目的:基于网络药理学与分子对接技术分析当归芍药散治疗卵巢癌(ovarian cancer)的药理机制。方法:结合文献和中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP...目的:基于网络药理学与分子对接技术分析当归芍药散治疗卵巢癌(ovarian cancer)的药理机制。方法:结合文献和中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)对当归芍药散成分和作用靶点进行检索,将药物靶点和Genecards数据库所载卵巢癌靶标进行对比,结果输入STRING数据库,并在Cytoscape3.8.0软件中制作网络图。采用Rstudio软件进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。利用PyMOL软件对排名前5位的活性成分和核心靶标进行分子对接可视化分析。结果:筛选共得药物活性成分70个,涉及VEGFA、RELA、PTGS2、MMP9、TP53、JUN、PGR等98个作用靶标;GO功能富集分析、KEGG信号通路富集结果显示:当归芍药散治疗卵巢癌主要通过药物反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、雌二醇反应等调节磷酸酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(phosphatidylinositol 3-kinase-Akt signal transduction pathway/protein kinase B,PI3K/Akt)、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)等信号通路;分子对接结果表明黄芩素、鞣花酸与靶标蛋白有较好的结合活性。结论:当归芍药散治疗卵巢癌可能与VEGFA、TP53、PTGS2、PGR等作用靶标及调节PI3K-Akt、MAPK、VEGF等信号通路有关,黄芩素、鞣花酸可能是其发挥作用的主要成分。展开更多
目前,泛癌图谱计划已实现从单个肿瘤类型的分子描述到跨越不同肿瘤类型的分子分析,在癌症易感性变异、致癌通路共现与互斥、生物调控网络紊乱和病毒感染对癌症的影响等方面均有不同程度的进展。泛癌计划的研究模式和研究内容是对癌症基...目前,泛癌图谱计划已实现从单个肿瘤类型的分子描述到跨越不同肿瘤类型的分子分析,在癌症易感性变异、致癌通路共现与互斥、生物调控网络紊乱和病毒感染对癌症的影响等方面均有不同程度的进展。泛癌计划的研究模式和研究内容是对癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据的整合和升华,与中医整体观念有一定程度的契合,尤其是与中医先天禀赋、五行理论、六淫外袭等理论有相通之处。但TCGA数据多来自原发肿瘤,而临床患者通常死于复发转移,故需进一步探讨癌前病变、首要病变、转移性肿瘤与药物治疗敏感性或耐药性的关系。展开更多
文摘目的:基于网络药理学与分子对接技术分析当归芍药散治疗卵巢癌(ovarian cancer)的药理机制。方法:结合文献和中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)对当归芍药散成分和作用靶点进行检索,将药物靶点和Genecards数据库所载卵巢癌靶标进行对比,结果输入STRING数据库,并在Cytoscape3.8.0软件中制作网络图。采用Rstudio软件进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。利用PyMOL软件对排名前5位的活性成分和核心靶标进行分子对接可视化分析。结果:筛选共得药物活性成分70个,涉及VEGFA、RELA、PTGS2、MMP9、TP53、JUN、PGR等98个作用靶标;GO功能富集分析、KEGG信号通路富集结果显示:当归芍药散治疗卵巢癌主要通过药物反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、雌二醇反应等调节磷酸酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(phosphatidylinositol 3-kinase-Akt signal transduction pathway/protein kinase B,PI3K/Akt)、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)等信号通路;分子对接结果表明黄芩素、鞣花酸与靶标蛋白有较好的结合活性。结论:当归芍药散治疗卵巢癌可能与VEGFA、TP53、PTGS2、PGR等作用靶标及调节PI3K-Akt、MAPK、VEGF等信号通路有关,黄芩素、鞣花酸可能是其发挥作用的主要成分。
文摘目前,泛癌图谱计划已实现从单个肿瘤类型的分子描述到跨越不同肿瘤类型的分子分析,在癌症易感性变异、致癌通路共现与互斥、生物调控网络紊乱和病毒感染对癌症的影响等方面均有不同程度的进展。泛癌计划的研究模式和研究内容是对癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据的整合和升华,与中医整体观念有一定程度的契合,尤其是与中医先天禀赋、五行理论、六淫外袭等理论有相通之处。但TCGA数据多来自原发肿瘤,而临床患者通常死于复发转移,故需进一步探讨癌前病变、首要病变、转移性肿瘤与药物治疗敏感性或耐药性的关系。
