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唾液乳杆菌CICC23174株全基因组测序及功能分析
1
作者 王丽屏 邓玲聪 +2 位作者 王大红 王茂鹏 尹革芬 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期290-297,共8页
为探究唾液乳杆菌CICC23174株的生物学特性和基因功能,本研究以从鸡肠道分离得到的唾液乳杆菌CICC23174株为研究对象,通过使用二代测序平台HiSeq2000进行测序,利用多种生物学信息软件对原始数据进行组装和优化,并对其基因信息进行功能... 为探究唾液乳杆菌CICC23174株的生物学特性和基因功能,本研究以从鸡肠道分离得到的唾液乳杆菌CICC23174株为研究对象,通过使用二代测序平台HiSeq2000进行测序,利用多种生物学信息软件对原始数据进行组装和优化,并对其基因信息进行功能注释、细菌素和信号肽预测、基因共线性比较和分子进化树分析。基因预测结果表明,唾液乳杆菌CICC23174株基因组大小为203542 bp,GC含量约为32.84%,基因组特征显示其编码基因1890个,含有3个细菌素和50个信号肽。重要的是,唾液乳杆菌CICC23174株含有27个特有基因,构成4个系统分别为Ⅰ型-CRISPR-Cas基因防御系统、Ⅱ型毒素-抗毒素系统、肿瘤抑制基因和蛋白分泌途径。而且基因共线性分析发现CICC23174株与模式菌株UCC118唾液乳杆菌最为相似,但是16S rRNA分子进化树结果表明CICC23174株与唾液乳杆菌FZJTZ9M6株遗传距离较近。本研究结果为丰富唾液乳杆菌的物种进化库,挖掘唾液乳杆菌潜在的益生功能奠定了基础。 展开更多
关键词 唾液乳杆菌CICC23174株 基因组学 生物信息学 功能注释 细菌素 基因共线性分析
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唾液乳杆菌CICC23174全基因组测序及功能分析
2
作者 王丽屏 邓玲聪 +2 位作者 王大红 王茂鹏 尹革芬 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1659-1666,共8页
为探究唾液乳杆菌CICC23174的生物学特性和基因功能,本研究以从鸡肠道分离得到的唾液乳杆菌CICC23174为研究对象,通过使用二代测序平台HiSeq2000进行测序,利用多种生物学信息软件对原始数据进行组装和优化,并对其基因信息进行功能注释... 为探究唾液乳杆菌CICC23174的生物学特性和基因功能,本研究以从鸡肠道分离得到的唾液乳杆菌CICC23174为研究对象,通过使用二代测序平台HiSeq2000进行测序,利用多种生物学信息软件对原始数据进行组装和优化,并对其基因信息进行功能注释、细菌素和信号肽预测、基因共线性比较和分子进化树分析。基因预测结果表明,唾液乳杆菌CICC23174基因组大小为203542 bp,GC含量约为32.84%,基因组特征显示其编码基因1890个,含有3个细菌素和50个信号肽。重要的是,唾液乳杆菌CICC23174菌株含有27个特有基因,构成4个系统分别为Ⅰ型-CRISPR-Cas基因防御系统、Ⅱ型毒素-抗毒素系统、抑制肿瘤逃逸基因和蛋白分泌途径。而且基因共线性分析发现CICC23174菌株与模式菌株UCC118唾液乳杆菌最为相似,但是16S rRNA分子进化树结果表明CICC23174菌株与唾液乳杆菌FZJTZ9M6遗传距离较近。本研究结果为丰富唾液乳杆菌的物种进化库,挖掘唾液乳杆菌潜在益生功能奠定了基础。 展开更多
关键词 唾液乳杆菌 基因组学 生物信息学 功能注释 细菌素 基因共线性分析
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纳米抗体筛选技术研究进展 被引量：1
3
作者 唐秀兰 邓安琦 +3 位作者 陈文聪 赵妍 王茂鹏 李昌 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期350-366,共17页
