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基于支持向量机与层次分析法的中药方剂配伍分析 被引量:11
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作者 金滋力 胡建星 +2 位作者 金宏威 张亮仁 刘振明 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第13期2817-2823,共7页
组合用药是如今新药研究的一个热点,而中药是组合用药的经典实践。该文针对中药方剂配伍及其组成药物的相关性质进行计算研究,验证并探讨所得结果在指导配伍方面的可行性。中国中医科学院中药研究所中药新药设计课题组应用中医传承辅助... 组合用药是如今新药研究的一个热点,而中药是组合用药的经典实践。该文针对中药方剂配伍及其组成药物的相关性质进行计算研究,验证并探讨所得结果在指导配伍方面的可行性。中国中医科学院中药研究所中药新药设计课题组应用中医传承辅助平台(V2.0)构建了中药成方制剂的结构化数据库,其中包含4 012组方剂配伍、2 072种药物组分、26种药物属性、381种中医疾病与316种中医证候数据。在此数据集的基础上,该文采用支持向量机(SVM)分析方剂配伍数据,对药物配伍的可行性进行了预测建模;采用层次分析法(AHP)与聚类分析药物属性在方剂配伍合理性中的影响。计算结果显示,方剂-疾病与方剂-证候2个数据集在线性SVM模型下的功效预测准确率均可达90%左右,这2个数据集在线性SVM预测模型下的宏平均值与微平均值分别为0.92,0.46。并且在经过AHP映射处理后,大部分配伍禁忌组合在聚类冰柱图中与其他用药组合在聚类过程中显示出明显差别。表明采用合适的机器学习算法可以为未来进一步阐述中药组合规律以及建立更加详细的中药-病证预测模型奠定基础,为组合用药提供一定程度上的理论指导。 展开更多
关键词 中医药 中医传承辅助平台 机器学习 支持向量机 层次分析法
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STAT3抗肿瘤抑制剂的研究进展 被引量:7
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作者 邹杨 刘园 +4 位作者 黄薇 崔景荣 金宏威 张亮仁 刘振明 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第10期1598-1608,共11页
信号转导与转录激活因子3 (Signal transducer and activator of transcription 3, STAT3)是一种在细胞中参与大量细胞因子及生长因子应答的信号转导蛋白,负责调控细胞的生长、增殖、分化以及凋亡等一系列重要的生理过程。研究发现,STAT... 信号转导与转录激活因子3 (Signal transducer and activator of transcription 3, STAT3)是一种在细胞中参与大量细胞因子及生长因子应答的信号转导蛋白,负责调控细胞的生长、增殖、分化以及凋亡等一系列重要的生理过程。研究发现,STAT3的持续性活化与肿瘤的发生发展密切相关。抑制STAT3信号通路的异常活化已成为抗肿瘤药物研发的热门靶点之一。本文从作用于STAT3蛋白的N末端结构域、DNA结合域、SH2结构域以及C末端转录活化结构域的角度,总结了近年来STAT3抗肿瘤抑制剂的研究进展。 展开更多
关键词 信号转导与转录激活因子3 抗肿瘤 抑制剂 DNA结合域 N末端结构域
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基于虚拟筛选、分子对接和生物测活的TRPV3选择性小分子拮抗剂的发现 被引量:1
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作者 沈燕君 张新然 +5 位作者 吴洋 王克威 刘振明 金宏威 张亮仁 张礼和 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期966-975,共10页
瞬时受体电位香草酸型通道第三亚型(transient receptor potential vanilloid 3,TRPV3)与伤害性感受、热感受等重要生理功能密切相关,发现靶向TRPV3通道的选择性小分子拮抗剂对深入研究TRPV3通道的病生理功能和促进TRPV通道的基础研究... 瞬时受体电位香草酸型通道第三亚型(transient receptor potential vanilloid 3,TRPV3)与伤害性感受、热感受等重要生理功能密切相关,发现靶向TRPV3通道的选择性小分子拮抗剂对深入研究TRPV3通道的病生理功能和促进TRPV通道的基础研究和新药靶点研究具有重要的意义。本文基于已知的TRPV3小分子拮抗剂,提出基于配体的计算机辅助药物设计的方法进行选择性小分子拮抗剂的骨架跃迁,采用三维形状和静电相似性的虚拟筛选策略,对PKU-CNCL、Specs化合物库进行大规模的虚拟筛选;同时以TRPV1晶体结构为模板,并结合TRPV3的已解析出来的N末端ARD区域的晶体结构,构建了人TRPV3的晶体结构的单体模型,以TRPV3单体模型进行了TRPV3小分子拮抗剂的分子对接分析,将其应用于虚拟筛选和骨架跃迁中。经过两轮的虚拟筛选和生物活性评价,发现了对TRPV3具有选择性抑制作用且抑制活性IC_(50)为18.0±1.1μmol·L-1(n=4)的新型骨架结构化合物V-39,该化合物与TRPV3相互作用的重要氨基酸残基为第310和314位组氨酸以及第577位精氨酸。本文研究结果可以用于进一步的结构改造和优化,有助于指导新型的TRPV3选择性拮抗剂的药物设计。 展开更多
关键词 虚拟筛选 TRPV3 拮抗剂 选择性 分子对接
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基于光学结构识别技术的化学知识库构建
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作者 吕传宇 李明娜 +1 位作者 张亮仁 刘振明 《北京大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期352-357,共6页
目的:构建了一种从科研文献提取关键信息建立化学知识库的流程。方法:使用名称转化技术和光学结构识别软件提取化合物结构,使用文献管理软件End Note X8获取文献题录信息,使用机器学习工具Chem Data Extractor和人工注释方法提取文献内... 目的:构建了一种从科研文献提取关键信息建立化学知识库的流程。方法:使用名称转化技术和光学结构识别软件提取化合物结构,使用文献管理软件End Note X8获取文献题录信息,使用机器学习工具Chem Data Extractor和人工注释方法提取文献内信息,使用计算模拟平台Pipeline Pilot 7.5获取可预测属性,关联开源数据库Ch EMBL获取已知生物活性。结果:成功建立起一种合理、高效的化学知识库构建策略,并采用该策略构建了北京大学海洋天然产物库PKU-MNPD。结论:提出了一种化学知识库的数据汇聚策略,提高了化学知识库构建效率,并且基于原始文献使得构建的数据库内容准确、全面、易于检索。 展开更多
关键词 科学文献 光学结构识别 数据挖掘 化学知识库
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分子对接打分修正及在内皮脂肪酶选择性抑制剂筛选中的应用(英文) 被引量:1
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作者 罗棋耀 王紫鋆 +2 位作者 金宏威 刘振明 张亮仁 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2016年第10期2606-2619,共14页
内皮脂肪酶(EL)是脂代谢调控甘油三酯脂酶家族的新成员,其功能主要为水解富含磷脂的高密度脂蛋白(HDL),对其进行选择性抑制而不影响其同源蛋白脂蛋白脂肪酶(LPL)能够提高血浆中HDLc的浓度水平,有利于预防及治疗动脉粥样硬化疾病。目前... 内皮脂肪酶(EL)是脂代谢调控甘油三酯脂酶家族的新成员,其功能主要为水解富含磷脂的高密度脂蛋白(HDL),对其进行选择性抑制而不影响其同源蛋白脂蛋白脂肪酶(LPL)能够提高血浆中HDLc的浓度水平,有利于预防及治疗动脉粥样硬化疾病。目前分子对接中的打分函数对大分子及大蛋白口袋具有偏向性,使得基于分子对接的虚拟筛选成功率普遍不高。本文中,我们将E L和LPL分别与Specs小分子库进行了分子对接,分析了对接打分与重原子数及接触面积的关系,发现对接打分与重原子数及接触面积之间有极高的相关性,即存在重原子数的叠加效应(重原子数越大,打分越好的趋势)。我们建立了基于重原子数和接触面积的EL、LPL对接打分标准曲线,利用此标准曲线进行对接打分的修正,并用已知抑制剂和生成的decoy分子作为验证集进行了验证。随后,我们应用此打分修正策略对传统中药库(TCMD)进行了基于分子对接的虚拟筛选,发现经过打分修正后的分子排名与重原子数之间的分布更为均衡,同时我们对E L打分较高、LPL打分较低且类药性较好的分子进行了结合模式的分析,为高活性高选择性E L抑制剂的发现奠定了基础。 展开更多
