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杭州市儿童急性呼吸道Saffold心病毒感染的临床特征及流行病学分析 被引量：4
1
作者 于新芬 潘劲草 +4 位作者 杨旭辉 刘小东 寇宇 李钧 周银燕 《中华临床感染病杂志》 2018年第2期96-101,共6页
目的 了解杭州地区Saffold心病毒（SAFV）在急性呼吸道感染（ARI）患儿中的临床特征和流行病学特征.方法 收集2011年3月至2014年2月浙江大学医学院附属儿童医院呼吸道门诊和住院病例共1060例.其中门诊病例采集咽拭子256份,住院病例采集... 目的 了解杭州地区Saffold心病毒（SAFV）在急性呼吸道感染（ARI）患儿中的临床特征和流行病学特征.方法 收集2011年3月至2014年2月浙江大学医学院附属儿童医院呼吸道门诊和住院病例共1060例.其中门诊病例采集咽拭子256份,住院病例采集气管吸取物804份.实时荧光PCR扩增SAFV的5＇UTR基因片段.采用SPSS 17.0软件分析检测结果和临床资料.结果ARI门诊患儿和住院患儿样本中SAFV的检出率分别是2.3%（6/256）和13.2%（106/804）,两者相比差异具有统计学意义（χ^2=24.147,P〈0.01）.住院病例中,〈1岁、1~〈3岁、3~〈6岁和6~12岁患儿阳性检出率分别为14.0%、11.2%、11.1%和8.3%,各年龄组间相比,差异无统计学意义（χ^2=1.845,P〉0.05）;男性和女性患儿 SAFV 检出率分别为12.7%和17.7%（χ^2=0.279,P 〉0.05）;按季节划分,SAFV检出率最高的是秋季（21.2%）,其次是春季（14.6%）,冬季（9.5%）和夏季（8.8%）检出率相对较低（χ^2=15.625,P〈0.01）.106例SAFV阳性住院患儿中,81例存在合并感染,合并感染率为76.4%.6例门诊病例中,4例存在合并感染,合并感染率为66.7%.住院病例中,与SAFV合并感染率最高的是呼吸道合胞病毒（36.8%）,其次为鼻病毒（27.4%）、偏肺病毒（10.4%）和副流感病毒（10.4%）.ARI患儿中,SAFV阳性病例的发热率低于SAFV阴性病例（χ^2=4.069,P〈0.05）.结论 杭州地区ARI住院患儿中SAFV的检出率显著高于门诊患儿,SAFV感染均以合并感染为主.SAFV在杭州地区的流行呈现一定地方流行模式. 展开更多
关键词 心病毒属 Saffold心病毒 呼吸病毒感染 流行特征
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登革病毒载量与患者临床特征的关系
2
作者 费云霞 张祥波 +7 位作者 高岭 高依丹 李鸽 朱旭平 邵俊斌 汪浩秋 潘劲草 陈公英 《预防医学》 2020年第4期334-337,341,共5页
目的分析登革病毒载量与患者临床特征的关系,为登革热防治提供依据。方法收集2017年6—11月杭州市拱墅区确诊的120例登革热患者临床资料,采用实时荧光定量RT-PCR法检测登革病毒核酸量和分型,分析病毒载量与患者各项临床指标的相关性。结... 目的分析登革病毒载量与患者临床特征的关系,为登革热防治提供依据。方法收集2017年6—11月杭州市拱墅区确诊的120例登革热患者临床资料,采用实时荧光定量RT-PCR法检测登革病毒核酸量和分型,分析病毒载量与患者各项临床指标的相关性。结果120例登革热患者登革病毒核酸均为阳性,均为登革热Ⅱ型,登革病毒载量中位数为3.91×10^4 copies/mL。患者均有发热,体温峰值平均为(38.96±0.69)℃;乏力102例,占85.00%;白细胞计数<4×10^9/L 116例,占96.67%;血小板计数<100×10^9/L 119例,占99.17%;谷草转氨酶>40 U/L 114例,占95.00%;谷丙转氨酶>52 U/L 81例,占67.50%;肌酸激酶>210 U/L 58例,占48.33%。登革病毒载量与患者住院时间、体温峰值、发热持续时间、白细胞计数、血小板计数、谷丙转氨酶、谷草转氨酶和肌酸激酶相关性均无统计学意义(P>0.05)。重症患者75例,占62.50%;登革病毒载量中位数为9.29×10^4 copies/mL,高于非重症患者的5.33×10^3 copies/mL(P<0.05)。结论未发现登革病毒载量与患者住院时间、体温峰值、发热持续时间、白细胞计数、血小板计数、谷丙转氨酶和谷草转氨酶、肌酸激酶等临床指标存在相关性。 展开更多
关键词 登革热 病毒载量 临床特征 相关性
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二代测序技术在一起食源性疾病事件病原鉴定中的初步应用 被引量：9
3
作者 汪皓秋 俞骅 +7 位作者 郑伟 张蔚 刘涛 楼秀芹 黄春萍 黄利明 沈利明 潘劲草 《中华预防医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期647-652,共6页
目的 分析一起食源性疾病事件中病原的基因组学特征.方法 选取事件中死亡病例血样和洗胃前胃内容物,以及其就餐食物作为样品,共11份,对金黄色葡萄球菌和蜡样芽胞杆菌以及有毒物质进行检测,并对食物中检测到的细菌进行计数.采用实时荧光... 目的 分析一起食源性疾病事件中病原的基因组学特征.方法 选取事件中死亡病例血样和洗胃前胃内容物,以及其就餐食物作为样品,共11份,对金黄色葡萄球菌和蜡样芽胞杆菌以及有毒物质进行检测,并对食物中检测到的细菌进行计数.采用实时荧光PCR方法检测分离得到的10株蜡样芽胞杆菌的16 S rDNA保守区基因和呕吐毒素ces基因,并采用二代测序技术对分离株进行了基因组测序,初步分析质粒携带情况,并与公共数据库中参考序列进行比较基因组学分析.结果 所有样品中,仅蜡样芽胞杆菌检测阳性,其中蛋炒饭中蜡样芽胞杆菌计数为1.9×10^7 CFU/g,干炸鱼和卤猪头肉中均为3.0×10^3 CFU/g.10株分离株均携带hlyⅢ、nheA、nheB、inlA、inhA毒力基因;携带plcR和nheC基因的菌株均为9株.分离株16 S rDNA保守区基因和ces基因均为阳性,而且均携带完整的ces基因簇序列,并且与分离自英国的AH187株携带的呕吐毒素质粒pCER270（NC_010924.1）和分离自日本的NC7401株携带的质粒pNCcld（NC_016792.1）的序列完全一致.质粒比对结果显示,分离株序列与炭疽杆菌的pXO1和pXO2质粒差异较大,但携带含ces基因的pNCCld质粒.10株分离株基因组系统发生树显示,10株蜡样芽胞杆菌高度相似（系统发生树上距离为2.0×10^-6～9.0×10^-6）且与AH187株和NC7401株均高度相似（均属ST26型,系统发生树上距离均为3.8×10^-5～4.5×10^-5）.结论 本次食源性疾病事件由不携带pXO1、pXO2质粒的呕吐型蜡样芽胞杆菌污染蛋炒饭引起.提示蜡样芽胞杆菌引起呕吐型食物中毒可能与携带ces基因的ST26、ST164等型别菌株相关. 展开更多
关键词 病原 基因组学 序列分析 蜡样芽胞杆菌 二代测序
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杭州市首例新型冠状病毒肺炎病例病毒全基因组序列测定及分析 被引量：7
4
作者 俞骅 王旭初 +7 位作者 李钧 钱昕 于新芬 孙昼 陈珺芳 考庆君 汪皓秋 潘劲草 《中华预防医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期486-490,共5页
目的:分析杭州市首例感染新型冠状病毒(2019-nCoV)病例病毒全基因组序列特征。方法:采集杭州市首例新型冠状病毒肺炎病例咽拭子和深咳痰液呼吸道标本,对标本进行病毒核酸提取和实时逆转录PCR检测,对病毒进行高通量基因组测序;从美国国... 目的:分析杭州市首例感染新型冠状病毒(2019-nCoV)病例病毒全基因组序列特征。方法:采集杭州市首例新型冠状病毒肺炎病例咽拭子和深咳痰液呼吸道标本,对标本进行病毒核酸提取和实时逆转录PCR检测,对病毒进行高通量基因组测序;从美国国立生物技术信息中心GenBank数据库中获取29条(分别来自武汉、深圳、日本、美国、澳大利亚和芬兰)2019-nCoV基因组序列和其他物种来源的30条β冠状病毒基因组进行系统发育分析。对15株武汉地区毒株基因组以突变位点进行分组,鉴定其他地区相同和特异性突变位点。结果:获得29833 bp长度的杭州首例感染2019-nCoV病例病毒的基因组序列,覆盖病毒编码区全长。系统发育分析表明,该病毒与云南蝙蝠中分离到的严重急性呼吸综合征样冠状病毒RaTG13株最为接近,相似性为96.11%;相较其他基因,E基因间相似性最高(99.56%),而编码病毒表面刺突蛋白的S基因间相似性最低(92.87%)。与来自武汉、深圳、日本、美国、澳大利亚和芬兰的29株2019-nCoV基因组序列进行比对,相似性均大于99.9%,但在一些毒株中也发现了一些单位点核苷酸多态性。结论:杭州首例感染2019-nCoV病例病毒基因组序列和来自国内外疫情早期病毒基因组高度近源。 展开更多
关键词 基因组 新型冠状病毒 新型冠状病毒肺炎
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杭州地区临床和食品来源德尔卑沙门菌耐药特征与基因组分析 被引量：2
5
作者 郑之北 俞骅 +5 位作者 陈琦 郑伟 楼秀芹 刘小东 汪皓秋 潘劲草 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期115-122,共8页
目的了解杭州地区临床和食品来源德尔卑沙门菌的耐药特征,并进行溯源分析。方法对2015—2020年杭州地区分离的60株德尔卑沙门菌进行药敏分析、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型和全基因组测序,并下载公共数据库基因组进行比较;利用测序数据对... 目的了解杭州地区临床和食品来源德尔卑沙门菌的耐药特征,并进行溯源分析。方法对2015—2020年杭州地区分离的60株德尔卑沙门菌进行药敏分析、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型和全基因组测序,并下载公共数据库基因组进行比较;利用测序数据对菌株进行多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)和耐药基因扫描,并构建基于单核苷酸多态性(SNP)位点的系统发育树。结果杭州地区德尔卑沙门菌临床株和食品株对28种药物的耐药率差异均无统计学意义,多重耐药率为76.7%(46/60);所有菌株均检出氨基糖苷乙酰转移酶基因aac(6′)-Iaa和磷霉素耐药基因fosA7;60株德尔卑沙门菌共分为46种PFGE带型、53种cgMLST(HC2)型别,除1株为ST3220型外,其余均为ST40型;基于439株德尔卑沙门菌(包括60株杭州菌株和379株公共数据库菌株)SNP位点构建的系统发育树显示:部分杭州菌株与东南亚菌株进化距离较近,提示可能存在跨境传播,食品株主要来自猪肉和水产类;其他杭州菌株与北京、广州、湖北、重庆等省市的菌株距离较近,提示可能存在跨省传播,食品株主要来自猪肉、牛肉和鸡肉。结论杭州地区德尔卑沙门菌的流行主要由ST40型引起,其多重耐药现象普遍,推测其临床感染与猪牛肉、鸡肉和水产类的消费密切相关,与东南亚地区和境内其他省市可能存在跨地传播。 展开更多
关键词 德尔卑沙门菌 多重耐药 全基因组测序 核心基因组多位点序列分型
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2017-2021年杭州市临床和食品来源伦敦沙门菌耐药与基因组特征 被引量：2
6
作者 郑之北 俞骅 +5 位作者 郑伟 陈琦 楼秀芹 刘小东 汪皓秋 潘劲草 《中华预防医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期508-515,共8页
目的分析2017—2021年杭州市临床和食品来源伦敦沙门菌的耐药与基因组特征。方法对2017—2021年杭州市分离的91株伦敦沙门菌进行药敏分析、PFGE分型和全基因组测序;利用测序数据对菌株进行多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分... 目的分析2017—2021年杭州市临床和食品来源伦敦沙门菌的耐药与基因组特征。方法对2017—2021年杭州市分离的91株伦敦沙门菌进行药敏分析、PFGE分型和全基因组测序;利用测序数据对菌株进行多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)和耐药基因识别,并与公共数据库菌株比较进行系统发育分析。结果临床株和食品株对18种药物的耐药率差异均无统计学意义(均P>0.05),其多重耐药率为75.8%(69/91),以同时耐7类药物的菌株居多,发现1株对多黏菌素E耐药且检出mcr-1.1基因的耐8类药物菌株;50.5%(46/91)的菌株对阿奇霉素耐药且检出mph(A)基因;91株伦敦沙门菌均为ST155型,分为44种PFGE带型和82种cgMLST型别;系统发育分析显示,大部分杭州菌株(83/91)自行聚集成簇,簇内混杂少量来自欧洲和北美洲的人分离株以及湖北、深圳等省市的猪肉分离株;少数杭州菌株(8/91)与分离自东南亚、欧洲、北美洲的菌株进化距离较近;与临床株距离较近的主要是猪肉分离株。结论杭州市伦敦沙门菌的感染主要由ST155型菌株引起,以本地传播为主,同时与东南亚、欧洲、北美洲以及国内其他省市可能存在跨地传播;临床和食品来源菌株间耐药差异无显著意义,多重耐药现象较为普遍;其临床感染可能与猪肉消费密切相关。 展开更多
关键词 沙门菌 多重耐药 全基因组测序 核心基因组多位点序列分型 耐药监测
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临床细菌与H3N2流感病毒共感染特征及病毒血凝素裂解位点的变异研究 被引量：2
7
作者 于新芬 李钧 +2 位作者 钱昕 寇宇 潘劲草 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期359-364,共6页
目的了解流感样病例中临床细菌与H3N2流感病毒共感染及病毒血凝素(HA)裂解位点的变异特征。方法收集2013年1月至2018年12月的流感样病例样本12250份,实时荧光PCR检测H3N2流感病毒。选取部分流感阳性病例样本,采用实时荧光PCR的方法进行... 目的了解流感样病例中临床细菌与H3N2流感病毒共感染及病毒血凝素(HA)裂解位点的变异特征。方法收集2013年1月至2018年12月的流感样病例样本12250份,实时荧光PCR检测H3N2流感病毒。选取部分流感阳性病例样本,采用实时荧光PCR的方法进行金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌和B型流感嗜血杆菌的检测,分析其临床感染特征。分离流感病毒,RT-PCR扩增病毒HA,测序,构建进化树,并分析裂解位点氨基酸变异特征。结果2013年以来,每年都有H3N2流感病毒的流行,H3N2在流感阳性病例中的占比为44.69%。随机选取2013—2018年间流感流行高峰的H3N2阳性病例样本295份,29.2%的病例存在临床细菌感染。对分离到的210株H3N2流感病毒进行HA裂解位点测序,68株存在变异,其中63株为K342R单氨基酸位点变异,裂解位点由PEKQTR转变为PERQTR。裂解位点未变异样本的细菌共感染率为31.25%(45/144),裂解位点变异样本的细菌感染率为23.53%(16/68),二者的差异没有统计学意义(χ2=1.34,P>0.05)。杭州地区流行的H3N2流感病毒主要属于3C.3a和3C.2a两个进化簇,裂解位点发生K342R变异的病毒属于3C.3a进化簇。结论H3N2流感病毒在杭州地区的流感病毒流行中占据重要地位。流感阳性病例存在着一定程度的细菌共感染。裂解位点变异具有一定的地域流行特征,但与细菌共感染没有显著相关性。 展开更多
关键词 H3N2型流感病毒 细菌 共感染 HA裂解位点变异
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