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基于Topomer CoMFA方法的喹诺酮羧酸类衍生物的QSAR研究及分子设计 被引量:5
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作者 仝建波 雷珊 +1 位作者 秦尚尚 王洋 《分析测试学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期517-524,共8页
采用基于R基团搜索技术的Topomer Co MFA技术对一系列喹诺酮羧酸类衍生物进行三维定量构效(3D-QSAR)关系研究,所得模型结果的交叉验证相关系数(q2)为0.790,非交互验证系数(r2)为0.890,外部验证的复相关系数(r2pred)为0.878,研究结果表... 采用基于R基团搜索技术的Topomer Co MFA技术对一系列喹诺酮羧酸类衍生物进行三维定量构效(3D-QSAR)关系研究,所得模型结果的交叉验证相关系数(q2)为0.790,非交互验证系数(r2)为0.890,外部验证的复相关系数(r2pred)为0.878,研究结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力。采用Topomer search技术在ZINC数据库中进行虚拟筛选,筛选出6个Ra基团和3个Rb基团,进而设计出12个具有更高活性的新型喹诺酮羧酸类化合物。采用分子对接技术对药物与受体的作用机制进行了研究,结果显示,药物与蛋白酶的ASP 30、ASP 29和ASN 25位点作用明显,该QSAR的研究结果可为新药合成提供理论参考。 展开更多
关键词 三维定量构效(3D-QSAR) 喹诺酮羧酸类衍生物 Topomer COMFA 分子设计 分子对接
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基于Topomer CoMFA的苯磺酰基亚胺噻唑衍生物的三维定量构效关系研究和分子设计 被引量:4
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作者 仝建波 秦尚尚 +1 位作者 雷珊 王洋 《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心 2018年第6期925-932,共8页
采用Topomer CoMFA方法对21个苯磺酰基亚胺噻唑衍生物进行三维定量构效关系研究,得到了HIV-1非核苷类逆转录酶抑制剂的3D-QSAR模型,其拟合复相关系数r2=0.964,交互验证复相关系数q2=0.801,外部验证复相关系数Qext2=0.959;采用基于片段... 采用Topomer CoMFA方法对21个苯磺酰基亚胺噻唑衍生物进行三维定量构效关系研究,得到了HIV-1非核苷类逆转录酶抑制剂的3D-QSAR模型,其拟合复相关系数r2=0.964,交互验证复相关系数q2=0.801,外部验证复相关系数Qext2=0.959;采用基于片段的药物设计方法 Topomer Search从ZINC数据库中虚拟筛选出3个Ra基团和7个Rb基团,且设计得到21个新化合物.结果表明:该模型不仅稳定性良好,而且具有较强的预测能力;采用Topomer Search技术能够有效的筛选进而设计出新的化合物,为抗艾滋病新药的设计提供理论依据. 展开更多
关键词 Topomer COMFA 苯磺酰基亚胺噻唑衍生物 定量构效关系 Topomer Search 新药设计
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4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类似物的3D-QSAR及分子对接研究 被引量:4
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作者 仝建波 秦尚尚 +1 位作者 雷珊 王洋 《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心 2019年第3期397-405,共9页
采用Topomer CoMFA方法对42个4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类似物进行三维定量构效关系(3D-QSAR)分析.所得最优模型的拟合、交互验证、及外部验证的复相关系数分别为0.926、0.638、0.923,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力.采用Top... 采用Topomer CoMFA方法对42个4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类似物进行三维定量构效关系(3D-QSAR)分析.所得最优模型的拟合、交互验证、及外部验证的复相关系数分别为0.926、0.638、0.923,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力.采用Topomer Search技术在ZINK数据库中进行虚拟筛选,筛选出2个R1基团和16个R2基团,进而设计出32个具有更高活性的新型4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类化合物.采用分子对接技术对药物与受体的作用机制进行了研究,结果显示,药物与蛋白酶的ARG47、ILE368和GLY201位点作用明显,该QSAR的研究结果可为新药合成提供理论参考. 展开更多
关键词 4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类似物 三维定量构效关系(3D-QSAR) Topomer CoMFA 分子设计 分子对接
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HEPT类HIV-1逆转录酶衍生物的CoMFA、CoMSIA及HQSAR分析 被引量:4
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作者 仝建波 雷珊 +1 位作者 王洋 秦尚尚 《精细化工》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第1期57-65,73,共10页
采用比较分子力场分析法(CoMFA)、比较分子相似因子分析法(CoMSIA)和分子全息定量结构关系(HQSAR)对1-[(2-羟乙氧)甲基]-6-苯硫基胸腺嘧啶(HEPT)类衍生物进行了分子活性构象选择、分子叠合、空间力场范围建立以及相应3D-QSAR模型建立。... 采用比较分子力场分析法(CoMFA)、比较分子相似因子分析法(CoMSIA)和分子全息定量结构关系(HQSAR)对1-[(2-羟乙氧)甲基]-6-苯硫基胸腺嘧啶(HEPT)类衍生物进行了分子活性构象选择、分子叠合、空间力场范围建立以及相应3D-QSAR模型建立。结果表明:该法所建模型对此类化合物具有良好的预测能力。CoMFA模型显示,交叉验证系数(q2)为0.565,非交互验证系数(r2)为0.892;CoMSIA模型显示,最佳q2为0.636,r2为0.953;最佳的HQSAR模型显示,q2为0.876,r2为0.929,最佳全息长度为97。根据三维等势图和HQSAR色码图设计了7个有较高活性的HEPT类化合物。 展开更多
关键词 COMFA COMSIA HQSAR HEPT类衍生物 生物工程
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S-DABO类逆转录酶抑制剂的Topomer CoMFA及分子对接 被引量:1
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作者 仝建波 王洋 +1 位作者 雷珊 秦尚尚 《陕西科技大学学报》 CAS 2018年第6期63-70,92,共9页
采用Topomer CoMFA方法对21个6-(1-萘甲基)取代S-DABO类化合物进行三维定量构效关系研究,建立了3D-QSAR模型,所得优化模型的主要参数分别为N=3,q^2=0.659,r^2=0.917,F=44.418,SEE=0.222,q_(stderr)~2=0.45,r_(stderr)~2=0.22.结果表明,... 采用Topomer CoMFA方法对21个6-(1-萘甲基)取代S-DABO类化合物进行三维定量构效关系研究,建立了3D-QSAR模型,所得优化模型的主要参数分别为N=3,q^2=0.659,r^2=0.917,F=44.418,SEE=0.222,q_(stderr)~2=0.45,r_(stderr)~2=0.22.结果表明,该模型具有良好的稳定性及预测能力.采用Topomer search在ZINC分子数据库中进行R基团的虚拟筛选,设计了8个活性优于模板分子的新化合物.借助Surflex-dock分子对接研究了新化合物与HIV-1逆转录酶作用模式与机制.结果显示,新化合物与HIV-1逆转录酶的LYS101、LYS103、TYR318位点作用显著. 展开更多
关键词 Topomer COMFA 6-(1-萘甲基)取代S-DABO 3D-QSAR Topomer SEARCH Surflex-dock
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