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面向合成生物学的机器学习方法及应用 被引量:9
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作者 胡如云 张嵩亚 +6 位作者 蒙海林 余函 张建志 罗小舟 司同 刘陈立 乔宇 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第3期284-299,共16页
机器学习的目标是设计可以根据先验知识和观测数据不断改进其性能的算法.该算法可以帮助机器从大量的数据中提取知识,从而提升其在特定任务上的性能.作为数据驱动的方法,机器学习可以有效利用高通量实验技术产生的大批量生物数据,实现... 机器学习的目标是设计可以根据先验知识和观测数据不断改进其性能的算法.该算法可以帮助机器从大量的数据中提取知识,从而提升其在特定任务上的性能.作为数据驱动的方法,机器学习可以有效利用高通量实验技术产生的大批量生物数据,实现合成生物体的功能预测与智能化设计,改变合成生物学的研究范式.本文首先介绍机器学习在合成生物学领域广泛应用的几个模型及方法,如支持向量机、神经网络、生成式对抗网络、深度强化学习等.然后介绍机器学习方法在合成生物学领域的典型应用,如启动子预测、酶催化设计、代谢途径构建、基因线路设计等.本文综述面向合成生物学的机器学习方法及应用,并试图启发读者如何选择和设计机器学习方法用于合成生物学的研究. 展开更多
关键词 机器学习 合成生物学 生物元件设计 生物网络设计
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定量至简,工程至繁:定量工程生物学 被引量:2
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作者 刘陈立 汤超 +1 位作者 汤雷翰 欧阳颀 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第3期261-263,共3页
定量工程生物学是合成生物学、定量生物学和系统生物学交叉互补,并融合数学、物理、信息与工程等多个学科思路和方法而形成的一个新兴领域.它旨在揭示天然和人工生物系统分别及共同遵循的内在规律,并在此基础上理性设计和构建人工生物系... 定量工程生物学是合成生物学、定量生物学和系统生物学交叉互补,并融合数学、物理、信息与工程等多个学科思路和方法而形成的一个新兴领域.它旨在揭示天然和人工生物系统分别及共同遵循的内在规律,并在此基础上理性设计和构建人工生物系统,从而解答生命科学前沿问题,通过干预和改造,应对人类社会面临的重大挑战.这里所谓的理性设计,是指在可预测的规律或模型指导下,有计划地创造、执行、构建研究对象[1].正如有了流体力学的指导,人们才得以预测飞机机翼产生举力的条件,并制造出飞机;这种“可预测性设计构建”是定量工程生物学的内核. 展开更多
关键词 理性设计 合成生物学 系统生物学 飞机机翼 可预测性 流体力学 定量生物学 交叉互补
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单细菌捕获技术应用于细菌尺寸调控规律 被引量:2
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作者 马智鑫 温慧 +6 位作者 沈雅欣 曹豪杰 邓宇芳 梁帆 于跃 刘陈立 黄术强 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第3期384-392,共9页
在规定的培养条件下,细菌的细胞尺寸大小能稳定在一定的范围内,即便遭受环境波动或自身内部噪声影响,细菌细胞仍能够维持自身尺寸稳态.这种尺寸调控遵循怎样的规律,以及规律背后的生物学意义如何,一直以来都吸引着人们关注,相关研究也... 在规定的培养条件下,细菌的细胞尺寸大小能稳定在一定的范围内,即便遭受环境波动或自身内部噪声影响,细菌细胞仍能够维持自身尺寸稳态.这种尺寸调控遵循怎样的规律,以及规律背后的生物学意义如何,一直以来都吸引着人们关注,相关研究也在进行.近年来,由于群体水平的研究并不能很好地解释一些现象,在单细胞水平探究细菌生长过程所遵循的各种规律成为一种新的趋势.得益于多种单细菌捕获技术的发展,研究者们能够更加方便、合理地在单细胞水平对细菌开展相关研究.对细菌的尺寸调控研究,单细胞数据所呈现的结果与群体研究所得到的信息存在出入,前者能更精准、全面地反映被群体所覆盖的信息,使我们从群体培养所得到的“筛选器(sizer)”与“计时器(timer)”模型转向“加法器(adder)”与“噪声线性谱(noisy linear map)”模型.本文将结合单细菌捕获技术的介绍,简述细菌的各种尺寸调控机制理论与模型,希望有助于研究者快速了解本领域目前的研究进展与相关的基础理论体系. 展开更多
关键词 单细菌捕获技术 尺寸调控 细菌生理学 微流控
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