纳米抗体(nanobody,Nb)是在骆驼科血清中发现的一种新型抗体,具有体积小、特异性强、稳定性高、易于表达和能识别隐藏的抗原表位等优势,在各个领域具有广泛的应用价值。本文介绍了纳米抗体筛选与优化过程,包括纳米抗体文库构建、体外展... 纳米抗体(nanobody,Nb)是在骆驼科血清中发现的一种新型抗体,具有体积小、特异性强、稳定性高、易于表达和能识别隐藏的抗原表位等优势,在各个领域具有广泛的应用价值。本文介绍了纳米抗体筛选与优化过程,包括纳米抗体文库构建、体外展示和亲和力成熟3个重要技术阶段的分类与特点。其中,简要描述了天然、免疫及半合成/合成文库的制备方法与重要参数,并系统介绍了应用噬菌体、酵母、细菌、核糖体/mRNA和真核细胞等表面展示系统,以及酵母双杂交、高通量测序和质谱鉴定方法,共8种不同体外展示技术进行快速筛选的方法及其优缺点,汇总用于提升纳米抗体功能可靠性的体外及计算机辅助亲和力成熟技术平台,为综合运用各种技术手段快速获得稳定、可靠、特异的纳米抗体类药物或诊断制剂提供了参考。 展开更多
关键词 纳米抗体 体外展示筛选 亲和力成熟
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单侧双通道内镜辅助后路腰椎椎间融合术与微创经椎间孔腰椎椎间融合术治疗腰椎退变性疾病的效果比较
4
作者 潘展业 王茂澎 杨立进 《中外医药研究》 2024年第20期21-23,共3页
目的:比较单侧双通道内镜辅助后路腰椎椎间融合术(UBE-PLIF)与微创经椎间孔腰椎椎间融合术(MIS-TLIF)治疗腰椎退变性疾病的效果。方法:选取2022年5月—2023年5月广州中医药大学附属顺德医院行手术治疗的腰椎退变性疾病患者62例为研究对... 目的:比较单侧双通道内镜辅助后路腰椎椎间融合术(UBE-PLIF)与微创经椎间孔腰椎椎间融合术(MIS-TLIF)治疗腰椎退变性疾病的效果。方法:选取2022年5月—2023年5月广州中医药大学附属顺德医院行手术治疗的腰椎退变性疾病患者62例为研究对象,按照随机数字表法分为观察组和对照组,各31例。观察组采用UBE-PLIF治疗,对照组采用MIS-TLIF治疗。比较两组手术情况、术后并发症发生率、腰部疼痛程度、椎间隙高度(IDH)。结果:观察组手术时间长于对照组,术中出血量、术后引流量少于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);两组住院时间比较,差异无统计学意义(P>0.05)。两组术后并发症发生率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。术前,两组视觉模拟评分法(VAS)评分、IDH比较,差异无统计学意义(P>0.05);术后3个月,两组VAS评分低于术前,IDH高于术前,观察组VAS评分低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);术后3个月,两组IDH比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论:UBE-PLIF与MIS-TLIF均可促进腰椎退变性疾病患者IDH恢复,但UBE-PLIF手术时间较长,术中出血量、术后引流量较少,术后疼痛较轻。 展开更多
关键词 腰椎退变性疾病 单侧双通道内镜辅助后路腰椎椎间融合术 微创经椎间孔腰椎椎间融合术 椎间隙高度
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重组溶瘤腺病毒对肺癌干细胞的抑制作用 被引量：2
5
作者 李文杰 兰添 +6 位作者 王茂鹏 李一权 尚超 肖朋朋 孙文超 金宁一 李霄 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第8期1546-1551,共6页
本研究利用重组溶瘤腺病毒作用于肺癌干细胞,探讨其对肺癌干细胞的抑制作用。试验将表达Apoptin蛋白的重组溶瘤腺病毒Ad-VT作用于肺癌干细胞后,采用CCK-8法检测肺癌干细胞的存活率,AnnexinⅤ-FITC/PI和JC-1染色检测重组溶瘤腺病毒诱导... 本研究利用重组溶瘤腺病毒作用于肺癌干细胞,探讨其对肺癌干细胞的抑制作用。试验将表达Apoptin蛋白的重组溶瘤腺病毒Ad-VT作用于肺癌干细胞后,采用CCK-8法检测肺癌干细胞的存活率,AnnexinⅤ-FITC/PI和JC-1染色检测重组溶瘤腺病毒诱导肺癌干细胞凋亡的作用,Transwell迁移试验及Biocoat侵袭试验检测肺癌干细胞迁移侵袭情况。结果表明,Ad-VT能降低肺癌干细胞的存活率和细胞线粒体膜电位,诱导肺癌干细胞发生凋亡,并且能够抑制肺癌干细胞的迁移侵袭能力,提示Ad-VT对肺癌干细胞具有抑制作用。 展开更多
关键词 重组溶瘤腺病毒 肺癌干细胞 Apoptin蛋白 凋亡
