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高粱单核苷酸多态性(SNP)标记开发研究初报
被引量：
1
1
作者
籍贵苏
吕芃
+6 位作者
杜瑞恒
刘国庆
侯升林
马雪
李素英
王金萍
赵秀萍
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2018年第2期119-125,共7页
高粱在粮食安全、人类健康和生物能源的开发上具有非常重要的作用,其被认为是二倍体模式化作物和多倍体能源作物甘蔗和芒草类的参考植物,开发高粱多态性分子标记对促进分子遗传学发展及高粱分子标记辅助育种意义重大。以甜高粱与粒用高...
高粱在粮食安全、人类健康和生物能源的开发上具有非常重要的作用,其被认为是二倍体模式化作物和多倍体能源作物甘蔗和芒草类的参考植物,开发高粱多态性分子标记对促进分子遗传学发展及高粱分子标记辅助育种意义重大。以甜高粱与粒用高粱杂交的F2遗传群体作为研究材料,对其全基因组DNA进行酶切,然后用高通量测序法开发SLAF(Specific-locus amplified fragment sequencing)标签,并经过分析筛选多态性SNP标记。试验过程中测序的reads数达到43 528 021个,母本2 598 472个,父本3 134 524个,子代的reads数为205 083~454 258个,平均为290 732.5个。通过原始数据的评估、聚类和纠错开发的SLAF标签数,父母本分别为44 895,42 100个。测序深度分别为19.78和16.22,F2群体每个个体的SLAF标签为26 737~39 291个,平均为33 445.06个,测序深度2.24~3.72,平均为2.79。通过对聚类群中高深度片段的潜在基因型分析,得到了6 353个多态性SNP标记,其中5 829个标记成功分型,占多态性SNP标记的91.75%,剔除不适宜作图的标记,剩余有效的SNP标记2 246个,占有效标记百分比100%,F2个体的各样品完整度平均为94.99%。所以,对基因组DNA进行酶切和高通量测序,从庞大的reads中获得SLAF标签是得到全基因组SNP标记的有效途径。为高粱高密度图谱构建和QTL定位研究,以及分子标记辅助育种奠定了基础。
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关键词
高粱
SLAF标签
高通量测序
开发
SNP标记
下载PDF
职称材料
能源作物甜高粱对镉污染农田的修复潜力研究
被引量：
24
2
作者
薛忠财
李纪红
+4 位作者
李十中
杜瑞恒
吕芃
籍贵苏
刘永兵
《环境科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第4期1621-1627,共7页
通过田间控制试验,研究在不同镉污染条件下甜高粱对镉的吸收和积累规律,并采用先进固态发酵(ASSF)技术对甜高粱进行能源化利用,阐明能源植物甜高粱对镉污染农田的修复潜力.结果表明:甜高粱对镉具有较强的吸收能力和耐性,在不同浓度的镉...
通过田间控制试验,研究在不同镉污染条件下甜高粱对镉的吸收和积累规律,并采用先进固态发酵(ASSF)技术对甜高粱进行能源化利用,阐明能源植物甜高粱对镉污染农田的修复潜力.结果表明:甜高粱对镉具有较强的吸收能力和耐性,在不同浓度的镉处理条件下,均可以完成正常生育期(167 d),但当土壤镉含量达到33 mg·kg^(-1)时其生长受到显著抑制.在甜高粱植株内,根部的镉浓度最高,呈现根>茎>叶>籽粒的分布特点,单株镉的积累量最高可达到0.84 mg(土壤镉含量为18 mg·kg^(-1)).甜高粱对镉的吸收与土壤中的镉含量具有显著的线性关系(P<0.05),随着土壤中镉含量的增加显著增加,但是镉处理对甜高粱茎秆的糖和水分含量,以及发酵过程中糖利用率和乙醇转化率均没有影响.因此,在镉污染农田上种植甜高粱,可以确保生产的产品不进入食物链而进入能源产业链,既可以生产生物乙醇的原材料,产生经济效益,又可以吸收土壤中镉,实现对镉污染农田的边生产边修复.
