为了探析甜瓜(Cucumis melo L.)响应涝害胁迫的分子机制,采用转录组和蛋白组学方法研究了甜瓜耐涝型材料L45和涝敏感型材料L39在正常培养和涝害胁迫处理条件下的差异表达基因和蛋白。结果表明,L39-W vs L39-C的差异表达基因数为3532个,...为了探析甜瓜(Cucumis melo L.)响应涝害胁迫的分子机制,采用转录组和蛋白组学方法研究了甜瓜耐涝型材料L45和涝敏感型材料L39在正常培养和涝害胁迫处理条件下的差异表达基因和蛋白。结果表明,L39-W vs L39-C的差异表达基因数为3532个,差异表达蛋白数为105个;L45-W vs L45-C的差异表达基因数为1842个,差异表达蛋白数为38个。转录组与蛋白组联合分析发现,L39-W vs L39-C中38个基因在mRNA和蛋白质水平上联合上调表达,12个基因联合下调表达;L45-W vs L45-C中7个基因联合上调表达,3个基因联合下调表达。KEGG显著性富集分析结果发现,L39-W vs L39-C中联合上调表达的基因显著富集在类黄酮生物合成、苯丙烷生物合成、苯丙氨酸代谢、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸生物合成、精氨酸和脯氨酸代谢等;而L45-W vs L45-C中联合上调表达的基因显著富集在α-亚麻酸代谢、类黄酮生物合成、苯丙烷生物合成、亚油酸代谢等。本研究联合转录组与蛋白组数据进行了差异表达基因与蛋白分析,为进一步挖掘甜瓜响应涝害胁迫的关键基因及通路奠定了一定基础。展开更多
目的基于当前版本华西肠癌数据库(Database from Colorectal Cancer,DACCA)分析2007–2022年期间结直肠癌(colorectal cancer,CRC)患者的分布情况及其预后差异和特征,为临床决策提供一定的依据。方法根据制定的筛选条件,从截至2022年6...目的基于当前版本华西肠癌数据库(Database from Colorectal Cancer,DACCA)分析2007–2022年期间结直肠癌(colorectal cancer,CRC)患者的分布情况及其预后差异和特征,为临床决策提供一定的依据。方法根据制定的筛选条件,从截至2022年6月23日更新的DACCA中收集符合研究条件的CRC患者。分析不同常住地CRC患者的分布情况以及生存情况。常住地根据四川省内18个地级市和3个自治州[简称“21市(州)”]进行划分。结果本研究汇集了2007–2022年期间共5416例符合筛选标准的数据。其中CRC患者来源集中在前3位的是成都市(44.77%)、眉山市(5.78%)和南充市(4.56%)。根据CRC患者来源地的叠加趋势热力图分析结果显示,患者基本上按照“绵阳市—成都市—雅安市”为轴线划分出东、西两个区域,大多数患者(5359例,98.95%)分布在东部区域,西部区域分布较少(57例,1.05%);东部区域患者分布较为集中(尤其是成都市),而西部区域患者则呈零星散发分布,且西部区域患者数量增加缓慢且无聚集现象。DACCA中整体CRC患者的1、3和5年累积总生存率分别为96.2%、89.7%和85.1%。多因素Cox比例风险回归模型分析结果显示,性别为男性、年龄为中和老年组(≥35岁)、肿瘤性质为腺癌(相对于黏液腺癌)、分化程度为低分化、pTNM分期为Ⅲ和Ⅳ期、有梗阻和穿孔是CRC患者中位总生存期缩短的危险因素(均P<0.05)。Kaplan-Meier法绘制的CRC生存曲线显示,21市(州)中除内江市的CRC患者总生存情况差于整体CRC患者(P<0.05)外,其余20市(州)的CRC患者总生存情况与整体CRC患者相比差异无统计学意义(P>0.05)。结论基于DACCA中2007–2022年期间的数据分析显示,东部区域集中了大部分CRC患者,其中成都市高度聚集,而西部区域呈零星分布且无聚集现象。现有数据经统计分析仅发现内江市的CRC患者的累积总生存情况差于整体CRC患者外,其他市(州)的CRC患者�展开更多
文摘为了探析甜瓜(Cucumis melo L.)响应涝害胁迫的分子机制,采用转录组和蛋白组学方法研究了甜瓜耐涝型材料L45和涝敏感型材料L39在正常培养和涝害胁迫处理条件下的差异表达基因和蛋白。结果表明,L39-W vs L39-C的差异表达基因数为3532个,差异表达蛋白数为105个;L45-W vs L45-C的差异表达基因数为1842个,差异表达蛋白数为38个。转录组与蛋白组联合分析发现,L39-W vs L39-C中38个基因在mRNA和蛋白质水平上联合上调表达,12个基因联合下调表达;L45-W vs L45-C中7个基因联合上调表达,3个基因联合下调表达。KEGG显著性富集分析结果发现,L39-W vs L39-C中联合上调表达的基因显著富集在类黄酮生物合成、苯丙烷生物合成、苯丙氨酸代谢、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸生物合成、精氨酸和脯氨酸代谢等;而L45-W vs L45-C中联合上调表达的基因显著富集在α-亚麻酸代谢、类黄酮生物合成、苯丙烷生物合成、亚油酸代谢等。本研究联合转录组与蛋白组数据进行了差异表达基因与蛋白分析,为进一步挖掘甜瓜响应涝害胁迫的关键基因及通路奠定了一定基础。
文摘目的基于当前版本华西肠癌数据库(Database from Colorectal Cancer,DACCA)分析2007–2022年期间结直肠癌(colorectal cancer,CRC)患者的分布情况及其预后差异和特征,为临床决策提供一定的依据。方法根据制定的筛选条件,从截至2022年6月23日更新的DACCA中收集符合研究条件的CRC患者。分析不同常住地CRC患者的分布情况以及生存情况。常住地根据四川省内18个地级市和3个自治州[简称“21市(州)”]进行划分。结果本研究汇集了2007–2022年期间共5416例符合筛选标准的数据。其中CRC患者来源集中在前3位的是成都市(44.77%)、眉山市(5.78%)和南充市(4.56%)。根据CRC患者来源地的叠加趋势热力图分析结果显示,患者基本上按照“绵阳市—成都市—雅安市”为轴线划分出东、西两个区域,大多数患者(5359例,98.95%)分布在东部区域,西部区域分布较少(57例,1.05%);东部区域患者分布较为集中(尤其是成都市),而西部区域患者则呈零星散发分布,且西部区域患者数量增加缓慢且无聚集现象。DACCA中整体CRC患者的1、3和5年累积总生存率分别为96.2%、89.7%和85.1%。多因素Cox比例风险回归模型分析结果显示,性别为男性、年龄为中和老年组(≥35岁)、肿瘤性质为腺癌(相对于黏液腺癌)、分化程度为低分化、pTNM分期为Ⅲ和Ⅳ期、有梗阻和穿孔是CRC患者中位总生存期缩短的危险因素(均P<0.05)。Kaplan-Meier法绘制的CRC生存曲线显示,21市(州)中除内江市的CRC患者总生存情况差于整体CRC患者(P<0.05)外,其余20市(州)的CRC患者总生存情况与整体CRC患者相比差异无统计学意义(P>0.05)。结论基于DACCA中2007–2022年期间的数据分析显示,东部区域集中了大部分CRC患者,其中成都市高度聚集,而西部区域呈零星分布且无聚集现象。现有数据经统计分析仅发现内江市的CRC患者的累积总生存情况差于整体CRC患者外,其他市(州)的CRC患者�
