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题名琼胶降解菌FG12的全基因组测序
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作者
舒培军
曾鸿俏
张力雄
刘明明
方再光
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机构
海南大学热带生物资源教育部重点实验室
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出处
《海南大学学报（自然科学版）》
CAS
2017年第2期140-144,共5页
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基金
海南大学青年基金(qnjj1205)
校县合作项目(02005001)
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文摘
为了获得琼胶寡糖的高产琼胶降解菌,本研究通过Illumina Hiseq2000平台测序,使用SOAPdenovo2.04软件(拼接组装),Glimmer 3.02预测基因的开放性阅读框,RNAmmer 1.2预测rRNA,tRNAscan-SE 1.23预测tRNA以及COG、CO和KEGG等来预测FG12的基因功能,并对其进行了全基因组测序,结果表明:FG12的基因组大小为4.11Mb,GC含量为37.76%;共有4 441个开放性阅读框,其平均长度为780 bp,有76个tRNA和5个rRNA;有与琼胶寡糖代谢相关的基因和抗生素的代谢途径,因此得出,琼胶降解菌FG12有改造成为高效工程菌的潜力.
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关键词
琼胶降解菌
琼胶寡糖
全基因组测序
基因功能
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Keywords
agar-degrading strain
agarooligosaccharide
whole genome sequencing
gene function
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分类号
Q523.8
[生物学—生物化学]
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