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关键词
镉
能源作物
甜高粱
植物修复
富集特征
原文传递
题名
高粱单核苷酸多态性(SNP)标记开发研究初报
被引量：
1
1
作者
籍贵苏
吕芃
杜瑞恒
刘国庆
侯升林
马雪
李素英
王金萍
赵秀萍
机构
河北省农林科学院谷子研究所
邯郸市永年区农牧业局
出处
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2018年第2期119-125,共7页
基金
河北省自然科学基金项目(2012301002)
河北省农林科学院科学技术研究与发展计划项目(A2015030201)
河北省渤海粮仓科技示范项目。
文摘
高粱在粮食安全、人类健康和生物能源的开发上具有非常重要的作用,其被认为是二倍体模式化作物和多倍体能源作物甘蔗和芒草类的参考植物,开发高粱多态性分子标记对促进分子遗传学发展及高粱分子标记辅助育种意义重大。以甜高粱与粒用高粱杂交的F2遗传群体作为研究材料,对其全基因组DNA进行酶切,然后用高通量测序法开发SLAF(Specific-locus amplified fragment sequencing)标签,并经过分析筛选多态性SNP标记。试验过程中测序的reads数达到43 528 021个,母本2 598 472个,父本3 134 524个,子代的reads数为205 083~454 258个,平均为290 732.5个。通过原始数据的评估、聚类和纠错开发的SLAF标签数,父母本分别为44 895,42 100个。测序深度分别为19.78和16.22,F2群体每个个体的SLAF标签为26 737~39 291个,平均为33 445.06个,测序深度2.24~3.72,平均为2.79。通过对聚类群中高深度片段的潜在基因型分析,得到了6 353个多态性SNP标记,其中5 829个标记成功分型,占多态性SNP标记的91.75%,剔除不适宜作图的标记,剩余有效的SNP标记2 246个,占有效标记百分比100%,F2个体的各样品完整度平均为94.99%。所以,对基因组DNA进行酶切和高通量测序,从庞大的reads中获得SLAF标签是得到全基因组SNP标记的有效途径。为高粱高密度图谱构建和QTL定位研究,以及分子标记辅助育种奠定了基础。
关键词
高粱
SLAF标签
高通量测序
开发
SNP标记
Keywords
Sorghum
SLAF-tag
High-throughput sequencing
Development
SNP Marker
分类号
S514.03 [农业科学—作物学]
下载PDF
职称材料
题名
能源作物甜高粱对镉污染农田的修复潜力研究
被引量：
24
2
作者
薛忠财
李纪红
李十中
杜瑞恒
吕芃
籍贵苏
刘永兵
机构
清华大学核能与新能源技术研究院
河北省农林科学院谷子研究所
轻工业环境保护研究所
出处
《环境科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第4期1621-1627,共7页
基金
科技惠民计划项目(No.2013GS460202-3)~~
文摘
通过田间控制试验,研究在不同镉污染条件下甜高粱对镉的吸收和积累规律,并采用先进固态发酵(ASSF)技术对甜高粱进行能源化利用,阐明能源植物甜高粱对镉污染农田的修复潜力.结果表明:甜高粱对镉具有较强的吸收能力和耐性,在不同浓度的镉处理条件下,均可以完成正常生育期(167 d),但当土壤镉含量达到33 mg·kg^(-1)时其生长受到显著抑制.在甜高粱植株内,根部的镉浓度最高,呈现根>茎>叶>籽粒的分布特点,单株镉的积累量最高可达到0.84 mg(土壤镉含量为18 mg·kg^(-1)).甜高粱对镉的吸收与土壤中的镉含量具有显著的线性关系(P<0.05),随着土壤中镉含量的增加显著增加,但是镉处理对甜高粱茎秆的糖和水分含量,以及发酵过程中糖利用率和乙醇转化率均没有影响.因此,在镉污染农田上种植甜高粱,可以确保生产的产品不进入食物链而进入能源产业链,既可以生产生物乙醇的原材料,产生经济效益,又可以吸收土壤中镉,实现对镉污染农田的边生产边修复.
关键词
镉
能源作物
甜高粱
植物修复
富集特征
Keywords
cadmium
energy crop
sweet sorghum
phytoremediation
accumulation
分类号
X53 [环境科学与工程—环境工程]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
高粱单核苷酸多态性(SNP)标记开发研究初报
籍贵苏
吕芃
杜瑞恒
刘国庆
侯升林
马雪
李素英
王金萍
赵秀萍
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2018
1
下载PDF
职称材料
2
能源作物甜高粱对镉污染农田的修复潜力研究
薛忠财
李纪红
李十中
杜瑞恒
吕芃
籍贵苏
刘永兵
《环境科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018
24
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