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5/7型猪细小病毒双重PCR检测方法的建立 被引量：1
6
作者 王茂鹏 王伟伟 +6 位作者 李笨 李乐天 鲁会军 金宁一 韩硕 米志强 李昌 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第8期1458-1463,共6页
猪细小病毒(porcine parvovirus,PPV)是引起猪呼吸和繁殖障碍的重要病原体,感染比例逐年上升,现有PPV5和PPV7的检测效率低,故建立针对PPV5/7的多重检测方法,可增加样品利用率,提高检测效率。本研究根据2种病原的保守序列,设计特异性引物... 猪细小病毒(porcine parvovirus,PPV)是引起猪呼吸和繁殖障碍的重要病原体,感染比例逐年上升,现有PPV5和PPV7的检测效率低,故建立针对PPV5/7的多重检测方法,可增加样品利用率,提高检测效率。本研究根据2种病原的保守序列,设计特异性引物,通过对反应条件和体系优化,建立快速检测PPV5和PPV7双重PCR方法,并对该方法的灵敏性、特异性进行验证。结果显示,建立的双重PCR方法仅对PPV5、PPV7的基因组DNA有特异性扩增,对猫细小病毒(FPV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的核酸均无特异性扩增;对病原核酸混合模板的检出下限为10拷贝/μL,与单一PCR检测结果一致。本研究建立一种特异性强、敏感性高的多型PPV双重检测方法,为调查PPV5和PPV7在猪群中的感染情况提供快速检测方法。 展开更多
关键词 猪细小病毒5型 猪细小病毒7型 双重PCR
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表达猪δ冠状病毒S1蛋白植物乳杆菌的构建及验证 被引量：1
7
作者 郝嘉翼 李乐天 +4 位作者 张和平 陈永福 金宁一 王茂鹏 李昌 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期2304-2310,2369,共8页
本研究拟构建猪δ冠状病毒(PDCoV)S1蛋白的重组植物乳杆菌。通过PCR方法扩增含1320信号肽和DCpep优化的PDCoV S1基因,利用无缝克隆技术将扩增片段克隆至植物乳杆菌表达载体pSIP411,并将pSIP411电转至宿主乳酸乳球菌NZ3900,扩增后提取质... 本研究拟构建猪δ冠状病毒(PDCoV)S1蛋白的重组植物乳杆菌。通过PCR方法扩增含1320信号肽和DCpep优化的PDCoV S1基因,利用无缝克隆技术将扩增片段克隆至植物乳杆菌表达载体pSIP411,并将pSIP411电转至宿主乳酸乳球菌NZ3900,扩增后提取质粒并验证,获得重组质粒NZ3900:pSIP411-PDCoV S1。将重组质粒电转入植物乳杆菌LP18,获得重组植物乳杆菌LP18:pSIP411-PDCoV S1,对诱导时间、诱导剂质量浓度、诱导温度等表达条件进行优化,以获得最佳表达条件。结果显示,成功扩增出1939 bp经过修饰和优化的目的基因PDCoV S1,成功构建了重组植物乳杆菌LP18:pSIP411-PDCoV S1。Western blot、流式细胞术、免疫荧光等检测方法表明重组蛋白能够在重组植物乳杆菌中表达,最佳表达条件:诱导时间为6 h、诱导剂质量浓度为150μg/L、诱导温度为33℃。本试验成功构建了1株高表达PDCoV S1蛋白的植物乳杆菌,为PDCoV口服候选疫苗的研制奠定基础。 展开更多
关键词 PDCoV S1蛋白 植物乳杆菌 构建与表达
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植物乳杆菌表达重组新冠病毒M抗原表位及免疫原性分析
8
作者 邓安琦 叶丹妮 +9 位作者 艾雪言 唐秀兰 陈文聪 陈嘉豪 郝嘉翼 邓玲聪 李昌 陈永福 金俊杰 王茂鹏 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1719-1727,共9页
