探讨不同更新方式下森林土壤病毒群落特征及其在生物地球化学循环中作用,以福建上杭白砂国有林场的杉木人工林、天然更新次生林和原生林土壤为研究对象,结合宏病毒组学和生物信息学方法进行病毒群落结构与功能分析。结果表明:森林更新...探讨不同更新方式下森林土壤病毒群落特征及其在生物地球化学循环中作用,以福建上杭白砂国有林场的杉木人工林、天然更新次生林和原生林土壤为研究对象,结合宏病毒组学和生物信息学方法进行病毒群落结构与功能分析。结果表明:森林更新方式对土壤病毒群落结构产生了明显的影响。原生林和天然更新次生林主要病毒类群为长尾噬菌体科(Siphoviridae)(62.60%、31.49%),而杉木人工林主要土壤病毒类群为微小噬菌体科(Microviridae)(27.89%)。在3种土壤中均发现了核质巨大DNA病毒(nucleo-cytoplasmic large DNA viruses,NCLDV),其在天然更新次生林中占比最高(20.83%);杉木人工林和天然更新次生林中最主要的病毒宿主属于变形菌门(Proteobacteria),而原生林则为放线菌门(Actinobacteria)。但3种森林类型土壤病毒宿主均包括戈登氏菌(Gordonia)、红球菌(Rhodococcus)、分枝杆菌(Mycolicibacterium)等感染人和动物的致病菌;病毒功能组中均检测到丰富的辅助碳水化合物活性酶(CAZyme)基因,其中杉木人工林土壤病毒中编码CAZymes的基因丰度(4个)显著低于原生林(210个)和天然更新次生林(69个)。研究结果揭示了森林更新方式对土壤病毒结构、宿主和碳循环功能的潜在影响。展开更多
自20世纪40年代抗生素被发现以来,抗生素广泛应用于畜禽养殖系统,极大地促进了畜禽健康和生长。由于大多数抗生素的性质都是水溶性的,有30%-90%的兽用抗生素会以母体化合物的形式通过尿液或粪便释放到环境中。抗生素的不当使用会对环境...自20世纪40年代抗生素被发现以来,抗生素广泛应用于畜禽养殖系统,极大地促进了畜禽健康和生长。由于大多数抗生素的性质都是水溶性的,有30%-90%的兽用抗生素会以母体化合物的形式通过尿液或粪便释放到环境中。抗生素的不当使用会对环境产生选择性压力,促使抗生素抗性基因(antibiotic resistance gene,ARG)快速传播,对人类健康和生态系统构成潜在风险。因此,认识和回顾近20年国内外关于畜禽粪便ARG的研究热点、前沿和趋势,可为畜禽粪便ARG污染管控提供重要参考,也为今后的研究提供思路。本研究应用CiteSpace可视化软件对2002–2022年发表在Web of Science(WoS)核心合集和中国知网(China National Knowledge Infrastructure,CNKI)的文献通过关键词共现分析、关键词聚类分析、关键词突现分析、发文数量分析、国家分布机构合作共现等方式对畜禽养殖系统中ARG研究现状及新兴趋势进行分析,最终共筛选出896篇有效文献。自2011年以来,畜禽粪便ARG国内外文献发表数量逐年增加,2014年以后增速明显加快,其中英文文献的发文量要多于中文文献;中国是发文量最多的国家,而中国科学院是发文量最多的机构。热门的研究领域包括ARG的产生和来源、在环境中的传播及其对人类病原体的潜在暴露途径及消减机制。今后研究工作可利用宏基组学技术、高通量定量基因芯片手段和单细胞拉曼光谱等新兴分子生物学技术进行更为深入的机理性探索,同时加强畜禽粪便ARG消减技术策略的发展和应用。本文以可视化的方式阐释了畜禽粪便ARG研究发展态势,提出了未来重点研究方向,为管控畜禽粪便ARG提供了理论基础。展开更多
文摘探讨不同更新方式下森林土壤病毒群落特征及其在生物地球化学循环中作用,以福建上杭白砂国有林场的杉木人工林、天然更新次生林和原生林土壤为研究对象,结合宏病毒组学和生物信息学方法进行病毒群落结构与功能分析。结果表明:森林更新方式对土壤病毒群落结构产生了明显的影响。原生林和天然更新次生林主要病毒类群为长尾噬菌体科(Siphoviridae)(62.60%、31.49%),而杉木人工林主要土壤病毒类群为微小噬菌体科(Microviridae)(27.89%)。在3种土壤中均发现了核质巨大DNA病毒(nucleo-cytoplasmic large DNA viruses,NCLDV),其在天然更新次生林中占比最高(20.83%);杉木人工林和天然更新次生林中最主要的病毒宿主属于变形菌门(Proteobacteria),而原生林则为放线菌门(Actinobacteria)。但3种森林类型土壤病毒宿主均包括戈登氏菌(Gordonia)、红球菌(Rhodococcus)、分枝杆菌(Mycolicibacterium)等感染人和动物的致病菌;病毒功能组中均检测到丰富的辅助碳水化合物活性酶(CAZyme)基因,其中杉木人工林土壤病毒中编码CAZymes的基因丰度(4个)显著低于原生林(210个)和天然更新次生林(69个)。研究结果揭示了森林更新方式对土壤病毒结构、宿主和碳循环功能的潜在影响。
文摘自20世纪40年代抗生素被发现以来,抗生素广泛应用于畜禽养殖系统,极大地促进了畜禽健康和生长。由于大多数抗生素的性质都是水溶性的,有30%-90%的兽用抗生素会以母体化合物的形式通过尿液或粪便释放到环境中。抗生素的不当使用会对环境产生选择性压力,促使抗生素抗性基因(antibiotic resistance gene,ARG)快速传播,对人类健康和生态系统构成潜在风险。因此,认识和回顾近20年国内外关于畜禽粪便ARG的研究热点、前沿和趋势,可为畜禽粪便ARG污染管控提供重要参考,也为今后的研究提供思路。本研究应用CiteSpace可视化软件对2002–2022年发表在Web of Science(WoS)核心合集和中国知网(China National Knowledge Infrastructure,CNKI)的文献通过关键词共现分析、关键词聚类分析、关键词突现分析、发文数量分析、国家分布机构合作共现等方式对畜禽养殖系统中ARG研究现状及新兴趋势进行分析,最终共筛选出896篇有效文献。自2011年以来,畜禽粪便ARG国内外文献发表数量逐年增加,2014年以后增速明显加快,其中英文文献的发文量要多于中文文献;中国是发文量最多的国家,而中国科学院是发文量最多的机构。热门的研究领域包括ARG的产生和来源、在环境中的传播及其对人类病原体的潜在暴露途径及消减机制。今后研究工作可利用宏基组学技术、高通量定量基因芯片手段和单细胞拉曼光谱等新兴分子生物学技术进行更为深入的机理性探索,同时加强畜禽粪便ARG消减技术策略的发展和应用。本文以可视化的方式阐释了畜禽粪便ARG研究发展态势,提出了未来重点研究方向,为管控畜禽粪便ARG提供了理论基础。
