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基于生物信息学数据探究PKIG与肺鳞癌的相关性及其在肿瘤微环境中的作用
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作者 刘晴 李海天 +6 位作者 李斌 任美玉 李镇清 陈玉珍 郑智中 孟于琪 冯海明 《中国肺癌杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期523-537,共15页
背景与目的肺癌是全球癌症相关死亡的主要原因,患者从手术、放疗和化疗这些传统治疗方法中生存获益有限。免疫疗法作为肺癌的一种新兴治疗手段,显著延长了患者的总生存期(overall survival,OS),然而,仅有一部分患者能够从中获益,需要我... 背景与目的肺癌是全球癌症相关死亡的主要原因,患者从手术、放疗和化疗这些传统治疗方法中生存获益有限。免疫疗法作为肺癌的一种新兴治疗手段,显著延长了患者的总生存期(overall survival,OS),然而,仅有一部分患者能够从中获益,需要我们更深入地探索免疫治疗生物标志物以筛选优势人群。方法从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)和基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载原始数据,利用R软件和TIMER数据库筛选肺鳞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)免疫预后相关基因。在TCGA和GEO数据库中研究了目标基因的表达情况,并通过R软件和TISIDB数据库对目标基因进行基因本体(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析以及与肿瘤免疫特征之间的相关性分析。结果我们筛选出cAMP依赖性蛋白激酶抑制剂γ(protein kinase inhibitor gamma,PKIG)这个免疫预后相关基因,PKIG在LUSC和正常组织中的表达有明显差异,并对LUSC的诊断和预后评估具有重要参考价值。PKIG差异基因主要集中富集在体液免疫反应的调节等过程。PKIG的表达与调节性T细胞(regulatory T cells,Tregs)的浸润水平呈正相关(r=0.340,P<0.001)。此外,PKIG还与LUSC中趋化因子配体2(chemokine C-C motifligand 2,CCL2)(r=0.503,P<0.001)、CXC趋化因子配体12(CXC chemokine ligand 12,CXCL12)(r=0.386,P<0.001)和CXC趋化因子受体4(CXC-chemokine receptor 4,CXCR4)(r=0.492,P<0.00l)等趋化因子/趋化因子受体以及细胞程序性死亡蛋白1(programmed cell death protein 1,PDCD1)(r=0.359,P<0.001)、细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(cytotoxic T-lymphocyte associated antigen 4,CTLA4)(r=0.375,P<0.001)和T细胞免疫球蛋白ITIM结构域(T cell immunoglobulin and ITIM domains,TIGIT)(r=0.305,P<0.001)等免疫抑制剂的表达水平呈正相关。结论通过生物信息学分析筛选出LUSC免疫预后相关基因PKIG,P 展开更多
关键词 肺肿瘤 生物信息学 肿瘤微环境 免疫治疗 cAMP依赖性蛋白激酶抑制剂γ
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极小种群野生植物生存力分析:方法、问题与展望 被引量：9
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作者 陈冬东 李镇清 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期358-366,共9页
日益加剧的环境变化与人类活动严重威胁种群的生存,因此预测多种胁迫下种群的命运至关重要。种群生存力分析(population viability analysis,PVA)是评估种群所受威胁、灭绝或衰退风险以及恢复可能性的有效方法。基于物种及环境数据和建... 日益加剧的环境变化与人类活动严重威胁种群的生存,因此预测多种胁迫下种群的命运至关重要。种群生存力分析(population viability analysis,PVA)是评估种群所受威胁、灭绝或衰退风险以及恢复可能性的有效方法。基于物种及环境数据和建模,种群生存力分析能够整合不同类型变量,为目标物种的保护提供建议。然而,极小种群野生植物的个体数据难以获取,种群参数估计困难,这导致传统种群生存力分析方法在此类种群中的应用存在局限性。在此,本文提出了极小种群野生植物生存力分析的潜在方法:小样本非统计分析法及环境变化下的种群适应力分析。小样本非统计分析法有益于提高种群统计学参数的估计精度,而立足于生态进化生物学的种群生存力研究有助于从生物学机理方面了解和预测种群动态,为极小种群野生植物的保护提供更适宜的理论指导。 展开更多
关键词 极小种群野生植物 种群生存力分析 小样本的非统计分析方法 适应力
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影响灰区PSA区间前列腺穿刺活检结果的多因素研究 被引量：10
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作者 茅夏娃 霍振清 +5 位作者 高峰 李绍江 李忠义 张哲伟 肖家全 杜传军 《临床泌尿外科杂志》 2017年第2期134-137,共4页
目的:探讨灰区PSA(4~10μg/L)区间影响前列腺穿刺活检结果的因素。方法:回顾性分析2013年6月~2016年7月446例灰区PSA患者,应用12+X的方法进行超声引导下前列腺穿刺活检术。同时收集患者年龄、BMI、f/t比值、前列腺体积、PSAD、尿常规结... 目的:探讨灰区PSA(4~10μg/L)区间影响前列腺穿刺活检结果的因素。方法:回顾性分析2013年6月~2016年7月446例灰区PSA患者,应用12+X的方法进行超声引导下前列腺穿刺活检术。同时收集患者年龄、BMI、f/t比值、前列腺体积、PSAD、尿常规结果、DRE、超声造影以及MRI资料,运用SPSS 22.0进行统计分析。结果:总体穿刺阳性率为25.34%(113/446);单因素回归分析显示:年龄(P=0.000)、tPSA(P=0.012)、f/t比值(P=0.000)、PSAD(P=0.000)、超声造影(P=0.000)以及MRI(P=0.000)与前列腺穿刺阳性率显著相关(P<0.05);Logistic多因素回归分析显示:年龄(P=0.000)、BMI(P=0.038)、f/t比值(P=0.010)、PSAD(P=0.000)、DRE(P=0.023)、超声造影(P=0.000)以及MRI(P=0.046)与前列腺穿刺阳性率显著相关(P<0.05);ROC面积前三位为PSAD,年龄和超声造影。结论:在灰区PSA前列腺穿刺活检中,年龄、PSAD、超声造影等是较好的预测因子。 展开更多
关键词 前列腺癌 前列腺穿刺 多因素研究 灰区PSA
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