新型冠状病毒(SARS-CoV-2)是引起新冠肺炎的病原体,其变异快、传播强,导致疫情广泛流行,以疫苗接种为主要防控措施。尽管已有大量新冠肽表位疫苗和黏膜型疫苗的研究,但靶向黏膜的肽表位疫苗和其功能评价的研究鲜有报道。本研究以IEDB数... 新型冠状病毒(SARS-CoV-2)是引起新冠肺炎的病原体,其变异快、传播强,导致疫情广泛流行,以疫苗接种为主要防控措施。尽管已有大量新冠肽表位疫苗和黏膜型疫苗的研究,但靶向黏膜的肽表位疫苗和其功能评价的研究鲜有报道。本研究以IEDB数据库预测SARS-CoV-2结构蛋白M肽表位作为抗原靶点,设计含3050及1229信号肽和DCpep优化的MS-3S基因,插入MS2噬菌体衣壳蛋白中,通过PCR和无缝克隆技术构建表达质粒pSIP:MS-3S,转化到植物乳杆菌LP18中获得重组菌LP18:MS-3S。通过对诱导时间、诱导剂质量浓度、转速和初始pH值等表达条件进行优化及鼻内免疫实验,验证重组菌免疫效果。结果显示,获得出916 bp修饰和优化的目的基因MS-3S,并成功构建重组菌LP18:MS-3S,经Western blot、流式细胞术、免疫荧光等检测方法验证,获得重组蛋白表达的最佳条件:诱导时间为4 h,诱导肽质量浓度为100μg/L,培养基初始pH值为7.0,转速为100 r/min。通过ELISA试验验证,在小鼠的血清、肺泡灌洗液和粪便稀释液中,检测出抗肽表位的特异性抗体。本研究成功构建了1株表达新冠M蛋白肽表位抗原的重组菌,并且可诱导机体产生体液和黏膜免疫,为新冠黏膜免疫候选疫苗的研制奠定了基础。 展开更多
关键词 SARS-CoV-2 M蛋白 肽表位 植物乳杆菌 鼻内免疫
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基于高通量测序和小分子核苷类似物诊断与治疗猫传染性腹膜炎病例转归 被引量：3
9
作者 李笨 郭富强 +5 位作者 王伟伟 金宁一 金秋实 米志强 李昌 王茂鹏 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期200-208,共9页
猫传染性腹膜炎(简称猫传腹)是一类由冠状病毒引起、以严重腹腔炎症为特征的高致死性传染病,然而对其病原的诊断尚无公认的标准方法,且无有效的治疗手段可应用于兽医临床。因此,本研究通过描述一例猫传染性腹膜炎病例诊治过程,探索针对... 猫传染性腹膜炎(简称猫传腹)是一类由冠状病毒引起、以严重腹腔炎症为特征的高致死性传染病,然而对其病原的诊断尚无公认的标准方法,且无有效的治疗手段可应用于兽医临床。因此,本研究通过描述一例猫传染性腹膜炎病例诊治过程,探索针对该病的合理诊疗手段。本研究利用高通量测序技术,综合临床症状、生化分析、血常规等检测方法,实现对该病例的诊断,基于白/球蛋白比、fSAA等临床指标评估抗病毒药物GS-441524治疗效果,监控转归进程。结果表明高通量测序技术可应用于猫传腹的诊断过程,经高剂量药物治疗后临床症状明显改善,8周白/球蛋白比、fSAA两项特征指标恢复正常,10周符合出院标准,16周复查未见疾病复发迹象。此病例的成功治疗证明高通量测序技术在兽医临床诊断的应用价值和GS-441524药物对危重病例治疗的有效性,血清白/球蛋白比(≥0.6)和fSAA(<5μg·mL^(-1))可作为临床指标评估治疗效果。 展开更多
关键词 猫传染性腹膜炎 猫冠状病毒 高通量测序技术 GS-441524
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动态抗饱和平滑切换控制器设计方法
10
作者 刘晨 董朝阳 +1 位作者 王青 冉茂鹏 《系统工程与电子技术》 EI CSCD 北大核心 2017年第7期1555-1563,共9页
针对一类受饱和约束的切换系统,提出了一种动态抗饱和平滑切换控制器的设计方法。首先,基于模型依赖平均驻留时间的方法设计了平滑切换控制器,能够确保系统全局一致渐进稳定并具有一定的鲁棒性能。同时,通过引入链式切换律降低控制器设... 针对一类受饱和约束的切换系统,提出了一种动态抗饱和平滑切换控制器的设计方法。首先,基于模型依赖平均驻留时间的方法设计了平滑切换控制器,能够确保系统全局一致渐进稳定并具有一定的鲁棒性能。同时,通过引入链式切换律降低控制器设计的保守性。在此基础上,给出动态抗饱和补偿器的设计方法。将动态抗饱和补偿器设计问题转化为受线性矩阵不等式组约束的优化问题。以航天器在轨加注过程姿态控制系统为例,建立了该系统的链式平滑切换模型,上述模型能够更加准确地反映系统转动惯量的渐变特性。最后,数值仿真算例表明了所提出的控制器设计方法的有效性。 展开更多
关键词 抗饱和 切换系统 模型依赖平均驻留时间 链式切换律
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