关键词 内皮脂肪酶 脂蛋白脂肪酶 选择性抑制剂 分子对接 打分修正 标准曲线
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以ANO1蛋白为靶点的钙激活氯通道调节剂研究进展
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作者 王昱曦 刘振明 +1 位作者 张桂森 张亮仁 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第10期1505-1514,共10页
钙激活氯通道是广泛存在于人体内的一种阴离子通道,参与分泌、心肌细胞去极化、神经信号传导等多种生理活动。ANO1蛋白是钙激活氯通道的分子基础之一,对ANO1蛋白进行调节能够产生多种药效作用,例如镇痛、治疗痢疾、哮喘、抑制肿瘤等。... 钙激活氯通道是广泛存在于人体内的一种阴离子通道,参与分泌、心肌细胞去极化、神经信号传导等多种生理活动。ANO1蛋白是钙激活氯通道的分子基础之一,对ANO1蛋白进行调节能够产生多种药效作用,例如镇痛、治疗痢疾、哮喘、抑制肿瘤等。近10年来发展出许多ANO1蛋白调节剂筛选测试方法,虽然筛选出一系列以ANO1蛋白为靶点的钙激活氯通道调节分子,但是这些分子的药理学作用却并不一致。本文从筛选方法、构效关系、潜在应用前景等多方面对ANO1蛋白调节分子的研究进展进行论述。 展开更多
关键词 钙激活氯通道 ANO1 调节剂 构效关系 测活方法 潜在应用
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高密度种植条件下春玉米氮素的需求规律与适宜施氮量 被引量:23
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作者 蔡红光 袁静超 +4 位作者 刘剑钊 闫孝贡 张洪喜 梁尧 任军 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期1995-2005,共11页
【目的】研究高密度(75 000株/hm^2)种植条件下,东北中部春玉米群体氮素需求规律与分配特征,及其对氮肥运筹的响应,以制定高密度群体玉米的氮素管理措施。【方法】试验于2011—2012年在吉林省公主岭市中国农业科学院作物科学研究所试验... 【目的】研究高密度(75 000株/hm^2)种植条件下,东北中部春玉米群体氮素需求规律与分配特征,及其对氮肥运筹的响应,以制定高密度群体玉米的氮素管理措施。【方法】试验于2011—2012年在吉林省公主岭市中国农业科学院作物科学研究所试验田进行,以先玉335为供试材料,在大田条件下设置了5个氮肥施用水平(不施氮(N1),70%推荐施氮量(N2),推荐施氮(N3),130%推荐施氮量(N4),高量施氮(N5)),结合高产栽培管理模式,通过两年田间定点试验,系统监测了不同生育时期植株干物质和养分在各器官中的累积与分配特征,并研究了氮肥施用水平对玉米产量、氮素转运效率的影响。【结果】不同氮肥处理间产量、生物量和氮累积量差异显著,且氮肥处理与年际间交互作用显著;玉米籽粒产量随施氮量的增加呈现单峰曲线变化,以N3处理下产量最高,产量差异主要来自穗粒数和千粒重;春玉米干物质累积随生育进程呈现先快后慢的累积动态,合理的氮肥施用可以提高籽粒的累积量和氮素转运效率,是其增产的重要基础,处理间以N3处理籽粒所占总干物质比重最高;N3处理下吐丝后氮素累积比例显著高于其他4个处理,这表明合理的氮肥运筹可能更有助于植株生育后期对氮素的吸收;通过两年定点试验数据拟合,建立了产量与施氮量的一元二次回归方程y=-0.1715x^2+79.73x+3940.1(R^2=0.963);计算得出最佳经济施肥量为225.1 kg·hm^(-2)。【结论】合理的氮肥运筹显著提升植株干物质向籽粒中转移,并增加吐丝期后植株氮素的吸收和转运能力;在东北中部黑土区中等土壤肥力条件下,基于75 000株/hm^2的种植密度,春玉米氮肥施用量可根据品种及肥力特征在225 kg·hm^(-2)左右进行微调。 展开更多
关键词 春玉米 籽粒产量 高密度 施氮量
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