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ICD-11编码中文疾病诊断名称的效果评估及其与ICD-10的比较
被引量：
4
1
作者
陈禄明
张旭
+2 位作者
邓立宗
蒋太交
商涛
《中国科技术语》
2022年第3期62-68,共7页
文章旨在调研并比较ICD-11与ICD-10疾病编码标准在我国临床使用中诊断名称的编码效果。同时,进一步调研ICD-11及ICD-10对《地方病学名词》《中医药学名词》中我国特色疾病诊断相关术语的编码效果。整体来看,ICD-10相较于ICD-11对临床诊...
文章旨在调研并比较ICD-11与ICD-10疾病编码标准在我国临床使用中诊断名称的编码效果。同时,进一步调研ICD-11及ICD-10对《地方病学名词》《中医药学名词》中我国特色疾病诊断相关术语的编码效果。整体来看,ICD-10相较于ICD-11对临床诊断以及我国特色诊断术语具有更好的效果,本地化水平较高。然而在中医相关疾病诊断以及癌症相关疾病诊断的编码上,ICD-11具有更好的表现效果。对ICD-11持续进行的本地化工作,将是未来ICD-11在临床应用中落地的重要基础。此外ICD-11新的编码策略和组织形式为传统医学的收录和癌症疾病诊断编码的简化提供了巨大的发展空间和潜力。
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关键词
ICD-10
ICD-11
疾病诊断
传统医学
编码能力
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职称材料
中文标准医学术语集对实际应用覆盖度研究
被引量：
4
2
作者
程瑶
蒋太交
+2 位作者
邓立宗
陈禄明
江坤
《中国卫生信息管理杂志》
2020年第5期601-605,636,共6页
目的调研我国现有的中文标准医学术语资源对临床指南、电子病历等真实世界数据的描述能力。方法通过系统地汇集国家和地方机构发布的857 193个中文标准医学术语,并使用基于中文字符串直接匹配,通过统一医学语言系统(UMLS)间接匹配的方法...
目的调研我国现有的中文标准医学术语资源对临床指南、电子病历等真实世界数据的描述能力。方法通过系统地汇集国家和地方机构发布的857 193个中文标准医学术语,并使用基于中文字符串直接匹配,通过统一医学语言系统(UMLS)间接匹配的方法,统计标准医学术语对来自真实世界医学文档中的69 865个医学术语的覆盖度。结果中文标准医学术语资源对于来自真实世界医学文档中的医学术语的总体覆盖度为31.8% (22 183/69 865)。其中,对于常见术语的覆盖度可达74.3% (6 013/8 094);对于不常见术语仅为26.8% (16 170/61 771)。结论我国既有的标准医学术语资源对真实世界文档中的常见医学术语具有较高的描述力,对发展具有更高表达力的标准医学术语资源,起到一定的推动作用。
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关键词
医学术语标准
术语覆盖度
真实世界研究
医学术语
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职称材料
呼吸病学标准医学术语在电子病历中的使用情况调研
被引量：
2
3
作者
商涛
程瑶
+2 位作者
陈禄明
邓立宗
蒋太交
《中国科技术语》
2021年第4期53-59,共7页
调研全国科学技术名词审定委员会发布的呼吸病学名词在电子病历中的使用情况。通过观察疾病、体征或症状类标准医学术语及其关联的同义词在呼吸疾病电子病历中的分布,发现标准医学术语在使用频次上高于非标准医学术语,但整体而言,同一...
调研全国科学技术名词审定委员会发布的呼吸病学名词在电子病历中的使用情况。通过观察疾病、体征或症状类标准医学术语及其关联的同义词在呼吸疾病电子病历中的分布,发现标准医学术语在使用频次上高于非标准医学术语,但整体而言,同一医学概念在不同来源的病历中表达多样,标准化程度不高。此外,《呼吸病学名词》收录的标准医学术语及其同义词对电子病历中所使用的医学术语覆盖度偏低,需要扩充和完善。
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关键词
标准医学术语
电子病历
术语覆盖度
术语标准化
术语挖掘
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职称材料
基于Web服务的流感病毒基因组自动化翻译注释系统
4
作者
陈翠霞
杨磊
+6 位作者
蒋太交
王小龙
曹宗富
李天君
于磊
高华方
马旭
《病毒学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期309-317,共9页
随着流感病毒基因组测序数据的急剧增加,深入挖掘流感病毒基因组大数据蕴含的生物学信息成为研究热点。基于中国流感病毒流行特征数据,建设一个集自动化、一体化和信息化的序列库系统,对于实现流感病毒基因组批量快速翻译、注释、存储...
随着流感病毒基因组测序数据的急剧增加,深入挖掘流感病毒基因组大数据蕴含的生物学信息成为研究热点。基于中国流感病毒流行特征数据,建设一个集自动化、一体化和信息化的序列库系统,对于实现流感病毒基因组批量快速翻译、注释、存储、查询、分析具有重要的应用价值。本课题组通过集成一系列软件和工具包,并结合自主研发的其他功能,在底层维护的2个关键的参考数据集基础上另外追加了翻译注释信息最佳匹配的精细化筛选规则,构建具有流感病毒基因组信息存储、自动化翻译、蛋白序列精准注释、同源序列比对和进化树分析等功能的自动化系统。结果显示,通过Web端输入fasta格式的流感病毒基因序列,本系统可针对参考序列片段数据集(blastdb.fasta)进行Blast同源性检索,可以鉴定流感病毒的型别(A、B或C)、亚型和基因片段(1~8片段);在此基础上,通过查询数据库底层用于翻译、注释的基因片段参考数据集,可以获得一组肽段数据集,然后通过循环调用ProSplign软件对其进行预测。结合精细化的筛选准入规则,选出与输入序列匹配最好的翻译后产物,作为该输入序列的预测蛋白,输出为gbk,asn和fasta等通用格式的文件,给出序列长度、是否全长、病毒型别、亚型、片段等信息。基于以上工作,另外自主研发了系统其他的附加功能如进化树分析展示、基因组数据存储等功能,构建成基于Web服务的流感病毒基因组自动化翻译注释系统。本研究提示,系统高度集成系列软件以及自有的注释翻译数据库文件,实现从序列存储、翻译、注释到序列分析和展示的功能,可全面满足我国高通量基因检测数据共享化、本土化、一体化、自动化的需求。
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关键词
流感病毒
关键数据集
翻译
注释
一体化序列库
原文传递
题名
ICD-11编码中文疾病诊断名称的效果评估及其与ICD-10的比较
被引量：
4
1
作者
陈禄明
张旭
邓立宗
蒋太交
商涛
机构
生物岛实验室
广州国家实验室
中国医学科学院北京协和医学院系统医学研究院
苏州系统医学研究所
全国科学技术名词审定委员会
出处
《中国科技术语》
2022年第3期62-68,共7页
基金
全国科学技术名词审定委员会事务中心一般项目“不同医学信息系统之间临床表型术语的整合策略研究”(SWZX2021002)
国家重点研发计划“新平急一体数据标准化接口与体系建设”(2021YFC2302000)
+1 种基金
中国医学科学院创新工程“重大高致残、致畸性骨骼疾病的早期识别及精准干预研究”(2021-I2M-1-051)
国家语言文字工作委员会“十三五”科研规划2020年度一般(委托)项目“数字时代以科技名词为代表的专业词语生产和产博管理机制研究”(WT135-73)。
文摘
文章旨在调研并比较ICD-11与ICD-10疾病编码标准在我国临床使用中诊断名称的编码效果。同时,进一步调研ICD-11及ICD-10对《地方病学名词》《中医药学名词》中我国特色疾病诊断相关术语的编码效果。整体来看,ICD-10相较于ICD-11对临床诊断以及我国特色诊断术语具有更好的效果,本地化水平较高。然而在中医相关疾病诊断以及癌症相关疾病诊断的编码上,ICD-11具有更好的表现效果。对ICD-11持续进行的本地化工作,将是未来ICD-11在临床应用中落地的重要基础。此外ICD-11新的编码策略和组织形式为传统医学的收录和癌症疾病诊断编码的简化提供了巨大的发展空间和潜力。
关键词
ICD-10
ICD-11
疾病诊断
传统医学
编码能力
Keywords
ICD-10
ICD-11
disease diagnosis
traditional medicines
encoding capabilities
分类号
R4 [医药卫生—临床医学]
N04 [自然科学总论—科学技术哲学]
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职称材料
题名
中文标准医学术语集对实际应用覆盖度研究
被引量：
4
2
作者
程瑶
蒋太交
邓立宗
陈禄明
江坤
机构
中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院
苏州系统医学研究所
中国科学院生物物理研究所
出处
《中国卫生信息管理杂志》
2020年第5期601-605,636,共6页
基金
国家自然科学基金面上项目(项目编号:31671371)
中国医学科学院医学与健康科技创新工程重大协同创新项目(项目编号:CAMS-I2M,2016-I2M-1-005).
文摘
目的调研我国现有的中文标准医学术语资源对临床指南、电子病历等真实世界数据的描述能力。方法通过系统地汇集国家和地方机构发布的857 193个中文标准医学术语,并使用基于中文字符串直接匹配,通过统一医学语言系统(UMLS)间接匹配的方法,统计标准医学术语对来自真实世界医学文档中的69 865个医学术语的覆盖度。结果中文标准医学术语资源对于来自真实世界医学文档中的医学术语的总体覆盖度为31.8% (22 183/69 865)。其中,对于常见术语的覆盖度可达74.3% (6 013/8 094);对于不常见术语仅为26.8% (16 170/61 771)。结论我国既有的标准医学术语资源对真实世界文档中的常见医学术语具有较高的描述力,对发展具有更高表达力的标准医学术语资源,起到一定的推动作用。
关键词
医学术语标准
术语覆盖度
真实世界研究
医学术语
Keywords
medical terminology standard
terminology coverage
real world study
medical terminology
分类号
R-34 [医药卫生]
C39 [社会学]
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职称材料
题名
呼吸病学标准医学术语在电子病历中的使用情况调研
被引量：
2
3
作者
商涛
程瑶
陈禄明
邓立宗
蒋太交
机构
全国科学技术名词审定委员会
苏州系统医学研究所
中国医学科学院系统医学研究院
中国医学科学院基础医学研究所/北京协和医学院基础学院
广州实验室
出处
《中国科技术语》
2021年第4期53-59,共7页
基金
全国科学技术名词审定委员会事务中心一般项目“医学名词审定中的同义词整理与分析”(SWZX2018003)
“科技名词社会使用状况调查”(SWZX202003)
广州实验室应急攻关项目“新冠与其他12项呼吸道病原体核酸检测技术和设备”(EKPG21-12)。
文摘
调研全国科学技术名词审定委员会发布的呼吸病学名词在电子病历中的使用情况。通过观察疾病、体征或症状类标准医学术语及其关联的同义词在呼吸疾病电子病历中的分布,发现标准医学术语在使用频次上高于非标准医学术语,但整体而言,同一医学概念在不同来源的病历中表达多样,标准化程度不高。此外,《呼吸病学名词》收录的标准医学术语及其同义词对电子病历中所使用的医学术语覆盖度偏低,需要扩充和完善。
关键词
标准医学术语
电子病历
术语覆盖度
术语标准化
术语挖掘
Keywords
standard medical terms
electronic health record
coverage of medical terms
terminology standardization
