引物中分别筛选得到5条(车前草)、3条(水辣蓼)、5条(天名精)能够产生可重复DNA片段的随机引物,PCR扩增片段的多态率分别为45%、63.9%、71%;通过遗传距离的计算和聚类分析,结果表明峨眉山不同海拔高度的车前草、水辣蓼、天名精在遗传距离上存在着一定的差异,遗传距离最大的是不同海拔之间的天名精,其次是水辣蓼,最小的是车前草。笔者对峨眉山车前草等3种药用植物的鉴定和资源保护、利用具有一定的指导意义。
关键词
峨眉山
药用植物
RAPD
遗传多样性
Keywords
Emeishan
medicinal plants
RAPD
genetic diversity
分类号
Q311.3 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于IMPUTE2的全基因组关联性研究的基因型填补
辛俊逸
葛雨秋
邵卫
杜牧龙
马高祥
储海燕
王美林
张正东
《科学技术与工程》
北大核心
2018
0
下载PDF
职称材料
2
高原坝区栽培青稞遗传的多样性再认识
赵惠青
《现代农业科学》
2009
1
下载PDF
职称材料
3
北美车前种群内遗传多样性分析
张东旭
刘丽敏
郭水良
《杂草科学》
2010
3
下载PDF
职称材料
4
峨眉山车前草、水辣蓼及天名精RAPD遗传多样性分析
熊莉丽
王万军
谭睿
李迪强
茆灿泉
《现代农业科学》
2009
4
下载PDF
职称材料
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