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鲍曼不动杆菌携带前噬菌体的生物信息学分析
被引量:
1
1
作者
彭文仪
吴芷莹
+6 位作者
罗晓萱
陈思杰
周诗妍
邓素萍
罗湘
封少龙
柏琴琴
《微生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第12期3952-3964,共13页
【目的】预测并分析82株全基因组测序的鲍曼不动杆菌前噬菌体的携带情况,鉴定前噬菌体编码的抗生素耐药基因和毒力因子。【方法】利用PHASTER(Phage Search Tool Enhanced Release)软件预测鲍曼不动杆菌携带的前噬菌体,采用CARD(The Com...
【目的】预测并分析82株全基因组测序的鲍曼不动杆菌前噬菌体的携带情况,鉴定前噬菌体编码的抗生素耐药基因和毒力因子。【方法】利用PHASTER(Phage Search Tool Enhanced Release)软件预测鲍曼不动杆菌携带的前噬菌体,采用CARD(The Comprehensive Antibiotic Research Database)和VFDB(Virulence Factors Database)在线分析软件预测前噬菌体编码的抗生素耐药基因和毒力因子。【结果】预测到472条鲍曼不动杆菌前噬菌体,其中完整型前噬菌体201条,疑似型前噬菌体91条,缺陷型前噬菌体180条。平均每株鲍曼不动杆菌基因组中可携带至少2条完整型前噬菌体。每株鲍曼不动杆菌所携带的全部前噬菌体占其基因组比例约为4%–6%。29条前噬菌体携带77个耐药基因,耐药表型共有14种,分别来自15个不同的家族,涵盖6种抗生素耐药的作用机制。132条前噬菌体编码毒力基因,归类为38种毒力基因和34种毒力因子。不同类型的前噬菌体普遍携带1–2种毒力因子,少数前噬菌体携带3种及以上毒力因子。分析毒力因子可能的宿主来源构成比发现,除鲍曼不动杆菌外,脑膜炎奈瑟菌、痢疾志贺氏菌、嗜肺军团菌及其亚种等也有较高的结构比例,是可能的宿主来源。【结论】鲍曼不动杆菌普遍携带前噬菌体,但前噬菌体基因在鲍曼不动杆菌基因组中所占比例不高。部分前噬菌体携带抗生素耐药基因,以氨基糖苷类、磺胺类及β-内酰胺类耐药为主。约30%的前噬菌体携带毒力基因。前噬菌体可能在鲍曼不动杆菌抗生素耐药性的获得、传播及致病性演变中发挥重要作用。
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关键词
鲍曼不动杆菌
前噬菌体
基因组学
耐药基因
毒力因子
原文传递
题名
鲍曼不动杆菌携带前噬菌体的生物信息学分析
被引量:
1
1
作者
彭文仪
吴芷莹
罗晓萱
陈思杰
周诗妍
邓素萍
罗湘
封少龙
柏琴琴
机构
南华大学公共卫生学院
衡阳市健康危害因子检验检疫新技术研究重点实验室
南华大学衡阳医学院
桂林医学院公共卫生学院
中国科学院广州地球化学研究所
出处
《微生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第12期3952-3964,共13页
基金
湖南省自然科学基金(2019JJ50494)
湖南省教育厅科学研究项目(16C1390)
+1 种基金
湖南省重点实验室资助项目(2019TP1027)
南华大学大学生创新项目(X202010555385)。
文摘
【目的】预测并分析82株全基因组测序的鲍曼不动杆菌前噬菌体的携带情况,鉴定前噬菌体编码的抗生素耐药基因和毒力因子。【方法】利用PHASTER(Phage Search Tool Enhanced Release)软件预测鲍曼不动杆菌携带的前噬菌体,采用CARD(The Comprehensive Antibiotic Research Database)和VFDB(Virulence Factors Database)在线分析软件预测前噬菌体编码的抗生素耐药基因和毒力因子。【结果】预测到472条鲍曼不动杆菌前噬菌体,其中完整型前噬菌体201条,疑似型前噬菌体91条,缺陷型前噬菌体180条。平均每株鲍曼不动杆菌基因组中可携带至少2条完整型前噬菌体。每株鲍曼不动杆菌所携带的全部前噬菌体占其基因组比例约为4%–6%。29条前噬菌体携带77个耐药基因,耐药表型共有14种,分别来自15个不同的家族,涵盖6种抗生素耐药的作用机制。132条前噬菌体编码毒力基因,归类为38种毒力基因和34种毒力因子。不同类型的前噬菌体普遍携带1–2种毒力因子,少数前噬菌体携带3种及以上毒力因子。分析毒力因子可能的宿主来源构成比发现,除鲍曼不动杆菌外,脑膜炎奈瑟菌、痢疾志贺氏菌、嗜肺军团菌及其亚种等也有较高的结构比例,是可能的宿主来源。【结论】鲍曼不动杆菌普遍携带前噬菌体,但前噬菌体基因在鲍曼不动杆菌基因组中所占比例不高。部分前噬菌体携带抗生素耐药基因,以氨基糖苷类、磺胺类及β-内酰胺类耐药为主。约30%的前噬菌体携带毒力基因。前噬菌体可能在鲍曼不动杆菌抗生素耐药性的获得、传播及致病性演变中发挥重要作用。
关键词
鲍曼不动杆菌
前噬菌体
基因组学
耐药基因
毒力因子
Keywords
Acinetobacter baumannii
prophage
genomics
antibiotics resistance genes
virulence factor
分类号
R378 [医药卫生—病原生物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
鲍曼不动杆菌携带前噬菌体的生物信息学分析
彭文仪
吴芷莹
罗晓萱
陈思杰
周诗妍
邓素萍
罗湘
封少龙
柏琴琴
《微生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
1
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