terms mining
分类号
R4 [医药卫生—临床医学]
H083 [语言文字—语言学]
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职称材料
题名
基于Web服务的流感病毒基因组自动化翻译注释系统
4
作者
陈翠霞
杨磊
蒋太交
王小龙
曹宗富
李天君
于磊
高华方
马旭
机构
国家卫生健康委科学技术研究所人类遗传资源中心
国家人类遗传资源中心生物信息组
国家流感中心生物信息组
中国科学院生物物理研究所蛋白质多肽重点实验室
中国科学院空天信息创新研究院七室
出处
《病毒学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期309-317,共9页
基金
“十三五”国家重点研发计划(项目号:2016YFC1000307),题目:生殖遗传资源和生殖健康大数据平台建设与应用示范
中央公益性科研机构基础研究基金(项目号:2018GJM06),题目:HPV病毒基因组学分析与毒力、耐药性研究
+1 种基金
中央公益性科研机构基础研究基金(项目号:2020GJM05),题目:单基因病名称机器学习智能精准推荐技术研发
国家人口与生殖健康科学数据中心(项目号:2005DKA32408),题目:复杂遗传病远程协同服务网~~。
文摘
随着流感病毒基因组测序数据的急剧增加,深入挖掘流感病毒基因组大数据蕴含的生物学信息成为研究热点。基于中国流感病毒流行特征数据,建设一个集自动化、一体化和信息化的序列库系统,对于实现流感病毒基因组批量快速翻译、注释、存储、查询、分析具有重要的应用价值。本课题组通过集成一系列软件和工具包,并结合自主研发的其他功能,在底层维护的2个关键的参考数据集基础上另外追加了翻译注释信息最佳匹配的精细化筛选规则,构建具有流感病毒基因组信息存储、自动化翻译、蛋白序列精准注释、同源序列比对和进化树分析等功能的自动化系统。结果显示,通过Web端输入fasta格式的流感病毒基因序列,本系统可针对参考序列片段数据集(blastdb.fasta)进行Blast同源性检索,可以鉴定流感病毒的型别(A、B或C)、亚型和基因片段(1~8片段);在此基础上,通过查询数据库底层用于翻译、注释的基因片段参考数据集,可以获得一组肽段数据集,然后通过循环调用ProSplign软件对其进行预测。结合精细化的筛选准入规则,选出与输入序列匹配最好的翻译后产物,作为该输入序列的预测蛋白,输出为gbk,asn和fasta等通用格式的文件,给出序列长度、是否全长、病毒型别、亚型、片段等信息。基于以上工作,另外自主研发了系统其他的附加功能如进化树分析展示、基因组数据存储等功能,构建成基于Web服务的流感病毒基因组自动化翻译注释系统。本研究提示,系统高度集成系列软件以及自有的注释翻译数据库文件,实现从序列存储、翻译、注释到序列分析和展示的功能,可全面满足我国高通量基因检测数据共享化、本土化、一体化、自动化的需求。
关键词
流感病毒
关键数据集
翻译
注释
一体化序列库
Keywords
Influenza virus
Key data sets
Translation
Annotation
Integrated sequence system
分类号
R183.3 [医药卫生—流行病学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
ICD-11编码中文疾病诊断名称的效果评估及其与ICD-10的比较
陈禄明
张旭
邓立宗
蒋太交
商涛
《中国科技术语》
2022
4
下载PDF
职称材料
2
中文标准医学术语集对实际应用覆盖度研究
程瑶
蒋太交
邓立宗
陈禄明
江坤
《中国卫生信息管理杂志》
2020
4
下载PDF
职称材料
3
呼吸病学标准医学术语在电子病历中的使用情况调研
商涛
程瑶
陈禄明
邓立宗
蒋太交
《中国科技术语》
2021
2
下载PDF
职称材料
4
基于Web服务的流感病毒基因组自动化翻译注释系统
陈翠霞
杨磊
蒋太交
王小龙
曹宗富
李天君
于磊
高华方
马旭
《病毒学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
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