目的研究大头金蝇蛹的发育调控、环境适应、表观调控等问题,以获得不同发育时期转录组数据,为法医学应用奠定基础。方法饲养大头金蝇,待其化蛹,从开始化蛹至羽化出成虫,每24h收集1次,每次收集3粒蝇蛹,-80℃保存备用。采用Illumina Hiseq...目的研究大头金蝇蛹的发育调控、环境适应、表观调控等问题,以获得不同发育时期转录组数据,为法医学应用奠定基础。方法饲养大头金蝇,待其化蛹,从开始化蛹至羽化出成虫,每24h收集1次,每次收集3粒蝇蛹,-80℃保存备用。采用Illumina Hiseq4000进行高通量测序,获得的非重复序列基因(Unigene),使用NCBI比对工具BLAST分别与NR、STRING、SWISS-PROT瑞士蛋白质数据库(包括Pfam)、GO数据库、COG数据库、KEGG数据库进行比对,获得相应的注释信息,采用每百万测序碱基中基因外显子每千个碱基长度中所包含的测序片断数(fragments per kilobase of exon model per million mapped reads,FPKM)方法计算测序所得Unigene在6个不同发育时期大头金蝇蛹的表达量,并以不同发育时期FPKM表达量比值的log2倍数绝对值大于1(即log2|FC|>1)及错误发现率小于0.05为标准进行差异基因筛选。结果平均温度为25.6℃时,大头金蝇蛹从开始化蛹至羽化出成虫历时6d,共获得43408条Unigene,平均长度为905bp,在NR、SWISS-PORT、Pfam、STRING、KEGG数据库分别有32500、18720、13542、9191、18720条Unigene获得注释,将不同发育时期蛹两两比较进行差异基因分析,差异表达基因数有801~5307个,差异表达基因总数45676个。结论大头金蝇蛹转录组数据在不同发育时期基因表达具有差异性,为进一步探究嗜尸性蝇蛹各个时期转录组变化提供了良好的基础,为挖掘大头金蝇蛹发育相关基因提供依据。展开更多
文摘目的研究大头金蝇蛹的发育调控、环境适应、表观调控等问题,以获得不同发育时期转录组数据,为法医学应用奠定基础。方法饲养大头金蝇,待其化蛹,从开始化蛹至羽化出成虫,每24h收集1次,每次收集3粒蝇蛹,-80℃保存备用。采用Illumina Hiseq4000进行高通量测序,获得的非重复序列基因(Unigene),使用NCBI比对工具BLAST分别与NR、STRING、SWISS-PROT瑞士蛋白质数据库(包括Pfam)、GO数据库、COG数据库、KEGG数据库进行比对,获得相应的注释信息,采用每百万测序碱基中基因外显子每千个碱基长度中所包含的测序片断数(fragments per kilobase of exon model per million mapped reads,FPKM)方法计算测序所得Unigene在6个不同发育时期大头金蝇蛹的表达量,并以不同发育时期FPKM表达量比值的log2倍数绝对值大于1(即log2|FC|>1)及错误发现率小于0.05为标准进行差异基因筛选。结果平均温度为25.6℃时,大头金蝇蛹从开始化蛹至羽化出成虫历时6d,共获得43408条Unigene,平均长度为905bp,在NR、SWISS-PORT、Pfam、STRING、KEGG数据库分别有32500、18720、13542、9191、18720条Unigene获得注释,将不同发育时期蛹两两比较进行差异基因分析,差异表达基因数有801~5307个,差异表达基因总数45676个。结论大头金蝇蛹转录组数据在不同发育时期基因表达具有差异性,为进一步探究嗜尸性蝇蛹各个时期转录组变化提供了良好的基础,为挖掘大头金蝇蛹发育相关基因提供依据。
